同治五年十月曾国藩接到回任两江总督的上谕后，自感脸面无光，奏请以散员留营效力，或进京陛见一次，实际上是给清廷出个难题。李鸿章不念旧情，步步进逼，迫使曾国藩就范。他先是奏请曾国藩务必返任，否则，剿捻各军的粮饷供应没有保障，致使清廷不准曾国藩所请，催令速赴江督之任；继而派弁追要钦差大臣关防，迫使正值行军途中的曾国藩，不得不改变原定计划，于返回徐州接受江督印信之前，派员先将钦差大臣关防驰送徐州，交到李鸿章手中。其迫不及待之心和不近人情的做法，不能不令曾国藩寒心。曾几何时李鸿章还是他的学生和幕僚，荣辱进退全在一言之间，如今地位变化、形势不同，竟要逼其退位、取而代之了。曾国藩回到江宁，曾对赵烈文谈及此事，说：“李少荃在东流、安庆时，足下常与共事，不意数年间一阔至此。”赵回答说：“烈元年冬到沪，少帅犹未即真苏抚，邀烈坐炕，固问老师处有人议鸿章者否？意甚颛颛，不一月实授。从此隆隆直上，几与师双峰对峙矣。”（《能静居日记》，同治六年七月二十五日。）其实，李鸿章攻陷苏州后，自感羽翼丰满，无求于曾而曾反有求于己，书信言词之间已不免气盛。同治三年四月十八日曾国藩在一篇日记中写道：“是夜，闻上海十五万金已到金陵，为之一喜；接少荃信辞旨逼侮，为之一戚。”不过这时吉字营未撤，李鸿章尚有所收敛。及至湘军大加裁撤，曾国藩处处依赖淮军，尤其剿捻失利、钦差由李取代之后，李鸿章就对他的老师不仅气盛，简直可以说是有些凌人了。这就是说，江、胡去世之后，由于左宗棠的争闹和李鸿章的寡情，曾国藩在这个集团中，已失去节制四省时那种唯我独尊的地位，形成曾、左、李三雄并立的局面。与此同时，全国战争形势也发生了很大变化。西北战场地位上升，渐渐形成与中原并重的局面。而这两个战场的主帅，则分别为左宗棠与李鸿章。而曾国藩自中途退出剿捻战场后，再没有出任过一方大军的主帅。
清政府向来关注西北战场。为了将这里的各路起义军尽早镇压下去，同治元年十一月授荆州将军多隆阿为钦差大臣，督办陕甘军务，率军远征西北，并于次年十月改西安将军。这时活动在西北地区的起义武装，主要是回民起义军、李、蓝起义军余部和陈得才、赖文光为首的远征西北的太平军。同治三年四月多隆阿因伤重死于陕西周至，陕甘总督旋亦病死，清政府遂命杨载福总督陕甘，会同陕抚刘蓉主持西北军事，率湘军镇压当地汉、回起义军。不料，杨载福离水改陆，用非所长，时经两年，不仅军事上无大起色，且连自己的督标兵亦发生了哗变。迫于形势，不得不称病辞职，于同治五年八月和刘蓉同时病免。清政府遂命左宗棠移督陕甘，并于次年正月授钦差大臣，督办陕甘军务。开始，左宗棠奏调鲍超霆营随行，而所部士卒不愿远征，分别在福建上杭和湖北金口索饷哗变，只得奏请改派老湘营西征。左宗棠迟至同治五年十月始就道，行至湖北又奉先入陕西之命。此时，捻军已分为两支，以赖文光、任柱为首的东捻军仍留中原黄、淮一带，而以张宗禹为首的西捻军则远征陕西。所以，会有是命，且催其速行。左宗棠遂遣刘松山率九千人先行入陕，自己则驻扎汉口，等待续调各军。为了保障军饷供应无误，左宗棠复奏准预借洋商银一百二十万两，设上海采运局，委浙江官商胡光墉总司其事。左宗棠在陕甘一带的征战可分为前后两个阶段，同治六、七两年主要是对西捻军作战，同治七年十月后主要是镇压当地汉、回民众起义，至同治末年关内战事结束，从而为进军新疆铺平道路。其间，左宗棠曾尾追西捻军返回直、鲁地区，事平再赴陕西，直到同治八年十月始抵兰州，就陕甘总督任。
