在清代，回族经济在艰难的环境中缓慢地向前发展着。此时，农业已经成为回族经济的基础，同时兼营牧业和多种经营，商业仍然是许多回民从事的行业。
清代前期，由于社会比较安定，政府又采取鼓励垦荒、兴修水利的政策，赋税也比较轻，所以遭到多年战乱破坏的经济，得到了恢复与发展。在此大气候下，勇于开拓进取的回族人民，施展了聪明才智，在甘肃的河西地区、宁夏地区、青海东部地区以及陕西的关中地区，大量垦荒种田，兴修水利设施，以农业为基础的经济体系进一步形成。在清初，西北地区已形成大片的回族聚居区。据《河湟诸役纪要》记载：“迄明末清初，西起瓜、沙，东至环、庆，北抵银、夏，南及洮、岷，所谓‘甘回“及（即）‘东干回“之踪迹，已无处无之。”及至清朝中叶，甘肃已形成“回个汉三”的局面。乾隆年间的署陕西巡抚毕沅在讲到关中回民的情况时说：“查陕省各属地方，回民居住较之他省为多，而西安府城及本属之长安、渭南、临潼、高陵、咸阳及同州属之大荔、华州，汉中府属之南郑等州县，回民多聚堡而居，户口更为稠密。西安省城内回民不下数千家。”他还讲到，西安等地的回民“大半耕种，畜牧及贸易经营，颇多身家殷实……”
在内地，虽然回族居住比较分散，但也形成了许多聚居区域。如河南省的黄河两岸，河北、山东两省的运河两岸，西南边疆的云南省，昆明周围、大理、永昌一带以及东部的昭通，回族居住甚众。
在清代，居住在农村的回民多从事农耕，兼营手工业和贩运业。甘肃的平凉、龙山、张家川、临潭旧城、韦州等地回民，从邻近的牧区购来大宗皮毛，加工后运往外地出售。河南孟县桑坡村回民加工皮毛的手艺，更是闻名全国。居住在城镇的回民，则以经商为主，小城镇的回民还耕种少量土地。不过，他们经营的多是小本买卖，盈利少，生计维艰。甘肃洮州旧城、河州、西宁地区的回民，通过“茶马互市”，将茶叶、布匹、百货等从内地贩来，运往藏、蒙牧区，换来马匹、皮毛等，又销往内地，为促进内地与西北少数民族地区的经济交流，发挥了重要的桥梁作用。如陕西的大荔、泾阳，宁夏的吴忠，云南的沙甸等地的回民，均以善于经商而闻名于世。史载云南回民“善于经营，兼以贸易致富”。
在大城市里，一些回民的传统行业，如珠宝业、制香业等，仍多由回民所垄断。在许多城市中，回民经营的饮食业、糕点业等，颇受顾客之青睐。
在清代，回民有不少人从事矿产开发，在西北的祁连山金矿和云南西部的银、铜等矿的开发中，吃苦耐劳的回族矿工洒下了辛劳的汗水。有的矿场，回族矿工多达数万人。在矿业中出现了较早的一代回族矿工，也产生了技术精湛的矿业技师和家资巨万的大矿主。在上海、天津、北京、武汉、西安等大城市中，回族中也出现了少量的商业和工业资本家，标志着回族资本主义的萌芽和滋长。
鸦片战争以后，由于帝国主义的侵略和封建阶级的搜刮，使中国逐步沦为半殖民地半封建的社会。回族的经济同全国各民族的经济一样，也遭到严重的破坏。回族人民日益贫困。居住城镇者，靠不景气的手工业、小摊勉强维持生计；居住乡村者，由于土地缺乏，土质瘠薄，难以糊口，许多人离土流浪，成为无产者。同治年间，陕西回民起义首领之一的禹得彦曾诉说：“回众无地耕种，不得生活，窜扰掳掠皆非得已……”咸丰年间，云南和西北回民被迫举行起义，遭到清统治者的野蛮镇压，百万回民惨遭屠杀，其幸存者四处逃散，被招抚者，被强制安插在穷乡僻壤之中，生产生活每况愈下。居住在内地者，虽未遭此厄运，但是处境也不好。据宣统二年（1910年）统计，沈阳的回民，从事小商贩、杂业、雇佣劳动的共1704人，占回族有业人员的89%，产业工人、知识分子寥寥无几。从沈阳回民从业的情况，可反映出内地城市回民经济状况之一斑。