终于平定了天下，康熙还没来得及喘一口气，立刻就得面对另一个强大的敌人——欧洲的俄国。
俄国直至16世纪时，仍是欧洲一个不大的封建农奴制国家，同中国相隔万里。16世纪初俄罗斯统治者由欧洲一个不大的公国，逐步对外侵略扩张。明崇祯五年（1632年），沙俄扩张至西伯利亚东部的勒拿河流域后，建立亚库次克城，作为南下侵略中国的主要基地。从此，它便不断地派遣武装人员入侵中国黑龙江流域。
参战的俄国统治者——彼得大帝
彼得一世（1672～1725年），俄国罗曼诺夫王朝第四代沙皇（1682～1725年）。著名统帅，1682年即位，1689年掌握实权。作为罗曼诺夫朝仅有的两位“大帝”之一，彼得大帝一般被认为是俄国最杰出的沙皇。他制定的西方化政策是使俄国变成一个强国的主要因素。明崇祯十六年（1643年）夏，沙俄雅库次克长官戈洛文派波雅科夫率兵132人沿勒拿河下行南侵，于这年冬天越过外兴安岭，侵入中国领土。十一月，这些侵略者到达精奇哩江（今结雅河）中游达斡尔头人多普蒂乌尔的辖地后，四出抢掠，灭绝人性地杀食达斡尔族人，被黑龙江地区人民称为“吃人恶魔”。次年夏初，精奇哩江解冻后，他们又闯入我国东北部最大的内河黑龙江，沿途遭到各族人民的抗击。
清顺治三年（1646年），波雅科夫率领残部经马亚河、阿尔丹河进入勒拿河，逃回雅库次克。波雅科夫回去后扬言，只要派兵300名，修上3个堡寨，就能征服黑龙江。波雅科夫带回的有关黑龙江流域的情报和他提出的武力侵入黑龙江流域的打算，引起了沙俄当局的重视和赞许。
顺治六年（1649年），雅库次克长官派哈巴罗夫率兵70名从雅库次克出发，于这年末侵入黑龙江，强占我国达斡尔头人拉夫凯的辖区，其中包括达斡尔头人阿尔巴亚的驻地雅克萨城寨（今黑龙江左岸阿尔巴金诺），遭到当地人民的抵抗。哈巴罗夫将同伙交由斯捷潘诺夫率领，自己回雅库次克求援。次年夏末，哈巴罗夫率领138名亡命之徒，携3门火炮和一些枪支弹药，再次侵入黑龙江，强占雅克萨城，不断派人四出袭击达斡尔居民，捕捉人质，掳掠妇女，杀人放火。
九月底，哈巴罗夫又率领侵略军200余人，侵入黑龙江下游乌扎拉河口（今宏加里河）我国赫哲人聚居的乌扎拉村，强占城寨，蹂躏当地居民。英勇的赫哲人民奋起抗击，并请求清政府予以支援。顺治九年（1652年）二月，清政府令宁古塔章京（官名）海包率所部进击，战于乌扎拉村，打死沙俄侵略者10人，打伤78人。清顺治十五年（1658年）六月，宁古塔都统沙尔瑚达率战舰40艘同侵略军激战于松花江下游，歼敌270人。顺治十七年（1660年）宁古塔将军巴海率水军破敌于古法坛村，斩首60余级，溺水死者甚众。
后来，沙俄侵略势力又到雅克萨筑城盘踞。清政府虽多次警告，都无济于事。在同沙俄的长期交涉中，清帝看到，若非“创以兵威，则罔知惩畏”，于是决意征剿。同时也认识到，“昔发兵进讨，未获翦除”的原因，一是黑龙江一带没有驻兵，从宁古塔出兵反击，每次都因粮储不足而停止。二是沙俄侵略军虽为数不多，但由于“筑室散处，耕种自给”，加上尼布楚人与之贸易，故使其得以生存。于是造成我进彼退、我退彼进，“用兵不已，边民不安”的局面。
针对这种情况，康熙采取恩威并用、剿抚兼施的方略，即发兵扼其来往之路，屯兵永戍黑龙江，建立城寨，与之对垒，进而取其田禾，使之自困。同时再辅以严正警告。
如果侵略军仍执迷不悟，则坚决予以翦灭。为此，康熙采取了一系列措施，加强边防建设，准备剿灭沙俄侵略军：侦察地形敌情，派兵割掉侵略军在雅克萨附近种植的庄稼，又令蒙古车臣汗断绝与俄人的贸易，以困惫和封锁侵略者；另一方面再派精干士兵屯戍要地。
康熙二十一年（1682年）十二月，决定调乌喇（今吉林市北）、宁古塔兵1500人往黑龙江城一带，驻扎爱珲、呼玛尔（今呼玛南）。后鉴于两处距雅克萨路途遥远，令呼玛尔兵改驻额苏里（今俄斯沃特德内西南）。次年七月，宁古塔副都统萨布素率军进驻额苏里。九月，确定在爱珲筑城永戍，预备炮具、船舰。同时派乌喇、宁古塔兵五六百人、达呼尔（今黑龙江嫩江县境）兵四五百人，调往爱珲一带；修整战具，设置驿站，运储军需。这些措施，适合当时东北边防斗争的需要和特点。
这是因为黑龙江至外兴安岭地区距东北腹地遥隔数千里，同沙俄这样的入侵者斗争，单靠当地人民的部落武装是无法制止其侵略的。必须筹划全边，扼要屯兵戍卫，在适当地点控制一定兵力作机动，才能对付沙俄飘忽不定的反复侵扰。为此，需要建立相当数量的驿站和粮站，开辟水陆交通线和筹集运输工具，从而保障反击作战的胜利，并在反击胜利后建立一条较完整的边界防守线，才有利于长期的边防斗争。
