岳飞常常对幕僚感叹惜，又把恢复中原作为自己的任务，因此岳飞不同意同金议和。他阅读秦桧的奏章，读到“道德没有一定的标准，只要主张为善就可以师法”这句话时，厌恶他的欺骗蒙蔽之术，愤怒地说：“君臣之间的伦常，根源于天性，臣子怎么能忍心当面欺骗他的君主呢！”兀术给秦桧的信中说：“你朝夕都在请求议和，但是岳飞却正在谋求进军河北，必须杀掉岳飞，才能够议和。”秦桧也认为岳飞不死，最终要阻碍和议，自己也必然会遭到祸患，所以极力要图谋杀害岳飞。由于谏议大夫万俟禼与岳飞有仇，秦桧就暗示万俟禼弹劾岳飞，又指示御史中丞何铸、侍御史罗汝楫连续上奏弹劾论说，大概意思是说：“今年春天金军进攻淮西，岳飞进军至舒州、蕲州而不再前进，近来他和张俊在淮河上按兵不动，又打算放弃山阳而不加防守。”岳飞多次上奏请求罢免自己的枢密院副使职务，不久又交还了两镇节度使的职务，充任万寿观使、奉朝请等官职。秦桧的意图没有实现，便又指示张俊下令逼迫王贵，引诱王贵诬告张宪谋划把兵权交还岳飞。
秦桧派使者逮捕岳飞父子证实张宪的事情。使者来到时，岳飞笑着说：“皇天厚土，可表此心。”秦桧最初命令何铸审讯岳飞，岳飞撕开衣服把后背给何铸看，上面有“精忠报国”四个大字，字迹深入皮肤之中。后来由于缺乏证据，何铸判岳飞无罪。秦桧改命万俟禼审理。万俟离诬蔑岳飞，说岳飞曾写信给张宪，让张宪谎报敌情以惊动朝廷；岳云也写信给张宪，让张宪采取措施让岳飞回到军中；并且说这些书信已经烧毀了。
岳飞被关在监狱里两个月，没有找到可以证明其有罪的证据。有人教万俟禼以御史台奏章所指的淮西一事为借口诬陷岳飞，万俟禼高兴地告诉秦桧，查抄登记岳飞的家产，取走当时高宗写给岳飞的书信并全部烧掉。又逼迫孙革等人证明岳飞接到高宗诏令后滞留不前；命令大理寺评事元龟年把岳飞的行军日记颠倒排列，附会岳飞的冤案。直这年年末，案件还宋高宗书《付岳飞》（局部）是不成立，秦桧便手书一张纸条交给监狱，监狱立即报告岳飞死亡，时年三十九岁。岳云被斩首于闹市，登记没收岳飞的家产，全家被迁往岭南。他的幕僚于鹏等六人也被牵连定罪。
当初，岳飞在监狱时，大理寺丞李若朴、何彦猷、大理寺卿薛仁辅等都说岳飞无罪，万俟禼把他们都赶走了。宗正卿赵士偯请求以全家百口人的性命担保岳飞无罪，万俟离也弹劾了他，赵士偯被贬到建州而死。平民刘允升上书朝廷为岳飞鸣冤，被关到大理寺处死。凡是附会凑成岳飞冤狱的人，却都不同程度地升了官。
岳飞一案要上报时，韩世忠愤愤不平，见到秦桧索要真凭实据，秦桧说：“岳飞的儿子岳云写信给张宪这事虽不明确，但这件事或许是有的。”韩世忠说：“‘有’这三个字，怎、么能够让天下人信服？”
传说当岳飞被处死枭首后，有个叫隗顺的狱卒偷偷将其尸体背出狱，翻过城墙，来到了九曲寺（今杭州昭庆寺以北一带），将其葬于附近的“北山之溽”（水边）。隗顺死前告诉他的儿子，将来岳飞冤狱平反时，朝廷必然到处寻找其尸体，如找不到的话，就要悬赏。是我把岳飞的尸体偷偷掩埋的，在他的棺木上有一铅鬲，上面有棘寺（大理寺）勒字，这个铅笛就是个铁证。后来，果然不出隗顺所料，朝廷出了重金从他儿子那里得到岳飞的遗骨，据说当时岳飞的尸体并未腐朽，仍像活着的人，还能给他更换礼服呢。
经考查，南宋的大理寺在钱塘门内，而钱塘门沿城北去不远就是九曲城，王显庙就在九曲城下。由此推测，狱卒隗顺背负岳飞尸体逾城，就近出钱塘门来王显庙是合情合理的。据民间传说，九曲王显庙有岳飞显灵，人们来此拜祭，以求保佑平安。
如今，杭州西湖边栖霞岭上的岳飞墓被人们公认为岳飞遗骨安葬之地。墓前还用生铁铸了害死岳飞的卖国贼秦桧夫妇的跪像，川流不息的人群在赞颂岳飞的高风亮节、浩然正气的同时，也用脚踢和吐唾沫表示对秦桧的蔑视和愤恨。岳飞墓旁的岳飞庙更是雄伟庄严，“精忠报国”四个大字令人敬仰。但是，这里是否是假坟，也难以说清。因为，自岳飞遇害后，人们一直要求为他平反昭雪，但杀害岳飞的主谋宋高宗始终置之不理。直到二十几年后，宋孝宗即位，才迫于朝野上下的一片呼声，给岳飞恢复了官爵和名誉，可是为了给太上皇宋高宗保留体面，还假称“仰承”高宗“圣意”云云。
