从古神道开始，神道就提倡尊重物质心灵两方面的清明洁净。神道原初朴素的道德观认为：诸恶都是污秽，诸善都是清明。忌讳“恶”，自然也就意味着提倡以扬善为本的清明观。神道中祓除“秽罪”的手段，是在以明净除罪的祭祀中，进行以水或盐净身的“禊祓”。禊祓这一形式的创始者是伊奘诺尊。伊奘诺尊为了洗净从黄泉国带来的污秽，去筑紫（九州岛）的阿波歧原进行“禊祓”时，由左眼中生出了天照大神。从宗教原理上讲，这是神道的明净观促使天照大神诞生了。
神道认为：活在现世的人，应当是明净的，污秽是黄泉的所有物。《续日本纪》（797）记载了天皇62篇诏书，其中频出的关键词多是“清心”、“明心”、“清明心”。如“明清真诚之心”、“清明正直之心”、“无恶心，持清明心”、“无谄诈心，持赤诚心”、“从君臣之理，持贞净之心”、“明净无二心”等。这种道德内容宛似套语，几乎出现在在每篇诏书中。其用意完全在于要求朝臣以明净之心尽忠天皇和朝廷。这种动机的源头出自祭祀的发誓。对神发誓时，必须心镜清明。《古事记》中素盏呜尊对天照大神发誓，便是神道史上的最早一例。
佛教神道的明净正直观，不仅与佛教有相通之处，还借用佛教思想得以弘扬。镰仓时代的佛教说话集《沙石集》（1283）第六卷中，便有“正直女子之事”、“正直俗士之事”、“正直人得宝之事”等题目，其中写道：“正直则神明宿于首，贞廉则佛陀照于心。”镰仓时代代表性的训诫书《十训抄》（1252）第六段云：“可存忠直事，……质直是净土也。”这种明净正直观反映在武士政治中，淡泊明志、廉直为上之风，成为武士们精神境界的主流。
正直观念中既融合了神道本来的明清之心，又融入了内外清净的佛教思想、以“神主佛从”为特色的神道，首数伊势神道。伊势神道教义中，形式不同地存在着精神明净观。在伊势神宫里，供奉天照大神的“神体”是一面明镜。在神道看来，身为太阳神而且以神镜作为“神体”的天照大神，是植根于神道思想精髓中的正直明净观的具象体现；北畑亲房在《神皇正统记》中提倡正直明净主义，也是立足上述思想基础之上。
江户时代，日本的教育事业得到空前的普及，因此，神道伴随儒学、佛教思想，日益浸透到庶民阶层当中，构成了国民教化中的主导内容。江户中期的思想家石田梅岩（1685~1745）把神、儒、佛、道教浑然融为一体，创立了面向庶民的教化理论“石门心学”。“石门心学”肯定封建道德，否定蔑视经商的“贱商论”，以通俗易懂的形式宣传神道教义，作为教化民众的全新形式和内容，“石门心学”思想的扩散对向民间广泛普及神道，发挥了令世人刮目相观的重大作用。其中，石田梅岩着重强调“石门心学”以正直为本。
清原良业在宽文九年（1669）出版了江户时代初期思想史上饶有兴味的、记录了天皇、公卿、武将、僧侣的格言与善行的史籍《和论语》一书。书中关于“神托”（神谕）的章节里，收入假托诸神降下的“神谕”，洋洋有百余段。其中详细阐述的，皆是正直和清明观念。譬如：“诸人应如面向有像之明镜那般，毫不隐匿，以清明之心固守吾之神明。……镜之尘不拂，则不知姿之正直，”不言而喻，神谕中确实融和着儒学和佛教思想，但极力诫说的要点是心灵的清明。江户时代的心学家们常以《和论语》做中心教材来讲授，书中宣扬的作为伦理思想的明净观，在教化普及中取得了巨大成效。
贺田真渊从《万叶集》和歌这一文学角度入手，对日本古代精神朴素的自然性和单纯明朗的内在韵致，做了苦心探究。他从和歌吟咏的白云绕缭的山巅、细浪翻腾的河流、牢笼百态的植物、阡陌螺旋的稻田等自然清澄之美中，发现了一种宗教式纯净无垢的神圣美。取得了独成一家的成绩。贺田真渊要弘扬的是所谓古代明朗正直心的真价。本居宣长也仿效贺田真渊，从《万叶集》的世界起步，循序渐进，步步深入，走进了《古事记》的领域，对古神道的原型做了细密周至的发掘。针对神道的明净精神，本居宣长以和歌的艺术化表达手法形象地吟哦道：