康熙二十二年（1683年）九月，清勒令盘踞在雅克萨等地的沙俄侵略军撤离清领土。侵略军不予理睬，反而率兵窜至爱珲劫掠，清将萨布素将其击败，并将黑龙江下游侵略军建立的据点均予焚毁，使雅克萨成为孤城。但侵略军负隅顽抗。康熙二十四年（1685年）正月二十三日，为了彻底消除沙俄侵略，康熙命都统彭春赴爱珲，负责收复雅克萨。
四月，清军约3000人在彭春统率下，携战舰、火炮和刀矛、盾牌等兵器，从爱珲出发，分水陆两路向雅克萨开进。五月二十二日抵达雅克萨城下，当即向侵略军头目托尔布津发声通牒。托尔布津恃巢穴坚固，有兵450人，炮3门，鸟枪300支，拒不从命。清军于五月二十三日分水陆两路列营攻击。陆师布于城南，集战船于城东南，列炮于城北。二十五日黎明，清军发炮轰击，侵略军伤亡甚重，势不能支。托尔布津乞降，遣使要求在保留武装的条件下撤离雅克萨。经彭春同意后，俄军撤至尼布楚（今涅尔琴斯克）。清军赶走侵略军后，平毁雅克萨城，即行回师，留部分兵力驻守爱珲，另派兵在爱珲、墨尔根（今黑龙江嫩江）屯田，加强黑龙江一带防务。
沙俄侵略军被迫撤离雅克萨后，贼心不死，继续拼凑兵力，图谋再犯。康熙二十四 年（1685年）秋，莫斯科派兵600增援尼布楚。当获知清军撤走时，侵略军头目托尔布津率大批沙俄侵略军再次窜到雅克萨。俄军这一背信弃义的行为引起清政府的极大愤慨。次年初，康熙接到奏报，即下令反击。
七月二十四日，清军2000多人进抵雅克萨城下，将城围困起来，勒令沙俄侵略军投降。托尔布津不理。八月，清军开始攻城，托尔布津中弹身亡，改由杯敦代行指挥，继续顽抗。八月二十五日，清军考虑到沙俄侵略者死守雅克萨，必待援兵，且考虑隆冬冰合后，舰船行动、马匹粮秣等不便，于是在雅克萨城的南、北、东三面掘壕围困，在城西河上派战舰巡逻，切断守敌外援。侵略军被围困近年，战死病死很多，826名侵略军，最后只剩66人。雅克萨城旦夕可下，俄国摄政王索菲亚急忙向清请求撤围，遣使议定边界。清答应所请，准许侵略军残部撤往尼布楚。雅克萨反击战结束后，双方于康熙二十八年（1689年）七月二十四日缔结了《中俄尼布楚条约》，规定以外兴安岭至海，格尔必齐河和额尔古纳河为中俄两国东段边界。黑龙江以北，外兴安岭以南和乌苏里江以东地区均为清朝领土。
雅克萨之战是中国清代对外战争的一次重大胜利，800多人的俄国侵略者困守雅克萨，对抗人数三倍于己的清军，在粮食和援军完全断绝的情况下坚持抵抗了长达近一年的时间，最后虽然失败，但俄国还是通过《尼布楚条约》割占了清朝25万多平方公里的领土，堪称世界军事史上的奇迹。也可以说，这份条约虽然是清朝签订的最为公平的一份对外条约，却依然充满了卑微的气息。
清朝的龙脉
金庸小说《鹿鼎记》讲述了一个寻找大清宝藏的故事，最后获得藏宝图的主人公韦小宝发现，宝藏在关外的大清龙脉所在地——鹿鼎山。金庸的小说常常有史实为依据，那么到底有没有大清龙脉呢？有的话又在哪里呢？
关于大清龙脉的传说很多。一说是在后金政权的首个都城赫图阿拉。赫图阿拉，满语“横岗”之意，故址在今辽宁省抚顺市新宾县。明万历三十一年（1603年），努尔哈赤始建城堡于此。史称“兴京”的赫图阿拉虽并不宏伟，却沉淀着悠久的满族文化。这里不仅孕育着这个民族的儿女，也造就了大清王朝，被历代清帝认定是龙兴宝地。
另一个说法是清朝的龙脉在沈阳，而这也是努尔哈赤迁都沈阳的原因之一。公元1621年，努尔哈赤率领八旗大军以锐不可挡之势挺进辽东，并将都城从赫图阿拉迁至辽东重镇辽阳，大兴土木，修筑宫室。然而，出人意料的是，1625年三月初三早朝时，努尔哈赤突然召集众臣和贝勒议事，提出要迁都盛京（今沈阳），诸亲王、臣子当即强烈反对，但努尔哈赤坚持自己的主张。
努尔哈赤为何如此“仓促迁都”？民间一直流传：努尔哈赤深信“传统风水”，按照风水先生的指点，他在当时的东京城西南角修建娘娘庙；在东门里修建弥陀寺；在风岭山下修建千佛寺，想用三座庙把神龙压住，以保龙脉王气。
但是，三座庙宇只压住了龙头、龙爪和龙尾，城里的龙脊梁并没被压住。于是龙一拱腰，就要飞腾而去，一直向北飞到浑河北岸。努尔哈赤以为龙是奉天旨意，命他在龙潜之地再修造城池，于是一座新城便拔地而起，并将此命名为“奉天”。又因为浑河古称沈水，而河的北岸为阳（风水中有关阴阳的规定为：山的南面为阳、北面为阴，水的南边为阴、北边为阳），所以又称“沈阳”。