后来，岳飞之子岳霖在《赐谥谢表》中讲道：“葬以孤仪，起枯骨于九泉之下。”因岳飞曾被朝延授予“少保”之官职，而“少保”是“三孤”之一。岳霖的话是说岳飞的遗骨在别处起出，后以“少保”的葬仪改葬的。
以“莫须有”的罪名，判岳飞及其子岳云、部将张宪死刑。
“莫须有”是什么意思呢？一般认为就是“两可之词”，即“恐怕有”、“也许有”的意思。因而，世称岳飞的冤狱为“三字狱”。对“莫须有”三字，自清代以来，一些学者不断提出了一些别解。一些学者纷纷探究“莫须有”的真实含义，倒不失为一件颇有意义的事。
清人俞正燮在《癸已存稿·岳武穆论》中指出，秦桧回答韩世忠质问岳飞罪状的话“飞子云与张宪书虽不明，其事体莫须有”。应断为“其事体莫，须有”。他引经据典，论证了“莫”与“须”等字的词义和用法，按他的分析，则此话翻译成现代汉语为：“岳云给张宪的信虽然已查无实据，而这件事情嘛，却是有的。”这才顺理成章。他认为，古汉语中惯用“……莫，须……”的句式。
在《挥麈后录》中，有“当时议法论罪莫，须是宰相否”和“此事莫，皆不虚否”等句。“莫”字相当于“嘛”，在此做语气助词用，有询问之意。秦桧的话，前半句是略有迟疑“这件事情嘛……”
后半句则肯定地说“却是有的”。而韩世忠不服，为诋秦桧之妄，把秦桧的话牵连为一句，言道：“莫须有”三字何以服天下？”另外，“须”字的用法，时人常用作转折连词，相当于“却”，这样的例子也很多。如朱敦儒《水调歌头》一词“中秋一轮月，只和旧青冥，都缘人意，须道今夕别般明。”这样一解，明确刻画出，秦桧必欲置岳飞为死地而后快，态度骄蹇，拿不出证据，却猜测定人死罪的顽固嘴脸。
现代一些学者则指出，“莫须有”三字理解为“当须有”。认为宋人口语中“莫”字常作“当”字解。并举例说，宋徽宗曾有“此事之起：他人皆误我，独太师首尾道不是，今至此莫须问他否”之句。还有苏轼给文同的信中也有“惟谨择医药，痛加调练，莫须燃艾否”的话。由此可知，“莫须”二字连用，是宋人的流行用法。据此分析秦桧的话，“当须有”则一方面显示出他理屈词穷的窘态，另一方面也可见其强词夺理的骄横，反映了他决意诬杀岳飞的阴谋。既然他决意陷害岳飞，就决不会用“恐怕有”之类模棱两可的词语，所以，“莫须有”不能解释成“恐怕有”“也许有”之意。此说亦言之成理。
历代都将“莫须有”解释为“恐怕有”，“也许有”之意，几乎约定俗成，似难以改变。考据“莫须有”的真正含义，还是很有必要的。
岳飞率领的岳家军声威远振，大败金岳。然而却不幸被以高宗和秦桧为首的主和派以“莫须有”的罪名陷害，冤死狱中。
岳飞死后，他写的一首《满江红》，慷慨激越、豪气冲天，淋漓尽致地抒发了他不忘国耻，决心报仇雪恨收复失地的英雄气棚和崇高气节，激起古今多少人士的壮志豪情和爱国精神；成为一曲千古绝唱：
“怒发冲冠，凭栏外、潇潇兩歇。
抬望眼，仰天长啸，壮怀激烈。
三十功名尘与土，八千里路云和月。
莫等闲，白了少年头，空悲切。
靖康耻，犹未雪；臣子恨，何时灭？
驾长车，踏破贺兰山缺。
壮志饥餐胡虏肉，笑谈渴饮匈奴血。
待从头，收拾旧山河，朝天阙。
然而，有人却认为它是后人的伪作，这就使《满江红》的作者成了一个谜，并引起了众多的争议，形成观点截然不同的两派：一派认为《满江红》系后人伪作。
持这一观点的人认为，这首词最初问世是在明朝中叶，是明代人徐阶编的《岳武穆遗文》里记载的，此时距岳飞被害约四百年，为什么宋、元两代的一些史料全无记述？特别是岳飞的孙子岳珂不遗余力地收集岳飞的遗稿，而其所编《岳王家集》也未见此词？可见此词来历不明，令人生疑。
另外，词中有“踏破贺兰山缺”一句，贺兰山一带是明代时北方鞑靼人常常侵犯之地，弘治十一年，明将王越在此还打了一个胜仗，如说王越“踏破贺兰山缺”才顺理成章，而岳飞伐金要直捣的“黄龙府”是现今的东北吉林省范围里，从地理位置上看，二者根本毫不相干！以此否认此词作于宋代。
