除西北外，在东北和西南也有大量回回屯田户。《元史·成宗纪》载：“［元贞元年（1206年）七月］壬午，立肇州屯田万户府，以辽阳行省左臣阿散领其事。”肇州（治今黑龙江省哈尔滨）立屯田万户府，掌事人阿散（即合散）是回回人，曾在武宗和仁宗朝两度出任丞相，其属下屯田户中肯定有不少回回人。在大西南的云南行省，是元代回回人的重要聚居地区。至元十一年（1274年），着名回回政治家赛典赤·瞻思丁出任行省平章，回回人大批进入云南。云南行省辖军民屯田12处之多，屯田面积达40余万亩，屯田军民中回回人占相当大的比重。这点从《民国昭通县志稿》卷十《人种志·汉人》所载史料可以说明：“元置宣慰司，调云南及四川军屯田，回兵而外，汉人约三千人。”同书卷十《人种志·回子》载：“［昭通］自元时置宣慰司，屯田，戍兵类多回族，半皆流落于此。”至于回回人在内地屯田的仍然很多，其中比较集中的地区在汴梁、南阳、襄阳等地。邱树森着：《中国回族史》，宁夏人民出版社，1996年，第224页。由于屯田牧守的需要，回回人逐渐形成许多小的聚居点或聚居区，星罗棋布，遍及全国城乡各地，从而历史地形成了“元时回回徧（遍）天下”的局面，《明史·西域传》。和大分散，小聚居的居住格局，这对以后中国回族的发展和区域分布产生了深远的历史影响。
除上述屯田的“回回”户外，元代还有大量的从西域俘虏来的精巧手工艺人被分配到各地政府或宗王所办的匠人局服役。仅河北弘州（今河北信阳）有“西域织金绮纹工三百余户”。《元史·镇海传》。始建于元太宗时的兴和路荨麻林（今河北万全西）人匠提举司，安置有“回回人匠三千户”，全为中亚撒马尔罕、不花剌人。《元史·哈散纳传》。元代设有制毡和毛织品的匠局、织染提举司、金银器盒局等等，百色工匠，无不具备。据王恽《秋涧文集》记载：元代“籍人匠四十二万，立局院七十余所，每岁定造币、缟、弓、矢、甲、胄等物。”这些人使当时的蒙古国都和林、岭北地区和中原的手工业出现了前所未有的繁荣。虽然上述匠人中也有大量的汉族和其他民族人员，但从中亚来的色目回回肯定不少。据不完全统计，蒙古帝国及元代时期来华的西域“回回”军人和工匠总数应在60万至80万之间。这些“回回”成为现代回族的主要来源。
元代东来的回回穆斯林数量不仅远远超过唐宋时期，而且终元一世，蒙古统治者一直将以穆斯林为主的中亚西亚色目人视为其进行统治时可以信赖的主要助手，当时“居于统治地位、享有特殊利益的是蒙古人，色目人中的上层分子次之，他们是蒙古统治者的得力助手。”《蒙古族通史》上卷，民族出版社，2000年修订版，第355页。按元制，在中央和地方行省任左右丞相、平章政事、左右丞、参知政事者，均有宰相之位，其中前两职是宰相，后两职是副宰相。史载，蒙古帝国及元代时期回回先后任平章以上宰臣职务者达22人。邱树森主编：《中国回族史》，宁夏人民出版社，1996年，第215页。这种优越的社会地位对吸纳西域穆斯林大量来华和其他族群的成员融入回族，客观上会产生积极的影响。这些回族与所在地汉、蒙古等族结成婚姻、成家立业、繁衍后代，形成了现代回族。
另外，元中叶安西王帐下屯戍西北各省的十余万蒙古军皈依伊斯兰教，对形成今西北回族注入了大量的新血液：至元九年（1272年），忽必烈的皇三子忙哥剌受封为第一代安西王，辖区包括今陕西、甘肃、宁夏、青海、四川、西藏等省区。所辖蒙古军、探马赤军遍布陕、甘、宁、青各地。至元十七年（1280年），忙哥剌病死，四年后其长子阿难答承袭了安西王位，史载：“铁穆耳合罕在原来的基础上，把忽必烈合罕给予忙哥剌的那支军队，以及原属于他的唐兀惕地区，赐给了阿难答。”（波斯）拉施特：《史集》第二卷，商务印书馆，1985年。阿难答幼时“被托付给了一个名为蔑黑帖儿·哈散·阿黑塔赤的突厥斯坦伊斯兰教徒，让这个人抚养他。……他背诵过《古兰经》，并且用大食文书写得很好……同时，他还使依附于他的十五万蒙古军队的大部分皈依了伊斯兰教。”（波斯）拉施特：《史集》第二卷，商务印书馆，1985年。除安西王部属外，融入回族之中的还有察合台支系的西宁王后裔。