崇祯十年（1637年），杨嗣昌会兵10万，增饷280万两，提出“四正六隅，十面张网”策略，限制起义军的流动性，各个击破，最后歼灭。此举在两年内颇见成效。张献忠兵败降明，李自成在渭南潼关南原遭遇洪承畴、孙传庭的埋伏被击溃，带着刘宗敏等残部17人躲到陕西东南的商洛山中。崇祯十一年（1638年）八月，清兵从青口山（今河北迂安东北）、墙子岭（今北京密云东北）两路毁墙入关，发动了第四次入关作战。杨嗣昌为贯彻其“安内方可攘外”的战略，力主与清议和，但遭到宣大总督、勤王兵总指挥卢象升的激烈反对。崇祯和战不定，急调洪承畴等人东去勤王，李自成竟大难不死。
俗话说得好，大难不死，必有后福。李自成带着17个兄弟在商洛山中招募附近的灾民，慢慢积攒自己的实力，等待东山再起的机会。
崇祯十二年（1639年），张献忠在谷城（位于湖北襄樊）重新起义，李自成从商洛山中率数千人马杀出。崇祯十三年（1640年），李自成趁明军主力在四川追剿张献忠之际入河南，收留饥民，郑廉在《豫变纪略》载李自成大赈饥民的盛况：“向之朽贯红粟，贼乃藉之，以出示开仓而赈饥民。远近饥民荷锄而往，应之者如流水，日夜不绝，一呼百万，而其势燎原不可扑”。自此李自成军队发展到数万，提出“均田免赋”口号，即民歌之“迎闯王，不纳粮。”崇祯十四年正月二十日（1641年1月）李自成攻克洛阳，杀万历皇帝的儿子福王朱常洵，从后园弄出几头鹿，与福王的肉一起共煮，名为“福禄宴”，与将士们共享，称“奉天倡义文武大元帅”。之后在一年半之内三围省城开封未果，最后一次为崇祯十五年（1642年）黄河决堤冲毁开封，先后杀死陕西总督傅宗龙、汪乔年。10李自成他在河南郏县败明陕西巡抚孙传庭。与此同时明朝对清朝战事不利，3月，洪承畴降清。11月，清军第五次入塞，深入山东，掠走36万人。
崇祯十六年（1643年）一月李自成在襄阳称“新顺王”。三月，杀与之合军的农民领袖罗汝才。四月，杀叛将袁时中。五月，张献忠克武昌建立“大西”政权。十月，李自成攻破潼关，杀死督师孙传庭，占领陕西全省。崇祯十七年（1644年）一月李自成在西安称帝，以李继迁为太祖，建国号“大顺”。
农民起义军发展到现在，真正拥有了倾覆天下的实力。虽然他们内部还有诸多派系，但以一个整体来说，已经足以和大明、大清三足而立。
崇祯十七年（1644年）一月李自成东征北京，突破宁武关，杀守关总兵周遇吉，攻克太原、大同、宣府等地，明朝官吏姜瑞、王承胤纷纷来降，又连下居庸关、昌平，三月十七日半夜，守城太监曹化淳率先打开外城西侧的广甯门，农民军由此进入今复兴门南郊一带。
十八日晚，朱由检与贴身太监王承恩登上煤山（也称万寿山，今北京市景山），远望着城外和彰义门一带的连天烽火，只是哀声长叹，徘徊无语。回宫后写下诏书，命成国公朱纯臣统领诸军和辅助太子朱慈火良。又命周皇后、袁贵妃和3个儿子入宫，简单叮嘱了儿子们几句，命太监将他们分别送往外戚家避藏。他又哭着对周皇后说：“你是国母，理应殉国。”周皇后也哭着说：“妾跟从你十八年，陛下没有听过妾一句话，以致有今日。现在陛下命妾死，妾怎么敢不死？”说完解带自缢而亡。