嘉靖皇帝长期不理正事，政治混乱自然是不可避免，但军事上外敌入侵却也是接踵而至。不过幸好，当时还有戚继光。
嘉靖三十四年（1555年），江浙倭患极为严重，朝廷升戚继光为参将，由山东调往浙江，镇守宁波、绍兴、台州三府，抵御倭寇的侵略。
来到浙江后，戚继光马上检阅当地军队，发现军队中恶习泛滥根本无法打仗。于是他出榜招兵，另建一支新军。不久，一支由义乌的农民和矿工组成的3000人的军队组建起来，戚继光对这支军队进行了严格训练，很快就使这支新军成为日后让倭寇闻风丧胆的“戚家军”。
戚继光又根据江南地区地形多沼泽，道路弯曲，兵力不易展开以及倭寇善于设伏、短兵相接等特点，创造了中国古代军事史上著名的“鸳鸯阵”。
戚继光创造独特的“鸳鸯阵”，充分发挥了集体互助、长短兵器结合的力量，机动灵活打击了倭寇；建立了车、骑、步相配的联合兵种，可与敌人进行大规模决战；集中优势兵力进攻敌人防御重点，迅速瓦解歼灭敌人；伏兵奇袭，出其不意，攻其不备。这些都体现了戚继光军事思想的现代性，是戚家军百战百胜的重要原因。戚继光根据实际经验撰成的《纪效新书》和《练兵实纪》，受到后世的高度重视。一个鸳鸯阵由11名士兵组成，在这11个人中，有一个人是队长，他站在队伍的前列中央，其余10个人分成两列纵队，站在他的背后。虽说只有10个人，他们却持有四种不同的武器，并组成了五道互相配合的攻击线，在队长身后，是两名持有标枪的盾牌兵，他们用盾牌掩护自己和后面的战友，并首先投掷标枪发动进攻。掩护盾牌兵的，是站在他们后面的狼筅兵，所谓狼筅，是一种特制的兵器，形状十分怪异，以长铁棍为主干，上面扎满铁枝和倒刺，往前一挺，跟铁丝网一样，任谁也过不来。狼筅兵的后面，是4名长矛兵，他们是队伍的攻击主力，看见敌人，就使用长矛前刺，队列的最后，是2名短刀手，防止对手迂回，从侧翼保护长枪手。这个阵型毫无弱点，11个人互相配合，互相掩护，构成一个完美的杀阵。而且此阵型还可以变换为两种模式，一种是五行阵（即队长身后的两列纵队各自分开，以五人为单位进行布阵，狼筅兵迈步向前，与盾牌并列，形成第一道防线，两名长枪手跟随其后，短刀手殿后。此阵型多用于狭窄地区的巷战），另一种是三才阵（即狼筅兵迅速上前，超越所有同伴，站在队伍的最前面，两名长枪手紧跟在他的身后，盾牌手和短刀手分别站在长枪手的侧方，保护他们的侧翼。阵型在狼筅兵的带领下，开始发动进攻）。
嘉靖四十年（1561年）五月，倭寇1万余人大举侵入浙东沿海的台州府属的圻头、桃渚以及温州沿海地区，并兵分两路，妄图侵占台州、宁海。戚继光闻讯后，即以一部分兵力守卫台州，亲自率主力前往宁海迎敌。戚家军以迅雷不及掩耳之势到达宁海，切断了正在桃渚烧杀抢掠的倭寇的去路，迫使敌人在龙山地区进行决战。当戚继光下令攻击时，士兵个个同仇敌忾，怀着满腔怒火冲向敌阵，曾经不可一世的倭寇在戚家军攻势下一触即溃，残敌败退到雁门岭。
雁门岭位于温州西面，地势险要，倭寇五年前在此击败过明军。苟延残喘的倭寇仍企图凭借险要地形，顽抗到底，妄想重温五年前的美梦。戚家军乘胜进攻，经过一番激烈战斗，将雁门岭上的倭寇残余全部剿灭。但在此时，另一支敌军却趁戚继光进攻雁门岭之际，进攻台州。台州兵力不多，且城墙不固，处境甚为紧急。戚继光闻报后，即刻回师救援。戚继光一到台州城下，运用先以火器进攻，接着以大队人马进击的战术攻入敌阵，并身先士卒，亲临火线鼓舞士气。在戚继光的激励下，士兵更加奋勇当先，义无反顾地杀入敌阵。狡诈的倭寇招架不住，便故意将抢夺的金银财宝扔到地上，引诱戚军拣拾，然后回师反扑。然而倭寇的如意算盘打错了，戚家军纪律严明，人人都对倭寇犯下的罪行怀着刻骨仇恨，区区宝物又岂能动摇抗敌决心。戚军愈战愈勇，奋勇杀敌，很快就歼灭了这股倭寇。此战，斩首308个，生擒巨魁2人，其余倭寇淹死江中。戚军伤亡极少，仅3名官兵阵亡。值得一提的是，当戚军出击时，伙军开始做饭。全军凯旋时，饭才刚熟，这足见戚继光行动之迅速。