察合台孙阿鲁忽（察合台汗国第四代汗王）之子术伯和合班于13世纪70年代因反对海都的斗争失败后，率部逃入元朝领地，世祖忽必烈把他们安置在河西一带守边。至元朝后期术伯统兵西陲，在与海都、笃哇等反元集团的斗争中屡立战功，被朝廷封为威武西宁王，后来改封豳王。1331年术伯之孙速来蛮袭封西宁王。在《莫高窟造像记》中，有速来蛮家族成员的名字，如世子养阿沙（牙罕沙）、诸子速丹沙、阿速台等。刘迎胜着：《察合台汗国史研究》，上海古籍出版社，2006年，第477页。养阿沙这个名字中的“养阿”（YagHan）为突厥语“象”之意，“沙”（Shāh）则是波斯语“君王”之意。养阿沙的父亲速来蛮、兄弟速丹沙的名字为阿拉伯语或波斯语，证明这个家族已接受伊斯兰教。西宁王速来蛮曾修西宁城南着名的凤凰山拱北。西宁王后裔降明后继续充任沙州卫、西宁卫首领，这个家族及其部分属下后来融于甘、青回族之中。
元朝统治期间，有无其他蒙古人改宗伊斯兰教，因无史料印证不得而知。元朝覆亡之后，留居中原的蒙古人和色目人社会地位一落千丈，为了避免歧视和压迫，部分蒙古人改了汉姓，融入汉族，如太祖成吉思汗时的功臣木华黎之后改姓为李。也有部分蒙古人因过去与色目人社会地位相近，交往较深或有姻亲等关系，自然地融入回族。这部分人中着名的有元末臣相脱脱之后以脱为姓，成为东北回族大姓。据辽宁《脱氏宗谱》载“脱脱为始祖，始祖之伯父伯颜公，父马扎儿台公均为元朝丞相，相传至今已二十余世矣……”魏德新：《中国回族姓氏溯源》，新疆大学出版社，1999年，第75页。西北地区的回族大户铁姓，应是取之蒙古名“铁木尔”之首音。西北地区的回族帖姓来源也与此有关。而且入明以后仍有部分蒙古人融入回族之现象。如15世纪驻牧于阿尔泰山一带的卫拉特蒙古（瓦剌）绰罗斯部封建主马哈木家族部分后裔融入回族。敏贤麟：《蒙古游牧文明与伊斯兰文明的交汇》，宗教文化出版社，2010年，第306~308页。今西北回族中一大部分应该是来源于这些伊斯兰化的蒙古人。《回族姓氏初探》说：“脱、妥、铁、帖、达、朵、贴、燕、何、塔、忽、萨、合、和等姓氏，从姓氏考察几乎都来源于蒙古人的姓氏。”魏德新：《中国回族姓氏溯源》，新疆大学出版社，1999年，第74页。
有学者认为，元代的“回回”指的是“突厥后裔西迁后，又回来”的一群人。穆德全：《元代回回人分布江浙考》，《河南大学学报》1984年第1期。追根溯源，此说有一定的历史根据，但不完全正确。因为构成元代“回回”的不全是突厥语族群，应该还包括早期来华的阿拉伯人、波斯人、甚至犹太人等。至于说构成“回回”族源的主体部分——中亚、西亚突厥人，他们来到中国，实际上就是“重返故土”。因为突厥人在唐朝以前就生活在蒙古高原至阿尔泰山一带。中外典籍和突厥文考古史料也证明了这一情况：6至8世纪属于东突厥汗国的《暾欲谷碑》（1887年在今蒙古国乌兰巴托附近的巴颜楚克图地方发现）、《阙特勤碑》（1889年在今蒙古国呼舒柴达木湖畔发现）和《毗加可汗碑》（1890年在蒙古国喀喇巴喇哈逊附近柴达木河畔发现），属于回鹘汗国的突厥文《磨延啜碑》（1909年在今蒙古国希乃乌苏发现），都说明突厥部落原来居住在蒙古高原和今新疆天山、阿尔泰山地区，突厥人更早的祖源据说是“平凉杂胡也”。《周书》卷五十《突厥传》。后来东、西突厥汗国连遭内乱并受到唐朝打击后灭亡。突厥人建立的漠北回鹘汗国也因内乱削弱后遭黠戛斯打击崩溃，这样，大部分突厥人陆续西迁至中亚西亚。成吉思汗征服中亚回师时，部分臣服于他的突厥回回（属色目人，早已成为伊斯兰教徒）以军人和工匠身份东返故乡，至中国定居后与当地妇女婚配繁衍后代。由此可见回族并非“外来”民族，从族源上讲，其主体在中国。可以说，回族是以伊斯兰化的突厥人、蒙古人为主体，与先期来华的阿拉伯人、波斯人等国外民族和汉族等国内民族，在伊斯兰教影响下相互融合，最后形成的一个新的民族共同体。
二、明代回族的构成
