早在八十多年前，教育家陶行知就说过：“做一个学校的校长，谈何容易！说得小些，他关系到千百人的学业前途；说得大些，他关系到国家与学术之兴衰。这种事业之责任，不值得一个整个的人去担负吗？”有见于此，蔡元培为北大掌舵，梅贻琦为清华操盘，同为不二人选，乃属中华民族之大幸。
清华大学有一句成语：“教授是神仙，学生是老虎，办事人是狗。”这就透露出一个信息，在清华做校长不可能神气，倒有可能受气，日子不会太好过。
1931年10月10日，梅贻琦临危受命，出任清华大学校长。此前，罗家伦在清华园厉行改革，大刀阔斧，内外受困，不得已辞职走人。嗣后，阎锡山派出乔万选任校长，尴尬人遇尴尬事，他被清华师生拒斥于校墙之外，不得其门而入。继任者吴南轩深得蒋介石的信任，“党国”是他的口头禅，独断专行是他的拿手戏，结果激怒清华师生，未能久安其位。清华乱象百出，代校长翁文灏也请求辞职，校政处于真空状态。这种非常局面令教育部十分头疼。当时，梅贻琦任清华学生留美监督处监督，人在美国，南京国民政府教育部长李书华拟举荐他出任清华大学校长，致电相询，他婉拒不成，然后表示同意。
1931年12月4日，梅贻琦到校视事。12月8日，他宣誓就职，就职演说字字朴实，句句坦诚，嵌入清华师生的心坎：“本人能够回到清华，当然是极其愉快的事。可是想到责任之重大，诚恐不能胜任，所以一再请辞，无奈政府不能邀准，而且本人又与清华有十余年的关系，又享受到清华留学的利益，则为清华服务乃是应尽的义务，所以只得勉力去作，但求能够尽自己的心力，为清华谋相当的发展，将来可告无罪于清华足矣。”归纳起来，梅贻琦的“施政方针”有以下四条：（一）办大学的目的一是研究学术，二是造就人才；（二）“在学术上向高深的方面去做”；（三）要培养和爱护人才，严格避免人才的浪费；（四）要尽全力充实师资队伍，广泛延聘第一流学者来校执教。梅贻琦接手的是一个疮痍未复的烂摊子，他完善旧规，补充新血，只用一年多时间就使清华大学百废俱兴，焕发出勃勃生机。
清华学生闹学潮是拿手好戏，品评教授是家常便饭，驱逐校长是保留剧目，很难有哪位校长能够久安其位。梅贻琦却创造了一个奇迹，在大陆当了十七年清华校长，受到师生的一致拥戴，地位稳如磐石，他究竟有何秘诀？梅贻琦给出的答案颇为诙谐：“大家倒这个，倒那个，就没有人愿意倒梅（霉）！”
梅贻琦不倒，并非玩弄权术的结果，他以德服人，建设坚实的民主制度才是关键。他对教授治校的原则一直奉行不悖，实行“四权分制”，主动削弱自己的权力，教授会、评议会、校务会和校长各司其职，谁也不能取代谁，谁也不能僭越谁。清华大学教授会由校内全体教授、副教授组成，是清华最高权力机构，表决权涵盖以下几个方面：审议改进教学和研究事业以及学风的方案；学生成绩的审核与学位的授予；从教授中推荐各学院院长及教务长。教授会由校长召集和主持，但教授会成员也可以自行建议集会。清华大学评议会是学校的立法、决策和审议机构，由校长、教务长、秘书长和各学院院长以及教授会推选的评议员组成，相当于教授会的常务机构。评议会的职权包括“议决各学系之设立、废止及变更；审定预算决算，议决教授、讲师与行政部各主任之任免……”在清华大学，根本不存在外行领导内行的事情，教授会和评议会不仅分了权，也分了责，分了谤，就算有矛盾，有争端，也会有缓冲的余地，能够合情合理的解决。校务会则由校长、教务长、秘书长和四位学院院长组成，相当于评议会的常务机构，处理清华的日常事务。朱自清在《清华的民主作风》一文中不无自豪地写道：“在清华服务的同仁，感觉着一种自由的氛围，每人都有权利有机会对学校的事情说话，这是并不易的。”