朱由检转身对袁贵妃说：“你也随皇后去吧！”袁贵妃哭着拜别，也自缢。朱由检又召来15岁的长公主，流着泪说：“你为什么要降生到帝王家来啊！”说完左袖遮脸，右手拔出刀来砍中了她的左臂，接着又砍伤她的右肩，她昏死了过去。朱由检又砍死了妃嫔数人，并命令左右去催张皇后自尽。张皇后隔帘对朱由检拜了几拜，自缢身亡。十九日凌晨，李自成起义军从彰义门杀入北京城。朱由检咬破手指写了一道给李自成的血书，说自己所以有今天，都是被臣下所误，现在死了也无脸到地下见列祖列宗，只有取下皇冠，披发遮面，任你们分割尸身，只是不要去伤害百姓。他将血书藏入衣襟，登上煤山，自缢于寿皇亭。王承恩也在对面树上吊死殉国。
崇祯帝
历史对崇祯帝的评价褒贬不一，但是作为是中国历史上最为勤勉，同时也是最具悲剧色彩的皇帝，崇祯皇帝绝不能以“昏君”一词概括之。“无力回天”这四个字，概括了崇祯的一生。
崇祯初执政时采取了一系列的举措，雷厉风行地清除了魏忠贤和客氏的势力，巩固了自己的政权地位，阉党之祸逐渐澄清，使得朝野上下精神为之一振。两天后，宫里一个小宦官在煤山脚下发现了崇祯的“御马”。农民军士兵追踪寻迹，终于在山上一棵歪脖树上发现了自缢而死的大明皇帝。在这位三十六岁皇帝的白绫衣袖上，农民军士兵发现有数行潦草凌乱的字体，显然是崇祯皇帝上吊前仓猝所书。一行是：“朕失江山，无面目见祖宗，不敢终于正寝”；另一行是：“百官俱赴东宫（太子）行在。”
王承恩陪皇帝同死，其余的大小宦者皆希冀富贵，导引李自成等人入宫，并以极高效率为宫内嫔妃按相貌为标准分出三等，详写姓名于一册，呈予李自成、刘宗敏，以供其淫乐。
献门的大太监曹化淳文化高，为博“新帝”一笑，他口诵谀文：“万姓归心，独夫授首，比尧舜而多武功，迈汤武而无惭德。”
李自成并不买账，对这些公公们叱责道：“汝曹背主献城，罪应当斩！”公公们跪倒一片，好多人当时就屁滚尿流。
太监杜之秩（在居庸关投降）还算脑子快，乞哀道：“奴才们承天顺命，故来孝顺。”李自成当时心情好，没下令杀他们，叱令他们立即滚出城去。于是，数千中小宦官，狼狈出逃。农民军的孩子兵争相上去拳打脚踢以为戏乐，群呼“打老公”。昔日的大太监们没那么好运，不少人在随后的“追赃”中基本都被折磨死，算是报应。
据史书记载，他二十多岁头发已白，眼长鱼尾纹，可以说是宵衣旰食，朝乾夕惕。但是当时的明朝处在内乱外患之下，地方势力割据、庞大的文官集团把持朝政，整个明帝国可谓内忧外患，风雨飘摇。崇祯勤俭勤勉，兢兢业业，付出全部的精力与明末庞大的文官集团抗争，十七年来用尽心尽力意图复兴明室，最终城破自缢。
虽然拥有极强的政治手腕，心思缜密，果断干练，并且精力充沛，几乎拥有历史上所有明君的特征，但崇祯依然无奈做了亡国之君。至于锦衣卫方面，这些昔日滴水不漏的特务机关，皆作鸟兽散，一个不见。李自成用于宫内守卫的，是他自己的“龙衣卫”，皆是他老营将士，属于自己的绝对心腹。对于原先明朝锦衣卫和东厂的中高级头目在京未逃者，李自成下手果断，整家整家予以诛杀，根除殆尽。此举，对京城百姓来讲倒是大快人心。
