这篇振聋发聩的文章一经发表，即引起了国统区的轰动，宋子文终于在国人的责骂声中，辞去了行政院长之职。抗战胜利后，国民党拟从北方人士中补充政府委员，蒋介石想到了傅斯年，他对陈布雷说：“傅孟真最相宜。”陈布雷了解傅孟真，他对蒋介石说：‘他怕不干吧！”蒋满有把握地说：“大家劝他。”不久，蒋召见傅斯年，告诉他拟让他出任政府委员，傅斯年极力辞谢，回家后又给蒋写了一信，以表心态。信中说：‘倾间侍坐，承以国府委员之任，谆谆相勉，厚蒙眷顾，感何有极！……惟斯年实愚戆之书生，世务非其所能，如在政府，于政府一无裨益，若在社会，或可偶为一介之用。盖平日言语但求其自信，行迹复流于自适，在政府或可为政府招致困难，在社会偶可有报于国家也。参政员之事，亦缘于国家抗战，义等于招兵，故未敢不来。今战争结束，当随以结束。此后惟有整理旧业，亦偶凭心之所安，发抒所见于报纸，书生报国，如此而已。”
这里提到了傅斯年担任国民参政员一事，应该说傅之担任国民1947年初，蒋介石多次约请傅斯年谈话，提出请胡适担任国府委员兼考试院院长，傅斯年力劝蒋介石打消此意；蒋介石又两次接见胡适，多次亲致函电，说：“中正对于延请先生参加国府，固出于平生向慕之忱，亦实以国家与政府殷切之需要为前提。”
在这番殷勤劝说之下，胡适的态度发生了动摇，准备接受国府委员的任命。见此，傅斯年颇为生气，函电并发，力劝胡适不改初衷，其间言词十分尖锐。其电报说：“示悉，至深惊愕，此事如先生坚持不可，非任何人所得勉强，如自身太客气，我在此何以为力？国府委员纯在政府地位，五院院长为当然委员，绝与参政会不同。北大(此时胡适任北大校长——引者注)应振兴之事多矣，如兼职在千里之外，全蹈孟邻(蒋梦麟)先生覆辙，三十年之盛名，为社会国家计，不可废于一旦，使亲者痛心，学校瓦解。故再进忠言。”
他还将国民党政权及蒋介石本人的现状向胡适作了分析：“‘政府决心改革政治之诚意’，我也疑之，盖不能不疑也。现在改胡适与蒋介石革政治之起码诚意，是没收孔宋家产，然蒋公在全会骂人时仍言孔宋不贪污也。”“借重先生，全为大粪堆插一朵花……在傅斯年的劝说下，胡适这才打定了不从政的主意。1950年12月傅斯年在台湾去世后，胡适伤感而又自豪地说：“有人攻击我，傅斯年总是挺身而出，说：‘你们不配骂胡适胡适与傅斯年之。’那意思是只有他才配骂。他也承认这一点。”
在《傅孟真先生遗着》序言里，胡适满怀深情地写道：“孟真离开我们已两年了，但我们在这部遗集里还可1945年7月1日，毛泽东在延安宴请傅斯年国民参政员。以深深的感觉到他的才气纵横，感觉到他的心里细密，感觉到他骂人的火气，也感觉到他爱朋友、了解朋友、鼓励朋友的真挚亲切”了！
傅斯年只议政，不从政的心态，其实是传统士人“为天地立心，为生民立命”的心态。最有热力又最温柔的人广东中山大学初建时，当时主持中央研究院的傅斯年也到中山大学主持工作。一次，留学美国的考古学者李济刚从欧洲回来，途经香港，顺便到广州一游。傅斯年闻知，便要李济的朋友、清华老教授应泽宣去请李济。虽然李济与傅斯年是同龄人，但当时傅斯年已是名满学界的大人物，而李济还名不见经传。傅斯年见了李济，像老朋友一样谈天说地，并要他住上几天。李济忙解释说，他是途经香港才来广州的，预订的船马上要到，所以当天必须赶回香港。傅斯年一听马上说：“这不行，可以去交涉延期嘛！”随即陪李济去香港办理延期一周的手续。办完后就讨论正题。原来傅斯年想在中央研究院里办个历史语言研究所，要李济主持野外考古工作。而且他已先在中山大学办了个语言历史研究所，现把名字倒过来，以发展历史研究。李济借由推辞，但傅斯年坚持不舍，李济只好答应下来。后来组织历史语言研究所，由陈寅恪主持历史组工作，赵元任主持语言组工作，李济主持考古组工作。相较陈寅恪、赵元任，李济显得毫无名气，因为陈、赵当时已是大家了，这使李济感到莫大的光荣，因而在傅斯年指导下努力从事考古工作，一直在所里工作了五十几年。李济1950年底的一个冬夜，小小书房内，炭盆里生着火，傅斯年穿一件厚棉袍伏案写作；他夫人坐在对面，缝补他的破袜。因为台湾大学校长第二天要参加两个会议，不可太寒碜。夫人催他早些休息，他搁下笔，抬头对夫人说，他正在为一份杂志赶写文章，急于想拿到稿费，好做一条棉裤，“我的腿怕冷，西装裤太薄，不足以御寒”。说罢，他起身指着壁上的书架说，这些书，还有存在史语所一房间的书，他死后要留给儿子。他要请董作宾先生为自己治一方印，刻上“孟真遗子之书”。他长叹一声，接着对夫人说：“你嫁给我这个穷书生，10多年来，没有过几天舒服日子。而我死后，竟无半文钱留给你们母子，我对不起你们！”
