清朝乾隆皇帝率领大批文臣编定《四库全书》，完成中国有史以来最大的文化工程。许多古代典籍因收入此书得以保存，清朝初期最新的学米成果从中得到体现。但编纂《四库全书》在保存先人文化遗产的同时，开始了一场空前的‘‘文化浩劫”。
清代最浩大的文化工程是编纂《四库全书》。这项工作从乾隆三十七年（1772）开始，用了十五年的时间才告完成，几乎朝中略有声望或受到重视的官员均列名职员表中。
此书的编纂缘起于安徽学政朱筠的提议，他在翰林院看到明成祖下令编定的明代最大的类书《永乐大典》，奏请从中辑录古代佚书，同时搜集各省书籍，得到乾隆帝的积极支持。朱筠上疏前，乾隆已下令各省总督、巡抚、学政，收集历代典籍或本朝士林宿望的诗文集充实宫廷图书馆藏。清朝文风鼎盛，尤其江浙两省更是人文荟萃，有许多有名的藏书楼、藏书家，如宁波范氏天一阁藏书楼、湖州陆心源百宋楼等，对这些文化宝藏作一总结十分必要。乾隆中期，物阜国强，有财力完成这一文化使命。
乾隆三十七年二月，清廷下令各省搜集历代及当代著述，并批准设立四库全书馆。参加编纂工作的共有五百多人，计有正总裁官十六名，包括三位皇子，副总裁官二十五人，正副总裁官之下有总纂官、总校官、总阅官、提调官、协勘官、编纂、校勘、分校官、督催官、收掌官等等，四库馆臣中汇集了当时许多著名学者，如纪昀、陆费墀、戴震、邵晋涵、翁方纲、王念孙等人，以纪昀贡献最大，他负责《四库全书总目》和《四库简明目录》的编定工作，为完成这一使命，一辈子没有其他著述。
《四库全书》的编纂从乾隆三十八年（1773）二月开始后，四十六年（1781）十二月第一份初稿修成，到五十二二年（1787）六月，先后完成七份，历时十五年，以后校对错误缺漏，补充一批书籍入内，乾隆五十八年（1793）编纂工作全部告竣。据新中国成立以后查点文津阁本所得到的统计数字，《四库全书》共收书三千五百零三种、七万九千三百三十七卷、三万六千三百零四册，是封建社会官方修订最大的类书，卷数是《永乐大典》的三倍半。与此同时，《永乐大典》的辑佚工作也顺利完成，共抄出佚书五百余部，其中一些书籍如《东观汉书》、《囚五代史》、《建炎以来系年要录》等具有极高的文献价值。
《四库全书》共誊写七部，分藏于宫内文渊阁、圆明园文源阁、奉天文溯阁、承德文津阁、扬州文汇阁、镇江文宗阁、杭州文澜阁。此七阁按地域分为北四阁，又称内廷四阁；南三阁，又称江浙三阁。官员及读书人可抄阅。另有一部副本藏于翰林院。但由于后代屡经战火劫余，圆明园文源阁本毁于英法联军的炮火，扬州、镇江藏本毁于太平天国之战，翰林院副本毁于八国联军之役，只有承德文津阁本保存最完整。
编纂《四库全书》的同时，随着各省书籍大量聚集，各种不利于清朝统治的书籍也越来越多，尤其是明清易代之际的各类作品，或是宣传反清复明，或是保留清军入关后屠城杀虐的历史原貌。为维持统治者的形象和大一统的统治思想，一场大规模的销毁、查禁书活动也随之展开。
查办禁书始于开馆编书的第二年，各地遍贴晓谕，令藏书家交出“违碍”书籍。为了彻底干净地消灭这些书籍，从中央到地方建立了复杂的查办机构，中央分为三个部门处理：红本处，审查内阁固有书籍；办理四库全书处，查办各省采进遗书；军机处，负责审核各省督抚进呈的违碍书籍。各地则由省、府、州、县衙门内所设的收书局负责审核本地藏书和出版的书籍，凡违碍书籍均转呈布政使，布政使交由督抚酌定。初步确定应属违碍，即开列书单进呈中央，书籍同时送达。总纂官纪昀等人协同纂修官承办此事，将违碍之处用黄签逐条标明，贴于书眉，乾隆帝本人亲阅之后，在武英殿前烧毁，并将奏准销毁的书单照知各省，有私藏者一律治罪。
最初查禁书主要集中于明末清初对满洲不利的记录，似及当时一些思想家的作品，如顾炎武、黄宗羲等人的作品，以免激起汉族人的民族意识。以后查禁越来越严，范围越来越大。宋明人著作涉及辽金元少数民族史实，一概在查禁之列，投降清朝之人的文集因其人无节操在禁毁之列，最著名的如钱谦益的作品，而对节操凛然、主张坚决抗清的明人的作品也因会煽动民族情绪而入禁毁行列，如杨涟、左光斗、史可法等人的作品，一些戏剧、小说因为事关风化也不许留传后世。乾隆四十三年（1778），颁行《查办违碍书籍条款》，以后陆续有补充规定出台，到乾隆五十七年（1792）终止。一些禁毁书籍或被四库馆臣认为价值不大的书籍仅被列入“存目”，不收原文。存目均有目录提要，共有六千七百六十六部，九万三千五百五十六卷，而被送入火炉销毁、不留任何痕迹的书籍不知道有多少。最糟糕的是，四库馆臣任意删改书籍，改变文献的原始面貌，而根本不加任何标注，现收入《四库全书》的书籍的可靠性遂成疑问。
纂修《四库全书》时，四库馆臣作了相当重要的编纂目录提要的工作，在每部书籍校订完成后，放在书前，内容是记录作者籍贯，考订版本源流，辨正书籍篇帙分合，评订内容得失，最后收入《四库全书总目》，由总纂官纪昀、陆锡熊对所有提要加以综合、提炼和润色，形成统一的风格。
《四库全书总目》共二百余卷，分为经、史、子、集四大类，下分小类，每大类、小类前有小序，子目后面有案语。每一类后附存目，即四库馆臣认为价值不高或是违碍书籍，未收入四库全书之中的书籍也作提要，赖此保存不少资料。《四库全书总目》的分类、目录的纂写反映了当时中国人对学科分类的基本认识，反映了文字学、地理学、天文学等方面的成就，代表了目录学发展的最高水平。乾隆四十七年，《四库全书总目》完成初稿，以后经过增删，乾隆五十四年写定，当年由武英殿刻版。乾隆六十年，浙江地方官府翻刻武英殿刻本，在社会上广为流传，成为后人研究中国文化的入门书籍。