抗战期间，他从香港九死一生逃回内地后，因全家贫病交加，多次向傅斯年等交涉“名实相符”的薪酬问题，并称自己“好利而不好名”，然而他绝不见利忘义。抗战期间，他一家困陷于香港，全家贫病交加，几陷于绝境。日伪以军币40万元重金为诱饵，威逼他出面创办东亚文化会、审查教科书，都被他坚决拒绝。1943年当他听说顾颉刚等学界名流居然向蒋介石献九鼎，“惊怪不止”，作诗嘲讽道：“沧海生还又见春，岂知春与世俱新。读书渐已师秦吏，钳市终须避楚人。九鼎铭辞争颂德，百年粗粝总伤贫。周妻何肉尤吾累，大患分明有此身。”他感慨于等人不能顶住政治和生活的压力而屈从于蒋政权的“党化教育”。他对始作俑于国民党的“党化教育”非常不满。1927年国民党北伐成功之际，他就对“党化教育”持警惕和拒绝的态度，力劝吴宓“隐居读书，以作文售稿自活”。两人相约不入国民党，“他日党化教育弥漫全国，为保全个人思想精神之自由，只有舍弃学校，另谋生活。艰难固穷，安之而已”。陈寅恪拒绝服从党化教育以谋名利生计的思想贯彻他人生的始终。即便在“十年动乱”备受侮辱的情形下，他依然不卑不亢地致信有关方面说明自己的经济状况，不愿食嗟来之食。他深知，中国当代社会，如果没有政治体制确保个体的独立和自由，这个社会是无望迈向现代文明的；思想的独立和自由，依然是中国社会进步的前提条件。他基于理性的历史眼光和世界眼光而对时局所持之独立和自由的主见一直贯穿于1949年后，直到他逝世。1953年，他再次重申自己的一贯思想：“我的思想、我的主张完全见于我所写的王国维纪念碑中……我认为研究学术，最主要的是要具有自由的意志和独立的精神。所以我说‘士之读书治学，盖将以脱心志于俗谛之桎梏’。‘桎梏’在当时即指三民主义而言。必须脱掉‘俗谛之桎梏’，真理才能发挥，受‘俗谛之桎梏’，没有自由思想，没有独立精神，即不能发扬真理，即不能研究学术……独立精神和自由意志是必须争得，且须以生死力一切都是小事，惟此是大事。碑文中所持之宗旨，至今并未改易。我决不反对现在政权，在宣统三年时就在瑞士读过《资本论》原文。但我认为不能现存马列主义的见解，再研究学术。我要请的人，要带的徒弟，都要有自由思想、独立精神。不是这样，即不是我的学生。”1965年山雨欲来之际，他再次称自己“守伧僧之旧义”；1966年元旦，他已经闻到“赤县遍崇神”的“文革”气息。在生命的最后几年，他依然没有改变自己一生的宗旨。
相较于陈寅恪而言，严复晚年在“独立之精神”和“自由之意志”的人格持守上有所遗憾——他因与袁世凯等当轴者多有牵连，而被杨度列名“筹安会”。严复自己对被列名“筹安会”一事反省道：“不幸年老气衰，深畏机阱，当机不决，虚与委蛇，由是严复之名，日见于介绍，虚声为累，列在第三，此则无勇怯懦，有愧古贤而已。”“筹安会之起，杨度强邀，其求达之目的，复所私衷反对者也。然而丈夫行事，既不能当机决绝，登报自明，则今日受责，即亦无以自解。”与杨度等人针锋相对，当时梁启超撰写了《异哉所谓国体问题者》这一雄文，说：“常在现行国体基础之上，而谋政体政象之改进，此即政治家唯一之天职也。苟于此范围外越雷池一步，则是革命家之所为，非堂堂正正之政治家所当有事也。其消极的严守之范围则既若是矣，其积极的进取之范围则亦有焉。在甲种国体之下为政治活动，在乙种反对国体之下仍为同样之政治活动，此不足成为政治家节操之问题。惟牺牲其平日政治上之主张，以售易一时政治上之地位，斯则成为政治家之节操问题耳。”