以法治代替人治，民主至尊，无人可耍霸王脾气。校务分层负责，法度严明，梅贻琦只须念好“吾从众”的三字经，即可无为而治。1940年9月，梅贻琦与清华结缘达三十一周年，为清华服务满二十五周年，在昆明的清华师生为他举行公祝会，异域母校美国吴士脱工学院锦上添花，授予他名誉工程博士头衔。潘光旦的评价颇具代表性：“姑舍三十一年或二十五年的德业不论，此种关系所表示的一种真积力久的精神已自足惊人。”梅贻琦在公祝会上致答谢辞，他将自己比做京戏里的“王帽”角色，这个定位相当有趣，也可见其骨子里的谦虚：“他每出场总是王冠齐整，仪仗森严，文官武将，前呼后拥，像煞有介事。其实会看戏的人，绝不注意这正中端坐的王帽，因为好戏并不要他唱。他因为运气好，搭在一个好班子里，那么人家对这台戏叫好时，他亦觉得‘与有荣焉’而已。”
乱世的显著特性就是政治风云变幻莫测，梅贻琦做清华大学的“王帽”（实则是定海神针）并不容易，他不可能回避那些找上门来的大麻烦（它们才真是左右逢源的）。跟蔡元培一样，梅贻琦在学术上兼容并包，在政治上温和中立。1945年11月5日，梅贻琦在潘光旦家与闻一多、闻家驷、吴晗、曾昭抡、傅斯年和杨振声等几位教授谈至深夜，回家后他在日记中写下心声：“余对政治无深研究，于共产主义亦无大认识，但颇怀疑。对于校局，则以为应追随蔡孑民先生兼容并包之态度，以克尽学术自由之使命。昔日之所谓新旧，今日之所谓左右，其在学校均应予以自由探讨之机会。此昔日北大之为北大，而将来清华之为清华，正应于此注意也。”他有这样的定见，公开提出“学术界可以有‘不合时宜’的理论及‘不切实用’的研究”的观点，就并不奇怪了。尽管梅贻琦在政治上严守中立，但他悉心保护教员中的左派激进分子，例如张奚若、闻一多和吴晗。张奚若和闻一多都是肝火炽盛的左倾知识分子，他们首开谩骂之端，专与领袖和当局为难，尽管梅贻琦对张、闻二人的过激言论不尽赞同，仍然顶住外界施加的精神压力和政治压力，曲意保全清华教授，甚至在蒋介石面前以战时学者生活疾苦为词，作缓颊之计。1948年8月，梅贻琦得知一份政治黑名单上有清华教授的名字，就连夜找到吴晗，对后者说：“你要当心，千万别进城，一进去被他们逮住，就没有救了，在学校里，多少还有个照应。”
学校一般都强调德育、智育、体育全面发展，蔡元培加上美育，梅贻琦在四育之后再加上群育，达到五育齐全。群体意识的培养可以使人更好地融入社会，克服交往的障碍，使群中有己，己中有群。梅贻琦说：“文明人类之生活，不外两大方面：曰‘己’，曰‘群’。而教育的最大目的，不外使‘群’中之‘己’与众己所构成之‘群’各得其安所遂生之道，且进以相位相育，相方相苞，此则地无中外，时无古今，无往而不可通也。”这段话的意思是：“文明人的生活，无非是两个方面：一是叫做‘自己’，二是叫做‘群体’。而教育的最大目的，无非使‘群体’中的‘自己’与多个‘自己’所构成的‘群体’各自得到安身立命的途径，而且进一步做到互相安置互相培育，互相匹敌互相包容，这样一来，地域不分中国外国，时间不分古代当代，所到之处都能通达。”
梅贻琦的这番话恰当地阐释了他的“稳字诀”。他寡言，但并非寡人。事实上，没有哪个刚愎自用的孤家寡人能够使群众心悦诚服，得到大家持久的拥戴和尊敬，即使手中掌握强大的军队也不行。谁若在群体中以鹤立鸡群的高姿态突显自己，势必会招致强烈的反感和敌意，一只鹤唯有在一群鹤中表现出领导才能，方可确立权威，稳居其位。清华大学有那么多天才学者和行政高手，他们对梅贻琦长期表示由衷的好感和敬意，这太难得了。这说明，梅贻琦的“相位相育，相方相苞”“舍己从人，因公忘私”的群己观在实践中非常成功。
