洪武二十五年（1392年）太子朱标病死，朱元璋立太子的次子朱允炆（长子早亡）为皇太孙。洪武三十一年（1398年），朱元璋去世，朱允炆即帝位，改元“建文”，是为建文帝。
朱允炆在做皇太孙时，就对诸藩王不满，曾与他的伴读黄子澄商量削藩策略。即帝位后，他采纳了大臣齐泰、黄子澄的建议，决定先削几个力量较弱的亲王的爵位，然后再向力量最大的燕王朱棣开刀，并令诸亲王不得节制文武将吏。皇族内部矛盾由此迅速激化。建文帝命人监视朱棣，并乘机逮捕之。朱棣得到这一消息，立即诱杀了前来执行监视逮捕任务的人，于建文元年（1399年）七月起兵反抗明朝中央政府。
皇明祖训，明太祖朱元璋主持编撰的明朝典籍。内容是为巩固朱明皇权而对其后世子孙的训戒。初名《祖训录》。始纂于洪武二年（1369年），六年书成，朱元璋为之作序。命礼部刊印成书。九年又加修订。二十八年复位，更名为《皇明祖训》，并将首章的《箴戒》改称《祖训首章》。朱元璋当国时，恐权臣篡权，规定藩王有移文中央索取奸臣和举兵清君侧的权利。他在《皇明祖训》中说：“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧。”当然，以我们现在的眼光看来，这样的规定无非是给那些心怀不轨的藩王们一个名正言顺的叛乱理由罢了。朱棣据此指齐泰、黄子澄为奸臣，须加诛讨，并称自己的举动为“靖难”，即平定祸难之意。因此，历史上称这场朱明皇室内部的争夺战争为“靖难之役”。
朱棣初起兵时，燕军只据北平一隅之地，势小力弱，朝廷则在各方面都占压倒性优势。所以战争初期，朝廷拟以优势兵力，分进合击，将燕军围歼于北平。朱棣利用内线作战的优势，迅速攻取了北平以北的居庸关、怀来、密云和以东的蓟州、遵化、永平（今河北卢龙）等州县，扫平了北平的外围，排除了后顾之忧，便于从容对付朝廷的问罪之师。而经过朱元璋大肆杀戮功臣宿将之后，朝廷也无将可用，朱允炆只好起用年近古稀的幸存老将长兴侯耿炳文为大将军，率军13万伐燕。
建文元年八月，耿炳文率南军至河北滹沱河地区。燕王在中秋夜乘南军不备，突破雄县，尽克南军的先头部队，继而又于滹沱河北岸大败南军的主力部队。建文帝听到耿炳文军败，根据黄子澄的推荐，任曹国公李文忠之子李景隆为大将军，代替耿炳文对燕军作战。
李景隆本是纨绔子弟，素不知兵，“寡谋而骄，色厉而馁”。九月，李景隆至德州，收集耿炳文的溃散兵将，并调各路军马，共计50万，进抵河间驻扎。当朱棣侦知李景隆军中的部署后，笑着说，兵法有“五败”，李氏全犯了，其兵必败无疑。这“五败”就是指政令不修，上下离心；兵将不适北平霜雪气候，粮草不足；不计险易，深入趋利；求胜心切，刚愎自用，但智信不足，仁勇俱无；所部尽是乌合之众，且不团结。为了引诱南军深入，朱棣决定派姚广孝协助世子朱高炽留守北平，自己亲率大军去援救被辽东军进攻的永平，并告诫朱高炽说：“李景隆来，只宜坚守，不能出战。”朱棣同时还撤去了卢沟桥的守兵，以为疑兵之计。
李景隆（1369～1429年），小字九江，明太祖朱元璋姐孙、曹国公李文忠子。不懂兵法，妄自尊大，许多功臣老将弃而不用，结果与燕王对阵时多次兵败。燕兵进驻金川门时，他开门迎降，成祖即位后加官晋爵。朝廷有大事，以他为首主议，诸功臣都愤愤不平。永乐二年（1404年），周王及大臣一再弹劾他图谋不轨，被软禁家中。永乐末死。朱棣这一招果然灵验。李景隆听说朱棣率军赴援永平，就率师于十月直趋北平城下。经过卢沟桥时，他见无守兵，禁不住欢喜，说：“不守此桥，我看朱棣是无能为力了。”这时朱高炽在北平城内严密部署，拼死守卫。李景隆则号令不严，指挥失当，几次攻城，皆被击退。南军都督瞿能曾率千余精骑，杀入张掖门，但后援不至，只好停止进攻。又因李景隆贪功，要瞿能等待大部队一起进攻，错过了时机。当是时，北平天降大雪，燕军则因此得到喘息，连夜往城墙上泼水，天冷结冰。待到次日，南军也无法攀城进攻了。
