1929年夏天，傅鹰应聘到北京协和医学院任教，先回国了。
张锦在科学上的钻劲，不亚于傅鹰。1933年，她获得科学博士学位。一个23岁的中国姑娘，在美国获得这样的学位，难能可贵！1934年秋，张锦学成归国，执教于协和医学院。然而，此时傅鹰已离开协和，先到东北大学，后到山东大学任教。
在1935年，傅鹰和张锦结婚了。
他们的婚礼，也颇为特殊：照理，他们俩都是博士，交往甚广，摆十桌酒席也不算多。然而，他们结婚时，虽然什么酒席也不摆。当时流行到教堂去举行婚礼。他们说，我们不信教，何必去教堂。
婚后，傅鹰和张锦先后应聘到重庆大学任教。傅鹰担任了化工系系主任。
不久，张锐到重庆看望他们，对他们那么简朴的生活，大为惊讶：他们住在一间只有10来个平方米的小房间里，铺着两张单人床，床下各放着一只破皮箱。最奇怪的是，每人的床头各放着一个大竹篓。篓里有什么东西呢？满满的都是木炭！外间，只有六七个平方米，放着两张从课堂里搬来的课桌，算是他们备课、学习的场所。空间里十分凌乱，到处是书、报、杂志。
傅鹰和张锦的打扮，也使张锐感到惊奇：他们俩穿着一样的灰色“爱国布”长衫。这是因为当时提倡国货，他们买了一块国货粗布，各自做了一件。他们这样的打扮，以至有一次差点被人认为是学校的工友哩。
张锐指着床头的木炭问道：“天气又不冷，买这么多木炭干什么？”
傅鹰笑着说：“从胶体化学的角度来看，木炭具有很大的表面面积，吸附能力很强，它能吸收房间里的湿气。”
张锦马上补充道：“还能吸收臭气！”
说完，三人都哈哈大笑起来。
在重庆大学，傅鹰和张锦除了上课之外，终日闭户不出，发奋攻书，不参与当时社会名流的种种活动。尽管有人背地里说这对年轻夫妇“怪癖”，他们听到了也置之不理。“大路朝天，一人半边”，各走各的路吧。傅鹰后来回忆道：“学校里充满了派系的明争暗斗。几年中我极力避免加入这种斗争，只尽我的力量将书教好，因为那时我还有教育救国、科学救国的天真想法，而不晓得政治不上轨道的情况下，教育和科学的发展是不可能的。”
1935年，傅鹰和张锦有了自己的儿子。在重庆大学工作了4年之后，他们又应厦门大学校长萨本栋之聘，来到厦门大学（当时设在长汀）任教。1941年，傅鹰担任了厦门大学教务长和理工学院院长。
尽管傅鹰竭力想“埋头读书，不问国事”，然而，“国事”却要找到他头上。当时，厦门大学7个带“长”字的教师中，6个被拉入国民党。于是，傅鹰便成了剩下来唯一没加入国民党的“长”了。
傅鹰虽说“不问国事”，其实，他也很关心“国事”。他在回忆当时的情况时，曾说到自己的思想情况：“在那几年中，我亲眼看见过国民党军官殴打士兵，听见过壮丁深夜被打时的哭声，看到不少三青团员盛气凌人的样子，从报上得知日本人占领香港时，我国的飞机不载人而载孔祥熙女儿的洋狗，这些事都加深了我对国民党反动派的痛恨。”正因为这样，傅鹰说什么也不愿意加入国民党。
一位福建漳州的学生，给傅鹰送来了漳州盛产的水仙花。尽管傅鹰是一个无心侍弄花鸟的人，却深深爱上了这盆洁白无瑕的水仙。他把水仙放在案头，常常以此自比，说道：“做人也要像水仙那样清清白白呀！”
正当国民党要拉傅鹰入党的时候，萨本栋病了。萨本栋非常器重傅鹰渊博的学识和磊落的为人，多次找傅鹰谈话，要推荐他为继任校长。当校长，更应参加国民党，哪有不是国民党员而当校长的？有人对他说；“当校长，就要带头参加国民党。”傅鹰倔强地说：“我宁可不当校长！我就是不参加国民党！”在校务会议上，傅鹰痛快淋漓地大骂学校里那些国民党的“党棍”，好多正直的教授暗地里都为傅鹰捏一把汗。
这时，国民党CC系特务头子陈立夫特地来到厦门大学，要“召见”傅鹰，劝他加入国民党。
傅鹰借口外出招生，硬是避而不见，使陈立夫空等了几天，非常恼火。
傅鹰无法在厦门大学立足，不得不于1944年重新回到重庆大学执教。
重庆的境遇比厦门更坏。傅鹰曾回忆说：“到了重庆，耳闻目睹，没有一件可以使人痛快的事。自己想活下去，就得同流合污，心实不甘。在这种苦闷之中动了逃避现实的念头——到美国去做研究，于是和张锦分别写信给我们的导师，打听有无机会。”
巴特尔接到来信，欣喜万分，立即聘请傅鹰赴美。张锦的导师罗杰·亚当斯把她介绍给诺贝尔奖金获得者杜文纽。杜文纽聘请张锦到纽约康奈尔大学医学院生化系任教。就这样，傅鹰夫妇把儿子留在天津亲友家中，把所有的书籍、衣服卖了作为旅费，于1944年底飞往印度，然后赴美。