然而，这种恐怖的阴云不但笼罩在红三军将士的头上，而且还出现在贺龙军长的面前。夏曦等人认为，红三军“在贺龙领导下的部分，因为大部是军阀，口头革命，实际上是改良主义。因此，其部下大部是改组派”。对“这种反革命分子的扑灭是毫不奇怪的”。夏曦要求贺龙写声明书，表示拥护“肃反”，遭到贺龙拒绝，贺龙对夏曦捕杀红军将士及封锁中共中央来电等做法表示了极大愤慨，凡此种种，都险些遭致杀身之祸。据贺龙回忆：
这时部队草木皆兵，内部肃反，弄得人心惶惶……在行军过程中，部队是很苦的，没有东西吃，吃柿子、核桃、高粱秆子。但夏曦还不断杀人。对段德昌、王炳南等皆不相信，开会不找他们。并且两次企图对我下手。
一次是在王店，夏曦同志企图加害于我，他要我写声明书。他说：“你在国民党里有声望，做过旅长、镇守使等大官，改组派可以利用你的声望活动。”我说：“你给我写声明书，民国十二年，我在常德当第九混成旅旅长时，你拿着国民党湖南省党部执行委员的名片，来找我接头，问我要十万块钱。我请你吃饭，开了旅馆，还给了你五万块钱，这虽然没有收条。但是事实。你杀了这么多人，是什么党员？”闹的他下不了台。关向应出来调停。说他是共产党员。
另一次，在竹林关，他把我和关的警卫员枪皆下了。我问他这是什么意思？为什么你的警卫员枪不下？我把身上带的一支白朗宁手枪也掏出来放在桌子上。我说：“还有一支你要不要？你要也不给，这是我的，我当营长时就带着它了。”那时，枪都上了顶门火了，时刻准备着，一是打自己，一是打人。以后我两人一直不说话。
自红三军离开大洪山经豫陕转移的途中，直到1934年6月湘鄂西中央分局在贵州枫香溪召开会议以前，“肃反”的错误做法始终在红三军中未有停息。1933年3月，红三军和湘鄂西分局移至巴东县后，夏曦又开始了第三次“肃反”。这次“肃反”共捕杀了236人，其中包括段德昌及军参谋处长和湘鄂边独立团将士等。在此期间，夏曦还解散了党的组织和苏维埃政府，成立了所谓“革命军事委员会”，自任主席。1934年，夏曦又策划了第四次“肃反”，杀害了宋盘铭、叶光吉、盛联钧等一大批红军将士。
夏曦等人在红三军中实施的四次“肃反”致使许多优秀的红军将士和共产党人惨遭杀害，出现了一幕幕悲壮凄婉的历史悲剧。如前所述，曾任红三军参谋长兼第七师师长的孙德清，1931年5月在“肃反”中于洪湖瞿家湾被杀。曾任红三军政委的柳直荀，1932年9月被打成“改组派”于湖北监利被杀害。曾任红三军政委的万涛，1932年夏在“肃反”中被杀害。曾任红六军军长、政委、红三军第九师师长的段德昌，1933年4月被以“阴谋分裂红军的反革命分子”在湖北鹤峰县金果坪被杀害。红三军参谋长王炳南、红九师政委宋盘铭、红七师师长叶光吉、政委盛联钧等人，均在1933年“肃反”中于湖北鹤峰县一带被杀害。在这次“肃反”中，甚至连王炳南的儿子也被杀害。据有关史料记载，红三军第七师师长王一鸣于1932年12月在“肃反”中于陕南被错杀。在红三军路经陕南的途中，被错杀的还有湘鄂西军委参谋长唐赤英等许多红军将士。