而朱棣解救永平之后，并未回师北平，反而率军直趋大宁（今内蒙古宁城西）。
大宁为宁王朱权的封藩，所属朵颜诸卫，多为蒙古骑兵，骁勇善战。朱棣攻破大宁后，挟持宁王回北平，合并了宁王的部属及朵颜三卫的军队。朱棣带着这些精兵强将于十一月回师至北平郊外，进逼李景隆军营。燕军内外夹攻，南军不敌，李景隆乘夜率先逃跑，退至德州。次日，士兵听说主帅已逃，“乃弃兵粮，晨夜南奔”。
建文帝却为大臣所蒙蔽，反而奖励打了败仗的李景隆。建文二年（1400年）四月，李景隆会同郭英、吴杰等集合兵将60万众，号称百万，进抵白沟河（今河北雄县北）。朱棣命令张玉、朱能、陈亨、丘福等率军十余万迎战于白沟河。
战斗打得十分激烈，燕军一度受挫。但南军政令不一，不能乘机扩大战果。燕军利用有利时机，力挫南军主将，南军兵败如山倒。李景隆再次退走德州，燕军跟踪追至。五月，李景隆又从德州逃到济南。朱棣率燕军尾追不舍，于济南城外打败李景隆率领的立足未稳的十余万众。朱棣围攻济南三月未下，恐粮道被断，遂回撤北平。南军将领盛庸方才收复德州。
李景隆在几个月的时间内一败再败，建文帝总算撤免了他的大将军职务。建文帝采黄子澄之谋，遣使议和以求缓攻，又任命盛庸为平燕将军，代李景隆统兵。盛庸屯兵德州，以遏燕军南下。建文二年九月，盛庸率兵北伐，十月，至沧州，为燕军所败。十二月，燕军进至山东临清、馆陶、大名、汶上、济宁一带。盛庸率南军于东昌（今山东聊城），严阵以待。
燕军屡胜轻敌，被南军大败，朱棣亲信将领张玉死于战阵，朱棣自己也被包围，借朱能援军的接应才得以突围。东昌战役是双方交战以来，南军取得的第一次大胜利。兵败后，朱棣总结说：东昌之役，接战即退，前功尽弃。今后不能轻敌，不能退却，要奋不顾身，不惧生死，打败敌手。
建文三年（1401年）二月，朱棣率军出击，先后于滹沱河、夹河、真定等地打败南军。接着，又攻下了顺德、广平、大名等地。战争已经进行了两年的时间，南北交战主要在河北、山东。燕军虽屡战屡胜，但南军兵多势盛，攻不胜攻，燕军所克城邑旋得旋失，不能巩固。能始终据守者，不过北平、保定、永平三府而已。
战略上的劣势，无法通过战术胜利来弥补。如果不出意外的话，朱棣会在激发自己最后一丝潜力之后被生生拖死。毕竟战争是最好的催化剂，南军的将领在不断的失败中总结教训，水平迅速提高。就算朱棣是百年一遇的天纵之才，也无法取得决定性的大胜利。三国时期诸葛被司马生生拖死的阴影，似乎慢慢地笼罩在朱棣上空。
但很快，一个千载难逢的机会来了。
南京宫廷里不满建文帝的太监送来了南京城空虚的情报。这场战争说到底也是朱家王朝内部争权夺利，并不是外敌入侵非得拼个你死我活。只要打下京城，朱棣就可以成为大明之主。这个险，他不得不冒。
