重庆北碚附近的凤凰山，古木参天，风景秀丽，山上有一座明代寺庙——古圣寺，现今成了人们凭吊著名人民教育家陶行知的地方。
陶行知在1939年的抗战时期为培养从全国各地流亡到大后方的有特殊才能的难童，在这里创办了闻名遐迩的育才学校，为国家培养了不少优秀的人才。学校开办之初，从各个保育院收留的流亡难童中，择优录取了具有一定特殊才能的100多名少年儿童，分别编入音乐、戏剧、绘画、文学、自然科学及社会科学等6个专业组学习。学校聘请了当时云集重庆大后方的著名专家学者任教，因而学生的成绩十分优异，并使外国友人为之惊讶。
育才学校虽然自开办后一直得到重庆的周恩来、董必武、宋庆龄等人的关心和支援，但在1941年皖南事变后，由于政治环境恶化，反动派实行经济封锁，加之通货膨胀，经济困难日趋严重，有时甚至到了断炊的地步。李约瑟在重庆开展中英科学合作工作以来，由于向中国各科研机构及学校分配从英国运来的图书、仪器等物品，结识了育才学校的陶校长。他不但多次解决学校的经费困难，而且还为学校的戏剧组向国外代购仪妆用品，解决了师生们的燃眉之急。作为教育家的陶行知，一贯对李约瑟中学时代的老师、昂德尔公学的桑德森校长十分钦佩，甚至达到十分崇拜的程度。可能是“名师出高徒”的原因，他对桑德森的这位高足也十分器重，感情颇深。李约瑟对陶行知这位著名教育家、民主斗士的事迹早有所闻，并且十分仰慕。他认为，这些进步力量是中国的希望所在，自己有义务支援他们，李夫人李大斐也常去学校考察交流，他们很快成了好朋友。
李约瑟及其同事肩负的中英科学合作工作是异常困难的，在当时战争条件下，最大的困难便是运输问题，通常情况下，援华物资往往从印度海路运往中国，但在紧急之时，只能从印度运往缅甸，再用车队沿滇缅公路运至昆明。后来滇缅公路被日军切断，只得从印度经“驼峰”空运或从苏联陆路运输来华，可谓备尝艰辛。除了运输问题，再就是对待中国各党派间政治力量的态度问题，这也是一个棘手的难题。李约瑟在这方面出色地施展了他自幼造就的一手“搭桥”本领，无论是对国民党，或是共产党，他对赠送英国运来的援助物资都一视同仁，不偏不倚。他对延安的自然科学院、白求恩医学院及鲁迅艺术学院，照样按同等的文教机构给予援助。一旦遇到国民党方面的横加禁阻时，他就托宋庆龄、《新华日报》等私人或机构转送。李约瑟认为越是困难，越应该扶持协助。正由于他的这种公正的无私立场，因而一直受到国共两党的尊敬。
早年受到马克思主义思想影响的李约瑟，在重庆工作期间，对中共的态度也非常友好，并十分向往延安解放区。当时正值国共第二次合作时期，中共在重庆设立了由周恩来主持的八路军办事处，因此李约瑟对周恩来夫妇、林祖涵等人十分熟悉，并同他们建立了友谊。据邓颖超回忆，李约瑟在重庆同他们时有来往，她和周恩来还曾去他住处吃过一次饭，并对鲁桂珍留有深刻的印象。
李约瑟虽然主要活动于国民党统治的广大地区，但他也十分想了解延安解放区的科研及教育情况，以便进行援助，并向全世界介绍这盏指引中华民族抗战的指路明灯。一个意外的机会终于来了。以往，陕甘宁边区被不少新闻媒介描绘成为一个愚昧落后、没有民主自由、没有文化、到处种植鸦片、盗贼四起的野蛮区域。八路军是一群“乌合之众”，国民党还封锁记者前去采访和介绍那里的真实情况。1944年6月，中外记者联合写信向蒋介石申请前往采访，国民政府为了应付国际舆论，又迫于曾给国内承诺实施民主宪政而不得不加以批准。李约瑟的朋友、美国《纽约时报》记者爱泼斯坦是这次采访活动的积极倡议者，并以直言而著称。这意外的好消息使李约瑟非常高兴，他就委托这位老友顺道搜集有关陕甘宁边区科研与教育的资料，作为提供援助及对外宣传的参考。记者团在延安受到周恩来的亲切接见。爱泼斯坦还代表宋庆龄主持的“保卫中国同盟”带给解放区一部分援助。爱泼斯坦在延安三个月，访问了毛泽东、周恩来、朱德、贺龙等中共著名领导人，并为《纽约时报》撰写了《中国未完成的革命》等关于延安及晋西北之行的见闻等多篇文章。在延安期间，他还访问了那里的延安大学、延安医学院和八路军制药厂。他撰写的《陕甘宁边区的科研与教育》一文，用英文发表在《美国援华会会刊》，李约瑟后来将此文收入他同李大斐合编的援华工作报告集《科学前哨》中。他还把爱泼斯坦在延安所摄的四幅珍贵的照片编入《中国科学》的图片集中。他在书里写道：“……人们看见陕甘宁边区北部的学生在露天课堂学习几何，学习胚胎学，学习植物学，学习机械工程。当然，这里同自由中国的其他地方有着不同的政治情况，边区整个的教育体系现在都受延安大学的影响。它在简陋的条件下发展起来，学习的课程必须是短期的，普及性的。继而，与普遍存在的文盲作斗争，现在已经取得了很大的进步，总体学术水平提高也很大。尽管几乎每一种必需的设备都缺乏，但科学技术方面的训练都非常认真。”