在元代回族群体的基础上，明代又不断吸收其他民族加入，使这个孕育中的民族共同体更加充实和壮大。明初，基于统治的需要，统治阶级一方面对色目人、蒙古人等多有防范，一度不许本类自相嫁娶，“凡蒙古、色目人，听与中国人为婚姻，不许本类自相嫁娶。违者杖八十，男女入宫为奴。”《明律》并且禁止“胡服、胡语、胡姓”。《明太祖实录》卷30。此后回族男性娶汉女后子孙姓母姓，或回族为了避祸更改姓名托庇于汉人者有之，今天回族中有大量的汉族姓氏应该根源于此。对回族采取强制同化的政策，在客观上却引导外教人与回族通婚（不论男娶女嫁），改宗伊斯兰教，促进了回族穆斯林人口的大量增加。另一方面，明朝统治者也对回族实行怀柔亲善政策。朱明王朝的开国功臣中，有许多是回族将领，着名的有常遇春、胡大海、冯胜、冯国用、蓝玉、沐英等，
其中与大将徐达齐名的常遇春，北伐胜利后马革裹尸而还，死时年仅39岁。朱元璋在总结开国之功时说：“开拓之功，以十分言之，遇春居其七八。”他在评价冯胜、冯国用之功时说：“冯胜兄弟二人与我亲同骨肉，十余年间协助我除肘腋之患，建爪牙之功，平定中原，佐成统一大业。”白寿彝：《回族人物志》（明代卷），第2、42页。这些英烈们的光辉业绩，一定程度上也为回族人民赢得了较高的社会地位。明太祖御题《百字赞》，称颂伊斯兰教和先知穆罕默德。还任命回族人为翰林院编修，翻译伊斯兰教经籍，并在南京敕建清真寺。明成祖曾颁发敕谕保护伊斯兰教，任命回族人士郑和七下西洋，宣扬国威。宣宗、武宗均有敕建清真寺之例。在对外交往和贸易方面，明王朝对西域诸国和南洋、西洋采取“厚往薄来”的政策，“以示朝廷怀柔之意”。《明太祖实录》卷154。明王朝历代帝王采取较为开明的对外政策，不仅促进了东西方贸易，而且吸引了大量中亚、西亚突厥诸部族“回回”和南洋穆斯林继续来华。从洪武朝开始，就有“西域回回”不断内迁，至正德年间，“西域回回”内迁逐渐达到高潮。至嘉靖以后，“西域回回”内迁虽渐趋平静，但仍未停止。随着入附内地回回不断增多，他们或自流中原内地，成为居民；或寄居甘、青等西北边地，长期不往，成为永久居民。整个明代，入居中国内地的西域突厥诸部族回回人数已相当可观，仅见于记载的入附回回就有“十五六万之多”，和：《明代西域入附回回人口及其分布》，《回回历史与伊斯兰文化》，今日中国出版社，1992年。这自然进一步壮大了回族人的队伍，促进了回族的形成。
多种渠道的融入丰富了回族形成族源多元化的实质内涵，同时也为回族适应儒家文化体系下的中国社会奠定了基础。
唐宋时期，回回先民以“蕃客”、“胡商”的侨民身份在中国的土地上繁衍生息；元代，他们因战功和才能受到蒙古统治阶级很高的礼遇，其中的精英分子成为治理国家不可或缺的人才。时移事易，明王朝的建立，打破了原有的政治统治格局，回族人失去了在蒙古帝国及元代时期所占据的优越政治地位，这迫使他们必须重新审视自己所处的社会环境。在争取生存和发展的实践中，广大回族群众的民族意识进一步提高，民族内聚力进一步增强，他们努力地维系着自身的民族传统和文化传承。这一时期，具有伊斯兰文化特色的宗教活动、婚姻、丧葬、饮食等风俗习惯进一步规范，民族特色更加鲜明。同时，明代的回族已完全掌握汉语言文字，广泛使用汉语作为交际工具，其民族主体已将汉语作为自己的母语。可以说，语言、服饰、习俗等某些方面的“华化”都是回族为求得生存和发展所作出的必然选择。傅统先：《中国回教史》，宁夏人民出版社，2000年，第76页。由于民族意识的增强，加之迁徙、战乱、灾荒、商业等因素的影响，到明代回族“大分散，小聚居”的居住格局完全形成并趋向定型，回族共同体最终形成，中华民族大家庭又增一新的成员。
据2000年人口普查统计，全国回族人口约9，820，000人，每一个省都有回族。其中以宁夏、甘肃、河北、河南、青海、山东、云南、新疆居住回族最多。分布特点仍然是大分散、小集中。现在，全国有一个回族自治区，即宁夏回族自治区，两个回族自治州（甘肃临夏、新疆昌吉），6个回族自治县（河北孟县、大厂，青海门源、化隆，甘肃张家川，新疆焉耆），还有5个回族和其他民族联合自治的县（民和回族土族自治县、大通回族土族自治县、巍山彝族回族自治县、寻甸彝族回族自治县、咸宁彝族回族苗族自治县）。此外，还建立了4个县级回族区（呼和浩特市回族区、郑州市管城回族区、开封市顺河回族区、洛阳市瀍河回族区）和140多个回族乡、镇。