讨论完军制后，又讨论了起义计划。最后确定，5月28日由徐锡麟在安庆刺杀巡抚开始起义。浙江军事则由秋瑾负责。绍兴起义后，金华、处州等地立即响应。计划订好后，秋瑾十分高兴。想到自己的理想快要实现，她情不自禁地抽出倭刀，一边舞刀，一边说：“宝刀、宝刀，用你报仇雪耻的日子快到啦！”
离起义的日子越来越近了。清政府的密探对起义的计划有所觉察。因此，官府派出人员，对浙江的水陆要道以及旅店、茶馆等进行搜查。天还没黑，县城就闭门。在这种情况下，秋瑾的计划受到很大的阻碍，不仅军火运输不便，相互联络也很困难。由于准备工作来不及，不得不将起义日期推迟到6月初十。
但是，离这个日子也只有lo天了，秋瑾心中焦急万分。正在这时，女仆送上当天的报纸，秋瑾打开一看，头一条消息就是：“逆党徐锡麟在安庆刺伤巡抚恩铭，徐逆当日被擒。”秋瑾看了，犹如晴天霹雳，顿时倒在床上，泪流满面。
忠诚的同志被捕了，起义的计划失败了，现在该怎么办呢？秋瑾毕竟是个坚强的女子，她忍住悲痛，站起身来，用拳猛击桌子，一字一字地说：“革命未成死不休，得拼下去！”
安庆起义的失败，导致整个起义计划打乱。秋瑾也清醒地估计到，清政府在镇压安庆起义的同时，一定会同时来镇压浙江的起义。因此必须赶快做好准备，应付即将到来的事变。
6月初三，秋瑾把大通学校内的革命党人召集起来，举行了一次秘密会议。她首先提醒大家，安庆起义失败后，清政府肯定要到浙江来进行镇压，然后说到：“今天，革命已到了紧急关头。我们平时都说要为革命牺牲，现在是接受考验的时候了。我们不怕牺牲，但也不能白白牺牲，而要想出一些办法来！”
在讨论中，有的主张先暴动攻占绍兴府。但秋瑾认为，事先和各地约好6月初十起义，现在通知改变计划，已经来不及了。如果绍兴首先发难，各地配合不上，绍兴还是失败，各地也要受累。商量到最后，大家还是决定按原计划在初十起义。
第二天早晨，有个披着蓑衣的渔翁模样的人来见秋瑾。见面后，那人取下胡须，原来是王金发。王金发报告说，金华、兰溪、处州等地也已起义，并且都失败了。他认为，现在必须掩护革命力量撤退，并劝告秋瑾说：“留得青山在，不怕没柴烧。你不能在这危险地方留下去！”
秋瑾听了不说话。王金发见她不作声，又说：“我听说，清军已从杭州出发来绍兴，眼看快到了。你赶快离开吧！”
“大局是不能挽回的了，”秋瑾考虑了一下后说，“不过，我不能离开此地。这里学生不少，这样多的人一行动，敌人就会发现，反而来包围我们；就是冲出去，也会在途中被抓。如果我一个人走，那样太对不起革命事业，太对不起同志们了。我决定留在这里和敌人拼。革命是要流血的。没有鲜血，就挽救不了民族危亡！”
不等王金发回答，秋瑾就站起来，握住他的手说：“情势太急迫了，你不能在此久留。有一些东西就托你带走吧！希望你再接再厉，重新，组织失散的同志，再努力地干下去！”说完，她打开抽屉，把党人名册、光复军制、旗子、图章、文件和信件等交给王金发，并催他快走。
初四下午，清军果然包围了大通学校。秋瑾急忙下令紧闭校门，进行抵抗。学生们打死打伤了几十个清军士兵。有2名学生当场牺牲，一部分学生则从后门冲了出去。
战斗近一小时后，清兵终于攻进了校内。秋瑾手握左轮手枪进行战斗时，清兵拥上来将她抓住。
清政府加给秋瑾的罪名是“谋反朝廷”。浙江巡抚打来电报，要绍兴知府亲自审讯，还要他“穷追党羽，一网打尽”。
当晚6点，贵福升堂审讯，秋瑾被带到大堂上后，贵福问她年龄、籍贯，她一概不作回答，贵福又问：“你们革命党人有多少？叫什么名字？”秋瑾还是不回答。
“你在演说稿中一律称本朝为‘满贼’，叛逆证据确凿，还有什么可以狡辩的？”
该杂志发表了《神州女界新伟人秋瑾传》“你们已经知道我是革命党，何必多问？”秋瑾这时才冷冷地回答道。“浙江革命党就是我秋瑾一人，其余的事，我全不知道！”
贵福忽然改变了口气，说：“你平时朋友很多，他们来来往往，究竟在干些什么？”
“朋友确是不少，其中之一就是你！”秋瑾冷笑了一下，继续说。“你到我学校来开过会，拍过照，究竟干些什么？你应该知道！”
《中国女报》在国内出版的一份有重要影响的革命妇女报纸，但寿命很短，大约只出了2期。其名义上由陈伯平主编，而实际负责主编的是女革命家秋瑾。秋瑾也是这份刊物的主要撰稿人，她为之撰写了《敬告姊妹们》、《勉女权歌》、《感愤》、《感时》、《精卫石》等政论和文学作品。其中《精卫石》是一长篇章回体弹词，《中国女报》未能刊载完。《勉女权歌》则是一首歌词性质的作品，其中写道：“吾辈爱自由，勉励自由一杯酒。男女平权天赋就，岂甘居队后？愿愤然自拔，一洗从前羞耻垢。若安阼同俦，恢复江山劳素手”。鼓励妇女将争自由、争平等与革命救国结合起来。虽然仅10了2期，可在当时却是不同凡响。