十九日黎明时分，得意洋洋的李自成从西长安门入紫禁城，手发三箭射承天门匾，矢失其二，仅有一箭中于“天”字下端。牛金星一旁言道，“真乃天意，此即定鼎天下之意！”李自成大笑。
入宫后，望见遍地鲜血，袁妃、公主尸身狼藉于地，李自成也叹息：“皇上太忍！”
三月二十一日，崇祯与王承恩的尸体被发现，李自成等人终于心中一块大石落地。
兵卒们用两块门板把两具尸体抬至东华门阴凉处，买了两具柳木棺（仅值二十串铜钱），把帝国最有权势的两个人装了进去（一为帝王，一为首席太监）。两人头下皆枕以土块，尸体上蒙以苇草。不久，自杀的周皇后尸身也被放置于侧，可能有宫女细心，尸下垫以锦褥，上覆锦被。
崇祯帝尸体暴露一天后，倒是李自成军中兵士有人看不过眼，撤周皇后尸身上的锦被，蒙于崇祯帝尸身之上。
二十三日上午，农民军终于从市集找来两个卖丧殓之物的商贩，有一个稍有良心的小宦官在旁，指挥他们为崇祯帝和周后的尸体穿戴靴帽。农民军看守士兵在一旁见到崇祯帝空脚穿靴，周皇后脸上无蒙布，就问小宦官为什么这样做。小宦官熟悉内廷典故，躬身答道：“凤不裹头，龙不裹脚。”
明朝所有大臣中，临“榇宫”而痛哭者，惟兵部主事刘养贞一人。
三月二十四日，李自成听见东华门方向哭声大震，惊问是什么人。兵卒禀报，乃北京城内老百姓聚集，请求新朝礼葬先帝。李自成很“顺从”民意，加上心情又好，下令可以用帝礼葬崇祯，祭祀以王礼。
有此“口谕”，明廷的光禄寺才敢以祭礼追奠“大行皇帝”。至于昔日满朝文武，敢来祭拜者寥寥，仅有数人来观，也是远远瞻望而已。他们大多惟恐表现不佳，耽误自己在新朝的任用。
四月初三，“大顺”政权派出挑夫30多人，轮流换肩，把崇祯帝和周皇后的尸身挑到昌平州的田贵妃墓地埋葬。由于新朝态度简慢，极其“节约”，重挖田贵妃墓的工钱都不够，当地十名士绅思恋旧主崇祯帝，凑钱“三百四十千”，勉强雇人挖开了田贵妃墓。崇祯帝的薄皮棺材太过寒酸，当地的农民军监葬小官自作主张，把田贵妃外棺套于崇祯帝薄棺之外，总算凑齐一套“棺椁”。
至此，明朝作为一个全国性的政权，已经亡了，其后虽有南明小朝廷苟延残喘，但却终究没有如南宋一般割据一方。
天下的归属，将在大清与大顺之间产生。
张献忠千船沉银之谜
张献忠（1606～1647年），字秉忠，号敬轩，明末农民起义领袖，曾建立大西政权。与李自成齐名。其人多有奇闻异事流传，如入川屠蜀、江中沉宝等。对此史学界也一直存在争议。
300多年前，张献忠携带打劫而来的千船金银珠宝从成都顺水南下，在四川彭山县江口镇“老虎滩”一带遭到川西官僚杨展的突袭，千船金银珠宝绝大都分随船队沉落江中；300多年来，这一史实成为传说。2005年4月20日，彭山县城开建引水工程，一施工队在岷江“老虎滩”河床上用挖掘机开挖铺设管道的沟槽时，一铲就铲出一捆共10枚银锭，银锭身上铸造时打上的“崇祯16年8月，纹银50两”字样清晰可见。据彭山县文管部门初步鉴定，这批被挖掘出土的银锭为明代官银，它为破解张献忠在此“千船沉银”之谜找到了证据。此次挖掘出土的银锭，无论从银锭本身还是其外包装，都与史料记载相吻合，从而证实了张献忠300多年前在此沉银之说完全符合历史真实。文体局将在适当时候再现张献忠沉银遗址。