清初顺治年间，在甘肃省河西地区的甘州和凉州一带，回族人民点燃了清军入关以后的第一次反清烽火。
清朝贵族统治中国后，对汉族和其他少数民族实行残酷的民族压迫，是地地道道的“民族牢狱”。然而，各族人民不甘心做奴隶，反抗斗争彼伏此起，连续不断。清朝贵族虽然在北京建立了清王朝，但是它的统治很不稳固。明王朝的旧部属接连推出皇族搞“反清复明”活动，福王失败了，又推出唐王、永明王、淮王等来“复明”。当时，全国各地也不断发生反清起义。这些起义军并与明桂王为首的大顺军携手作战，给清军以沉重打击，即使已经降清的原明朝旧部，也纷纷倒戈。如顺治三年驻宁夏清军哗变，杀死巡抚焦安民、清将王元、马德等。四年七月，清将王光泰反于郧阳，击杀提督孙定辽。是年年底，大顺军与南明军在全州大败清军主力，遏止了清军的南下攻势；与此同时，福建的明军亦围攻福州。顺治五年（1648年）元月，清江西提督、副总兵金声桓反于南昌，杀死巡抚、巡按使，江西各郡起而相附。同年闰四月，清两广提督李成栋起兵广州，总兵佟养甲被执。十二月，清总兵姜起兵大同，攻克蒲州。这些起义，南北呼应，使清政府大为震惊。在此反清浪潮中，回回人米喇印、丁国栋在甘肃河西地区举起了反清义旗。
米喇印原是明朝部将，降清后任甘肃镇协守副兵，驻守甘州（今张掖，当时为甘肃军政首府）。在当时风起云涌的抗清形势鼓舞下，经过周密的策划，乘清政府调集兵力南征四川，清军军心浮动，新任巡抚情况不熟之机，米喇印联络清凉州（今武威）驻军将领丁国栋等于顺治五年（1648年）三月，拥戴明延长王朱识以“反清复明”为号召，起兵甘凉二州。他们的义举得到了河西各地清军官兵和回、汉族民众的热烈响应。他们捕杀了顽抗的清军政官员，如甘肃巡抚张文衡、西宁道副使林维造、参义张鹏翼、甘肃总兵刘良臣、凉州副将潘云腾等，很快便控制了整个河西地区。然后，他们兵分两路，米喇印率主力东渡黄河，进取陇右；丁国栋则挥师南下，进取西宁。米喇印东渡黄河后，连陷岷、兰、洮、河诸州，将巩昌府（今陇西）重重包围起来。丁国栋在攻下凉、肃二州后，拥众大通河两岸，希望联合湟中一带回、藏等族人民，共同反清。其时，反清军占领大半个甘肃，队伍迅速发展到10多万人，号称“百万之师”。
清政府看到时局日趋严重，急忙命陕甘总督孟乔芳率满汉大军星夜镇压。由于起义军一味孤军深入，战线拉长，与后方缺乏联系，以致分散了自己的力量，使清军有隙可乘。闰四月，起义军与前来支援巩昌的清军马宁、赵光瑞部战于广武坡，起义军失利，伤亡3000余人，不得不向兰州方向撤退。清军兵分三路，向起义军反扑过来。马宁由上路袭击安定（今定西）、狄道（今临洮）之间的马坞内官营，直指义军的指挥机关；张勇从中路犯狄道；赵光瑞从下路夺取岷、洮、河诸州。反清军本欲在兰州与清军背水一战，奈因敌我力量悬殊，便主动放弃兰州，希望保住河西地区。
顺治五年（1648年）五月，清军渡河西犯。起义军在靖远县水泉堡打了败仗，首领米喇印被张勇击杀，延长王朱识也被俘去，后遭残杀。
从此，反清军团结在丁国栋的周围。他们又联合关内外的回族和维吾尔族人民，继续反清斗争，并曾一度威胁兰州。
顺治五年（1648年）八月，清军继续西犯，将甘州围困起来，丁国栋据城固守。到了六年春天，清军攻陷甘州，反清军被杀8000多人。丁国栋率余部退守肃州（今酒泉），又有数千名维、回族群众前来参加反清军，呈现出“关内外回党蜂起，雍、凉再震”的局面。丁国栋受到鼓舞，乃推哈密王巴拜汗之子土伦泰为王。
然而，由于反清军固守死城，不求进取，处于被动挨打地位，是年十一月清军完成了对肃州的包围后，反清军已处于走投无路的地步。经过10多天的激烈巷战，反清军弹尽粮绝，丁国栋和5000多名反清军义士全部壮烈牺牲。
从米喇印、丁国栋在甘凉二州起兵反清，到肃州城被清军攻陷，这次反清回民起义共经历了将近二年时间。起义几乎席卷甘肃全境，给清军以沉重打击，使清廷大为震惊。起义虽然失败了，但是它开创了全国各族人民反清起义的先河，对以后的回民起义，乃至各族人民反对清政府民族压迫的斗争，都有重大的影响和鼓舞。