三清宫后阁是观音堂，观音堂供奉着佛教的十八罗汉等神像，这种佛道合一的布置属于全真派的特色。前殿和后阁之间以13级台阶相连接，象征脚踏13行省。俗语有脚踏十三阶，吉吉福寿连的说法。
像三清宫这种道、佛和谐相处，共为同一殿堂的情况，有别于其他道教名山佛道不相容的格局，也体现了三清山海纳百川包容万象的博大胸怀。
在三清宫周围按八卦五行分布的附属的小建筑也都非常别致，如九天应元府、风雷塔、龙虎殿和纠察府等，它们的建筑规模都不是很大，但在造型上却有很高的造诣。
它们的选址和造型等，都体现了道家对道法自然这一教理的运用和对天人合一境界的追求，人文景观与自然景观浑然交融，不分彼此。
三清宫的东边就是龙虎殿，龙虎殿规模虽不大，却有吐纳日月之势。它高踞于险峻的天门峰峰顶，前临绝壁，后倚长空。站在龙虎殿，远可以纵览山川云水，近可以观奇峰怪石。
在龙虎殿内中间有神龛3个，分别供着3尊神像。两侧各有神龛7个，各供神像一尊。在殿前有石虎和石龙一对，它们都是天然山石略加斧凿而成。
石虎半蹲，虎首凝视殿门。石龙伏地而卧，龙首高昂，龙须翘然，栩栩如生。它们神态生动却又似是而非，与三清山的建筑风格浑然一体。
九天应元府在三清宫的南边，是一个亭阁式的石构小观，属三清宫的附属观宇。它的整体呈横长方形，台基垒成须弥座状。柱枋的材料粗硕，额枋下的雀替作成卷云状，两两相连，形似骑马式。它的前面是一块空阔的洼地，上面分布着有流泉、水草和密林，充满了肃穆和寂静的感觉。
纠察府位于三清宫前东侧不远处。
它跟九天应元府一样，也是单开间歇山式的亭阁状小观，但它的结构远比九天应元府简单，梁、柱、枋和墙连为一体，正中辟宽敞的拱门，里面供奉着神像6尊，是一座石砌微缩府殿。并且，纠察府的布局和设置是我国其他的道教名山所没有的。
除了此之外，整个三清宫建筑群内还有古丹井、詹碧云墓地和天门等道教古迹，都具有丰厚的道教文化内涵。
三清山的全山道教建筑群主次分明，相互映衬，聚散有序，遥相呼应，形成了一幅完整而统一的三清山道教福地洞天图。
这些宫宇建筑十分独特，前后两进，坐北朝南，以山上花岗岩雕琢拼砌而成，石梁石柱，四周配以石墙，内供玉清，上清、太清三尊石雕石刻神像。
并且三清宫建筑所用材料全为当地出产的花岗岩，打制平整，雕琢粗中有细，纯以暗槽、榫卯和斗栱拼接组合，不用任何黏合剂，也不施彩，浑厚质朴，与自然环境协调一致。
据不完全统计，这时三清福地有石雕石刻神像130尊，摩崖题刻45处。可以说这时的三清山已成为明代建筑和石刻艺术的一座宝库。
这些建筑和石雕艺术均有着明显的时代特征和地方风格。它们虽然主要反映的是宗教文化，同时也是儒教文化和道教文化相互融合的产物。
清兵入关以后，道教继续得到推崇，依然是全国道教活动的中心。
三清山与道缘息息相通，香火自然有增无减。康熙年间，抚州、南丰和福建等地方方士纷纷迁来，三清山道教形成了抚州、南丰、福建和玉山本地四大派系。
为了更好地组织道教活动，县里设有道委司，对上负责接受天师府的旨意，对下负责指导所属宫宇的教务活动。
此时，由于方士骤增，教务活动越益频繁，三清山在道教领域中影响越来越大，在全国的知名度也随之有了提高。
在1726年的清代，御制的《钦定古今图书集成》中所附的《广信府疆域图》里，就确地标出了三清山的地理位置，从这点也可以看出齐云山在当时的影响十分深远。
乾隆登基以后，兴佛抑道，道教在全国思想领域中的统治地位受到了冲击，从此，逐渐衰败，并一蹶不振，三清山道教也随之受到致命打击。
【旁注】
朱雀是我国传统文化中是四象之一，上古四大圣兽之一。根据道教五行学说，它是代表南方的神兽，代表的颜色是红色，代表的季节是夏季，其形象是鸟，总称朱雀，又名朱鸟。
