18世纪80年代初，在今甘肃陇右和青海东部地区，发生了回回人苏四十三领导的撒拉族和回族人民的联合反清起义。声势浩大，影响深远。
这次起义首先发生在青海循化撒拉族地区。撒拉族信仰伊斯兰教，原先奉行河州（今临夏）回回人马来迟传下来的教派，即“花寺门宦”（官书中称之为“老教”）。至乾隆二十六年（公元1761年）甘肃安定（今定西）回回马明心创立的哲赫忍耶教派（官书中称之为“新教”）传入循化撒拉族地区，由于该派当时带有反封建的性质，符合撒拉族人民反对封建统治的愿望，所以发展相当迅速，在循化的十二工中有九个工改奉该派。地方官厅对新教的迅速蔓延极其惧怕，便怂恿马来迟之子马国宝向上控告新教，并借故将马明心驱逐出境。马明心遂返回安定一带传教。乾隆三十四年（1769年），新旧两派又在官厅互控，虽然判决“各行其是”，双方的往事人都判了刑，但是对新教人判的刑特别重，循化新教领导人之一的贺麻路乎被痛打一顿，并被押往乌鲁木齐给官丁为奴。与此同时，官厅还封闭了新教的三座清真寺。这更激起了新教对官厅的愤恨。
新旧两派的斗争持续了20年，双方互有伤亡。至乾隆四十五年，两派之争继续扩大。这年九月，两派在河东庄争斗，结果新教人被打伤，致死一人，于是，新教决定起兵，便开始了准备工作。次年正月初八，苏四十三率领新教徒攻入河东庄，杀死老教首领“尕户长”韩三十八等人。韩妻到兰州总督府喊冤。总督勒尔谨派兰州知府杨士玑和河州协副将新柱二人前去调查处理。三月十八日，新柱先入循化境。新教人冒充老教人前来迎接。新柱不辨真伪，便声称：“我一定为你们老教做主，杀绝新教”，苏四十三听罢此言，义愤填膺，决心同清统治者斗争到底，便于当夜带领千余人赶到白庄，杀死了新柱。接着又赶到奇台堡，把杨士玑也杀了。于是，穆斯林内部的“教派之争”便演变成了反抗清统治阶级的大起义。
紧接着，苏四十三率众由奇台堡沿大道直扑河州。陕甘总督勒尔谨急忙从兰州带兵前去拦截。但是他尚在途中，河西已被苏四十三于二十一日占领了。接着苏四十三又率众由唐汪川渡过洮河，直扑兰州，迅速攻下了西关，清守军“伤亡过半”。在起义军征战途中，沿途许多回族群众加入，队伍日益壮大。
在苏四十三率众纵横冲杀之机，循化厅却抄了他们的老家，三百多口新教人不是被杀，便是被充军到新疆或云南。安定县官府也将马明心等诱捕，押送兰州下狱。苏四十三率众攻兰州，要求释放马明心。布政使王廷赞令马明心登城谕教众罢兵。苏四十三等见教主在城头出现，挥泪如雨，皆跪拜诵经，马明心当然不听从官府的“命令”，乃俯首以洪亮的声音向城外教众讲了一阵话，随即将头上所戴“塔斯特儿”（头巾）摘下来掷向教众。王廷赞见状愕然，急忙把马明心杀死。苏四十三等见教主惨遭杀害，怒不可遏，攻城益急。当此之时，清军援兵相继赶到。经过一场恶战，起义军击退清军的多次进攻，并击毙清领兵大员多人。后来，清统治者施用“以贼攻贼”的毒计，命旧教人作前驱，“令其杀贼自助”；同时采取“以夷制夷”之策，从四川、宁夏等地调来数千名蒙藏等兵，配合清军，向华林山猛攻。六月十五日，清军攻入华林山，苏四十三壮烈牺牲。七月六日，清军攻入华林寺，仅存的200多名义士全部英勇战死，没有一人投降。至此，起义最后失败了。
清统治者把这次起义镇压下去以后，对新教参加起义的人采取了斩尽杀绝的残忍手段，对新教的礼拜寺全部予以拆毁，并且严令嗣后不得增建新寺。还禁止穆斯林聚集礼拜寺，不准留外来穆斯林居住、学经等等。在本以遭受深重的封建剥削和民族压迫的回族、撒拉族人民身上，又加上了一条条无形的锁链。