戚继光消灭这股倭寇后不久，又有一股倭寇向台州袭来。戚继光立即集合军队，向倭寇的驻地圻头进发。倭寇见戚家军至，便龟缩在营垒里坚守不出，恰在此时又逢大雨，戚继光只好在倭垒附近驻扎下来。双方相持三天后，倭寇得知台州有备，放弃了原定计划，将进攻目标转向处州。戚继光敏锐洞察到敌军意图，派出一支军队在倭寇的必经之地，仙居的上峰岭设伏，另派一支军队尾随敌军。为避免伏兵暴露，戚继光令士兵用松枝遮蔽身体。倭寇来到上峰岭，见四处尽是苍松翠柏，打消了被伏击的疑虑，便大摇大摆地进入上峰岭。当倭寇路程过半时，一声如惊雷般的炮响划破山谷的寂静，数千戚家军将士有如神兵天降，向倭寇杀来。戚家军的喊杀声和倭寇的哀嚎声交织在一起在山谷中久久回荡。在戚家军的冲杀下，倭寇伤亡惨重，惊慌失措的残余势力逃到附近村子的百姓家寻求躲避。百姓早对倭寇的暴行恨之入骨，倭寇逃入村中时，百姓像对待过街老鼠，群起而攻，将这些倭寇全部消灭。
嘉靖四十一年（1562年）七月，戚继光被任命为上将军，率领6000军队到福建平定倭患。当时，倭寇在福建的活动十分猖獗，倭寇在宁德的横屿、福清的牛田、兴化的林墩修筑大量倭垒，以此为基地大肆在福建沿海各地进行烧杀掳掠。八月，戚继光到达福建，仔细观察战场形势，决定集中兵力，首先拔除倭寇在横屿的基地。
横屿位于宁德县城东北十里，漳湾之东的海中，与大陆一衣带水，离岸约十里，和大陆中间隔着一片浅滩。涨潮时一片汪洋，退潮全是泥滩，人和舟船难以通过。倭寇在岛上约千余人，并筑木城建基地，和牛田、林墩互为支援，妄图长期据守。要收复横屿，必须解决漳湾上的倭寇党羽，方可进兵。戚继光对倭寇党羽晓以大义，并保证对他们过去的罪行既往不咎，最终使其全体投诚。八月九日早晨，戚继光利用退潮之机，让士兵用稻草铺路，一鼓作气，登上岸去。继而三面包抄，前后夹攻，焚烧岛上木城，在戚家军凌厉攻势下，倭寇负隅顽抗。经过六小时的鏖战，岛上倭寇全部肃清，此战，生擒90余人，斩首2600余人，救出被掳百姓3700余人，收复了被倭寇据守三年的横屿。
此时分布在福建沿海各地的倭寇数万人，听说戚家军到来，全都到牛田集中，分别在杞店、西林、上薛、木岭、葛塘、闻读等地据守，筑成一道延绵三十里的营垒。九月一日夜，戚继光率领所部，轻装衔枚，悄悄地向杞店急驰。到了倭巢，越墙而入，打开倭巢大门，大军一拥而入，倭寇从梦中惊醒，在懵懵转向之中，命丧黄泉。战斗一结束，戚继光又马不停蹄赶往银屏山设伏，将前来救援的700倭寇全部消灭。之后，戚继光乘胜追击，连破牛田、上薛、闻读等巢，一路追到新塘，共计斩首680人，收降数千，解救被掳男女954人。盘据在西林、木岭的倭寇见牛田已破，慌忙向惠安、晋江一带逃遁。
九月十二日，戚家军从福清出发向兴化进攻，沿途歼灭倭寇千余，并于十三日黄昏收复兴化。十四日夜，大军乘着皎洁的月光风驰电掣般向倭寇据守的林墩前进，在黎明之前到达林墩后，遂发起进攻。当一轮红日从地平线升起时，倭寇才发现戚军到来，仓皇应战。经过几个小时的激烈战斗，2000余倭寇在戚家军猛烈攻击下灰飞烟灭。此后，戚继光又在福清打退了倭寇的反扑。至此，福建的倭患暂时得到了缓解，戚继光遂班师回浙。
戚继光回浙不久，倭寇又卷土重来，这年冬，倭寇再度侵占兴化。朝廷急忙任命抗倭名将俞大猷为福建总兵，同时急调戚继光再次入闽。倭寇获悉戚家军前来，便于次年一月，匆匆从兴化撤出，退守兴化东南的平海卫。
