孙恩（？～411），字灵秀，琅邪（今山东临沂）人。两晋之交，孙恩的家族南迁到了三吴地区（吴郡、吴兴、会稽三郡）。孙家在北方就不是什么名门望族，南渡之后家门更加破败。孙恩的叔叔孙泰是个很有心计的人，他拜钱塘（今浙江钱塘）有名的“神棍”杜子恭为师，学习传说中的“秘术”。杜子恭死后，孙泰开始利用自己“秘术”传人的身份到处宣扬五斗米道。可能是孙泰宣传势头造得很好，不光老百姓开始捐献财产，进奉子女，加入五斗米道，连朝廷大臣王雅、琅邪王司马道子的儿子司马元显都成了孙家的座上客。孙泰上交权贵，下控信徒，逐渐形成了一股以宗教为纽带的地方势力。
隆安二年（398），王恭起兵讨伐司马道子。孙泰因为和司马元显关系不错，就在三吴地区召集了几千名五斗米道的信徒去帮元显打仗。在连年的战火中，孙泰逐渐觉得天下就要大乱，晋朝快要完蛋了，就开始煽动百姓，准备举事，不少朝廷大臣觉察到了孙泰的动向，可谁让孙泰是司马元显的好朋友呢，大臣们谁都不敢揭发孙泰。宣城内史谢辆（yǒu）是个胆大的人，偷偷报告了司马道子。司马道子心想交情归交情，你孙泰想造我司马氏的反，我就先要你的命。司马道子派人抓住了孙泰和他的6个儿子，全部斩首示众。孙恩因为事先达到了消息，逃跑到了海岛之上。
孙泰被杀后，几百名五斗米道的信徒认为孙泰没有死，而是羽化成仙。这些愚昧的信徒就带着自己全部的财产跑到海岛上投奔孙恩，准备在孙恩的带领下实现自己得道成仙的梦想。孙恩本以为叔叔死后，自己只能以通缉犯的身份逃亡一生，可一看这么多忠实的信徒来投奔自己，还带来了这么多的财富，就打算积蓄力量，起兵反晋，为叔叔孙泰报仇。
很快，孙恩就等到了他需要的机会。东晋建国以来，三吴地区就是整个国家赋税最重的地区，三吴的农民过着最悲惨的生活。司马道子掌权后，地方藩镇的实权派如王恭、桓玄不断威胁中央政权，为了建立自己的嫡系部队，司马道子强行征发三吴地区的农民入伍，弄得老百姓怨声载道，连编写《晋书》的房玄龄在写司马道子征兵这件事时都哀叹说“东土嚣然，人不堪命，天下苦之矣。”
孙恩以司马道子愚蠢的征兵令为契机，于隆安三年（399）十月，从盘踞的海岛起兵，攻破了上虞（今属浙江）。随后，孙恩挥军北上，攻破了会稽郡的郡治山阴（今属浙江）。短短半个月内，东晋会稽、临海（今属浙江）、永嘉（今属浙江）、东阳（今浙江金华）、新兴（今浙江淳安）、吴（今江苏苏州）、吴兴（今浙江吴兴）、义兴（今江苏宜兴）八郡的百姓纷纷杀死晋朝的大小官吏，认应孙恩，孙恩的军队很快发展到了十多万人，起义军的烽火席卷了东晋的半壁江山。
孙恩占据会稽郡后，并没有确立自己的政治主张，也没有建设自己的根据地，而是自称为征东将军，将部下称为“长生人”，对东晋朝廷可能发动的反击没做丝毫准备。同时，孙恩还是个暴虐残忍的人，部下有不少人拖儿带女，影响了行军的速度，孙恩就下令把孩子全扔到水里淹死，还说什么“孩子们是去了仙境，我们大家很快也会去。”隆安三年（399）十二月，东晋徐州刺史谢琰（谢安的儿子）、北府兵名将刘牢之率领大军向起义军发起猛攻。孙恩一看晋军攻势猛烈，立刻下令全军撤退，他丢下了二十几万追随着，自己带着亲信和子女又逃回了海岛。
孙恩撤回海岛，没有死心，开始整顿人马，准备杀个回马枪。东晋朝廷也怕孙恩东山再起，就派谢琰为会稽太守、都督会稽、新安、临海、东阳、永嘉五郡军事，负责防御东晋的东南沿海。隆安四年（400），恢复了实力的孙恩从涞口（今浙江镇海东南）登陆，再次攻占上虞。谢琰亲自率领大军与孙恩决战，可没了北府兵和刘牢之的帮忙，谢琰根本不是孙恩的对手，不但自己和两个儿子死于乱军之中，几万大军也被孙恩消灭。东晋朝廷急忙任命刘牢之为都督会稽等五郡军事，率领大军再攻孙恩。孙恩一看老冤家刘牢之又来了，急忙带着部下再次逃往海岛。
隆安五年，孙恩再次渡海登陆，一度发展到十几万人，有楼船千余艘，兵锋直指建康。东晋朝廷急忙调来了刘牢之的部下刘裕抵挡孙恩。孙恩再次战败，退回海岛。元兴元年（402），孙恩率众攻临海，在强敌面前再次失败，在绝望中投海自杀。很多五斗米道的信徒都认为孙恩没死，而是化成了水仙，就随同孙恩一起跳海。孙恩死后，他的妹夫卢循继续领导义军作战。义熙七年（411），被刘裕打得走投无路的卢循同孙恩一样，选择了跳海这一方式结束自己的生命。