从唐代开始，南海神庙便香火日盛，各朝代政府也派人前往管理庙事。事实上它已成为四海神庙中香客最多、地位最高的一个，这主要是由广州海上贸易日益发达的地位决定的。
处于“广州通海夷道”这条航线重要位置上的南海神庙，在古代有码头，码头外面又是茫茫的大海——南海，南海实际是太平洋靠近东南亚大陆部分，大海又紧连着太平洋，通往印度洋。出海航船或来自远方的航船，都须经过坐落在南海神庙的这个古码头。于是众多的商船顺路经过这里均停下来上庙祭祀，以祈求航路平安、生意顺利。
于是，神庙附近的扶胥镇便商旅云集，民间庙会交易频繁。南海神庙之兴旺，成为广州海上贸易繁荣的历史见证，遗留下许许多多珍贵历史文物，包括皇帝御赐的碑文、题字等，是一点也不奇怪的。当然百姓们更多的还是感恩于庇佑他们一帆风顺、平安大吉的南海神的。
由于火神祝融还兼了南海神，其庙址当然要选择在靠近南海出海口，附近有港口，方便商船的出入祭祀；且附近有一定的人口，能常有人到庙中顶礼膜拜和供奉管理。
南海之滨珠江口的扶胥镇今庙头村离广州城约80里，在珠江北岸，面临扶胥江珠江的一段，东连狮子洋，下接虎门，背靠广州，是古代出入广州的海路交通重地，经此放洋出海，可以抵达南海各国。
古时珠江水面辽阔，浩似大海，位于广州东面南海神庙前的珠江口，更被称为大海了。海面风浪较大，遇着恶劣天气，更是白浪排空，汹涛浪涌，景象慑人心魄。来往于东江与珠江的小船，只有风平浪静的日子才能平安无事。为了解决小船不经珠江口水域便可来往于东江和珠江之间，唐代时，在神庙不远处，开凿了一条古扶胥运河。运河宽10丈多，全程10多公里长。古扶胥运河把黄木湾与东江连接起来，缩短了珠江到东江的航程，小船可以全天候来往于两江之间，不再受珠江风浪之苦了。运河开凿后，大船小船都选择这一航道。运河河道热闹非凡，长年不衰。也是广州海上丝绸之路的一段美好的插曲。
宋高宗绍兴年间，达奚被封为助利候。由于他是波罗国来的人，又在庙中植下波罗树，还天天盼波罗国船回来载他返国，所以村民俗称此像为“番鬼望波罗”，神庙也因此被称为“波罗庙”了。波罗庙以及达奚司空的传说，充分反映了宋代广州对外贸易繁荣、中外友好往来频繁的史实。
南海神庙更是海上貿易的神祉之地，商人重番僧，说是度海危难祷之，则见於空中，无不获济，至广州饭僧设供，谓之“罗汉斋”。广州民间以农历二月十三日为“波罗诞”，即南海神的庙会，为期三天。有宋人刘克庄的《即事》句云“烟花二月时”记述广州“居人空巷出，去赛海神祠”四乡善男信女，争相朝拜的情景，并于庙前购买一种用纸扑和鸡毛粘制的工艺品——波罗鸡，以示吉祥。传说10万只中，有一只清晨会啼，若买到这只“翻生（复生）波罗鸡”，便可发财致富，终生享用不尽。
传说有波罗国船队经此，贡使达奚司空上岸参拜南海神，并于庙前植两棵波罗树，作为纪念。岂料船队开走，他天天佇望浩淼，日久化作石人。村民把他供在南海神庙中，称为“波罗神”，因此得名“波罗庙”。其树结子如冬瓜，熟时切开如芭蕉，人称波罗蜜，渍之可食。
关于南海神庙的传说是十分丰富的，说是在唐代，古波罗国（南印度一王国）有条商船来华，返回航程中经过广州扶胥镇，在南海神庙下码头碇泊，稍作休养补给淡水和食物。船上乘载的朝贡使臣，趁暇登上石级进庙拜谒南海神，并将两颗从古波罗国带来的波罗树种子种在庙中。
突然，珠江口海面刮起了大风，巨浪汹涌，这条远航的外国商船不堪颠簸，竟被打翻了，船员们被卷入滔滔江水……
