清廷入关后需要对付李自成起义的力量和南明政府的反抗，明朝的降官是可以借助的力量。但20年后，南方驻云南的吴三桂、驻广东的尚可喜、驻福建的耿精忠等藩王已经形成很大的势力，与清廷分庭抗礼。
吴三桂、尚可喜、耿仲明原都是明朝将领，清兵入关前先后降清。
耿仲明，先世山东人，徙辽东盖州卫。明登州参将，毛文龙旧部。袁崇焕督师蓟辽，杀毛文龙，调副将孔有德和耿仲明隶山东巡抚孙元化麾下。孔、耿出兵御后金军而饷不至，怨愤不已，遂于天聪七年（明崇祯六年，1633年）率所部相偕渡海投后金。崇德元年（1636年），清封耿仲明为怀顺王，顺治六年（1649年），改封靖南王，偕尚可喜进军广东，卒于途中。其子继茂袭封，后移镇福建。康熙十年（1671年），继茂卒，其子耿精忠袭封。
尚可喜，先世洪洞人，迁衡水，后徙辽东海州。明广鹿岛副将。天聪八年，率众航海投清。崇德元年，清封尚可喜为智顺王，顺治六年，改封平南王，率所部随大军下广东，遂留镇广东。
吴三桂，江苏高邮人，籍辽东山海卫。其父吴襄为崇祯时锦州总兵，三桂以武举随征，因战功及父荫，官都指挥。后吴襄坐失战机下狱，擢三桂为总兵，守宁远。崇祯十七年（1644年）三月初，李自成军破大同、真定，京师戒严。明崇祯帝封吴三桂为平西伯，飞檄率所部入卫京师，并起用吴襄提督京营。三桂令步骑先入关，亲率精锐殿后。十六日抵山海关，二十日到丰润，闻京师已陷，入卫兵皆溃，三桂引兵还山海关。李自成派部将唐通携银四万两犒三桂军，并胁吴襄作书招降。三桂率兵西至滦州，闻其爱妾陈圆圆为李自成军部将刘宗敏掠去，即回师山海关，秘密遣使上书睿亲王多尔衮，请清军入关讨李自成。多尔衮得书即日急进，至山海关外十里，吴三桂出关迎降，即在军中剃发盟誓，其兵以白布系肩，前驱入关。
明崇祯政权被李自成起义军推翻后，南方的明朝旧臣打着反清复明的旗帜“勤王”，先后拥立了四个明室后裔，史称“南明”。但在清军的打击下，福王朱由崧、鲁王朱以海、唐王朱韦键的复明行动很快失败了。
清顺治三年（1646年）末，桂王朱由榔在广东肇庆称帝，以永历为年号，建立了南明永历朝。立朝不久，清兵又至，永历帝无力抵抗，只好放弃广东，辗转到贵州、广西和云南。后被吴三桂率领的三路清军追击，仓皇逃至缅甸境内。四月二十二日，吴三桂与清英王阿济格、豫王多铎大败李自成军于山海关。是日清封吴三桂为平西王，令其为前驱追击李自成。吴三桂随阿济格败李自成于庆都。后又自长城外进绥德、延安，攻西安。李自成出武关南走，三桂督兵追击，自襄阳下武昌，进至九江，清廷召还，命往锦州镇守。顺治五年（1648年）移镇汉中。八年（1651年），清廷命吴三桂督李国翰征四川。九年（1652年），吴三桂分兵攻下成都、嘉定、叙州、重庆，又击败大西军首领孙可望于保宁。十四年（1657年）清廷命吴三桂为平西大将军进征贵州。十五年（1658年），击败李定国，下遵义。十六年（1659年），清军会攻云南省城，南明永历帝奔永昌，复奔缅甸。清廷命吴三桂镇守云南，并谕吏、兵二部，凡云南文武官举黜及兵民一切事，命吴三桂暂行总管，俟数年后，仍照旧例。十八年（1661年），清军入缅，缅甸王执永历帝献清军。康熙元年，吴三桂杀南明永历帝朱由榔于昆明。清廷晋封吴三桂为亲王，并命贵州省亦属管辖。吴三桂遂久镇云贵。
明崇祯政权被李自成起义军推翻后，南方的明朝旧臣打着反清复明的旗帜“勤王”，先后拥立了四个明室后裔，史称“南明”。但在清军的打击下，福王朱由崧、鲁王朱以海、唐王朱韦键的复明行动很快失败了。
清顺治三年（1646年）末，桂王朱由榔在广东肇庆称帝，以永历为年号，建立了南明永历朝。立朝不久，清兵又至，永历帝无力抵抗，只好放弃广东，辗转到贵州、广西和云南。后被吴三桂率领的三路清军追击，仓皇逃至缅甸境内。三藩各拥重兵，久据数省。平南、靖南二藩各有兵力15佐领，绿营兵各六七千，丁口各两万；平西王所属兵力53佐领，绿营兵一万二千，丁口数万。吴三桂功高兵强，四方精兵猛将多归其部下。清廷又擢升其部将王辅臣为陕西提督，李本深为贵州提督，吴之茂为四川总兵，马宝、王屏藩、王绪等十人为云南总兵。三藩势力几及全国之半。
