《内经·阴阳应象大论》开宗明义地说：“阴阳者，天地之道也。万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也。治病必求于本。”它认为，阴阳是自然界运动发展的根本规律，万类生物生成变化的总纲领、生命一切变化的根源、生死转化的本质和动力，也是人的精神、认识活动产生的府宅。治病一定要探求这个根本，从根本着手。
天地万物是不断变化发展、生长消亡的。人一样有生老病死。什么引起这些变化发展呢？就是阴阳。“治病必求于本”，就是求阴阳这个本。所以诊断则“察色按脉，先别阴阳”。治疗则“察阴阳所在而调之，以平为期”。用针则“从阴引阳，从阳引阴”。用药则“辛甘发散为阳，酸苦涌泄为阴是”卫外预防则“从阴阳则生，逆之则死”。所以阴阳像一根红线一样，贯串于中医学的生理病理诊断治疗和预防中，成为中医理论体系的核心。因此，掌握阴阳这个根本的变化规律，是中医临床上必须首先解决的根本问题。所以说“凡人之病不外乎阴阳。……良医之救人，不过辨此阴阳而已。庸医之杀人，不过错认此阴阳而已”。张景岳说：“医道虽繁，而可以一言以蔽之日：阴阳而已。”
因此，只有掌握中医阴阳学说，才能掌握中医学，才能在中医学基本理论的指导下，保证疗效和提高疗效，不致阴阳颠倒，误人生命。
阴概指阴精，阳概指阳气，阴阳两个方面既对立又统一，维持动态的相对平衡，以保证人体生命活动的正常进行。如果阴阳动态平衡失调就会引起疾病。所以《生气通天论》说：“阴平阳秘，精神乃治，阴阳离决，精气乃绝。”各种疾病的发生都可以归结为阴阳的偏盛偏衰。阴阳的偏盛偏衰主要有2种情况：
（1）阴阳偏盛，《素问·阴阳应象大论》说：“阴胜则阳病，阳胜则阴病，阳胜则热，阴胜则寒。”阳盛则热，指感受风、暑、热、燥等，气粗、烦躁、1：1干等热性痛症。这类属阳的热性病变，常使阴精津液受到损耗，而导致阴虚的病变，所以说“阳盛则阴病”。阴盛则寒，指感受寒、湿等，或阴气偏盛，功能衰退而生的虚寒、厥逆、痰饮、水气等寒性病症。这类属阴的寒性病变，常使阳气受到损耗，而导致阳气虚的病变，所以说：“阴胜则阳病”。
（2）阴阳偏衰，常由于素体虚弱，或因大病、久病使阴阳损耗所致。阳虚则火衰，失于温煦，阳不制阴，阴寒内盛而表现倦怠无力，少气懒言，畏寒肢冷、自汗，面色淡白，小便清长，大便稀溏，舌质淡嫩，脉虚大或微细等症。阴虚则水亏，失于濡养，阴不制阳，火热内生，而表现低热，手足心热，午后潮热，消瘦，盗汗，面色潮红，口燥咽干，急躁易怒，尿短赤，舌质红、无苔或少苔，脉细数无力等症。由于阴阳互根，阳无阴不生，阴无阳不长，所以在疾病发展过程中，阳虚或阴虚又常相互影响。先病阳虚，因阳气虚弱，致使精的生成不足，而使阴也渐虚，此即阳损及阴；先病阴虚，因阴精亏损，致使阳气的化生乏源，而使阳也渐虚，此即阴损及阳。到了疾病的危重阶段，阴精和阳气虚极，由于阴竭阳脱，阴阳不能互相维系，则会导致亡阴、亡阳的发生。
阴阳失调除了着重指人体本身阴精及阳气的病理变化外，在认识及分析疾病时，还用阴阳的概念来概括前述的表里、升降、寒热、虚实等内容，如病机属表、升、热、实者为阳；属里、降、寒、虚者为阴。在疾病发展过程中，病位表里的内入外出，病性寒热的相互转化，病势虚实的消长盛衰，无不体现了阴阳两方面的转化与演变。就一般而言，疾病由阳转阴是病机的逆变，常提示疾病的进展与恶化；由阴转阳则为病机的顺变，反映病情由重转轻，有向愈之机。在综合病象、分析证候的基础上，运用阴阳理论加以归纳说明，有助于加深对疾病的认识，因此，以阴阳为总纲的病理变化，是中医病机学的主要内容。正因为如此，《景岳全书·传忠录·阴阳篇》说：“医道虽繁，可一言以蔽之，曰阴阳而已。”