李鸿章对捻军的作战也经过不少周折。李鸿章接手指挥剿捻战争之初，所用兵力湘淮军皆有。淮军除最初调用的铭、盛、树、鼎四军外，还有后续编练的李昭庆一军。湘军则除老湘营和张诗日两军外，又增加了曾国荃的新湘军与鲍超霆营。其后，老湘营远走西北，新湘军垮台，鲍超亦因李鸿章在尹隆河一战中偏袒刘铭传愤而离去，所用兵力便只剩下淮军。应该说明的是，尹隆河之事屈在刘铭传。他本与鲍超约期会战，却为争头功而擅改计划，先期发起攻击，结果被捻军团团围困，几至不支。鲍超准时赶到将其救出，并取得转败为胜的战果。事后，刘铭传为掩已过，谎称鲍超失期。李鸿章不作调查，偏听偏信，亦委过鲍超，致其怨忿难忍，称病求退。鲍超走后，所部亦相继遣散。至此，曾湘军裁撤迨尽，老湘营等左部湘军便成了一支独秀。鲍超是湘军悍将，刘铭传是淮军悍将，互不服气，争名争利，本意料中事。而李鸿章的祖刘压鲍，则不仅说明其狭隘偏私，心胸不如其师，更说明淮军对湘军的倾轧排挤。以致引起左宗棠的不满，曾国藩亦致函严加训诫之：“昨令兄书来言，左公函中有‘湘、淮暗分气类’之语，‘即从大帅分起’云云。鄙意湘淮实无丝毫衅隙，渠前批霆军之禀，颇似有意簸弄。尊处军事若不得手，左公必从而■龁之。”（《曾文正公书札》，第31卷，第25页。）此事亦从另一个角度，反映出这个集团内部湘、淮两军与曾、李两帅实力地位的消长变化。
剿捻战争中，以刘铭传出力最大，功勋最著。他先以去留相争，迫使李鸿章接受了他的防河之策，继而购奸杀害东捻勇将任柱（任柱英勇善战，赖文光倚如长城。有人说，全军兴衰系此一身，犹如太平军后期的陈玉成。），从而为淮军的取胜奠定了基础。然而，最后论功行赏，刘铭传仅得轻车都尉世职，实属功高赏薄，连曾国藩都代为不平。他在给李鸿章亲信丁日昌的信中说：“省三建议防河，计诛任柱，三年追剿，屡次大捷，论劳论功，论谋论勇，近世诸将罕出其右。此次劳浮于赏，远近皆知。”（《曾文正公书札》，第31卷．第54页。）刘铭传怨愤难当，请假回籍，对李鸿章颇有不满。迨至同治七年西捻军挥师东进，威胁京师时，刘铭传拒不奉调，称病不起。致令李鸿章受到革职留用处分，急得如同热锅上的蚂蚁，曾国藩只好亲自致函进行劝解。函称：“运河之守自君建之，任逆之歼自君谋之。追剿数省唯君最劳而且速，大捷数次唯君最劲且精。甚至波折叠生唯君始终不挫，孱军滥竿唯君侃直不阿，卒能埽除剧寇，成此奇勋。虽劳浮于赏，中枢或不深察；而全功出于阁下一人，则远近皆知。”又说：“张逆盘旋保定、河间一带已逾一月。彼苍玉成豪杰，安知不留此难题，历试群将帅所不能，而后逾显阁下之能乎？”（《曾文正公书札》，第32卷，第4—5页。）刘铭传阅之感动，投袂而起，以消世人赏薄引退之疑。事定之后，清政府赏刘铭传一等男爵，其不平之气为之稍解。不料又由此引出左、李之间的矛盾。当西捻军回师直、鲁，威胁北京，自西北紧追而至的刘松山等苦战不下，刘铭传却因功高赏薄而坚卧不起之时，大约左宗棠已经有气。追战事结束，刘铭传赏一等男爵，李鸿章授协揆，左宗棠心气难平。他先是上奏大彰刘松山之功与曾国藩知人之明，“论者谓其伸秦师而抑淮勇”（《曾文正公书札》第26卷，第42页。）；继又“公然疏言‘张总愚未死，伏有隐患”’（《异辞录》，第1卷，第56页。唯同治九年一次例外。），遂致左、李二人数年不通音问。同治九年清廷以左宗棠西北用兵久未得手，复遣李鸿章带淮军前往助剿。后因改办津案中途返回，已达陕西的刘铭传、周盛波也陆续离陕，否则，可能会发生更大的冲突。
