将蒙古人赶走之后，公元1368年，朱元璋自然而然地坐上了皇位，改元“洪武”，是为明太祖。古人说打天下容易坐天下难，这里面原因有很多。细细考究起来，如果第一个皇帝没开个好头，后来的人自然是战战兢兢如临深渊。当然解决的方法同样有很多，最常见的有两种：
一是把手下人都变成普通人，就算他们有当皇帝的想法，也没有那实力。
二是把有资格当皇帝的人都干掉，不管有想法的、没想法的、或者暂时没想法以后可能会有想法的，一概不能放过。
第一种实现起来不怎么靠谱，谁知道皇帝驾崩之后会发生什么事？哪里有斩草除根来得干净利落？于是朱天子就选择了第二种。
前文说到，基层出身的人总是对自己的亲戚同乡极有好感，有时候甚至抱有一种盲目的信任或者没有原则的跟随——当然，徐达这样的奇葩是罕见的特例。这样的跟随很容易在野心家的利用之下，变成各种各样有自己利益的集团，无论政治的还是军事的。而朱元璋自然会对手下的所有人都保持一种病态的怀疑态度，不管这人立下多大的功劳，或者为统一天下出了多少主意，就算是穿开裆裤就认识的朋友也不例外——你们抱成了团，还要我这个皇帝做什么？
既然外敌灭得差不多了，而蒙古人估计一时半会儿也打不回来，朱天子自然就要开始稳定内部。
他第一个下手的对象是华云龙。
华云龙此人也立过大功，跟着朱元璋东征西讨，着实是一员悍将。他从最开始起兵为千夫长开始，一路打滁州、下集庆（南京）、灭陈友谅、攻张士诚、伐元，都是冲锋在前，杀敌无数。直到攻占元大都，他被人告密说擅自住了元丞相脱脱的老房子，还拿了元宫中的东西——这种事情放在现代也顶多是贪污罪，在当时可是典型的图谋不轨。于是朱元璋大怒将他召回，后来的事情就是历史上的一个谜团了——华云龙不明不白死在半路。
下一个遭殃的是廖永忠。廖永忠此人也算是对朱家忠心耿耿，办成的最大一件事便是沉了小明王的船，从而使朱元璋毫无顾忌地登上了皇位。按说这样的从龙之功就算不能位极人臣，高官厚禄也是免不了的。但朱元璋何许人也？开国太祖！他的心思又岂是平常人可以揣测的？于是廖永忠被安了一个擅自使用龙凤图案的罪名，赐死。
然后是刘基，也就是著名的刘伯温。刘伯温在众多戏剧小说中都是以“前知三百年，后知三百年”的智者形象出现的，本身自然也有两把刷子。他敏锐地察觉到了朱元璋的心思，于是早早地便辞官归隐，并且谨慎地与官场中人断了联系，唯恐被抓到把柄。但是没用的，这些都是没用的。朱元璋怎么愿意会留下一个能够翻云覆雨，可能会危害自己统治的智者？他只是一直没有抓到合适的机会罢了。宰相胡惟庸揣摩上意，就进了谗言。接着刘伯温老先生也就不明不白地死了。
朱天子一旦杀顺了手，后面想停下来就不是那么容易的了。比较起来，华廖刘三位已经算是洪武朝难得的善终，下面几件更是骇人听闻。
洪武十三年（1380年）爆发诛杀宰相胡惟庸事件，随后大肆株连杀戮功臣宿将，此案牵连甚广。
洪武十三年正月，丞相胡惟庸称其旧宅井里涌出醴泉，邀请明太祖朱元璋前来观赏。朱元璋欣然前往，走到西华门时，太监云奇紧拉住缰绳，急不能言，拼命指向胡家。朱元璋感觉事态严重，立即返回，登上宫城时，发现胡惟庸家上空尘土飞扬，墙道都藏有士兵。太祖大怒，以“枉法诬贤”、“蠹害政治”等罪名，当天处死胡惟庸、陈宁等。同时借此穷追其友好，包括开国第一功臣韩国公李善长等大批元勋宿将皆受株连，牵连致死者3万余人，史称“胡惟庸案”。
这件案子从洪武十三年一直持续到洪武二十五年，整整十二年时间。在这期间只要某人被告发曾经与胡惟庸串通，那么无论是非黑白，一律照杀不误，当真是一件好用之极的杀手锏。朱元璋至此再不设立宰相一职，终明一代无人敢提复设。
杀了3万多人，按说也该消停一会儿了。但朱元璋抿抿嘴唇，似乎觉得意犹未尽。但同一个理由用得太多太滥也有些腻，是该换些新鲜玩意的时候了。
洪武二十六年（1393年），明太祖朱元璋借口凉国公蓝玉谋反，再次大肆株连杀戮功臣宿将。因蓝玉案被株连杀戮者，当时称之为“蓝党”。该案与胡惟庸案合称为“胡蓝之狱”。
蓝玉是开平王常遇春内弟，初隶常遇春帐下，有谋略，作战英勇，屡立战功，由管军镇抚积升至大都督府佥事。洪武十四年（1381年）他受封永昌侯，二十年（1387年）被拜为大将军，屯蓟州。洪武二十一年（1388年），他在捕鱼儿海（今内蒙古东部贝尔湖）之战中杀北元太尉蛮子等，降其众，获马驼牛羊十五万余，焚其甲仗蓄积；又破哈剌章营，获人畜甚多。朱元璋对其宠遇甚隆，比之为卫青、李靖，封为凉国公。但蓝玉居功自傲，日益骄横跋扈。他蓄庄奴假子达数千人之多，并仗势侵占东昌（今山东聊城）民田。当御史按问时，他竟将御史鞭打后赶走。北征时他又私占大量珍宝驼马无数。蓝玉出征回师夜经喜峰关，因守关吏未及时开门，竟纵兵毁关而入。他的所作所为，引起朱元璋不满，但他犹不收敛，擅定军中将校升降与军队进止，导致朱元璋数次责备。
