傅鹰回到了阔别13年的北京。他熟悉北京，他的童年时代、少年时代、青年时代是在这儿度过的。
在新中国成立后的北京，傅鹰看到了什么呢？
傅鹰这样写道：“我好像到了陌生的地方。社会秩序极好，人民警察严肃而礼貌，乞丐绝迹了，街道比以前整洁多了，物价完全稳定，真是奇迹。”
不过，傅鹰也有反感之外：“我在亲戚家寄居了不到一个星期，警察就来盘问三次，这使我很不习惯。我曾和朋友们说过这种情况，觉得没有美国自由，因为我在美国住过十几年，也没有警察盘问过我。”
后来，傅鹰明白了：“友人告诉我，在国庆之时竟然有天主教的洋人阴谋炮轰天安门，幸亏我们的警惕性高，事先就破获了。我这才知道对于来京人之盘查是必要的，我的想法是完全错误的。其实在美国并不自由，有许多地方根本不许中国人去，旅行时也常常要绕远而不能走近路。”
人民政府为傅鹰夫妇安排了工作，先后在北京大学工学院、清华大学化工系、北京石油学院任教。
傅鹰回国不久，就应邀参加赴朝访问团，这件事对傅鹰的思想影响很大：在朝鲜，他亲眼看到死于美帝炮火之下的朝鲜人民。当他看到美帝投掷的细菌弹，看到弹壳上的“US”字样时，他内心如焚。
那天夜里，傅鹰辗转反侧，不能入眠。他开始明白：“我对美国情形相当了解，对于个别美国人我的确认为是朋友，但作为是一个国家，我对美国只有痛恨。”
傅鹰从朝鲜回来后，更加发奋教学，立志一定要为祖国培养出一批“爱因斯坦式”的科学家，使祖国兴旺发达起来，不受帝国主义欺侮。他把满腔热情寄予青年一代！他知错就改，检查自己“崇美、恐美”的思想。
这里还顺便提一下一个小插曲：傅鹰为人谦逊，回国时要他填学历表，他只很简略地填了一下，没有详细介绍自己的学术成就。加上有关部门对他不够了解，对他只做一般安排。
1954年，苏联列宁格勒大学化学系主任涅伏德罗诺夫教授来中国讲学。他新来乍到，关切地向接待人员打听，有一个叫“Fu Ying”的，我只知道他是一个中国人，现在他在哪儿？是不是在中国？如果在中国，我很想拜见他！
接待人员问他，这个“Fu Ying”是干什么的？外国专家马上如数家珍似的，谈论起“Fu Ying”在科学上的功绩：“我在上大学的时候，就熟悉‘Fu Ying’这名字，读到他的许多论文。他，是著名的胶体学专家。我虽然没有见过他，但我是他的学生，一个虔诚的崇拜者！”
接待人员把这一情况向有关部门做了汇报，一查，“Fu Ying”就是“傅鹰”，此人近眼前，就在北京石油学院任教。于是，有关部门这才知道傅鹰在国际化学界崇高的声望。没多久，傅鹰被调往北京大学化学系任教。后来，张锦也被调到北京大学化学系。
傅鹰把整个身心全用到教育事业上去。然而，他并没能全部施展他的本领，开始受到种种指责：
他不同意当时苏联科学界那种“什么都是苏联人发明”的观点，在讲授物质不灭定律时，没有提俄国科学家罗蒙诺索夫的名字，就被指责为“藐视苏联，崇拜欧美”；
他认为“不专就是不红，政治必须落实在业务上”，被斥责为“白专”；
他说“讲课时教授有最高权威”，被说成是“教授治校”；
他说化学系的领导也应当拿试管，应当涉猎化学文献，被指责为鼓吹“外行不能领导内行”。
一位教师的书不出版被说成“居奇”，出版了又被说成“名利思想”，傅鹰看不下去，说了“教授像没母亲的孩子，挨打是本分”；
他说，“我的学生是搞技术工作的，技术学得不好，怎能服务得好。说得天花乱坠，分析一个样品，误差20%，还是不解决问题”。因此被批评为“毒害学生”，如此等等，不一而足。
傅鹰觉得有劲使不出。他是一个心中留不住话的人，有话就要说，有意见就要提。他针对当时高等教育中领导、教师、学生三方面存在的种种弊病，写了长文《高等学校的化学研究——一个三部曲》，发表在1955年第9期《化学通报》首要位置。
傅鹰像竹筒倒豆子似的，倾诉了自己的意见：
做研究最宝贵的是经验，因为那是有钱也买不来的。使一位有20年研究经验的教授用两个星期的工夫去做不需要多少经验就可以胜任的刷试管工作，这种浪费比基本建设中长材短用要严重得多……我们应当懂得一位经验丰富的教授的一小时是不能和一位什么科长的一小时相提并论的，虽然在其他工作中可能正相反。