李约瑟还曾为失掉一次访问延安的机会深感遗憾。1944年8月，根据美国副总统华莱士与蒋介石达成的协议，驻华美军总司令将组织美国军事观察组访问陕北，其使命是了解日伪军的军事部署与兵力，以及八路军的装备与战斗力等情况。他们自称是“迪克西使团”，认为战时延安与当年美国南北战争期间反叛的各州——“迪克西”有些类似。观察组组长戴维·D·仓瑞德上校曾邀请李约瑟同机前往考察，但由于他当时中英科学合作事务繁重，无法分身，结果错失良机。他后来不无后悔地说：“当时我真该去的，然而却失掉了大好的机会。”
李约瑟不但通过自己肩负的中英科学合作事业来援助战时中国，而且还尽力参加其他国际组织来帮助中国的经济复兴。由李约瑟的朋友、新西兰杰出的社会活动家路易·艾黎以及美国著名记者埃德加·斯诺等中外人士发起的“中国工业合作运动”（即“工合”运动）是抗战时期在国统区和抗日根据地同时开展的、生产自救的救亡运动。在当时，“工合”不仅是国内抗日民族统一战线的产物，而且更是国际反法西斯统一战线的缩影。李约瑟后来还是1939年成立的工合国际委员会的新委员之一。他在中国的4年时间里，亲眼看到了“工合”在战争中的团结精神以及对抗战事业的重要贡献。
他曾说：“在‘工合’中，我们看到这种大家庭的团结精神转移到工人自动组合的集团中去。我以偶然的机会熟悉了他们的工作。当时中国的沿海地区已落于日本人之手，几百万人民实行‘大迁移’转移到西南各省。全国各地漂泊流浪的技术工匠汇集在一起，立即建立了工农生产合作工业——造纸、制鞋、冶炼、铸造等等。在很多城市里都有，特别是在陕西的宝鸡。看到他们的工作情况，你不能不感到大家庭的团结精神在起着作用。他们紧密团结，通力合作，在极端艰难困苦的条件下——在抗战后期甚至还受到国民党的阻挠——积极推进他们的工作。”
1943年，在他考察大西北结束返回兰州时，还对西北“工合”负责人表示，回去后将向英国政府和英国“工合”促进会介绍甘肃的情况，要求给予更多的支援，对“工合”事业充满了信心。
为了中英科学合作事业，为了支援中国的进步力量，对于国民党方面的阻挠、猜疑，李约瑟都毫无畏惧，毫不顾忌。因中英科学合作馆需增加高级科学人员，李约瑟邀请来自晋察冀边区根据地的班威廉教授夫妇来馆工作。有趣的是，起初，重庆政府对来自解放区的班威廉夫妇戒心颇重，唯恐他们负有别的使命，当他们辗转乘车到达重庆后，便受到国民党特工人员的监视，怀疑他们随身带来的几件行李中夹有“定时炸弹”。经过短期考察，官方终于徒劳一场，只得批准他们在重庆居住，李约瑟对此也不以为然。
尤其令人感动的是，李约瑟教授营救“保盟”上海分会的发起人吴大琨一事。吴在抗战爆发后，因代表上海人民去慰劳新四军，被国民党逮捕送入集中营，受尽折磨。当时尚未来华的李约瑟因中英文化交流事宜，已与国民政府教育部高层人士有书信往来。当他得到“保盟”方面要求协助释放吴大琨的请求后，便与国民政府有关方面疏通，结果在江西上饶集中营里蒙受三年半苦难的吴大琨终于被释放。据说，宋庆龄同李约瑟第一次在重庆的会面，也是吴大琨安排的。1944年，李约瑟还同迁往广东曲江的在暨南大学任教的吴大琨，在那里的书店和茶馆内讨论社会学理论问题。1954年，《中国科学技术史》第一卷出版，李约瑟还请吴大琨审阅该书中的中国历史部分，他们之间的友谊可谓源远流长。
李约瑟这位基督教社会主义者的这些思想和行动，在他周围的人看来，无疑是“左倾”的、“危险”的。这与当时英国政府所奉行的对华政策也是格格不入的，这也是他后来从中国离职的一个重要原因。但历史事实却证实了李约瑟如下一个结论：“国民党之所以崩溃，主要归咎于他们的银行家、买办、商人集团所做的种种罪恶的勾当”，国民党的领袖的“他们自己却大量搜括财富”。毫无疑问，当时中国的希望在延安，在中国共产党身上。