建文四年（1402年）正月，燕军进入山东，绕过守卫严密的济南，破东阿、汶上、邹县，直至沛县、徐州，向南直进。而燕军已过徐州，山东之军才南下追截。四月，燕军进抵宿州，与跟踪袭击的南军大战于齐眉山（今安徽灵璧县境），燕军小败，双方相持于淝河。在这次决战的关键时刻，建文帝受一些臣僚建议的影响，把徐辉祖所率领的军队调回南京，削弱了前线的军事力量，南军粮运又为燕军所阻截，燕军抓住时机，大败南军于灵璧，仅俘获南军将领即几百人。自此，燕军士气大振，南军益弱。朱棣率军突破淮河防线，渡过淮水，攻下扬州、高邮、通州（今江苏南通）、泰州等要地，准备强渡长江。这时，朱棣之子朱高煦引番骑赶到，燕军军势大振。
建文帝曾想以割地分南北朝为条件同燕王议和，被拒绝。六月初三，燕军自瓜洲渡江，镇江守将降城，朱棣率军直趋南京。十三日进抵南京金川门，守卫金川门的李景隆和谷王为朱棣开门迎降。燕王进入京城，文武百官纷纷跪迎道旁，在群臣的拥戴下即皇帝位，是为明成祖，年号“永乐”。历时四年的“靖难之役”以燕王朱棣的胜利而告终。
打仗打赢了，但是后续的工作还有很多很多。就如我们前文所说，朱元璋在排除异己方面给后人开了一个血腥的头，自然也只能发展得更为残酷。
建文帝的下落
建文帝的结局到底怎样，众说纷纭，莫衷一是，成为明史第一谜案。
《明史纪事本末》记载，建文帝从南京逃出后，带着杨应能、叶希贤、程济两比丘一道，隐名易服，云游天下。学者根据地方志、遗迹、遗址等资料考证，认为建文帝曾流亡于云南、贵州、四川、湖北、江浙、广东等地，《明史纪事本末》说他为逃脱追捕，“西游重庆，东到天台，转入祥符，侨居西粤，中间结庵于白龙，题诗于罗永，两入荆楚之乡，三幸史彬之第”。
还有传言说建文帝泛舟出海，去了南洋，并在某个小岛上过着自食其力的恬然隐居生活。近来有人考证建文帝避难泉州开元寺，并在开元寺扬帆出海，最终隐居印尼苏门答腊岛东海岸，然而没有更多的证据，仅仅是猜测而已。
谷应泰《明史纪事本末》和郑晓《吾学篇》中，记载有正统七年，建文帝因年纪已老，就到广西思恩州官府，自称是建文帝。当地官员急忙上报朝廷，将其送至京师。朝廷派老宦官吴亮前去辨认。建文帝一见到他就叫出了他的名字，吴亮否认。建文帝又说当年他进膳时，扔一片鹅肉到地上，吴亮像狗一样趴下去吃掉。吴亮听后伏地大哭，回去后就上吊死了。建文帝被迎入西内，老死于宫中，葬于西山，不封不树。
其实这是谣言，不过还是有一定根据的。《英宗实录》载正统五年（1440年）十一月，有个僧人从云南到广西，自称是建文帝，年90余岁。当地官员将其遣送到京师，大臣们怀疑他是假冒的。经过究问，他承认本名叫杨行祥，洪武17年为僧，受到别人的蛊惑才假冒建文帝的。于是英宗将其押入大牢，过了4个月就死在狱中了，同谋的12名僧人被发配到辽东守边。
还有人认为建文帝在四川平昌佛罗寺躲藏过，并病逝于此，葬于寺后山坡上。建文帝之所以选择佛罗寺，是喜欢这里偏僻难寻，不容易被发现。因他常常面向京城的方向暗自哭泣，后人就把佛罗寺改称望京寺。
还有一种说法，据《江油县志》记载：明朝建文帝（朱允炆）兵败归隐此山。
另外，近几年有人自称建文帝后人，献出《让氏家谱》，称建文帝通过地道逃离南京，假扮僧道，云游各地，后隐居于武昌，死后就葬在武昌洪山。当然，这一说法还有待于进一步的验证。
对建文帝出亡谜案的解释不仅上面列出的几种，有许多凄美的故事在许多书籍、口头上流传开来，而且也必将流传下去。也有人指出，建文帝自焚身亡，朱棣为了不留下“杀侄夺位”之臭名，故意苦心寻找建文帝下落，留下了历史疑案，这可能是朱棣的用心之机。
综上，朱棣在即位后，下令搜寻建文帝，这是历史事实。但他的真实用心及建文帝的真正下落和结局到底怎样，谁也没有确凿的证据，至今仍是一个难以解开的历史之谜。