嘉靖四十二年（1563年）四月二十日，戚继光率军抵达福建渚林，与俞大猷和广东总兵刘显所部会合。二十一日夜，在福建巡抚谭纶的指挥下，戚继光为中军，刘显、俞大猷为左、右的三路大军以排山倒海之势向平海卫进攻。戚家军率先登城遭遇2000倭兵的阻击，戚继光令部队以火器反击，倭寇损失惨重，残兵退守平海卫附近的许家村。戚继光乘胜追击，俞、刘二部紧随奋进，在许家村乘风放火，许家村顿时火光冲天，倭垒化为焦土，倭寇死伤不计其数。次日又追剿倭寇170余人，解救百姓3000人，取得了平海卫大捷。接着，戚继光又连续作战，将马鼻、小石岭等地的倭寇全部剿灭，从而结束了福建莆田地区长达九年的倭患。
这年十月，戚继光升任总兵，领闽浙粤三省军务。此时，不甘心失败的倭寇又集结27000人，战船68艘，气势汹汹地向福建沿海杀来。戚继光带兵出击，取得水战六捷、陆战六捷歼敌3000的胜利，使倭寇遭到沉重打击。十一月七日，倭寇从东沙登陆，进攻仙游县城，建立东南西三座倭垒，将仙游围住。十二月二十五日，戚继光兵分五路，当天就攻克三座倭垒，擒斩倭寇千余人，解除了仙游之围。万余残寇流窜到惠安、晋江、同安等地。嘉靖四十三年（1564年）二月，戚继光先后在王仑坪、蔡丕屹两次战斗中给倭寇的残部以毁灭性打击，肃清了倭寇在福建的势力。接着，戚继光又挥军广东，将与倭寇勾结的山寇吴平的势力铲除，结束了广东倭患。
隆庆二年（1568年），戚继光以都督同知总理蓟州（今天津蓟县）、昌平、保定三镇练兵事务，后又为总兵官，兼镇守蓟州、永平、山海诸处，并督帅十二路军戎事。因屡立战功，万历二年（1574年）升左都督，七年加太子太保，录功加少保，为当国大臣高拱、张居正等倚重。戚继光在蓟州16年。加固长城，筑建炖台，整顿屯田，训练军队，制订车、步、骑配合作战的战术，形成墙、台、堑密切联络的防御体系，多次击退侵扰之敌，军威大振，蓟门平静。时人誉为“足称振古之名将，无愧万里之长城”。
明朝抗倭名将——北戚南俞
元末起至明嘉靖年间，东南沿海地区倭寇活动十分猖撅。倭寇源自日本南朝。十四纪末叶，日本北朝的足利氏征服了南朝，统一了日本。南朝一批失败后的武士流亡海岛。他们勾结一批商人和破产农民，流窜到中国沿海，名义上是做生意，实则走私和掳掠，无恶不作。至明中后期，倭祸严重，江浙首当其冲，受害最烈。倭寇与东南大陆当地不法分子相勾结，严重威胁人民生命财产安全。为消灭倭寇，明朝从嘉靖二十六年（1547年），开始委派官吏，加强海防，展开抗倭斗争。
明朝抗倭名将素有南北二将之称，就是北戚南俞，又称俞龙戚虎。戚就是戚继光，俞则是俞大猷。
俞大猷（1504～1580年）汉族，字志辅，又字逊尧，号虚江，福建泉州北郊濠市（今洛江区河市镇）濠格头村人，是明代著名抗倭名将、儒将、武术家、诗人、兵器发明家，然而，他最主要的功绩是领导抗倭战争。
嘉靖十四年（1535年），俞大猷参加全国武举会试，写了一篇名为《安国全军之道》的策论，深受兵部尚书毛伯温的赏识，获第五名武进士，由承袭百户世职，升署正千户，守御金门所，放粮救济饥民，被称为“俞佛”。
金门因是海岛，向来民风“剽悍嚣张”、难以治理。俞大猷主张文明建设海疆，他到金门后，微服走访乡老，并到泉州聘请名师办好书塾，“导以孝让，申以诗书”。百姓发生诉讼，他都倾心听取，让各方心平气和，讲明事实，然后教诲他们明白是非曲直。俞大猷在金门任职五年，百姓再没有官府诉讼，官府也不曾随意缉拿一人。
俞大猷历任明代三朝，一生坎坷。戎马生涯四十七年，“时而受重用，名声显赫；时而受贬责，沦为囚徒”，四为参将，六为总兵，累官都督。本邑好友潘湖黄光升（明兵部侍郎后任户刑二部尚书）密授俞大猷方略，率部转战于苏、浙、闽、粤之间，身经百战，战功显赫，“俞家军”威名赫赫。
《明史·戚继光传》把戚继光与俞大猷比较，说戚继光“操行不如而果毅过之。”