1894年7月25日，日本海军联合舰队突然出现在朝鲜牙山口外丰岛海面。不宣而战，对清朝北洋舰队“济远”、“广乙”舰实行袭击，并击沉清廷雇用的英国商船“高升”
号。对于日本无视国际公法击沉英商轮船的行为，英国内舆论哗然。对此，英国政府不但没有采取任何报复日本的行动，反而协助日本，欺骗国内舆论。由此，暴露了英日相互勾结的面孔。
同年8月1日，中日双方同时向对方宣战。英国政府发表中立声明，颁布《局外中立条例》。但是，实际上英国在中日之间并未严守中立，相反地，却允许本国军火船“扶助接济”日本。“巴山”号军火船事件是在此背景下发生的。
中日黄海海战前夕，清廷接到驻新加坡总领事电报：
“有英国船满载药弹，本日出口赴倭，能否就近设法截拿？”
于是，清廷谕旨饬令严密巡查。台湾巡抚接谕后即刻派“南琛”号兵舰和“斯美”官轮于“巴山”号船必经海域设法拦截。
从新加坡出港的军火船共4艘，其中8艘载有很多军火，从台湾洋面以东径奔日本；只有“巴山”号装载军火及其他货物，需先到上海卸货，所以经台湾海峡北驶。
9月20日下午8时，“斯美”号发现一无旗号轮船后，随即告知“南琛”兵轮追赶。“南琛”扯起旗语，令其停轮受检。该轮不听，继续航行，“南琛”放空炮两响，仍不停轮，并扯起英国旗号。“南琛”又放一空炮警告，该轮停驶。“南琛”派员过船，方知是“巴山”号轮船。检查其货单，发现船上载有枪、弹及日本铁路货件，并载有松香等违禁货物，显然违背公法。“南琛”舰帮带袁九皋令其开船随我开船？”袁不允：“情迹可疑，应令同往台湾候查。”
“巴山”号船长又诡称燃煤不足，袁九皋立即反驳：“你船本到日本，何谈去台湾却燃煤不足！”不得己，“巴山”号随“南痴”舰开往台湾基隆受检。
23日，袁九皋开始检查“巴山”轮货物。“巴山”轮船长处处为难于中主，并自恃有英国驻台湾领事从旁撑腰，竟以“情急自尽”相威胁，及至关闭舱门，不肯启查。但初步搜查，已发现3箱枪弹，并下舱藏有炮弹。但是，英驻台湾领事态度蛮横，声称：接到本国驻华公使电谕，以“巴山”此案中国官方所办实属有违公法，致有追赔巨款之举。如果地方官再不急将该船释放，本国必力为设法以保商情，倘至明日12点未得释放明文，本署只得电子禀公使察照。次日，英驻台领事进一步恫吓：本日12点钟以后，不能再作和好之国办理。（《台湾巡抚邵收金领事来电》）在英领事的压力下，台湾巡抚竟下令发牌放行。5日下午，“巴山”轮仅将已查出的枪弹交出，在舱底炮弹尚未被捕获的情况下离台去沪。
船到上海吴淞口外泊停。10日，上海的清廷官员受命继续查验“巴山”军火。
但是，清廷在沪官员对如此重大事件，非但不派干练员弁亲临现场，却仅派一人执行。加之英国方面提出索赔要求，而且借口“巴山”船最初从纽约启航时（7月28日）中日双方尚未开仗，该船运否军火不受查验。延至10月13日，18日，英驻华公使两次亲自出马，找到清廷总理衙门，威胁衙门“早日将在沪该船释放，定其赔偿之数，速结此案。”（《总署收英国公使欧照会》）在英方的压力下，清廷上下官员“怕”字当头，本可以在“巴山”号起到军火，却自我欺骗，在“巴山”号船将上海应卸货物卸完后，竟没再深查，10月26日就草草收场，匆匆忙忙地放“巴山”离沪去日。
船已开行，永无对证，再想查也不可得；扣船延误时日，英方索赔是确定无疑了。
11月9日，英方提出“3万两”索赔要求。清廷官员昏庸无比不知索赔根据及标准，本属英方无理纠缠，却向英方说“请将该船经理人索偿原委，并凭何条公法索偿，详备开示前来……当慎办详复”（《署江海关道刘收英总领事哲照会》），自己将自己摆在了被告地位。
在中英双方交涉过程中，英方人员无理纠缠，清廷总理衙门虽几经与之交涉，无奈甲午战败，“败国无外交”，在多方压力下，只得于1895年8月10日接受4000英镑索偿要求，从政府出使经费中拨出银26666.66两（合4000英镑），由汇丰银行汇到英国。事情并未完结，其后德国借口“巴山”船上载有德产布疋，美国也借口船上有美产布疋，因事件发生，价格受损，向清廷索偿。清廷只得一一付给。到11月中旬，历时1年有余的“巴山”军火船事件才告了结。