婴儿肝炎综合症的病因复杂。病情重，变化急剧，因而治疗也相应复杂而棘手。一般来说，在确定病因以后，则根据病因给予相应的治疗措施，但对未完全明确的病儿则应严密观察及随访而避免不应作的手术。营养的过量或不足都对肝脏不利，在肝脏功能障碍时或胆道闭锁时应给予支链氨基酸。对病毒性肝炎应尽力减轻黄疸程度，缩短持续时间，补充适量营养和脂溶性维生素，可用抗病毒药物如干优素等。并密切观察病情变化。对某些细菌感染者除退黄护肝外则选用有效抗生素。有的代谢性疾病如半乳糖血症则用饮食疗法控制。如停用乳类食品，用代乳品及维生素、无机盐等，并按时加辅食。如确诊先天性胆道闭锁则转外科进行手术治疗。
婴儿肝炎综合症预防主要是控制婴儿病毒牲肝炎的传播。我国有资料报告，母婴传播乙型肝炎的机率平均为40％～58％，如果母亲是HBs，Ag和皿HBeAg双阳性，则传播机率是90％～100％。因此，如果母亲是上述的双阳性，则不宜生育。其它方法为：（1）在分娩过程中避免婴儿感染母血和阴道分泌物污染新生儿口腔、消化道及皮肤粘膜。（2）如患有乙型肝炎及HBsAg阳性的产妇及其乳头外伤者，应暂停哺乳。（3）对婴儿应用乙型肝炎免疫球蛋白和乙型肝炎疫苗。