次晨，村民听到阵阵风雨鸡鸣。大家深感奇怪，等得雨势小了，便顺着鸡声探个究竟。寻到江边，鸡啼杳然，只见江滩上站着一个红帽紫袍，满面污泥的朝贡使。他搭左手于额前，眺海极望，不禁悲泣。可是望眼欲穿，也望不见祖国的船。一直僵立着，直至化作望石，立在海边。
村民很同情这位朝贡使，认为他是海上丝绸之路的友好使者。即将其厚葬，并按他生前望海舶归状，塑像祀于南海神庙中，并给他穿上中国的衣冠，封为达奚司空。宋高宗绍兴年间，还封达奚为助利候。
大家看到达奚带来的波罗树种子已长成幼树。于是村民就把波罗树苗一东一西地种在南海神庙的殿前。波罗树落地生根，很快就长成了三四丈高的大树，叶子又厚又密，并结出丰硕香甜的果实。
由于他是波罗国来的人，又在庙中植下波罗树，还天天盼波罗国船回来载他返国，所以村民俗称此像为“番鬼望波罗”，神庙也被称为“波罗庙”了。明代憨山禅师有一首咏达奚司空诗，写得十分生动和贴切。诗云：
临流斫额思何穷，西去孤帆望眼空。
屹立有心归故国，奋飞无翼御长风。
忧悲钟鼓愁王膳，束缚衣冠苦汉容。
慰尔不须怀旧土，皇天雨露自来同。
2、波罗鸡
古时，外国商船到中国，总要先从珠江进来，在南海神庙前碇泊。有一艘波罗国海船万里来华，泊于庙前。船员忙于搬运贡品进庙朝拜南海神，有一船员因连日舟船劳顿、水土不服，刚走出庙外，突然眼前一黑，昏厥在田基。心地善良的姓岑姑婆见此情况，即前往扶持，但异域人身材高大，她竭力将海员扶靠于树下，又大声呼唤村人帮着将船员背回家里。岑姑婆为船员煎药。船员服药后，身体很快康复。他对岑姑婆很是感激，特地从船上将自己从波罗国带来的一只高大神俊的雄鸡送给岑姑婆，以表谢意。
这只公鸡赤面朱冠，金黄羽毛，长着艳丽的尾巴，雄健威武，大公鸡每天五更依时报晓，啼声嘹亮，声闻村外，催村民早出耕田，姑婆爱如珍宝，视之如命，那雄鸡也颇通人性，人与鸡相依为命。每当姑婆从外面回家，那鸡总是展翼引吭迎接主人。
村中住着一位有财有势的员外，员外酷爱斗鸡。对姑婆养的那只鸡早有所闻，他派人要姑婆将雄鸡与他家中的雄鸡较量，被姑婆拒绝。员外为了试探姑婆那只雄鸡的实力，偷偷将家中最威猛的雄鸡放进姑婆家中去。结果被姑婆的雄鸡杀得一败涂地，逐出家门。员外出高价要买姑婆的雄鸡，打算拿到城里去斗，以振自己的声威。但姑婆不肯答应其要求，员外不肯善罢甘休，极想把姑婆的公鸡占为己有。
一日，乘姑婆到田间种菜之机，派了两个家丁偷偷摸摸地把姑婆的雄鸡偷回家中。岂料公鸡通晓人性，在财主家就不再啼叫了，整天耷拉着脑袋不食不喝。员外一气之下，下令把鸡杀了，鸡肉鸡骨熬汤作菜，拔下的鸡毛丢到村边的垃圾堆去了。
姑婆为此伤心不已，因为想念那雄鸡，就在垃圾堆里把鸡毛一根一根地捡了回家，洗净晒干，然后用香灰土作鸡身，纸朴做鸡皮，把晒干了的鸡毛一根一根地粘上去。说也奇怪，粘好的鸡非常传神，画上两只眼睛之后，更显得栩栩如生，很像原来养的那只雄鸡。
一年一度的“波罗诞”又到了，波罗庙里十分热闹。姑婆做了很多这样的鸡，自己留下最心爱的一只，其余全都在波罗诞拿到市集上去卖。人们见姑婆做的鸡形象逼真，工艺精致，都争着购买。
岑姑婆干脆教会村中的妇女做这种泥鸡，每逢“波罗诞”拿去庙里卖。后来大家都把这种鸡叫做“波罗鸡”。传说每年在上千只的菠萝鸡中，总有一只会啼叫的，谁要是买到它，谁就会行好运，发大财。