抗战期间，稳定人心当属第一要务，让大家吃饱肚子是为政者的基本职责。梅贻琦主管西南联大的校务，他肩上的担子特别沉重。据郑天挺《梅贻琦与西南联大》一文回忆，梅校长做事既稳靠又无私：“抗战期间，物价上涨，供应短缺，联大同人生活极为清苦。梅校长在常委会建议一定要保证全校师生不断粮，按月每户需有一石六斗米的实物，租车派人到邻近各县购运，这工作是艰苦的、危险的。幸而不久得到在行政部门工作的三校校友的支援，一直维持到抗战胜利。这又是一桩大协作。三校之中，清华的条件最好，在联大物质条件极端贫匮的时候，清华大学成立清华服务社，利用工学院暂时闲置的设备从事生产，用其盈余补助清华同人生活。这事本与外校无关。梅校长顾念北大、南开同人皆在困境，年终送给大家相当于一个月工资的馈赠，从而看出梅校长的公正无私。”联大八年，梅贻琦不仅收获了清华师生的敬意，也收获了北大和南开师生的敬意，因为他处事公平，待人至诚。
子曰：“刚毅木讷近乎仁。”仁者有德，德不孤，必有邻。梅贻琦被人誉为“寡言君子”，望之岸然，即之也温，待人和蔼之极。开会议事时，大家议论纷纷，莫衷一是，梅贻琦总是耐心地倾听，最后他提出意見，众人莫不折服。博采众议，无为而治，择善固执，不随俗转移，梅贻琦尊重别人的意见，自己也很有主见。校务丛脞[cóngcuǒ，杂乱]，如遇难题，他喜欢先询问身边的同事：“你看怎样办好？”对方回答后，如果切实可行，他立刻欣然首肯：“我看就这样办吧！”如果不甚妥当，他就说“我们再考虑考虑”，从无疾言厉色，更不会当众失礼失态。
常言道：“酒能乱性。”若非极稳重的人，醉后多半会出洋相，失语者有之，耍疯者有之，骂座者有之，泄密者有之。“一锭金，见人心；一缸酒，见人肚”，这句谚语不是没有道理的。还有一句西谚如是说：“酒神面前无圣人。”这句话强调的同样是“酒能乱性”，英雄难过美人关，圣人也难过美酒关。梅贻琦嗜酒，而且恪守酒德，许多朋友抬举他为“酒圣”，这并不是一顶纸糊的高帽子。叶公超说：“梅先生欢喜喝酒，酒量也很好，和熟人一起喝酒的時候，他的话比较多，且爱说笑话——可是比欢喜说话的人来仍然是寡言的。他的酒品非常值得怀念：他也喜欢闹酒，但对自己可绝不吝啬，他那种很轻易流露的豪气，使他成这一个极理想的酒友。”考古学家李济的回忆更是言之凿凿：“我看见他喝醉过，但我没看见他闹过酒。这一点在我所见过的当代人中，只有梅月涵先生与蔡孑民先生才有这种‘不及乱’的记录。”蔡元培与梅贻琦都是海量，具备海量的君子总是对敬酒的人来者不拒，醉酒的几率反而更大。
有一篇纪念梅贻琦的文章，标题叫《清华和酒》，对梅贻琦的酒量和表现有细致的描述：“在清华全校师生员工中，梅先生的酒量可称第一……大家都知道梅先生最使人敬爱的时候，是吃酒的时候，他从来没有拒绝过任何敬酒人的好意，他干杯时那种似苦又似喜的面上表情，看到过的人，终身不会忘记。”
1947年4月，清华复校后举行首次校庆活动，在体育馆大摆宴席，由教员职工先行发动，逐级向校长敬酒。梅贻琦一一笑领，老老实实地干杯，足足喝了四十多盅，真有一醉方休的劲头，整场宴席下来，他的表现毫无失礼失态之处。
酒能害事，酒能坏事，酒能败事，但梅贻琦稳如泰山，溪涧泉瀑适足为景，不足为患。这样的涵养功夫令人钦佩。