马祖光常常给学生讲起登山英雄刘连满的故事。我国着名登山运动员刘连满攀登珠峰时，甘当人梯，用自己的肩膀把队友高高托起，自己却在距离海顶100米的地方留了下来，把荣誉让给了队友。他说，在科学的道路上就需要刘连满精神。
马祖光每次给研究生上的第一课，必讲此例。马祖光欣赏刘连满：“我愿意成为科学道路上的刘连满。”做刘连满，不易。
在学科建设中，马祖光想的是集体利益和光电子这个团队。他常说：“一个前沿学科，必须要有一支过硬的队伍。专业建设的一个重要目标是培养人，是吸引和稳定一支高水平的师资队伍。如果我们本身不能培养一支高水平的队伍，不能培养一支勇于创新的队伍，那么我们的学科就不能在国际上保持前沿地位。”无论是培养师资队伍，还是培养学生，马祖光都坚持走创新这条路。他不光想做个人全能，他更想拿的是“团体金牌”。一流的科研队伍，一流的科研条件，做出了一流的科研成果。
在“211”研究成果评审时，许多专家发现马祖光提出了很多研究方向，争取到很多课题，可是，作为激光领域的领衔专家，竟没有在一个课题成果上署上自己的名字。在科研工作中马祖光常常让年轻人做课题组负责人，给他们压担子。像王骐、王雨三等一些老教授早已是独当一面的专家，像吕志伟、陈德应等年轻教师也成了学科骨干。
马祖光还推荐了大批人才进入国家“863”领域和相关的专业委员会担任重要职务。在他的带领下，师生们取得了一个个突出的科研成果。
——1996年，建成国家级重点实验室；
——1999年，获准“长江学者奖励计划”特聘教授设点单位，次年建成“电子科学与技术”一级学科博士后流动站；
——2000年，建成“电子科学与技术”一级学科博士学位授予点；
——2001年，物理电子学学科被评为国家重点学科；
——仅从1999年至2003年，他们就承担了总装备部预研项目、国家高技术“863”课题、国防科工委项目和国家自然科学基金课题等国家级科研项目24项。
在光电子师资队伍中，博士化率已达70％。目前，这支队伍正承担总装备部、国防科工委、“863”高技术、国家自然科学基金等一批重大课题，“十五”期间的计划总经费约达6000多万。
马祖光为学科发展和队伍建设倾注了毕生的心血。晚年，他主持了“985工程”二期和“211工程”二期建设的论证工作，对学科的调整、整合、提高提出了许多新的设想，并对青年教师寄予很大希望。他经常对他们说：“过去的研究方向基本上是一个个独立的方向，现在强调技术上的交叉，这对学科发展是非常有好处的。青年人要多学习，德才兼备，把光电子这个事业继续下去。”