二是它的源头问题。百济的佛窟形式不太可能是来自高句丽。中国石窟寺主要集中在北方地区，而且与高句丽关系较好的北魏，曾狂热地开凿过石窟，但是高句丽并未引入石窟寺；百济的佛教源自东晋，与高句丽引入的北方佛教系统不同。因此百济熊津时代的佛窟，与高句丽应该没有联系。那么百济的佛窟寺是否源自中国北方呢？但是从文献记录上来看百济与北朝几乎没有交往，熊津时期模仿中国北方石窟而开凿佛窟的可能性很小。而南朝的石窟开凿，虽然相对北方以及后来四川等地的石窟，均不甚发达，但毕竟还有数处，如新昌元化寺石窟（后称千佛院，始于齐永明三年，公元485年）、南京栖霞山石窟（始于南齐永明二年，公元484年）及新近发现的江宁汤山石窟（457—464）等，因此百济熊津时期以佛窟为中心的寺院，可以合理地推测是源自南朝。然而熊津时代的百济，佛教初传，国家又在战乱之中，因此这些佛窟，徒具其义而己。在迁都泗沘后，干脆连石窟的开凿也省略了，转而建造以佛塔为中心的寺刹。
3.1.2.2泗沘时期的堂塔式寺刹
泗沘时期百济寺刹的主流是一塔一金堂形式，而且塔在堂之前，平面多为方形，这是与高句丽寺刹不同而与南朝相似的地方。
1.定林寺遗址
1942年进行了发掘调查。遗址中的山门、金堂与讲堂配置在南北轴线上，山门与金堂以回廊相连，是典型的一塔式伽蓝布局。遗址中出土有“太平八年戊辰……定林寺……大藏当草”的铭文瓦。1979年与1980年再次进行发掘时进一步弄清楚了金堂为双重台基，而且下层台基上有柱孔，明显是副阶（韩国称“遮阳间”）檐柱所留，既然有副阶，当然就很有可能是重檐的建筑。金堂的规模为面阔5间、进深3间，讲堂面阔7间、进深3间。
在定林寺遗址中出土了6世纪左右建寺时留下的文物，但从石塔的样式来看，石塔的建造年代似乎比7世纪的弥勒寺石塔还要晚些，应当是后世重建时以石塔取代了此前的木塔。
2.军守里寺址
军守里寺址发掘于1935—1936年间，只发掘了一处院落，该院落为南北向的长方形平面，中轴线上自南向北依次排列山图3.5定林寺址现状鸟瞰门、塔、金堂、讲堂，院落周围回廊。金堂的东、西侧各有一座建筑，但配置在回廊之外；讲堂左右配置有据推测是钟楼和经楼的建筑。塔的平面为边长13.8m的方形，可见规模不小。金堂遗址面阔27m、进深18m；讲堂面阔50m、进深18m，规模均比较可观。该遗址中，金堂已经处于寺刹的中心地位，规模在建筑群中也是最大。
3.金刚寺遗址
该寺址于1964—1966年间进行了发掘调查。其轴线为东西向，南北宽约215高丽尺，寺门到讲堂的中心距离为290高丽尺，规模与军守里遗址相当，而且建筑排列方式也与其相同。根据这些遗址来分析，当时建筑物间的距离，即寺门一塔，塔一金堂，金堂一讲堂的距离之比大都是1：1：2。
4.东南里寺址
该址于1938年发掘，中轴线上自南向北配置有寺门、讲堂、金堂，讲堂两侧也有钟楼、经楼，但是寺中没有发现塔的遗址，标志着塔在寺院中功能弱化趋势的开始。
5.益山弥勒寺址
位于全罗北道益山郡金马面箕阳里。弥勒寺的建立年代并不确切，《三国遗事》记载，百济武王与王妃在龙华山下的莲池游玩时，见弥勒三尊出水现身，因而在此建弥勒寺，据这一传说推测弥勒寺建造年代约为7世纪初。《三国史记》新罗本纪圣德王十八年（719）条记载：“秋九月，震金马郡弥勒寺”，
可见统一新罗仍然经营弥勒寺，而且弥勒寺遗址中还出土有高丽时代的遗物，可见该寺一直使用到高丽时代。
与高句丽和百济其他寺刹不同的是，弥勒寺距城市较远，
位于山间一块平坦的土地上。伽蓝规模宏大，拥有三个东西并列的塔院，与高句丽的定陵寺比较相似。这样的布局方式就目前已知的情况来看，是百济寺刹的孤例，可能是受弥勒三尊传说的影响和宗教仪礼的需要而形成的布局。各塔院均采用南北向轴线，中塔院的塔为木塔，规模巨大，塔北为金堂，面阔5间约20m、进深3间约14m，金堂之北为面阔达13间的讲堂。东、西塔院中的金堂规模相同，均是面阔5间12.7m、进深4间9.1m的建筑，台基上有架地板的石条，可见当时已经使用架空的地板，而这可能是温突的先声。