领导同志们，请不要误会，认为我反对批评。批评是绝对必要的，没有批评就没有进步。
但是我们所欢迎的，所需要的是有建设性的、中肯的严正批评，而不是扣帽子。只有内行人才能提出使被批评者心服口服的批评；至于没有拿过试管，更没有涉猎过世界化学文献的人所提之批评，即使不是别有用心，也不过是扣帽子而已。天下岂有扣帽子就能解决之问题哉！亲爱的同志们，我以公民的资格请求你们听一听一个化学工作者的意见……
傅鹰历数了高等学校中存在的种种问题，并指出了不解决这些问题，其结果只是“一春梦雨常飘瓦，尽日灵风不满旗”而已！
傅鹰的文章发表后，在高等教育界引起了很大的震动。很多人觉得读之痛快，讲出了自己的心里话。
1957年4月，傅鹰在北京大学化学系的教师座谈会上，直抒胸臆，即席作了如下发言：
“党对知识分子的脾气还没有摸对。知识分子的要求就是把我们当做自己人，如此而已，不需要优待。
“知识分子是爱国的。我父亲从前在外交部做事，从小我就听他说，从康熙《尼布楚条约》到《辛丑条约》，每条都是中国吃亏。宣统三年我到上海，公园牌子上写着‘中国人与狗不许入内’。后来到美国，过国境到加拿大看瀑布，日本人可以自由来往，中国人就不行。我到物料科领药品，那里的人说：‘你们中国人学科学干什么？’
“我一生的希望就是有一天中国翻身，现在这个希望实现了，所以我拥护这个政府。共产主义我不了解，从书本本上看的来说，意识形态方面我不见得全同意。但共产党把国家弄成现在的气派，我拥护它。
“但我心里还不快，党还是把我当外人。我十分力气只使出六分，并不是不愿意使出全力，是没有机会，还没有和党做到知己。”
傅鹰以上的话，被刊登在中宣部向中央领导人反映情况的内部刊物《宣教动态》上，标题为《傅鹰对党和知识分子的关系提出尖锐的批评》。
毛泽东看了傅鹰的这篇发言记录。他在《事情正在起变化》一文中提到的“傅鹰教授那种尖锐的没有在报纸上发表的批评”，就是指《宣教动态》上登的傅鹰的发言。
在反右斗争中，有人把傅鹰的《三部曲》作为“大毒草”进行批判，有人甚至要把傅鹰划为右派。
傅鹰想不通。他想：我对高等教育中存在的问题，实事求是地提出意见，怎么能说是反党？
就在这个时候，张锦也受到了批判。有的批判，甚至是无中生有：张锦在做化学实验时，把试管编成号码，记录本上按号码记录，这本是做化学实验的普通常识，竟被说成是“技术垄断”！
甚至还有人把傅鹰与张锦相提并论，说他们夫妇反党“无独有偶”、“夫唱妇随”！
正当傅鹰夫妇苦闷、彷徨的时刻，1957年5月的一天，他们突然接到通知，北京市委第一书记彭真同志请他们夫妇俩到家里做客，并设便宴招待。彭真同志亲切地告诉傅鹰夫妇：受毛主席的委托，找你们谈谈。你的《三部曲》，我们印了许多份，周总理亲自看了，毛主席也亲自看了。你的批评是尖锐的，但看得出是善意的，是希望改善相互关系的。善意、恶意，不是猜想的，是可以看得出来的。
傅鹰那颗被冷水浇过的心，顿时又火热火热起来。
不久，正式传达了毛主席写的《事情正在起变化》一文，谈到了傅鹰——也就是本文提到的那段话。
由于毛主席、周总理的关心，傅鹰襟怀坦白、光明磊落、表里一致、敢说真话精神，受到了赞扬。
遗憾的是，在此后的历次运动中，傅鹰仍旧不断挨整，甚至首当其冲，在“拔白旗”运动中，傅鹰成了北大的“白旗”。《北大校刊》以《白旗晃动，贻害无穷》为题，发表文章批判傅鹰。在反右倾、鼓干劲的运动中，傅鹰又成了“右倾势力的代表”……傅鹰是从来不隐瞒自己的观点的，尽管经历一次又一次的批判，他自己也感到：“在写《三部曲》时，我还有说老实话的勇气，尽管那老实话可能是错的，说出来会犯错误，受批评，我还是说了。后来我没有这股勇气了。”然而，他那清白的心中是放不住要说的话，虽然他的话渐渐少了，在关键的时刻他还是那样说出了该说的老实话！
傅鹰，是党的一个善意的朋友，一个心地纯正的诤友。