康熙诛除了鳌拜，又平定了三藩，下一个目标，自然就是孤悬海外的老大难问题——台湾。
明天启四年（公元1624年），荷兰殖民主义者侵占中国台湾。清初，郑成功下决心赶走侵略军。顺治十八年（公元1661年）三月，郑成功亲率2.5万名将士，分乘几百艘战船，浩浩荡荡从金门出发。他们冒着风浪，越过台湾海峡，在澎湖休整几天准备直取台湾。荷兰侵略军听说郑成功要进攻台湾，十分惊恐。他们把军队集中在台湾（今台湾东平地区）、赤嵌（今台南）两座城堡，还在港口沉破船阻止郑成功船队登岸。郑军乘海水涨潮将船队驶进鹿耳门内海，主力从禾寮港登陆，从侧背进攻赤嵌城，并切断了与台湾城的联系。战斗中，侵略军以“赫克托”号战舰攻击，郑成功一声令下，把敌军紧紧围住，60多只战船一齐发炮，把“褐克托”号击沉。与此同时，又击溃了台湾城的援军。赤嵌的荷兰军在水源被切断，外援无望的情况下，向郑军投降。盘踞台湾城的侵略军企图顽抗，郑成功在该城周围修筑土台，围困敌军8个月之后，下令向台湾城发起强攻。康熙元年初，侵略军头目被迫到郑成功大营，在投降书上签了字。
金门历史悠久，古称“仙洲”或“浯洲”，自古有“海上仙洲”、“桃源胜景”之美称。是台湾与大陆之间文化、贸易、移民的中继站。至此，郑成功从荷兰侵略者手里收复了台湾，并将其变成了一个海外的反清基地。不久之后他便病逝，由其子郑经继承。
康熙当然不会容忍这样的事情发生。
台湾地处大海中，波涛万顷，作战需赖水师，满族将士娴习马步，而不习水战，必须另选将帅，训练士卒。李光地、福建总督姚启圣推荐施琅可当此重任。
施琅，福建晋江人，有勇略。早年为郑芝龙（郑芝龙为郑成功之父）部下，后随芝龙降清。郑成功将其父子兄侄一门杀害，结下深仇。施琅在福建与郑氏作战多年，了解台湾情况，熟悉水师机宜及海上风涛之变幻。他一贯主张攻取台湾，但因曾是郑氏部属、清廷并不信任他，把他安置在北京居住，赋闲13年。
康熙决定起用施琅，授福建水师提督。福建总督姚启圣只管后勤供应，与施琅和衷共济，保证了施琅出征的粮食和物资供应。
康熙二十二年六月十四日（1683年7月8日）施琅率兵2万余人，乘战船200余艘出征。郑克塽则派勇敢善战的刘国轩守澎湖，所率兵将战船与施琅相当。两军展开激战，历时七昼夜。施琅右眼负伤，游击兰理中炮“腹破肠流出，为掬而纳诸腹，持匹练缚其创。理呼杀贼，麾兵进”。澎湖大战，郑军大败。清军击沉敌船159艘，郑军死伤12000人，浮尸遍海，刘国轩仅率31艘船逃回台湾。
澎湖战败，郑克塽等极为恐慌。施琅进行政治争取工作，对被俘的台湾兵将，优礼相待，赏给银米。800名伤残者医治之后，释放回台，令他们宣示招抚之意，台湾民众“莫不解体归心，唯恐王师之不早来”。郑氏已无抵抗能力，于7月27日向清军奉表纳降，呈交延平王金印和户口土地册籍。康熙接受投降，优待郑氏，称：“尔等从前抗违之罪，全行赦免，仍从优叙录”。郑氏人众俱得妥善安置。台湾遂告统一。
康熙二十三年（1684年），清廷始设台湾府与台湾、凤山、诸罗三县，隶属福建省，在台澎分别驻兵1万人，设官治理、筑城戍守，台湾宝岛得以统一于清朝政府之下。
现在只剩下蒙古了。蒙古人本为清朝盟友，但他们都是天生的战士，身上流淌着成吉思汗的血脉，自然不甘心永远居于人下。