弥勒寺东塔遗址发掘于1974年，发掘出石筑台基的残迹。朝鲜中宗时期编撰而成的《东国舆地胜览》称东塔为“东方第一石塔”，其言虽虚，但石塔的规模还是相当大的。目前，弥勒寺遗址仅剩的构筑物为西塔院中的石塔。这是座7层塔，虽然为石制，但明显带有模仿木塔构件的痕迹，如屋顶的曲线和檐下构造以及一些细部等。可见此时朝鲜半岛寺刹中的中国木塔遗风仍盛，还没有彻底走上后世著名的“百济系石塔”的道路。该塔是朝鲜半岛现存年代最久的模仿木结构的石塔。弥勒寺在最重要的中院内仍然建造木塔，但在东西两院已经开始尝试着摆脱木材而建造石塔，这在朝鲜半岛寺刹发展史上有比较特殊的意义。
迄今为止，弥勒寺出土的遗物已多达18000件，主要为瓦片和陶片，也有部分石材和金属件，并且有保存完整的鸱尾以及一些颇具价值的建筑构件残骸如栏杆、橡子等。其中比较重要者是能推定其创建年代的瓦当，特别是莲花纹瓦当带有典型的百济泗沘时期的风格，瓦片上刻有“弥勒寺”“妙奉院”“金马渚官”“太平兴国”等铭文。金属类的遗物有金铜板刻佛、铜铃、铁钵等，成为百济文化研究的重要资料。
从上述寺刹遗址的布局形态可知，泗沘时代百济寺刹常用“一塔一金堂”的伽蓝形式，其共同点是寺院中心区域的南北方向主要轴线非常明确，轴线上从南到北依次配置寺门、塔、金堂、讲堂，以回廊将寺院包围起来形成院落。百济泗沘时期的各寺院遗址基本上都釆用这样的布局方式，但在细节上仍然各有差异，说明百济的寺刹在不停地受到影响而发展变化，如金刚寺的中轴线并非南北而是东西向、东南里寺址无塔，而且定林寺用石塔、军守里寺址和金刚寺址则用木塔，有可能是因为初期受中国影响多用木塔，但后来因木塔的建造技术实在太复杂，又容易失火毁坏等而被舍弃，转而发展出百济乃至后来朝鲜半岛颇具特色的石塔形式。
百济的伽蓝配置除主流的一塔一金堂形式以外，也发现过多金堂的形式。如军守里寺址有3座金堂，当然，这3座金堂分别配置在各自的院落中。这一现象颇值得注意，在熊津时期，百济的寺刹表现与作为其来源的东晋和南朝山林佛寺相似；而迁都泗沘后，为什么忽然转变为北朝系佛寺的形态了呢？
3.1.3新罗的佛寺
新罗发展的初期，地处朝鲜半岛东南一隅，同中国之间隔着高句丽和百济，陆海交通均很不便，吸收中国的先进文化有很大的障碍。正是这个缘故，三国之中，新罗文化发展比较迟，佛教传入也最晚。新罗时代佛教的传来，韩国学者公认是在讷祗王时期（411一457），僧阿道（又称墨胡子）从高句丽来到新罗传教，但这还只是个人的行为。此后梁朝的僧人元表，作为官方的使臣被派遣到新罗，新罗王室得以正式接触到佛教。以有名的异次顿殉教事件为契机，法兴王十四年（527）佛教终于成为新罗的护国宗教，寺刹建筑开始大量在新罗出现，当时庆州城建造了兴轮寺、皇龙寺、芬皇寺等有名的大刹，城市的功能和建筑都大为充实。真兴王以后，去中国和印度求学的留学僧纷纷涌现，佛法大盛，国家人口中受戒人众逾半，佛寺建筑空前兴盛。这一时期新罗寺刹的主要特点是仍然釆用中国堂塔并立的早期佛寺布局形式，而且受初期佛教教义的影响，寺刹仍然以塔为中心，伽蓝形式以一塔式为主流，讲求规整的轴线和对称形态。当然也出现了统一新罗时期成为主流的双塔式伽蓝的萌芽，如庆州兴轮寺。目前，新罗在“统一”之前的寺刹中仅有皇龙寺遗址、感恩寺遗址、兴轮寺遗址、芬皇寺遗址得以发现并进行了发掘调查。
3.1.3.1皇龙寺遗址
皇龙寺是新罗乃至东方有名的大刹，位于庆州城中心部位的平坦地带，始建于553年，574年增建，645年完成著名的皇龙寺9层木塔，其余的工程又持续了数十年才告完成。其创建过程颇有传奇性质。《三国史记》卷四、新罗本纪第四、真兴王条记载：“十四年（564）春二月，王命所司筑新宫于月城东，黄龙现其地，王疑之，改为佛寺，赐号曰皇龙”。这一传说也许曲折地反映了当时舍宫为寺的一段历史。