红三军在路经陕南期间，当地群众曾见到有被捆绑着行军的红军战士。有群众说被捆绑的人中据说有“改组派”和打了败仗的将士及损坏了枪支的战士等。据红三军掉队战士何光宽回忆：“在行军中，我看到绑一些自己队伍里的人，白天扛空枪，晚上关在一间房子里。有时路上还杀一两个。我问他们是什么人？有的战士悄悄地说是改组派。”有研究者称：“在部队（红三军）翻越秦岭南脉时，夏曦命令姜琦（时任政务处长）将100多名改组派用绳索连绑，每个犯人身上还要背上两支枪和其他东西，随部队行军。这些改组派分子每天只能分得两个生白薯充饥，还要负重行军，一个个被折磨得面黄肌瘦，身体非常虚弱。即使这样，夏曦并没有放过他们，一夜之间，只有军部一位保卫干部和两名年轻的副团长得以幸存，其余100多人全部被处死。”根据这些情况，我认为，在铜钱关被单独杀害的那位“五大三粗”的人以及被集体杀掉的一部分人，都极有可能是红三军将士。红三军离开铜钱关到达平利县松河乡后，当地群众还看到有一二十被关押的人。
在“肃反”中，贺龙始终都是尽力与错误路线作斗争，红三军到达湖北后，“有一次，他为保护一批战友，赶到出事地点，满腔怒火地责问说：你说他们是改组派有什么根据？并且顺手指着警卫员朱邦达说：朱娃子从小就参加革命，难道连这样的红小鬼都成了改组派？这是胡搞啊！赶快给我通通放掉！被他营救的30多个同志，这时都感动得放声大哭。”
夏曦等人推行的“肃反”所造成的悲剧在红三军内部的终结，大致是以1934年6月19日在贵州枫香溪召开的湘鄂西中央分局会议为标志的。这次会议初步总结了“肃反”的惨痛教训，夏曦和中央分局开始认识这种错误。就在此时，中共中央交通员来到枫香溪，送来了中共中央5月6日发出的责令立即停止“肃反”的指示信。信中严厉批评了夏曦等人推行“肃反”等错误，要求消除由于错误的“肃反”而造成的人人自危的恐怖现象等。这次会议也是红三军挽救挫败局面的转折点，也是夏曦认识和纠正“肃反”错误的开始。1934年11月中旬以后的一段时间里，夏曦因推行“肃反”等错误而被撤职。此后，他在与红军战士谈话中提到“肃反”问题时曾沉痛地说：“我一想起来就感到内疚，这是我还不了的账啊！”的确，这个账是永远还不了的！
1935年1月，中共召开了遵义会议，确立了以周恩来、毛泽东等为代表的薪的中央的正确领导，从而结束了王明“左”倾冒险主义在中共党内长达4年的统治，“肃反”错误也逐步得到纠正。1945年中共七大曾将部分在“肃反”中被害的同志追认为革命烈士。
12月8日（农历十一月十一日，入陕第17天）
红三军从铜钱关出发，踏上了进军安康地区以来最艰难的一段路程。向南跨过黄家湾、龙潭沟（陕西旬阳和湖北竹山两县交界处）、七里横牌（竹山县境）、懒板凳（湖北竹山、竹溪两县交界处），到高桥附近（属竹溪县），然后向西拐进大沟，登上十八盘（陕西平利和湖北竹溪两县交界处）。此段路程30华里，崇山峻岭，茂林绝壁，乃旬阳、平利、竹山、竹溪4县交错之地，海拔1500余米，路陡沟深，天寒冰封，行军极其艰难。
从十八盘沿东河直下，穿过小石门、大石门，经双河口、双阳（塘坊），当晚分两路宿营：一路上千家牌，沿水磨河到桃坪宿营；一路走连仙河下游过柴家沟，到陶家庄、朱家垭、梁家沟宿营。这两路系一山两脉，东西呼应，可以确保安全。
红三军走的这条路，是平利县南北人行古道。在大石门岩壁上嵌着一块清咸丰年间（1851-1861年）的石碑，碑文记曰：“上通汉中暨西蜀之境，下达吴楚并两京之域，虽非驿道，实属要地。”然此道因年久失修已成危道，许多路段已无路迹可寻。红三军先锋部队每遇拐弯、岔口，或用石头压红、绿色纸条，或用石灰画箭头，或以插小旗、丢树枝等方式以作路标，以免后续部队迷路。此类方式亦是红三军在行军中所惯用的办法。