有一个外地人来赶波罗诞，买了一对波罗鸡。回家时，行到黄埔文园附近的田基，手中的一只波罗鸡突然啼叫。这人吓了一跳，以为是怪物，就把鸡丢在田基上。次日五更，文园村一老农摸黑种田，听见田基有鸡啼声，觉得奇怪，顺着鸡啼声寻去。发现是这只波罗鸡在啼叫。他可知道会啼叫的波罗鸡会给人带来好运，赶忙把鸡抱在怀里，跑回家去。他把鸡放在桌子上，每天五更时分，波罗鸡就啼叫，他一听见鸡啼就起身去耕田，天天如此，从不间断。于是这家人一天天地富起来了。人家问他发财的门道，他就照直说是波罗鸡给他带来好运。
从此以后，每年农历二月十一至十三庙会为“波罗诞”，游人多喜购波罗鸡志庆。这一风俗，至今盛行不衰。至今文园尚有“鸡啼塍”，乃老农获波罗鸡之处。
3、沈夫人
在波罗庙第五进后殿是“昭灵宫”，也叫“沈氏夫人殿”，是宋朝时期被封为“明顺夫人”南海神夫人的寝宫。殿中的沈氏夫人神像，约六尺高。她除了具有与南海神一样的法力外，还有“送嗣”的职能，是妇孺的保护神。
传说，广东顺德有一位沈姓蚕桑姑娘，温柔善良。这年清明时节，还未下过一滴雨。乡民们心急如焚，再不下雨，就种不了桑，养不了蚕，乡民就就温饱无着。沈姑娘听说，省城扶胥镇有波罗庙，庙中的洪圣大王司风调雨顺职，沈姑娘决意赴波罗庙求雨。为不耽误农时，她说服父母，包了几件衣服，日夜兼程只身前往求雨。
沈姑娘星夜兼程，不及箪食壶浆，一到波罗庙，就对着洪圣大王点香跪拜。她祈求道：“今有顺德民女，恳求洪圣大王为民间普降甘雨，保佑父兄顺利锄地种桑，保佑姐妹养蚕抽丝，时年顺景，愿织下绸缎到大殿作铺陈。”洪圣大王听禀，很受感动，愿出力相助。可能沈姑娘太累，声音沙哑，洪圣大王把她说的“铺陈”误听为“夫人”，也默许满足蚕女的要求。沈姑娘刚离开波罗庙，天就下了春雨。
这一年，顺德蚕丝果然丰收，百姓万般欢乐。沈姑娘高兴地选用了最好的蚕丝，精心编织出闪闪发亮的“铺陈”。沈姑娘即捧着“铺陈”前来波罗庙参拜洪圣大王还愿。洪圣大王见沈姑娘果然诚心，马上对着众神宣布：封她为“夫人”。沈姑娘的身体即化作泥塑，洪圣大王又命庙祝建殿，安放好这座蚕女神像，此为“昭灵宫”。由于蚕女姓沈，也叫“沈氏夫人殿”。庙外庙头村，村人姓岑，当地乡音中沈岑相近，故称沈氏夫人为姑婆。
庙殿落成当天傍晚，庙头村家家户户都不见孩子了，满村喊寻孩子。原来村中的小孩吃了饭后，都到沈氏夫人殿玩耍。沈氏夫人很喜欢小孩，同孩子们一起唱歌嬉戏。孩子们玩得欢乐，忘记了回家。大人们寻至昭灵宫，见那么多孩子在殿中玩耍，又惊又喜。以后凡出田下地或忙碌，照顾不过来，就会把孩子带到昭灵宫，说声“烦姑婆照顾”，让孩子留在了宫内玩耍。说来奇怪，那么多孩子同在一起玩耍嬉戏，从不发生意外，沈氏夫人成了贫苦人家的保姆。老百姓非常感激，以后就捐钱修葺大殿，报答沈氏夫人美德。
4、填南海
南海神庙之北，古时怪石嶙峋，林泉幽壑。还有瀑布飞泻，气势磅薄，如巨龙奔腾，人称龙头石。其时，龙头石一马平川。而这龙头石就是被一位神仙赶到神庙来的。
传说唐朝才子罗隐，幼时能出口成章。但他年年屡试不第，就对功名看淡了。更不满世态炎凉，干脆出门遍访名山大川，与僧道往来，做一个超凡脱俗之人。
他来到浙江天台山，听说金华山有一位叫黄大仙法力了得的道人。有心前往拜访，日夜兼程，赶到金华山，转了三天三夜，还是没遇上黄大仙。他实在是太累了，于是靠在一块巨石上睡着了……
这时，忽然一位银髯飘拂的老人，踩着一朵白云向他走来，他立即起身揖拜。老人说：“罗隐，你是真想要学仙吗？”