四、持续期：时间约为同治八年至光绪二十年，其标志为曾国藩移督直隶和李鸿章甲午惨败。
自咸丰末年，尤其同治三年之后，曾国藩集团的一项重要活动，就是兴办军事工业，创建近代海军。因此事留待后议，这里不再提及，仅就其二十几年间所经历的几件大事，作一简要概述。
这一时期的大事约有三件，一是曾国藩办理天津教案，一是左宗棠收复新疆，一是李鸿章甲午战败和签定马关条约。
天津教案发生在同治九年，实质上是地方官员与广大民众，反对以教会为代表的外国侵略势力的斗争。在此之前，曾先后发生过贵州教案、江西教案，性质与之类似，惟规模和影响远不及天津教案。
自清政府中途易帅以来，曾国藩就有一种被遗弃的感觉，心情一直不大舒畅。东捻军平定后，清政府追念曾国藩剿捻之功，赏其云骑尉世职，时隔数月又由体仁阁大学士晋升为武英殿大学士。西捻军刚刚平定，清政府为改变权力格局中内轻外重的状况，即于同治七年七月调曾国藩移督直隶。曾国藩疑虑重重，祸福难测，迟至十一月初始启程北上。他十二月中旬行抵京师，随之陛见帝、后，拜见大臣，访亲问友，参加新年盛宴，直到同治八年正月底始抵保定，就直隶总督任。故地重游，荣耀空前，本该高兴才是。而曾国藩却大失所望，情绪沮丧，颇有到头一场空的感觉（参见拙著《曾国藩传》，第276—280页。），可以说从此失去奋斗目标和精神支柱，身体也一天天衰弱下去。同治九年夏，正当他请假养病期间，忽然接到赴津办理教案的上谕。曾国藩认为，洋人恃强凌弱，没事找事，动辄吵闹不休。这次死了这么多人，涉及多国，其中尚有领事官在内，必定要兴师问罪。所以，他出发之前写下遗嘱，似有要做“叶名琛第二”的预感。在这样的精神状态下，他将天津教案办成中国近代史上较为典型的屈辱外交，是一点也不奇怪的。令人奇怪的是，正当曾国藩人人喊打、孤独无助之时，他的后台主子那拉氏竟再次换马，令其梅开二度，旧戏重演，速返江督之任，由他的学生和部下李鸿章取代直督，接办教案。所以，这件事非同小可，对曾国藩集团乃至晚清政治都产生很大影响。从此，李鸿章地位上升，对清朝中央政府的影响力越来越大，几乎可以左右全局。光绪初年“醇邸欲以左易李，既知不可，任之益专”。李鸿章“坐镇北洋，遥执国政，凡内政外交，枢府常倚为主”，“朝廷大事，悉咨而后行”（《异辞录》，第2卷，第22、24页。）。而曾国藩则有些灰溜溜抬不起头来，不到二年即一命呜呼。对这个集团来说，实际上是一次主帅易人，由曾国藩时代进入李鸿章时代。在近二年中，他虽然其人尚在，但已退居二线，仅只是精神上的领袖。所以，及至曾国藩死后，这个集团仍然固结不解，继续作为一个最大的地方实力派存在和发展下去，可以将它称之为没有曾国藩的曾国藩集团。
左宗棠收复新疆，是这个集团最为辉煌的一页。其时，俄国强占伊犁，天山南北已控制在浩罕（俄国控制地区）军事头目阿古柏手中，并建立起名为哲德沙尔的“汗国”。英国侵略者亦乘机插手，给予它以外交承认和军火支援。从而造成西北边疆的严重危机。左宗棠决心维护国家领土的完整、统一，平定陕甘回民起义之后，即积极进行各项准备，并将军队部署在肃州至安西一线，展开进军新疆的军事态势。这时，由于日本侵略台湾，引发创建海军之议，清政府财力不足，不知钱该花在哪里，故有“海防”、“塞防”之争。其代表人物就是李鸿章和左宗棠。