为了保护南极的环境，南极条约协商国做了大量的工作，并取得了很大的成绩。从1961年开始，南极条约协商国历次会议的中心议题之一就是对南极自然环境的保护。在第一届协商会议上，首次集中力量制定出了保护南极动植物的具体措施，并提出了有关这一问题的临时准则。而在1964年的第三届协商会议上，则核准了《保护南极动植物区系的议定措施》。这个文件对于保护南极的生态环境具有很重要的意义。在第六届协商会议上，协商国共同制定出了保护南极环境的一般政策，并将保护南极环境的工作作为共同关切的事务加以具体化和制度化。1975年的第八届协商会议上核准了《南极探险和工作站活动的行为准则》，并针对南极旅游日益增多的问题，提出了一些具体的限制措施。在这次会议上，协商围再次强调了各自对保护南极环境所负有的责任。在第几届协商会议上，协商国又制定了一些环境原则，包括保证不从事具有改变南极环境固有趋势的活动等内容。而在第十届协商会议上，集中审议了与保护南极环境有关的三个方面的问题，即石油对南极海洋环境的污染问题，游客和非政府性的探险对南极所产生的影响问题以及由于矿产资源体制的会议所引起的生态问题。由此可见，南极条约协商国是在一直注意和强调南极环境的重要性和南极环境的保护问题的。
但是，南极条约协商国也受到一些人士的批评。这些人认为南极条约协商国所制定的许多措施都没有什么约束力，而且，正是南极条约系统的国家在南极所从事的活动已经给南极洲的环境带来了一定的影响和破坏。虽然这些批评也有一定的道理，不过，也正是因为南极条约系统国家在南极所从事的活动，人们才了解了南极对人类的重要意义。
总而言之，南极由于独一无二的自然环境，对人类具有双重的含义：①这是地球上唯一一片尚属圣洁的大陆，它不仅为人类保存了一块处于原始状态的土地，而且也为人类记录下了地球的演化和气候的变迁等诸多极其重要的信息。②如果南极的自然环境遭到破坏，那么，人类不仅将不可挽回地永远失去这个科学研究的圣地，而且，更加严重的是，由此所引起的后果将是不堪设想的，很可能会使人类遭到灭顶之灾。
正因为如此，所以南极的环境必须保护。但是，应该指出的是，保护的目的只能是为了更好地研究南极和了解南极，更好地利用南极来为人类造福。