罗隐说：“大仙，人间诸多烦恼，弟子实无意恋栈，乞望大仙纳我为徒，欲随我师修炼仙道为盼！”
老人微笑道：“哈，罗隐，你想错了，你以为神仙就无烦恼呀！话你知，其实神仙分为三六九等，烦恼一点不比人间少呢。”
罗隐说：“大仙，无论怎么说，能遇上你就是缘份，恳求你收我为徒吧！我只是想诚心修行罢了。”
老人又一笑，问道：“那么你想修几等的神仙呢？”
罗隐道：“那当然是最高境界的一等之仙！”
老人说：“好吧，就在金华山东北有石岩洞，洞中就有修炼所需之物！”说罢，拍了罗隐一下，飘然而去。罗隐这才惊醒，原来是南柯一梦。
罗隐想着梦中的情景，只觉此梦真耶非耶？乃按梦中所示，走向金华山东北方。走得双腿也觉得疲倦了，这才发现真有一处石岩洞，但洞中静寂无人，他蹑手蹑脚，小心奕奕地走入岩洞。洞中越往深处光线越好，走到尽处，竟可通天，一缕阳光从洞顶直射下来，照得岩洞亮堂堂的，岩石形态毕露，浮光流彩，如同仙境一般。
这时，罗隐发现有一块大石特别光亮，看来不是太阳光照的。罗隐走过去察看，发现石下有什么压着。他用力移开大石，原来石下压着一本书。罗隐连忙捧起书，打开一看，原来是一本修炼仙术的秘笈。
罗隐这才恍然大悟，原来梦中老人就是黄大仙，他说的也就是这本书。于是罗隐就苦守在这个山洞，不与外界往来，静心屏息修炼。经过三年的苦心修炼，终使学道成功。
有只老虎山突然闯进洞来，打扰了罗隐修炼。罗隐连忙敛息，出于本能自卫，念了几句咒语，发动功力，老虎竟被一道真气拒出洞外。罗隐这才发觉自己已经修炼功成了。
出洞后，罗隐云游至南海，见有南海神庙。南海神祝融问道：“何方之神？”罗隐这才自己也位列仙班了，于是很恭敬地禀报黄大仙之徒也。
南海神问他有何法力？罗隐回禀：“悉有。”
祝融说：“据闻尊师曾授秦始皇叱石为羊之术，使秦皇能推山赶海，扩充疆域，你可乎？”
罗隐说：“自得师承，区区小技而已！”
祝融就说：“离南海三千里，有一山焉，你若有法力，试请将此山赶至南海。今晚我在南海恭候，以天亮鸡鸣为期！”
罗隐乃按祝融要求，驾起祥云飞至三千里外山下，即挥鞭施法赶山。山乃耸然而动，南海波动浪涌，祝融已经感觉到了。
罗隐有此法力，惊动祝融，这天三更，果然地动山摇，翻江倒海。罗隐赶着山向南海神庙走来。
祝融慌了，他怕罗隐真把山赶来，把南海填来了。于是赶快学鸡啼，罗隐听得鸡啼，即如约停鞭回天。这座被罗隐赶至南海，半途立于神庙之北呈奔腾之势的山，就是现在的龙头山。
5、铜鼓
曾经在南海神庙里，有一面铜鼓，据说是广东最大的。在全国范围来说，传世的铜鼓中称得上是第三。上海的那面最大，广西的第二大。
在古代，铜鼓是南方少数民族首领专用的，是权力和财富的象征。战争中，以击铜鼓召集各部落成员前来集合参战、商议军机；平时则击铜鼓以祭祀典庆。
南海神庙这只大铜鼓有段神奇传说：唐朝之时，在高州，一个在山坡放牛的牧童忽见有几只金黄色的青蛙在草丛间跳来逐去，牧童好奇，要捉青蛙玩。
青蛙即纷纷跳开，虽然跳得并不快，也不远，一下一下就在眼前跳来跳去，但就是任凭牧童无论怎么捉，终也捉不着。
只见这几个青蛙排成一排，跳入草丛中，牧童迈动双脚撩拨草丛寻找一不小心，身子即陷落草丛洞穴中。“救命！救命！”小孩惊恐地大声呼救。这喊声惊动田间耕作的农民，农民马上顺着喊声寻来，看到正在草丛洞里挣扎的牧童。
农民试着用手去拉，可就是怎么拉也够不着。他看这洞并不深，想跳下去把牧童抱起来，可就是怎么跳，也跳不下去。忙了半天，还是无法把牧童救上来。