若问敷岛大和魂，
君不见，
旭日一轮，
初照山樱吐清芬。
本居宣长认为，神道的明净精神（敷岛大和魂）就像沐浴着旭日山樱花一样清洁。山鹿素行本居宣长的观点是一致的，他言称“神道者，清洁不秽之理也。”
本居宣长的忠实弟子平田笃胤撰写的《童蒙入门》，是一部立足皇道立场、用汉文写成的面向少年儿童的教化书籍，内容由七章构成，内容依次如下：敬神、国体、祭祖、洁净、子弟、食欲、读书。主旨清楚简明，由敬神扩延至日常生活的道德修养，是复古神道中具有典型性的说教训迪类书籍。在“洁净”一章内，有这样的文字：
夫每朝起者以盥洗漱。……洒扫堂室及庭内，毕而备神供，然后神拜于此可为也。神厌垢秽，喜洁净。端庄之严装者，神代之遗风也，至今犹存。常拜神灵，则殊须谨慎也。
平田笃胤在书中专设《净洁》一章，以恭谨虔诚的态度，特别重视神代遗风，这是神道明净观的展现。其后的教派神道思想中，也同样包含着与之相似的倾向。
明净观不止于表现为神道伦理方面的极大特色，在祭祀以及与祭祀相关的艺术等方面，也有赫然醒目的展露，在神社的建筑格调布局、神道的绘画、神道的雕塑方面，特色尤其显著。
四频繁换装的偶人
日本神道研究家石田一良在评论神道的特性时，曾独具见地地概括：神道的特性之一，就是频繁地改容变貌，有如一个“换穿服装的偶人”。纵观神道外观多变的历史，这一评断总体看来，切中肯綮。玄奥的神道在时代文化交汇流动的迭变中，为了自身生命的形态的延续，并在历史的更替中随时与占据时代主流的统治思想呼应、融合，不断走向圆融，必须尽量去适应外部环境的变迁。所以，它就像一个屡屡去旧取新频繁换装的偶人，伴随岁月的流变，不断地脱掉昔日的旧衣，适时敏感地换上了新时代新思想的时装。
人类史前相当长的一段时期，是在幻想和神话中度过的。在蛮荒的原始时代，人们认为一些自然物和自然现象具有生命、意志、灵性和神奇的能力。崇拜自然是因为把自然看作是养育人的生命的双亲，生命因为有了天地间的万物才得以维系，山川草木对人类来说都是不可冒犯的神；自然为人类带来无限的恩惠，因而自然不是人征服的对象。神道的根本，首先是以生命创信仰为中心的朴素的自然崇拜。
对祖先神（氏神）的尊仰，其实往往也是对相互依赖的氏族生活共同体首领的一种崇拜，进而发展到天皇崇拜。因为在宏观上看，天皇就是日本民族的氏神。以《古事记》为依据，不难看出，《古事记》问世前后的日本神道身穿的是一件由朴素的自然崇拜和国家统一意识交织而成的民族信仰的服装。
钦明天皇时代，佛教由中国传入日本。当时佛教被称作“蕃神”、“客神”、“佛神”。当时，这些舶来的“洋神”群与日本神道中固有的诸神之间存在性质上的差异。日本的神原来都分别是特定的氏族神（或祖先神）。“蕃神”来临，突然涌出一批超氏族、超地域的神，迫使日本的神道文化被分解组合，形成了双层结构，二者在矛盾的发展中相互补充。为此，神道在政治和时代文化的要求之下脱去旧衣，换上了染上了佛教思想色调的新裳。当时光流淌到镰仓时代，神道摇身一变，成了真言宗系的两部神道和天台宗系的山王神道，展示出“本地垂迹”的神道外貌。
到了室町时代，禅宗在日本流行开来，神道随之又脱下了旧思想的服饰，换穿上“三教一致”（儒、佛、道）的时装，倡导起反“本地垂迹”的学说，吉田神道一马当先，力排众强、逢时而生。江户时代，中国儒学与日本幕藩体制的意识形态意气投和，此时，儒学成了装点神道新潮服饰，山崎暗斋创立的垂加神道作为儒家神道，紧跟潮头，极一时之盛。
时代不断发展，神道相继换装。一旦国学兴隆，本居宣长、平田笃胤等人提倡的复古神道其势泱泱，神道就顺而随之，套上了国学的衣裳，似乎恢复了古神道的原貌。其后，神道又与基督教融合。凡此种种，不一而足。以此类推，足以窥察这样的现象：神道与社会文化、政治气候息息相通，同步而行。一场东方式的资产阶级改革运动——明治维新，使神道变为震骇世界宗教史的国家神道，充当了侵略扩张的精神动力；第二次世界大战结束后，神道开始换上了欧美式的民主主义外套。