贵福见秋瑾把事惹到自己身上来，吃了一惊，不敢再审问下去，马上宣布退堂。
接着，贵福用革命党中的动摇分子对质，又大刑逼供。可是秋瑾咬紧牙关，坚决不泄露革命的秘密。最后，贵福要秋瑾写口供。
秋瑾提起笔来，思绪万千。
她想起自己投身革命这几年来的活动，想起这次起义的失败’想起革命同志的牺牲。又眼望着衙门外的风雨，于是写了“秋风秋雨愁煞人”7个字。
6月初六，也即是秋瑾被捕后的第三天，浙江巡抚杀害秋瑾的命令下达了。
这天，秋瑾身穿白布衫、玄纱裤，足着皮鞋，由刽子手们押着去刑场。临刑前，秋瑾仍是态度从容、镇静，举目四望。这时她年仅31岁。
秋瑾牺牲后，她从前的好友把她的遗骨安葬在杭州西湖边，与民族英雄岳飞的墓遥遥相望。在她的墓上镶嵌着孙中山的题词“巾帼英雄”四字。安葬那天，当地一万多民众走上街头，向这位英勇不屈的鉴湖女侠最后送别。
后人有赞叹：“已拼侠骨成孤注”，赢得英震万方。
据说，出卖秋瑾的教徐锡麟之弟徐伟。徐伟在供词中将秋瑾供出，得到消息的革命同志劝秋瑾先离开绍兴，但被秋瑾拒绝。
秋瑾就义后，遗下一子一女。儿子王仲瀛长大后竟是个纨挎子弟；女儿王灿芝矢志继承母亲的侠骨英风，特改名为秋灿芝，一心为母亲报仇。1926年她入美国纽约大学航空系学习，以“中国第一女飞行家”学成回国。她有三大心愿：一、建设中国的航空事业；二、寻访清政府杀害秋瑾的历史档案；三、寻找残害母亲的元凶，当年的绍兴知府贵福。这三愿只完成了一愿。她没能够亲自驾机飞上蓝天，只能从事翻译和教育工作；杀害秋瑾的元凶贵福，早已逃匿无踪，直到抗战胜利，才得知他先避居河北僻壤，后来迁至关外，己在伪满时期病死。唯有清政府杀害秋瑾的全部历史档案，被秋灿芝在杭州找到了。她将这些档案裱成三十六幅长卷，反复仔细研究，成为她后来撰写《秋瑾革命传的》的重要依据。
在这部《秋瑾命传》中向世人报露了如下的故事：秋瑾在留学日本时，就曾创办过《白话》月刊，宣传反清革命思想。1906年回国后，她以办学为掩护，进行革命的组织活动，并于1907年1月在上海创办了《中国女报》。该报是一个月刊，内容分论说、演坛、译编、传记、小说、新闻、调查等栏，“以开通风气，提倡女学，联感情，结团体，井为他日创设中国妇人协会之基础为宗旨。”秋瑾在发刊词中写道：“世间有最凄惨、最危险之二字，曰黑暗。”然则曷一念我中国之黑暗何如，我中国前途之危险何如，我中国女界之黑暗何如，我中国女界前途之危险更何如，予念及此，予悄然悲，予怃然起！予乃奔走呼号于我同胞诸姊妹，于是而有《中国女报》之设。”她强调，《中国女报》的责任就是要“为醒狮之前驱，为文明之先导”，使我女子生机活泼，奋飞直前，“结二万万大团体于一致”，“以速进于大光明世界”。
该报的主要着眼点是唤醒广大妇女。它提倡男女平权，指斥“数千年来之同胞姊妹人人奉为金科玉律”的“三从四德”是“遗臭万年”的“邪说”，鼓励广大妇女同封建家庭制度决裂，争取自身的解放。它把妇女的前途同中国的前途紧紧地联系在一起考察，号召妇女既做女权运动的先锋，又做民族革命的斗士。要和男子并肩作战，投身到革命运动中去。秋瑾还为该报撰写的诗文，洋溢着爱国主义的热忱，闪耀着自由思想的光辉。如《勉女权歌》：吾辈爱自由，勉励自由一杯酒。男女子权天赋就。岂甘居牛后？愿奋然自拔，一洗从前羞耻垢。若安作同俦，恢复江山劳素手。旧习最堪羞，女子竟同牛马偶。曙光新放文明候，独立占头筹。愿奴隶根除，智识学问历练就。责任上肩头，国民女杰期无负。
《中国女报》创办得十分艰难，秋瑾原计划“集万金股本，租座房子，置个机器，印报编书，请撰述、编辑、执事各员，像像样样、长长久久的办一办”，还准备“另设招待员一员，如有我妇女同胞往东西洋游学，经过沪上者及就学沪上者，人地生疏，殊多不便，当为尽一切招待之义务”。但实际上只筹到数百元资金，最后靠徐自华、徐双韵姊妹捐助一千五百元，秋瑾把嫂嫂张顺家藏的珍本《又补斋画册》借去典押，报纸才勉强付印。尽管秋瑾“经营罔倦，编纂益力，并日冒风雪走求援助，栖栖不以为苦”，该报在出版了第2期以后，就被迫中辍了。1907年春，秋瑾为发动武装起义事回到绍兴。此后半年内，她一方面联络会党和军学两界，进行武装起义的准备工作，一方面还积极为《中国女报》第3期的集稿、编辑和付印的事奔忙。然而，还没等到第3期问世，秋瑾就被捕遇害了。
秋瑾，是一位千古罕见的义雄。