1976—1983年间对皇龙寺遗址进行了长达8年的考古发掘。发掘结果表明，553年始建时的寺刹布局和574年增建时的颇有不同，而最终在统一新罗时期完成的形态又与增建时不同，反映了不同时期佛教教义的变化和政治形态对其布局的影响。始建时的寺刹平面为东西宽约181m、南北长约144m的长方形，周边有回廊，院内又设两条南北向的回廊，将院落划分为东西并列的三条；居中的一条布置有金堂、塔与讲堂，是典型的一塔一金堂式布局，可能与百济或高句丽的寺刹有一定的联系。而增建时寺刹用地位置和规模并没有变化，但布局形态作了较大的改动。首先是为了营建规模巨大的木塔，用地内部的两条南北向回廊被拆除，形成宽阔的塔院；在原有金堂的两侧再各建一座金堂，成为东西横列的一塔三金堂式伽蓝。而在统一新罗时期最终完成时，由于当时双塔式伽蓝已经盛行，所以又在大塔东西两侧并置了两座小塔，形成特殊的三塔三金堂式伽蓝。从金堂遗留的础石来看，中央一座金堂面阔9间、进深4间，其中供奉佛像的底座仍存。而且增建时统一新罗时从础石的排列方式来推测，可能拥有副阶，这在朝鲜半岛此后的木构建筑中很少见，更能说明新罗对中国建筑形式的严格追随。寺刹的正南门面阔4间、进深2间，这是一个特殊的例子。但后来的朝鲜建筑中偶数开间并不罕见，表明朝鲜半岛匠人结合实际进行变通的历史由来已久。
皇龙寺金堂前的9层木塔非常有名，建成于善德王十四年（645）。据传由高僧慈藏主持、百济名匠阿非智（又作阿非知）率百济工匠建造。《三国遗事》等文献云，塔身高183尺，塔刹高42尺，总高225尺，合八十余米，这在古代是难以想象的高度。而从现存的遗址来看，塔平面为边长约73尺、面阔7间的正方形，塔基中心部分作为塔心柱础的石块，长4m、宽约3m，均显示出该塔的巨大规模。之所以要建造如此宏伟的巨构，是为了显示统一新罗的实力，同时也是出于国家镇护的祈愿需要。塔身9层，每层各代表一个与新罗为敌的势力一一值得注意的是，唐朝也在其中占有一席之地。该塔曾多次毁于雷火，1096年进行了第6次也是最后一次重建之后，终于在蒙古的入侵（1238）中，连塔带寺被毁坏殆尽。
皇龙寺遗址中出土的最有建筑史研究价值的遗物之一是鸱尾。鸱尾为陶制，高182cm，侧宽度105cm，据此可以确认当时建筑的规模是相当大的。
皇龙寺与益山弥勒寺各为新罗和百济王权的产物。皇龙寺与弥勒寺的建造年代相近，而且都有与“龙”有关的传说，都是大规模的三国时代寺刹巨构。寺庙布局亦很相似，皇龙寺建有9层木塔，弥勒寺中院塔也为木塔，两座寺刹规模宏大、规划严整，建筑的政治象征性都很突出，是颇值得深入比较研究的对象。
3.1.3.2兴轮寺遗址
兴轮寺位于庆州南川附近，竣工于真兴王五年（555）。根据1978—1982年间的发掘调查结果，该寺为双塔式伽蓝，有东、西两塔，两塔相距约60m，回廊将之围合成塔院。东、西塔，皇龙寺出土鸱尾规模相同，塔基遗址为八角形，边长约4.5m，直径约10.5m。据《三国遗事》记载，当时新罗风俗，每年仲春，庆州人不分男女老幼都要在兴轮寺塔前举行祈福仪式。遗址中出土的遗物从三国时代末到统一新罗时代末均有，可见该寺存在了很长时间。遗址中金堂的台基规模较大，分为两层。日本人藤岛亥次郎考察朝鲜半岛的建筑时，金堂台基上尚残留有雕刻精美的柱础，从柱础排列的情况来看，金堂正面七间约166尺，进深四间约101尺，台基残高约8尺，可以想见其上的建筑是相当宏伟的。根据周围散落的石构件来看，当时的台基系在夯土上铺石块而成。
3.1.3.3芬皇寺遗址
芬皇寺位于庆州东部，原本是创建于善德女王三年（634）的小寺，后因新罗王室重视，屡经扩建遂成大刹。1990年庆州文化财研究所发掘的结果表明，该寺创建时以塔为中心，北侧有左、中、右三座金堂，当属一塔三金堂式的伽蓝，其变化之处是三座金堂并非东西并列，而是呈“品”字形布局。新罗时代为数众多的佛寺均已灰飞烟灭，留存至今的地面建筑只有芬皇寺模砖石塔的残余部分。《东京杂记》称分皇寺塔为新罗三宝之一。原塔为九层模砖塔，壬辰倭乱时毁损后，在残体上改建成目前的样子。一层塔身平面为边长约25尺的正方形，新罗时代原建的塔身残高约8.75尺，二层塔身高度比一层显著减少，这是朝鲜半岛佛塔的共通的特征。一层塔身4面均有出入口，各出入口左右有仁王像的高浮雕。方形台基四角设有石雕的狮子、海狗等造型。使用的“砖”是长45cm、宽30cm、厚4.5或9cm的石块，加工相当精确。