当时北方的蒙古族分为三大部：在今内蒙古地区的是漠南蒙古，在原外蒙古一带的是漠北喀尔喀蒙古，游牧于天山以北一带的是漠西厄鲁特蒙古。厄鲁特又称卫拉特，又分为四部，即和硕特（游牧于今新疆乌鲁木齐地区）、准噶尔（游牧于今伊犁河流域）、土尔扈特（游牧于今新疆塔城地区）、杜尔伯特（游牧于今额尔齐斯河流域）。四部中，准噶尔部势力最强，先后兼并了土尔扈特部及和硕部的牧地，迫使土尔扈特人转牧于额济勒河（今伏尔加河）流域，和硕特人迁居青海。
到噶尔丹执政时，在吞并了新疆境内的杜尔伯特和原隶属于土尔扈特的辉特部后，进占青海的和硕特部，又攻占了南疆维吾尔族聚居的诸城。随着准噶尔势力范围的不断扩大，噶尔丹分裂割据的野心愈益膨胀。此时，正是沙皇俄国疯狂向外扩张的时期，为达到侵略中国西北边疆的罪恶目的，对噶尔丹进行拉拢利诱。康熙二十六年（1687年）底，沙俄参加中俄边界谈判的全权代表戈洛文，在伊尔库茨克专门接见了噶尔丹的代表，阴谋策动噶尔丹叛乱，支持他进攻喀尔喀蒙古。在沙皇俄国的唆使下，噶尔丹终于率兵进攻喀尔喀蒙古，发动叛乱。
康熙二十七年（1688年），噶尔丹亲率骑兵3万自伊犁东进，越过杭爱山，进攻喀尔喀，占领整个喀尔喀地区。喀尔喀三部首领仓皇率众数十万分路东奔，逃往漠南乌珠穆沁（今内蒙古乌珠穆沁旗）一带，向清廷告急，请求保护。康熙一面把他们安置在科尔沁（今内蒙古科尔沁旗）放牧，一面责令噶尔丹罢兵西归。但噶尔丹气焰嚣张，置之不理，反而率兵乘势南下，深入乌珠穆沁境内。对于噶尔丹的猖狂南犯，康熙一面下令就地征集兵马，严行防堵，一面调兵遣将，准备北上迎击。
康熙二十九年（1690年）六 月，康熙决定亲征，其部署是分兵两路出击：左路军出古北口（今河北滦平南），右路军出喜峰口（今河北宽城西南），从左右两翼迂回北进，消灭噶尔丹军于乌珠穆沁地区。
康熙亲临博洛和屯（今内蒙古正蓝旗南）指挥。同时令盛京将军（治所今辽宁沈阳）、吉林将军（治所今吉林市）各率所部兵力，西出西辽河、洮儿河，与科尔沁蒙古兵会合，协同清军主力作战。右路军北进至乌珠穆沁境遇噶尔丹军，交战不利南退。噶尔丹乘势长驱南进，渡过沙拉木伦河，进抵乌兰布通。清左路军也进至乌兰布通南，康熙急令右路军停止南撤，与左路军会合，合击噶尔丹于乌兰布通，并派兵一部进驻归化城（今内蒙古呼和浩特），伺机侧击噶尔丹归路。
噶尔丹背山面水布阵，将万余骆驼缚蹄卧地，背负木箱，蒙以湿毡，摆成一条如同城栅的防线，谓之“驼城”，令士兵于驼城之内，依托箱垛放枪射箭。清军以火器部队在前，步骑兵在后，隔河布阵。八月初一中午，交战开始。
清军首先集中火铳火炮，猛烈轰击驼阵，自午后至日落，将驼阵轰断为二，然后挥军渡河进攻，以步兵从正面发起冲击，又以骑兵从左翼迂回侧击，噶尔丹大败，仓皇率部撤往山上。次日，遣使向清军乞和，乘机率残部夜渡沙拉木伦河，狼狈逃窜，逃回科布多（今蒙古吉尔噶朗图）时只剩下数千人。
噶尔丹自乌兰布通失败后，分裂叛乱之心未死，他以科布多为基地，招集散亡人员，企图重整旗鼓，东山再起。为防御噶尔丹再次进攻，康熙采取了以下措施：调整部署，加强边境守备；巡视漠北诸部，举行多伦会盟，稳定喀尔喀蒙古上层，将逃居漠南的喀尔喀蒙古分为左中右三路，编为37旗；设立驿站和火器营，沟通内地与漠北地区的联络，专门训练使用火铳火炮。
康熙三十三年（1694年），清廷诏噶尔丹前来会盟，噶尔丹抗命不至，反而遣兵侵入喀尔喀，康熙遂决定诱其南下一战歼之。为使此次作战顺利进行，清军在战前做了充分准备：调集兵马，征调大批熟悉情况的蒙古人为向导，随军携带5个月口粮，按每名士兵配备一名民夫四匹马的标准，组成庞大的运输队，备有运粮大车6000辆，随军运送粮食、器材；筹备大量防寒防雨器具，准备大批木材、树枝，以备在越过沙漠和沼泽地时铺路。