吴三桂初镇云贵，清廷曾准予便宜行事，云、贵督抚全受他节制，所除授文武官员，号称“西选”，“西选”之官几遍各地。顺治十七年，云南省俸饷900余万两，加以粤闽二藩运饷，年需2000余万两。邻近诸省挽输不足，则补给于江南，致使清朝财赋半耗费于三藩。吴三桂自恃势重，益骄纵，踞明桂王五华山旧宫为藩府，增崇侈丽，尽据明黔国公沐氏旧庄七百顷为藩庄，圈占民田，迫令“照业主例纳租”，并“勒平民为余丁”，“不从则诬指为逃人”。又借疏河修城，广征关市，榷盐井，开矿鼓铸，垄断其利，所铸钱，时称“西钱”。吴三桂专制云南十余年，日练兵马，利器械，暗存硝磺等禁物，通使达赖喇嘛，互市茶马，蒙古之马由西藏入云南每年数千匹。他遍布私人于水陆要冲，各省提镇多有心腹。其子吴应熊为额驸，朝政巨细，可以旦夕密报。于是，吴三桂自以为根蒂日固不可拔，朝廷终究不会从他手中夺去云贵。
耿精忠袭封王爵后，纵令属下夺农商之业，“以税敛暴于闽”，纵使其部下“苛派夫役，勒索银米”。又广集宵小之徒，因谶纬有“天子分身火耳”之谣，妄称“火耳者，耿也。天下有故，据八闽以图进取，可以得志”。
尚可喜在广东令其部属私充盐商，又私市私税。广州为对外通商口岸，“每岁所获银两不下数百万”。尚可喜对清廷比较效忠，但年老多病，将兵事交其子之信。尚之信素性桀骜，横暴日甚，招纳奸宄，布为爪牙，罔利恣行，官民怨恨，又酗酒嗜杀，常在其父面前持刃相拟，所为所行，日益不法。至此，三藩各据一方，互通声气，广布党羽，实际上已成为割据势力。
康熙帝决定撤藩。三藩势成割据，严重威胁着清朝的统治和国家的统一。早在清世祖死时，吴三桂拥兵北上入祭，兵马塞途，居民走避，清廷恐吴三桂生变，命其在城外张棚设奠，礼成即去。康熙帝亲政数年，深知朝廷中外之利害和前代藩镇之得失，曾说：“朕听政以来，以三藩及河务、漕运为三大事，夙夜厪念，曾书而悬之宫中柱上。”康熙六年（1667年），吴三桂以目疾请解除总管云贵两省事务，以相试探。康熙帝命吴三桂将所管各项事务交出，责令云贵两省督抚管理。云贵总督卞三元、提督张国柱、李本深合词请命平西王仍总管滇黔事务。康熙帝以照顾吴三桂身体为理由，予以拒绝。
康熙十二年（1673年）三月，平南王尚可喜疏请归老辽东，留其子尚之信继续镇守广东。经户、兵两部和议政王贝勒大臣集议，认为如果尚之信拥兵留镇广东，跋扈难制，康熙帝遂诏令尽撤全藩。吴三桂和耿精忠得知不能自安，在同年七月先后疏请撤兵，以试探朝廷意旨。经户、兵二部确议，吴三桂及所部53佐领官兵家口应俱迁移。疏下议政王大臣会议，大学士索额图、图海等多以为三藩不可迁移。惟有刑部尚书莫洛、户部尚书米思翰、兵部尚书明珠等力请徙藩。康熙帝再命议政王贝勒大臣及九卿科道会同确议，画一具奏。诸王以下所见不一，仍持两议。康熙帝考虑到藩镇久握重兵，势成尾大，非国家之利；又以为吴三桂之子，耿精忠诸弟都宿卫京师，谅吴、耿二人不能发动变乱。遂下令三藩俱撤还山海关外。
吴三桂、耿精忠疏请移藩，实迫于形势，并非本意。吴希冀朝廷慰留，如明代沐英世守云南之先例。及撤藩命下，愕然失望，遂与其心腹聚谋，暗中部署兵马，禁遏邮传，只许入而不许出，并勾结他省旧部，又与耿精忠联络应和，准备叛乱。
康熙十二年（1673年）八月，清廷命礼部侍郎哲尔肯等赴云南，户部尚书梁清标等赴广东，吏部侍郎陈一炳等赴福建，各持敕谕，会同该藩及督抚商榷移藩事宜。九月，清廷命陕西总督鄂善总督云南军务，宁夏总兵官桑额提督云南军务。此时吴三桂与其党正日夜加紧密谋。侍郎哲尔肯、学士傅达礼等既至云南，催促起行。吴三桂表面拜诏，而屡迁行期，反谋益急，而难于举兵之名。欲立明朝后裔以号召天下，但缅甸之役及杀害永历帝无可自解；欲行至中原据腹心之地举兵，又恐日久谋泄。是年十一月，吴三桂反，杀云南巡抚朱国治，拘捕了按察使以下不顺从的官员，发布檄文，自称“原镇守山海关总兵官，今奉旨总统天下水陆大元帅，兴明讨虏大将军”。佯称拥立“先皇三太子”，兴明讨清，蓄发，易衣冠，传檄远近，致书平南、靖南二藩及各地故旧将吏，并移会台湾郑经，邀约响应。云南提督张国柱、贵州巡抚曹申吉、提督李本深等随吴三桂反。云贵总督甘文焜在贵州闻变，驰书告川湖总督蔡毓荣，急走至镇远，被副将江义以兵包围，甘文焜自杀，三藩之乱由此开始。