还有人比较一下岳飞所作《小重山》一词，低沉惆怅，低徊宛转，属婉约风格，而《满江红》英风飒飒，慷慨激昂，属豪放派风格，二者风格大相径庭。由此推断《满江红》肯定不是岳飞所作。一派认为《满江红》为岳飞所作。
持这一观点的人则逐一批驳了上述观点，他们认为：《满江红》之所以不见于宋、元人著录的原因很多，具体情况应该具体分析：
其一，岳飞死时，秦桧及其余党把持朝政，恨不得将岳飞全家斩草除根。他的家产、文稿均被查封，家人怎能妥善收藏？高宗又拒不为岳飞平反昭雪，凡伺情岳飞者不是被杀就是被贬，这首词怎能公开发表？以后又历经元朝异族统治，岳飞的声名继续受到压抑，直到明朝才逐渐改观，恢复了的名声，因此才造成了《满江红》出现在明朝中叶的情况。
其二，历史上一些著名作品被湮没多年，历久始新的情况并不鲜见，唐韦庄的《秦妇吟》就被湮没了九百年，人们并未怀疑其真实性。
其三，岳珂的《岳王家集》未收录它，很可能是收录不全造成的。
另外，关于“踏破贺兰山缺”一句，应该理解为这是文学作品中惯用的比喻手法。如宋辛弃疾将“长安”比作“汴京”，陆游将“天山”比作“中原”，能说他们犯了地理常识性的错误么？在<满江红》中的“贺兰山”是岳飞借指敌境，因岳飞熟悉北宋与西夏的五十年战争史，“贺兰山”在南宋时属西夏，这样写就如同该词后面写的“胡虏肉”和“匈奴血”一样，不直呼为“女真肉”“金人血”，更符合古代诗词的含蓄、深邃的意境。不应就字论字，单就字面含义去理解诗词作品。
还有岳飞词作的风格问题，仅用两首词作简单比较就下结论，未免有些武断。
一点是，就岳飞本人来说，他写的其他词作的风格与<满江红）相同者也不少见，由此可见，能写<小重山）的岳飞也能写出（满江红）来。再一点是历代诗词名家也并非个个都是一种风格，如苏轼、辛弃疾既有豪放派风格的作品，也不乏婉约清丽的诗词。
岳飞在统军于武汉的八年期间，遍及武汉三镇。岳家军的大本营设在武昌，汉阳则是岳飞所到之地，他与汉阳有着很深的感情。如他写的另一首《满江红·登黄鹤楼有感》道：“遥望中原，荒烟外，许多城廓；想当年，花遮柳护，凤楼龙阁。万岁山前珠翠绕，蓬壶殿里笙歌作，到而今，铁骑满郊畿，风尘恶。兵安在？膏锋锷；民安在？填沟壑。叹江山如故，千村寥落。何日请缨提锐旅？一鞭直指清河洛。却归来再续汉阳游，骑黄鹤。”词中最后一句，道出了岳飞对汉阳的眷恋之情，而汉阳人民对岳飞也抱有深深的敬意和缅怀之情。
汉阳归元寺一带有许多与岳飞有关的传说。归元寺中的翠微古井和翠微古池，是当年岳家军兵马饮过水的井和池。离归元寺翠微峰约一公里远的地方，清末武汉地图上曾标明为“得得”处，传说这里是岳飞驰马夜归的地方，“得得”为奔驰的马蹄声。离归元寺不远有一座报国庵，据说岳家军在汉水架桥，痛歼敌军，岳飞为表彰架桥神速的将士而题“精忠报国”金匾，此匾挂在岳家军宿营的庵堂门额上，因此这座庵堂称为报国庵。在归元寺以南不远处有地名冰塘角，原来叫兵藏阁，是岳飞屯兵的地方。兵藏阁旁有马场湖，是岳飞操练兵马的基地，马场湖现名为马沧湖。明、清时期，汉阳凤凰山下，龙阳湖畔。曾建有多座岳王庙和精忠遗迹坊，以表示汉阳民众对岳飞的崇敬。
岳飞一生有文武两部著作，世人史见其慷慨激昂的诗词歌赋和散文，却不见那威猛无比的岳家拳谱（即后来被辑成的《武穆遗书》）。在金庸的《射雕英雄传》里，许多侠士为争夺《武穆遗书）打得头破血流。著名作家、“黄梅通”周濯街却通过考证得出结论：《武穆遗书》在黄梅。
据考证，岳飞逝前将拳谱传给岳震、岳霆，二人隐居于黄梅聂家湾，整理出《武穆遗书》，秘而不宣，且日夜操练。在黄梅县小池镇，记者见到了岳飞第二十七代后裔岳进，他是闻名鄂赣皖的岳家拳传人。1986年，他参加了全国民间武术表演大会，他的岳家拳技压群雄，荣获金奖。深藏于民间的“岳家拳”和《武穆遗书》于800年后，重新浮出水面。作为忠烈之后，岳进深明大义，于1987年将古抄本《武穆遗书》捐献给国家。