玄武是一种由龟和蛇组合成的一种灵物，上古四大圣兽之一。是代表北方的神兽，属于水神。在道教中，被后世的道士们升为北方的真武大帝。
先天八卦又称伏羲八卦，传说是由距今七千年的伏羲氏观物取象的所作。先天八卦的卦序是：一乾、二兑、三离、四震、五巽、六坎、七艮、八坤。
无极在文言文中是表示没有中心的意思，也指一种古代哲学思想，是道的终极性的概念。道教认为，在宇宙大爆炸之前，宇宙是无形无象的原始状态，称之为无极。
道法自然是老子的一种哲学思想，意思就是说万事万物的运行法则都是遵守自然规律的。所以在道教中，道士们大多遵循道法自然的理论，主张融入自然。
天人合一最早是由庄子阐述，后被汉代思想家、阴阳家董仲舒发展为天人合一的哲学思想体系，并由此构建了中华传统文化的主体。在道家来看，天是自然，人是自然的一部分，主张天人合一。
有无相生道家理论之一，表示事物可以从有中生无，无中生有的哲学思想，即有可以转化成无，无也可以转化成有。出自老子的《道德经》。
方士就是方术士，或称为有方之士，一般简称为方士或术士，东汉以后则叫做道士。这些方士的神仙思想及其方术，成为后世道教的核心内容与精神支柱。
【图注】
《易经》也称《周易》或《易》，是我国传统思想文化中自然哲学与伦理实践的根源。据说是由伏羲氏与周文王总结概括而来，是我国五千年智慧与文化的结晶，被誉为群经之首，大道之源，对道教思想有着深刻的影响。
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在全国道教名山中，像阶下囚龙池这种在台阶下建凹池隐囚龙头的建置，只为三清山所独有。那么，在这个特殊的建置里，又究竟隐含着什么含义呢？
据考研分析，这池中所囚的长着4个指爪，两撇长胡须特有标志的龙，象征的就是建文帝的四叔朱棣。
朱棣武力篡夺了建文帝的皇位，建文帝兵败焚宫，金蝉脱壳才得以从南京城逃脱，晚年化身詹碧云，隐踪于三清山，利用担任住持重建三清宫之机，精心构思巧妙布局建设的一个报复朱棣的隐局。
在建文帝眼里，朱棣是一条十恶不赦的孽龙，所以建文帝拘其头为阶下囚，代表朱棣的永世降伏和不得超生。
詹碧云藏竹之所的道教文化
明代王霖的后人王祜和全真道士詹碧云重建三清宫后，詹碧云上山任三清宫住持，处理教务。詹碧云主持三清宫的时期，又先后重修新增道教宫观庙宇等建筑40余处，使三清山道教达到了鼎盛阶段。
在詹碧云死后，道徒们按照师傅的遗愿，将詹碧云葬龙首山下的纠察府边，修筑了规模较大的墓葬。在墓门入口处横额上题刻着明治山詹碧云藏竹之所的横额，用来表明詹碧云的治山业绩。
詹碧云墓不同于别的陵墓，它是仿陵园式建筑，气势恢宏，总建筑面积达200多平方米，为三清福地单体建筑面积最大的明代古建陵冢。它全部用花岗岩麻石干砌构筑，造价高昂，非寻常人所能建造，并且它的建筑风格和风水卦象上均有不寻常的含义。
詹碧云墓处于三清福地八卦迷宫文王八卦巽位，即巽山乾向位置，正对方向是飞仙台。从前一直被人们误以为是一个全真道士的羽化坛，所以又称它为方士羽化坛。
后来，根据传说和考古学家的研究得出了一个令人惊讶的结论，说詹碧云很可能是明代第二代皇帝，《明史》中所记载失踪的建文帝朱允炆，而这个墓可能就是脱生逃亡的建文帝晚年藏身三清山时所建的隐陵。
首先，詹碧云墓的选址在整体建筑群的太极八卦模式中的巽位。
在道教风水里，巽卦是文昌位，卦数为4，又称四文曲星，象征崇尚文的皇帝朱允炆的建文称号。在伏羲先天八卦里，巽卦卦数为5，故隐含有九五尊数。
而且，建文帝生肖属相为蛇，蛇居巽位，所以把墓建在巽位适得其所。并且巽卦五色有：青绿色、碧色和洁白，也是暗应了碧云是假托之名。