自康熙十二年（1673年）十一月二十一日吴三桂起兵反清，至康熙二十年（1681年）十月二十九日吴世璠自杀，三藩之乱历时八年。其演变过程，大致可分为三个阶段。
第一阶段自康熙十二年（1673年）十一月至康熙十五（1681年）年四月。战乱不断扩大，吴三桂兵出云贵，进据湖南澧州、常德、岳州、长沙；清军云集荆州、武昌、宜昌，但不敢渡江撄其锋。孙延龄叛于广西，罗森、郑蛟麟、吴之茂叛于四川，耿精忠叛于福建，台湾郑经渡海进兵福建漳州、泉州和广东潮州，提督王辅臣又叛于宁羌，击杀清陕西经略莫洛。四方震动，人心动摇。康熙帝欲亲征，经议政王大臣密议谏止。清军东征西讨，顾此失彼。随后尚之信又叛于广东，总督、巡抚俱附之，清廷增兵两江。
第二阶段自康熙十五年（1676年）五月至康熙十七年（1678年）七月。以王辅臣败降平凉为转机，形势向有利于清军发展。随后，因郑经部争据福建漳、泉、兴、汀等地，耿精忠腹背受敌，仓促撤兵请降。尚之信也相继投降。孙延龄又被吴世璠杀于桂林。于是，清军集中兵力进逼长沙、岳州，吴三桂聚众固守。两军在江西吉、袁二州、广东韶关、永兴和广西梧、浔二州及桂林等湖南外围要地反复争夺。清军将帅每多观望，旷日糜饷，在军事上仍处于相持阶段。
第三阶段自康熙十七年（1678年）八月至康熙二十年（1681年）十月。康熙十七年，年已74岁的吴三桂在衡州称帝，国号大周，但未能改变叛军的困境。同年秋，吴三桂病死，形势陡变。叛军无首，众心瓦解。其孙吴世璠继承帝位。清军趁机发动进攻，从此叛军一蹶不振，湖南、广西、贵州、四川等地逐步为清军恢复。但马宝、胡国柱等叛军仍困兽犹斗，节节顽抗；满洲将帅仍多迁延，以致时逾两年，清军才进逼云南，康熙二十年（1681年）底，围攻省城昆明。吴世璠势穷自杀，余众出降，三藩之乱终告平定。
清朝的汉人公主
今北京西三环“公主坟”埋着清朝仅有的一位汉族公主孔四贞。清皇室怎么会赐封一名汉族公主呢？
孔四贞的父亲孔有德，原是明朝镇守辽阳的一名参将，明末降清，顺治初年封为定南王，后来成为清政府镇压各地农民起义和其他抗清力量的得力干将。顺治七年，孔有德率清军打到广西，杀了宁死不降的南明东阁大学士瞿式铝与张同敞，从此驻军桂林，镇守广西。
顺治九年五月，一直活跃在西南的张献忠农民起义军余部——大西军，北伐抗清。起义军在李定国率领下，打到广西。定南王孔有德被李定国围困在桂林，兵败自杀，朝廷破格予以厚葬。孔有德的尸体被李定国焚骨扬灰，清廷为孔有德建衣冠冢。
其唯一幸存的孔四贞被孔有德的部将送到北京，孔有德夫妇的惨死，令孝庄皇太后深为感触，她收养了尚未成年的孔四贞，并认之为义女，封和硕公主。
孔四贞十六岁时，孝庄皇太后曾打算把她嫁给顺治帝为妃，顺治皇帝本人亦有此意愿。但她却申明，自幼父母作主，已许配给其父部将孙龙之子孙延龄。皇太后不好勉强，只得给他们完婚，并赐第西华门外。
康熙五年，孔四贞因家口众多，费用浩繁，向朝廷提出就食广西的请求。顺治准许了她的请求，并任命孙延龄为广西将军。孔、孙举家南迁，从此一直住在广西。
康熙十二年，吴三桂等三藩打着“反清复明”的旗号发动叛乱。孙延龄碍于孔家与三藩的老关系，也参加了叛乱，受封临江王。对丈夫的反叛清廷，孔四贞一直持反对态度，认为不仁不义。因此，她时时规劝丈夫归顺清朝，故孙延龄叛乱不到三年，便表示要投降清朝。这个消息不慎被吴三桂获悉，吴以欲收复广东为名，派其孙吴世琮从云南到桂林，将孙延龄暗杀。孙死后，孔四贞落入吴三桂手中，被拘往云南。直到清军最后攻克昆明，扫平三藩，孔四贞才回到京城，死后葬在京西即现称为公主坟的地方。