红军大部队到陶家庄后，在海螺石大坪召开了军人大会。有位穿着军装，披着大氅的红军首长站在海螺石上用湖南口音讲到：“我们战士不能在穷苦老百姓家拿东西，吃了东西要给钱，借用的东西要还，有妇女的地方不要去，违犯纪律的要受处分。”当晚，有很多红军在海螺石一带宿营。据当地村民唐代顺回忆：“红军是从我家院子过的，没有住，都扎在我家对面的陶家庄海螺石以上高处。不光百姓屋扎满了，而且遍山都是，路上也睡的人。那天我给人家烧木炭窑，天黑了才回来，路上过不去。红军战士说：你就从我们身上踩过去。我说：那要不得。我一脚一步找空空踩。我走在路上，红军问我姓啥叫啥，哪里住，地方上头目人有哪些，有无国民党队伍等。红军战士和气得很。他们叫我直接回家，不要躲躲藏藏，以免被怀疑是坏人。红军吃贫苦人家的东西都给钱。我家蒸的有包谷馍，家里没人，红军战士进屋吃了几个。第二天，我发现灶上放了五六个铜钱。我父母说：多半是红军放的，我们哪有钱放在这儿。红军借吃了农民陈兴怀的大米，还了更多的糙子米。那天晚上红军在对门院子做饭，在我院借的锅、盆、碗，都没损坏，也没丢失。”红军住在桃园村时，村民殷宪万帮红军挑了4担水，红军给他4个铜钱，他不敢要，战士们说：“你是下力人，穷人，辛苦人，请收下吧！”并留他吃了饭。
是日晚，一部分红军来到梁家沟，当地胡家老人过世，家里聚了很多人，看见部队来了，都吓得到处乱跑。战士们急忙喊到：“我们是红军，不要怕，我们不扰害百姓。”晚上，胡家给红军送去饭菜，红军说：“你们不要钱，我们不能吃。”红三军在此日行军中曾遇见一位沿路乞讨的老人，战士们从他身边经过时，都纷纷将自己的铜钱丢在他的挂篮里。红军还给贫苦人家送去了大米、衣服和被子等。
红三军先锋部队经过双河口时，正遇平利县连仙河团总徐存勋给儿子娶媳妇，开贺收礼，大摆筵席。徐存勋曾残暴镇压过抗粮抗税的“神团”，杀人很多，群众称他“开人肉案子”的刽子手。此时，几位穿着便装的红军战士来到徐家门口，有人以为是给徐家送礼的客人，便喊到：“客来了。”徐存勋和胡子光（长石区区长）及刘尊三（当过团总，后来教书）到门前迎接。红军和徐等人见面后，问及情况，徐自以为有势，介绍了自己的身份。红军战士没有进屋，即将徐等3人带走。屋内客人都吓得四散逃离。随后红军将徐等人带到千家牌，刘尊三吓得走不动了，有位红军战士便说杀了他。此刻，后面来了七八个骑马的红军，其中有个满脸胡子的大汉说：“不忙杀，他走不动，把马让给他骑。”刘不敢骑，只得勉强朝前走。走到陶家庄朱家垭子时，已是傍晚，一位红军干部问刘尊三是干啥的，刘说是教书的。并从怀里陶出学生家长欠学费（粮食）的条子。那位红军干部说：“好好教书，今晚就在这里歇着，明天回去。”次日晨，红军将徐存勋和海螺石乡甲长李绪德杀掉，将刘尊三等人放走。
红三军战士魏章炎在龙潭沟掉队后，被平利县连仙河塘坊锅厂的锅匠邬矮子收为义子。后将魏送到竹溪县周家湾陶正林家避难。铜钱乡黄家湾村民徐毕坤为红三军带路直到四川。
12月9日（农历十一月十二日，入陕第18天）