洪武二十六年（1393年），锦衣卫指挥告发蓝玉谋反，下狱审讯后，狱词称其同景川侯曹震、鹤寿侯张翼、舳舻侯朱寿、定远侯王弼、东筦伯何荣及吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等谋反，拟乘朱元璋藉田时发动叛乱。朱元璋遂族诛蓝玉等，并株连蔓引，自公侯伯以至文武官员，被杀者约2万人。朱元璋还手诏布告天下，并条例爰书为《逆臣录》。列名《逆臣录》者，有一公、十三侯、二伯。
汤和（1326～1395年），明朝开国名将。字鼎臣，濠州（今安徽凤阳）人。为人谨慎，沉敏多智，是明初政坛少有的“不倒翁”。他对朱元璋有拥戴之功，却能不争功，能以平常心对待不公待遇；他识相知趣，善于迎合皇帝的心思以自保；告老回家后他又低调做人，从不以功臣自居，并且束缚子孙家奴，遵守法纪，不授人以柄。因此，虽朱元璋大杀功臣，独独他漏网，且死后备极哀荣。如此大杀两轮之后，整个明朝的功臣名将基本上也就差不多了。那些朱元璋起兵时亲如手足的患难朋友，终究也没有逃过“狡兔死，走狗烹”的功臣宿命。比如皇太子的教师宋濂，是元末明初文才最为出众的人物，朱元璋尊称他是“圣人”，来往宫中如同一家。因他孙儿牵扯到胡惟庸案中，朱元璋翻脸不认人，昔日的座上宾一眨眼成了阶下囚。宋濂被贬到穷困的蛮荒，没几年就死在那里。平定云南的大将傅友德，父子同时绑赴刑场腰斩；平定广东的大将朱亮祖，父子同时惨死在钢鞭之下；大臣李仕鲁在金銮殿上辞职，朱元璋认为是看不起他这个皇帝，当即命武士将李仕鲁摔下殿堂，脑浆崩裂而死。
在所有共患难的朋友中，只有三个人没有被扣上谋反的帽子，一是常遇春，二是徐达，三是汤和。常遇春运气最好，天下还没太平就早早地死掉。而徐达的死和处决没啥分别。他患一种疽疮，最忌鹅肉，朱元璋偏偏送一碗鹅肉给他，并命送鹅肉的宦官在旁监视他吃掉。徐达一面吃一面流泪，当晚毒发身死。只有汤和一人寿终正寝，因为他看上去傻乎乎的，不具备承载野心的智商。
在朱元璋统治时期，朝中人人自危，每时每刻都担心飞来横祸，官员们每天早上入朝，即跟妻子诀别，到晚上平安归来，合家才有笑容。
关于朱元璋疯狂屠杀功臣元勋的心理动因，后世历史学家有不同的解释。最有代表性的解释是，朱元璋看到皇太子懦弱，担心他死后强臣压主，所以事先消除隐患。这种解释有一则宫廷秩闻可为佐证：有一天皇太子劝说父亲不要杀人太多，朱元璋把一根长满了刺的棍子丢在地上，命皇太子用手拾起来。皇太子一把抓住刺棍，结果给扎破了手掌并连声呼痛。朱元璋说：我事先为你拔除棍上的毒刺，你难道不明白我的苦心吗？
就算上面的解释是真实的，却恰恰说明被杀的功臣全是蒙受了不白之冤，“谋反”根本是莫须有的罪名。而朱元璋在屠杀功臣的同时也助长了司法制度的黑暗。
朱元璋没有料到，这样的事情一旦有了先例，后面便止也止不住了。要不了多久，他的儿子会将这样的事情做得更滥，更绝。
明朝为什么没有宰相
洪武十三年（1380年），明太祖为了进一步加强君主专制权力，朱元璋以宰相胡惟庸谋反伏诛为由，罢丞相，废中书省，并严格规定嗣君不得再立丞相；臣下敢有奏请说立者，处以重刑。丞相废除后，其事由六部分理，皇帝拥有至高无上的权力，中央集权得到进一步加强。但由于缺少辅政机构，政务繁缛，很快朱元璋感到力不从心。于是建立四辅官，来弥补皇帝个人专断的不足，但两年以后废除。其后朱元璋将原中书省的议政权移入翰林院。
洪武十五年（1382年），朱元璋仿宋代制度，置华盖殿、谨身殿、武英殿、文渊阁、东阁等大学士，作为皇帝的顾问。又置文华殿大学士以辅太子，但品秩都只有正五品，以免擅权。
朱元璋对于繁琐的政务，还可以勉强应付，但开国几代后的帝王却是生于深宫之中，面对着千变万化的各种政务，必然手足无措，最后只有依靠内阁，如明成祖，甚至是委权于宦官。
到了明世宗时，改华盖殿为中极殿，谨身殿为建极殿，将大学士的朝位班次，列在六部尚书之前，地位大大提高。这样，就使大权渐渐落入大学士之手，像张居正虽无宰相之名，实有宰相之权。内阁成为没有中书省名份的中书省，明后期甚至形成了非常严重的宦官专权局面。皇帝让宦官牵制内阁和大学士，给宦官参政开了方便之门，是导致明朝中后期政治统治日益黑暗的重要原因。