李鸿章主张放弃塞防，专注海防，实际上将使黄何以西的广大地区，沦为英、俄帝国主义的殖民地，兰州、西安亦无宁日。左宗棠对之痛加批驳，提出海防、塞防并重的主张，并得到清政府的支持。光绪元年清政府命左宗棠督办新疆军务。光绪二年刘锦棠等军陆续开进新疆，经过近二年的征战，至光绪四年初，彻底打败阿古柏军，收复被其占领的全部地区，从而为曾纪泽外交谈判的胜利打下基础。新疆苦寒荒凉，路途遥远，交通不便，用兵难饷运更难。左宗棠不避艰险，知难而进，终成大功。在此期间，他以年近七旬的高龄，仿效六出祁山的诸葛孔明，日治军书，夜草奏章，未明而兴，夜深未寐。其舆榇出征的壮举，更成为千古佳话。
李鸿章创建北洋舰队，是同左宗棠进军新疆同时开始的。他最终能够建成这支近代海军舰队，尽管存在着种种问题，仍是一个很大的成绩，总算使中国在军事近代化的道路上，迈出了踏实的一步。然而，他忠实执行曾国藩的民族投降主义的外交方针，对外国侵略者的武装进攻，实行不抵抗主义，致使中国在中日甲午战争中一败涂地，陆军一溃千里，舰队全军覆没。三十年的惨淡经营，竟在数月间化为乌有，连在同时起步的日本人的进攻面前，都不堪一击。这不能不使中国人对洋务运动大失所望，再也不相信他们船炮救国、隐图自强的神话。至此，洋务运动作为一项技术与经济活动，仍然继续存在与发展，但作为一个挽救国家命运的政治方案，却显然是失败了，再也不能成为振奋民族精神的政治旗帜。先进的中国人，不得不为我们中华民族的生存和发展，探索新的政治出路。而曾国藩集团所赖以起家的湘、淮勇营，也重蹈八旗、绿营的覆辙，因丧失战斗力而被历史所淘汰，其地位和作用渐由新军，亦即北洋军所取代。
五、终结期：时间约为光绪二十一年至光绪二十七年，其标志是李鸿章签定《马关条约》和李鸿章去世。
中国在中日甲午战争中的失败，从根本上讲，应归咎于这个集团的思想政治路线，追溯到它的领袖与创始人曾国藩。而直接责任者，却是其第二代头领李鸿章。尤其他的军事不抵抗主义，更是激怒了广大官绅民众，以致全国上下无不斥之为卖国贼。清政府为躲避舆论的冲击，故技重施，于光绪二十五年十一月将他调往广州，以大学士署理两广总督，以示薄惩。不过，他的个人命运远胜其师，没有在南国一隅沉寂而死。未及一年直、鲁一带发生义和团运动，清政府对外宣战，八国联军打进北京，使他有了大显身手的机会。他先是和两江总督刘坤一、湖广总督张之洞、山东巡抚袁世凯联合起来，搞东南互保，宣布对外中立，并事后得到清政府的认可；随后奉调回京，充任首席代表，同八国联军进行谈判，并于光绪二十七年签定《辛丑条约》，使中国沦为半殖民地。因为这时的李鸿章，备受帝国主义各国的青睐，清政府一切对外条约的最后签字，非他莫属，他人取代，定遭拒绝。光绪朝以来，他于签定中英《烟台条约》、《中法条约》，尤其中日《马关条约》之后，已成为签定卖国条约的专业户。且带有垄断性质，只此一家，别无分店。正是靠着这点剩余资本，李鸿章方能于赖以起家的湘淮军基本垮台、北洋舰队全军覆没之后，又为曾国藩集团创建上述两大业绩。有人把对外签定这些卖国条约的责任，统统推到清政府那拉氏身上，似乎李鸿章只是一个单纯的执行者，这恐怕是不符合历史事实的，最低限度是他们一起卖国，各有各的责任。不过，李鸿章毕竟已是风烛残年。他在签约后不久即病死北京，临终举袁世凯自代。这个在中国政治舞台上喧嚣数十年的军政实力集团，终为袁世凯北洋集团所取代，走到了历史的尽头。
§§§第二节 内部派系