费扬古（1645～1701年），满洲正白旗人，内大臣三等伯鄂硕子，顺治帝孝献皇后弟。在安亲王岳乐帐下效力，因战功卓著被授予领侍卫内大臣、议政大臣。康熙三十四年（1695年）九月，噶尔丹果然率3万骑兵自科布多东进，沿克鲁伦河东下，扬言借得俄罗斯鸟枪兵6万，将大举内犯。在此形势下，康熙决定再次亲征，次年二月，调集9万军队，分东中西三路进击：东路9000余人，由黑龙江将军萨布素率领越兴安岭西进，出克鲁伦河实行牵制性侧击；西路4.6万人由抚远大将军费扬古为主将，分别出归化、宁夏（今宁夏银川），越过沙漠，会师于翁金河（今蒙古德勒格尔盖西）后北上，切断噶尔丹军西逃科布多之路；康熙自率中路3.4万人出独石口（今河北沽源南）北上，直指克鲁伦河上游，与其他两路约期夹攻，企图歼灭噶尔丹军于克鲁伦河一带。康熙三十五年（1696年）三月，康熙率中路军出塞。五月初，经科图（今内蒙古苏尼特左旗北）继续渡漠北进，逐渐逼近敌军。噶尔丹见康熙亲率精锐前来，又闻西路清军已过土剌河，有遭夹击的危险，便连夜率部西逃。五月十三日，清西路军进抵土剌河上游的昭莫多（今蒙古乌兰巴托东南），距噶尔丹军15公里扎营。昭莫多，蒙语为大森林，位于肯特山之南，土剌河之北，汗山之东。费扬古鉴于清军长途跋涉，饥疲不堪，决定采取以逸待劳、设伏截击的方针，以一部依山列阵于东，一部沿土剌河布防于西，将骑兵主力隐蔽于树林之中；振武将军孙思克率步兵居中，扼守山顶。战斗开始后，清军先以400骑兵挑战，诱使噶尔丹军入伏。噶尔丹果然率兵进击，企图攻占清军控制的山头。孙思克率兵据险防守，双方激战一天，不分胜负。
此时费扬古指挥沿河伏骑分兵一部迂回敌阵，另一部袭击其阵后家属、辎重，据守山头的孙思克部也奋呼出击。噶尔丹军大乱，夺路北逃，清军乘夜追击15公里以外，俘歼数千人，收降3000人，击毙噶尔丹之妻阿奴。噶尔丹仅率数十骑西逃。
在噶尔丹率军东侵喀尔喀之际，其后方基地伊犁地区被其侄策妄阿拉布坦所袭占。加之连年战争，噶尔丹“精锐丧亡，牲畜皆尽”，噶尔丹兵败穷蹙，无所归处，所率残部不过千人，旦羸弱不堪，内部异常混乱。
康熙三十六年（1697年）二月，康熙鉴于噶尔丹拒不投降，再次下诏亲征。噶尔丹在众叛亲离的情况下，服毒自杀而死，至此康熙时期平定噶尔丹叛乱之战始告结束，喀尔喀地区重新统一于清朝。
抗清名将——郑成功
郑成功（1624～1662年），幼名福松，名森，字明俨，诣明末大儒钱谦益时受字“大木”。是明末清初的军事家。南明唐王隆武帝赐国姓朱，更名成功，故又称“国姓爷”。
父为海盗出身的南明将领郑芝龙，母为日本人田川氏。郑成功籍贯福建泉州石井（现拆分为晋江安海镇，南安石井镇），出生于日本九州平户藩。1646年劝阻其父降清不成，起兵抗清，领军和建虏对抗十五年，是南明最主要的抗清势力，以金门、厦门为根据地，连年出击粤、江、浙等地。1659年与张煌言合兵，进入长江围攻南京，兵败后退守厦门。1661年，率军渡过台湾海峡，在台湾南部登陆，攻克荷兰殖民者的巢穴赤嵌城（今安平）。次年，荷兰总督投降，台湾重归祖国。他在台湾建立行政机构，建立台湾第一个汉人政权，史称明郑时期。他推行屯田，促进了当地的经济发展。