夜深了，窗外吹起一阵寒风，室内盆中的炭，已化为灰烬。就在这个夜晚之后不久，傅斯年去世。不多目，卫生署一人来傅家，送来一副眼镜，说是傅先生托他在香港为某学生配的。原来，傅斯年为了发掘高才生，在台大举行作文比赛，由他亲自出题阅卷。一目，他回家兴奋地告诉夫人，自己看到一篇好文章，约作者面谈，果然文才非凡。但这学生家境贫寒，患深度近视而不戴眼镜，问他为何，该生默然不答。傅斯年在认识丁文江之前，痛恨其政治立场，甚至当着胡适大骂丁文江，说：“我若见了丁文江，一定要杀了他！”原由是因为丁文江在国内持实行一种新式独裁是“民主与独裁论战”的重要角色。后来胡适介绍两人认识，他们却迅速成为奠逆之交。丁文江在长沙病危，正是傅斯年第一个从北京赶去看护。傅斯年到湘后，即担当了（丁文江）家属为代表人角色。傅斯年的至交胡适评价道：“他的感情是最有热力，往往带有爆炸性的；同时他又剧最温柔，最富于理智，最有条理的一个可爱可亲的人。”
1948年12月22日，国民党政府教育部正式任命傅斯年为台湾大学校长。当月，由他主持的历史语言研究所也迁到了台湾杨梅镇。保持学术独立和尊严1949年1月20日，傅斯年正式就任台湾大学校长。假如没有傅斯年，台湾大学在那样动荡的时局中，想要在短时间内迅速崛起，发扬光大，奠定一个现代大学的基础，的确是难以想象的。傅斯年之所以能把台大办成孤岛上的北大，不仅取决于他的才干，取决于他大刀阔斧的勇气与锐气，更主要的是他的办学理念。他完全继承了北大的传统在相当程度上保持了大学的独立性和学术的尊严。比如拒绝三民主义进学校等。他强烈反对把大学当作培养工具的摇篮，坚决摈弃大学的工具主义思想。抬头看看今天笼罩在工具主义思想之下的大学，想想傅斯年当年身体力行的理想，不禁让人黯然神伤。同时，他倡导俭朴的学风。他到台大的第二个学期，发布了这样一个布告：“本校学风，素称俭朴，然亦偶有有钱人之子弟习为奢侈者。兹在学年开学之始，特行告知诸生，如有娇养成性，习尚浮华者，务请不入本校之门：既入本校之门。即须改行自新，须知国家办此大学，费钱甚多，经费皆民脂民膏，岂容此辈滥竽其内，浪费本校教育之努力！以后如见有习尚浮华、衣食奢侈者，必予以纠正，或开除学籍。”
什么是大学精神？这是他耿耿于心，始终不曾忘怀的。“大学也必须有大学的校长，包括精神与形式”，“发挥大学精神”、“促进学术空气”，是他办台湾大学期间首先考虑的。1949年11月，在台大第四次校庆时，他发表演讲说，不许把大学作为任何学术以外目的的工具。“如果问办大学是为什么，我要说：办大学为的是学术为的是青年，为的是中国和世界的文化，这中间不包括工具主义，所以大学才有它的自尊性。这中间是专求真理，不包括利用大学作为人挤人的工具。”
在最根本的意义上说大学精神就是傅斯年说的“专求真理”这四个字，这是第一位的，时在欧洲的傅斯年其余的都是次要的。这和竺可桢当年为浙江大学确立的“求是”
校训和哈佛大学的校训也都是相一致的。本着这一理想，傅斯年呼吁学生第一是要立信，在品行上自我修炼。一个社会，品行好的人多，社会就会健全，反之就很危险。“这一时代，真是邪说横流的时代，各种宣传每每以骗人为目的，在宣传者不过是想用宣传达到他的目的，但是如果一个人养成说瞎话的习惯，可就不得了。人与人之间，因为说瞎话不能放心，团体与团体之间，因为说瞎话不能放心，社会上这个风气厉害了，社会就上不了正当轨道。”在大学里这一观念尤其重要，他倡导“知识的诚实”，如果没有这样的精神学问不能进步，发明更谈不上。“所以立信是做人、做学问一切的根本，也是组织社会、组织国家一切的根本。”
为维护大学精神，傅斯年一往无前、毫不退缩地站在前面。当时的台湾风雨飘摇，一切都没有上轨道，社会情绪激越。一方面他筚路蓝缕，致力于营造大学的学术氛围；另一方面他还要抵挡来自政治的风浪，以及社会上的各种攻击，他恪守的一条底线就是大学的独立与尊严。他在国民党统治下致力于维护大学独立的原则。可以说已经竭尽所能。早在1932年，面对国民党在大学推行党化教育或三民主义教育，他就尖锐地指出：“教育如无相当的独立是办不好的。官治化最重之国家当无过于普鲁士……当年以德皇威廉第二之专横，免一个大学校长的职竟是大难……其用人行政，一秉法规行政官是不能率然变更的。”
难怪有人这样评价：“傅斯年先生掌台大两年最大的成就在保持了学术独立和尊严扩大了研究空气……许多不学无术的党棍子，想混进台大，许多翻云覆雨的官僚政客想染指……两年来明枪暗箭。栽赃诬陷，就地打滚集无耻之大成的各种手段都对傅先生施用过而傅先生英勇坚定，绝不为所动，贯彻自己的主张且与这些丑恶势力对垒作战。”
傅斯年死后葬在台大。行政大楼的对面架设有一口“傅钟”，每节上下课都会响21声，因为这位校长曾说过：“一天只有21小时，剩下3小时是用来沉思的。”