至于神道中神的观念，在历史沧桑中不但经常变装，在某种程度上就连“身体”也不断发生变化。譬如在《古事记》中，神是皇室和势力强大的氏族的祖先神。可是在神佛习合的神道中，却出现了“佛主神从”的态势，神成为佛教、菩萨的垂迹；在神与国学习合之际，神又“拨乱反正”，重新被塑造成了日本皇室和国民的祖先；到了明治时代，神道被作为国家神道时，神已不仅仅局限于皇室和国民的祖先，连在内乱外战中死去的所谓“忠臣义士”，在政治目的驱动下，冠冕堂皇地登上了曾几何时高不可攀的神的座位。古神道本来极度忌讳“死”这种“污秽”。根据《古事记》和《日本书记》来考察，诸神祭祀于神社里，神本来没有坟墓，神社根本不祭祀葬于坟墓中的死者。后来在统治者意识的支配下，葬于墓中的实有人物也可以作为神来祭祀。这种祭祀死者的风习，在垂加神道中表现得比较明显，最终由明治时代的国家神道彻底定型。针对神道本质的这种一反初衷的变化。日本学者指出：“古代人如果能看到神道后来的这般巨变，一定会惊骇得瞠目结舌。”（石田一户：《神道与人的祭祀》
此外，回顾神道的历史，在同一神社里，时常出现过这样的怪事：中途撤换祭祀的祭神。这种举动神秘至极，往往甚至连神社的普通信徒都难以察觉。
神道的这种随机应变性，这种自由自在地变装变身和思想的多样化，以及它的非连续性现象，是佛教、基督教、伊斯兰教、道教所见不到的显著特质。在各种外来文化的交差混淆和刺激中，神道不曾因外来宗教的摆布和强烈影响而匿迹，它仍然维持着看似朦胧游移却又自主独立的地位。作为日本传统的国教，生命力十分顽强。在基督教和伊斯兰教看来，神道在世界宗教领域里，简直是一个奇妙莫测的宗教现象。对于这种现象和思想形成的特点，即它那种或者妥协或者守旧，改弦迅速，复原亦快捷等诸种特色，仔细考察，别有一番意味。
如果剥下神道不同时代穿的层层外装，那么，它的真面目，原质的“裸体”究竟是什么？这里特别值得注意的是，神道每次换装都往往脱光当时身穿的一切沾有其他宗教和思想影响的服装，返回神道原质的“裸体”，然后再换穿上带有新时代新思想颜色的新衣裳。由于神道的服装频穿频换，要看清其本质——“裸体”，谈何容易。所幸在历史上神道有过身着单衣易于脱下的时代。根据神道研究家石田一良的观点，这就是遗留在《古事记》、《日本书记》中的古神道、镰仓时代中期的伊势神道和第二次世界大战后的日本神道。（石田一良：《神与日本文化》）
从《古事记》、《日本书记》的内容看，在较少受外界干扰的、简陋封闭的社会形态下，神道中的神主要是生命力的象征，最初出现的神的“裸体”的意义，就表现在生命力和生产力的生成、壮旺、繁殖。如果不考虑《古事记》中的政治意识和神国主义成分，那么神的主要机能就是生命的繁殖。神道倡说：凡合乎生命繁殖宗旨的则为善，反之即为恶。神虽然有神秘的生命力和生产力，却又十分封闭保守，人们只有满腔赤诚地进行祭祀、祈祷，才能如愿以偿。这就是神道的本质。
战后到现在，这种朴素的原质的神道思想在日本民族的意识形态中扎根较深，日本人现在向神祈祷的目的，主要集中在现世意义上的生命繁衍、生活幸福、事业发展等方面，譬如生儿育女，家族康宁，除病增福，五谷丰稔，商业繁昌，工程顺利进展，甚至交通安全以及股票价格上扬等。
所以，神道在漫漫历史长河中，不断被变换不定地利用，往往是由于时代的统治阶级为了巩固自己的统治，别有用心地为神道穿上的一件又一件含有政治因素的外装，旨在将之作为统治和麻醉国民思想的工具。统治阶级以神权强化王权，从而扭曲了神道本身原有的美善内涵与目的。