严复虽然被杨度一起列名于“筹安会”，但他并没有“牺牲其平日政治上之主张，以售易一时政治上之地位”，以梁启超之论，严复作为政治思想家的节操是不成问题的，他是有别于一些“革命家”的，但他还是对自己做出了上述真诚的反省。针对梁启超的《异哉所谓国体问题者》在社会上造成的巨大影响，袁世凯等三番五次或利诱或威逼严复撰文驳斥梁文，严复“终嘿嘿，未赞一辞”。同年10月，袁世凯再次派人请严复“为文劝进”。严复“慨然曰：吾所欲言者，早已尽言之矣！必欲以吾为重，吾与袁公交，垂三十年，吾亦何所自惜。顾吾生平不能作违心之言，吾欲为文，吾无从著笔也。自是之后，闭门谢客，不愿与闻外事”。坚决拒绝与袁氏集团同流合污。其后，袁世凯登基，严复“均未入场”观贺。1916年3月22日，袁世凯无奈之中下令撤销“承认帝位案”，举国要求袁世凯下台，但此时，严复却对此深不以为然。他坚持“吾曹以安国为前提”，“天下重器，不可妄动，动则积尸成山，流血为渠”。他批评康有为、梁启超自戊戌变法以来的一系列过激主张，认为康有为“祸人家国而不自知非”，梁启超是“理想中人，欲以无过律一切之政法，而一往不回，常行于最险直线者也。故其立言多可悔，迨悔而天下之灾已不可救亦”！坚持要“以存国为第一义”，认为“值此袁氏孤危戒惧之时，正可与之为约，公选稳健之人，修约法，以为立宪之基础，使他日国势奠定，国民进化，进则可终于共和，退则可为其复辟，（此时亦不相宜）似较之阳争法理，阴攫利权，或起于个人嫌隙之私，似有间也”。
1916年6月，袁世凯毙命后，段祺瑞政府决定惩办鼓噪恢复帝制的祸首，在京亲友强迫严复离京到天津暂避。但以“俯仰无愧怍”泰然处之，说：“复生平浪得虚名，名者造物所忌，晚节末路，固应如此。不过人之为此，或得金钱，或取好官，复则两者毫无所有，以此蒙祸，殊可唉耳。”北洋政府的通缉名单上并无严复，这正如戊戌政变后，清廷的通缉名单上也没有严复一样，可见当时的执政者都明白严复的言行出处与当时之“革命家”或“阴谋家”是迥然有别的。他“生平不能作违心之言”，只是基于学识和理智坚定持守自己对时局的见解而已。1945年夏陈寅恪《读吴其昌撰梁启超传书后》云：“任公高文博学，近世所罕见。然论者每惜其与中国五十年腐恶之政治不能绝缘，以为先生之不幸。是说也，余窃疑之。尝读元明旧史，见刘藏春姚逃虚皆以世外闲身而与人家国事。况先生少为儒家之学，本董生国身通一之旨，慕伊尹天民先觉之任，其不能与当时腐恶之政治绝缘，势不得不然。忆洪宪称帝之日，余适旅居旧都，其时颂美袁氏功德者，极丑怪之奇观。深感廉耻道尽，至为痛心。至如国体之为君主抑或民主，则尚为其次者。迨先生《异哉所谓国体问题者》一文出，摧陷廓清，如拨云雾而睹青天。然则先生不能与近世政治绝缘者，实有不获已之故。此则中国之不幸，非独先生之不幸也。又何病焉？”这段评价梁启超的文字，实可移置于严复。他如此同情理解，其于严复之同情理解也当如此。比照陈寅恪一生的持守，在践履独立之精神、自由之意志这一现代观念上，陈寅恪确实比严复决绝许多。作为陈三立、严复等人的晚辈后学，陈寅恪以他坚定的持守，继承并超越了严复、王国维等从传统向现代转型的前辈学人，将自己成全为真正现代意义上的学人。金岳霖在《晚年的回忆》中说：“寅恪先生不只是学问渊博而已，而且也是坚持正义勇于斗争的人。”他“不屈不挠地为国人立一典型，使天下后世知所矜式，其意义、其价值是无论如何估计也不会高的”。