是日凌晨，红三军分两路宿营的部队汇合于柴家沟口后，即溯长安坝小河东上，由关垭子山脚张家店过南沟，翻南沟垭，经油榨沟、艾家河和蒿子坝（平利、竹溪两县交错之地），到松杉坪，又溯金沙河上行，翻里仁沟垭，是夜在松杉河街上下一带宿营。
在松杉坪，平利县保安队的40余人正包围着做土漆生意的殷绪武的店铺，准备抓人勒索“指名捐”（当地政府给有钱人家指派的税款）。保安队见红军到来，打了几枪，便沿松杉河向平利县城方向逃窜。此地西距平利县城50余华里，红三军未向县城追赶。
在松杉河街，盘距平利县的安绥军沈玺亭团派李、毋两个军需率领十余个士兵住在区公所所在地观音堂（今属粮管所）催粮逼款。红军到来后，毋军需和士兵们迅速逃窜，李军需被捉，并缴获手枪一支。住在松河街的平利县东区区公所（当时平利县设五大区，东区区公所设在松杉河街）的区团总邹泽成、副团总李玉石也都在睡梦中被捉（这些人大都是晚上抽大烟、打麻将，白天睡觉）。次日，红军将邹、李两人带到洪曾（今属镇坪县）斩首。在东区区公所还抓到区师爷（文书）洪克全，红军一位首长问他是干啥的，他此时正好在自修中医，怀中揣着医书，他便回答是学医的，并拿出医书作证。红军首长看他不像个当官的，又确实在学医，便放他回家。
据松河乡杨秀兰1982年回忆：“这天吃早饭的时候，突然很多队伍川流不息地到了松杉河街，我家住在街下边的坝子上。大家以为是土匪来了。吓的惊慌逃跑，我家的人也跑，只丢下一个瞎子姐在家。第二天早晨部队走完了，我们才回家，姐姐说，我家住满了部队，是贺龙带领的红三军，这个队伍好得很，看到我们是穷人，没拿我家一针一线，还给她饭吃，一碗一碗递到她手上。开走时，还把几斗糙子米留给了我家。”据松河乡人符哲夫1984年回忆，此日在他家楼上关押着一二十人。这些人有可能是受“肃反”迫害的红军将士。
12月10日（农历十一月十三日，入陕第19天）
红三军从松杉河街起程，向东南入油房沟，翻过梅子垭，下唐家湾到岔路；又溯东沟上山，经锅厂，翻过秋山垭。进入曾家坝、茅坪、洪石河一带。曾家坝、茅坪、洪石河当时均属平利县，现属镇坪县。是夜宿营在洪石乡的仓房梁一带。
红三军到洪石河后，打开了3户地主的粮仓，给群众分了粮食，并抓住了平利县东南三区区长邹新元、洪石河地主杜盛世和湖北竹溪县大地主邹自明等人，第二天在湖北竹溪县黑耳坪杀掉。此日，红军还抓住了国民党平利县政府催粮委员冯兰轩，此人曾在军阀吴新田部当过司号长，自称过去是吹号的，现到洪石河走亲戚。红三军战士见他的嘴角确有长期吹号的特征，便将他放走。
据1986年中共安康地委等有关部门的统计，红三军在进军安康地区的途中，处决国民党县政府罚款局长、催粮委员2名，区团长和区、乡、保、甲长14名，地主恶霸9名，师爷、乡保丁和狗腿子4名，共29名；同时没收了12户土豪劣绅的粮食、衣被等财产，除供军需外，分给了当地的穷苦群众。
洪石乡洪联村全朗坤曾为红三军带路到竹溪县黑耳坪，回来时红军送给他一匹瘸腿白马，后来，这匹白马被保长柏强楚霸占。松河乡吴正清为红三军带路到曾家坝，返回时，红军给他一件长布衫、一个绸包巾、一套鞋袜和20个百文铜币。
红三军在行军中，战士吃了农民陶玉桂菜地的萝卜，便在地里放着铜币。据洪石河村盛积和回忆：“红三军纪律很强，凡是穷苦老百姓的财物，一草一木未动，不调戏妇女，走时，把借老百姓的东西如数归还，地面扫净，水缸挑满，锅里还给倒些大米。”事实上，红三军在整个行军过程中都是如此。