还有就是在詹碧云墓旁边就是纠察府。纠察府的设置在诸多道教名山之中是独有的。并且，在道教文化当中，纠察府内本应供奉王灵官。王灵官原为玉枢火神，后被奉为护法监坛之神，保法护道，司天上和人间的纠察之职，所以理应将王灵官供奉于纠察府让人朝拜。
可三清山的纠察府内供奉的却不是王灵官，而是身穿明代文官服饰的石雕像6尊，在纠察府的门口还站立一对武士守卫，俨然是等级尊贵的官府衙门的象征，而不是供菩萨的小庙。
并且纠察府这个名字也有着很深的含义，象征着维护皇权统治之中央重要机构都察院，隐含着着建文帝的治国思想，体现詹碧云墓是具有帝王规制的礼制建筑。
从构造来讲，詹碧云墓因山制形，依山为陵，拾坡而上，前陵后寝，共建了5层。在玄宫前设台阶5级，墓门外设石阶13级，隐含有九五之尊和脚踏13行省的意思。
前面三层是平台，平台之上是拜台，拜台上面是玄宫，玄宫正中置须弥座，座上置佛教七级浮屠宝塔。僧人去世后一般只建塔不建墓，道士去世后一般只建墓不建塔。
但是詹碧云墓却是下建墓上竖塔，非僧非道、也僧也道，这不仅体现了詹碧云的特殊身份，也体现了三清山道教对于佛教的包容态度。
这个七级浮屠宝塔高将近4米，由整条花岗石雕刻而成，分三段造型。宝塔下段为双层环形基座，中段成腰鼓形，正面镂空成拱状神龛，神龛内壁漆是明代皇家专用的朱红色。
在神龛内放置着詹碧云石雕像，雕像左手托一小石砵，右手持一小石杵，面容清癯，耳郭低垂颀长，束发童颜，而且雕像刻工细腻、栩栩如生，是三清山石雕的珍品。又因设计存放于花岗岩镂空石龛内，所以虽历经五六百年而完好无损。
宝塔上段为通身石雕宝塔，塔身的正面刻着昊天玉皇上帝，表明墓主自诩是玉皇上帝之尊。背面刻十方敕苦天，隐含着墓主以丛林领袖自居。
墓周围还有小巧玲珑的雌、雄石狮一对。雌狮怀抱幼狮象征子嗣昌盛、源远流长。雄狮脚踩圆球，表示权贵。在明代，龙、凤和狮子是不能乱用的，据相关资料记载，这样的狮子在明清时一般用于帝王的守陵狮。
另外，詹碧云墓的整体构思缜密奇巧，它既包裹在两重八卦图阵里又秘隐于北斗七星的勺斗之中，规划布局竟合天地人合一之尊，天时地利之妙，周围遍植青松箭竹，且治山和藏竹之所这两个词也充满了悬疑色彩。
无论詹碧云是普通的全真道士，还是失踪的建文帝，但他对三清山的道教文化发展都作出了不可磨灭的贡献。而詹碧云的藏竹之所，也不仅就成了他的灵魂清净的驻所，也成了三清山蕴含着丰富的道教文化内涵的建筑瑰宝。
【旁注】
羽化坛是道教徒对死亡的婉辞。在我国古代道教文化中，也将道士修炼到极致跳出生死轮回和生老病死，飞升成仙，称为羽化。
王灵官是道教的护法镇山神将，是武当山中五百灵官的统帅，称华光元帅，又叫五显灵官。一般在道教名山内的第一座殿往往就是灵官殿，而镇守其中的就是这位王灵官。
七级浮屠浮屠指佛塔，七级浮屠指的就是七层的佛塔。在佛教中，七层的佛塔是最高等级的佛塔。也被佛教视为宝物和法器，如四大天王中有一个天王手中持的宝物就是浮屠宝塔。
北斗七星是由天枢、天璇、天玑、天权、玉衡、开阳、摇光七星组成的，古人把这七星联系起来想象成为古代舀酒的斗形，称为北斗七星。道教形成后，将北斗人格化为重要的天神加以崇拜，并对之作种种神学解释。
【图注】
伏羲与神农和黄帝被尊为中华民族的人文始祖，是我国古籍中记载的最早的王之一。他结束了结绳记事的历史，并且他根据天地万物的变化，发明创造了八卦，对后来道教的发展奠定了理论基础。
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在詹碧云幕的玄宫墓门前设置着无字青石墓碑一通，有类似像唐女皇武则天陵墓前的无字碑一样，故意空白，留与后人评说。
若詹碧云果真是失踪的建文帝，那么他以无字青石碑存世，是否也象征着他青骨的一生呢？在告诉着人们，他漂泊流亡，先隐身于佛，后隐身入道，神秘离奇的一生不方便也是无法用文字来描述。