所谓形而下的修习主要是针对修行人形而下的能体和肉体修炼而言的。本篇第一学部中对这方面曾有较为具体的介绍，但由于该学部仅讨论破意识（第六识）前的修持，所以所介绍的方法都是以意识为根来进行操作的。事实上，这些修身的方法对后续各学部学习阶段形而下肉体和能体的修炼都是同样适用的。由于肉体和能体的修炼贯穿于佛法修证的各个阶段，所以，为了便于修习者在个人实修的过程中正确理解和操作，在分学部讨论完对形而上法身自性的体证方法后，有必要再综合性地研讨一下形而下能体和肉体的修习问题。
对形而下能体和肉体的修炼，首先是通过主体的“我”来操作的。由于不同我相的主体，本质上就是自性向“自我”投影化现过程中产生的不同境相，所以他们都是以自性为根的，或者说都是以自性的力量为源动力的作用主体，当其作用于客体时，如果能全心作用，则相应层面所现的“我相”就会在操作过程中自然淡化，自性的力量就可超越“我相”而源源流出，作用于客体。即，虽然习练者可能处于对“我相”体认的不同阶段，但对形而下对象的修炼，从究竟意义上来说，都是借助自性的力量来实现的（所谓“万法唯心”的一种解释）。操作中对所在“我相”的执著越淡，源自自性的力量就越强。因此，就修习的主体而言，不论习练者处于何种“我相”的层次，在进行能体和肉体的修炼时，全身心忘我的投入具体的操作过程，是最关键的技巧，也是习练者基本的努力方向。
清楚了形而下修习中主体如何用心的技巧和原理后，我们再来讨论一下转化能体和肉体的修习方法的应用技巧。如前所述，对形而下能体和肉体的修炼，实际上就是将其由实转虚以至于空的过程。这是一个漫长的转化过程，是一轮一轮由点到线、由表及里、由局部至整体的往复循环。通过对客体或对象的不断做功，最终达到主客一体、能所不二的境界。如果行者真能证到能体、肉体完全空掉与主体相融的不二境界，则形而下身心修习的基本目标也就达成了。如果同时还彻证了法身，三身成就的诸佛果位也就不再遥不可及了。在本篇的第一学部中我们对修身方法已有相当多的叙述了，下面再在此基础上深入探讨一下重要的修习技巧。
从修证的具体体验来说，无论什么层次的肉体，对主体而言都只有通与不通两种状态；而不同层次的能体，对主体则只是密度上的差别。因此，各种修习方法所要解决的问题就可以简化成如何使肉体通畅和能体空灵两个基本问题了。从感知上来看，对肉体的感知主要是靠身，而对能体的感知主要依赖于心。两者的感知程度也有较大差别，前者较为粗、重、实，后者更偏于细、微、虚。由于肉体和能体空间上是相重的，所以在肉体真正畅通之前，我们的感知会更倾向于肉体，而对能体的感知只有在肉体通畅、轻快以后才逐渐显现出来。因此，形而下的修习功夫一般都是从肉体开始，逐渐过渡到能体的。
可以用于改变肉体状态的方法有很多（参见本篇第一学部），但到了后期进入静坐阶段之后都会归结到一个问题上，那就是如何激发体内的“灵能”。
“灵能”是佛性向客体方向投影的结果，是由空性→空相→能量（光）→色→物质依次化现或凝聚的。当化现到物质层面时，“灵能”以“内能”的形式蛰伏起来。如果能使肉体松弛、涣散至对“灵能”的束缚力减到足够低，就有可能让其中所蕴藏的能量得以释放，同时化解肉体，实现所谓质能的转换。肉体修炼的第一步也就是让肉体能放松到使其所蕴含的内能动起来，然后只需要跟着或顺着这股能量前行即可。
修证经验表明，心轮（中丹田）是这种能量最容易展现的地方，密宗或瑜珈修法中其他的脉轮也都是能量较易被感知并释放的位置。
通过吐气、持咒或其他练习方法，都可以激发这些部位的能量。附录6～9收集了四个作者在习的密咒方法，有缘的读者可以参考。
修行中对“灵能”的感知其实最初都是从体内局部的“振动”开始的。通常静坐一定时间后，肉体不通畅的地方就会逐渐痛起来，细细体会这种疼痛，你会发现是一种脉动式的“振动”，如果你能不作任何抵抗的承受，甚或主动将主体融进去随着这种节律性的“振动”有意强化它，当约束或堵塞此点的障碍或阻力小于“振动”释放的力量时，这种内在的“振动”力就会冲开所堵之处，使这一点得以畅通。随着功夫的积累与提高，肉体层面的障碍会越来越少，然后某一天你就会发现这种“振动”会在“心轮”（膻中或心窝处）处发生。此时，你所需要做的就是持续（24小时不断）地体会并利用你所熟悉的方法（吐气、持咒、体内外声音）强化这种“振动”，利用这股源自佛性的力量去化解或空掉所有的客体障碍，直至能所不二之境。
从心轮处开始展露的“灵能”，随修证功夫的提升会沿着人体的中脉如蚁般缓缓上行，当升至大脑化开意识点后，你就自然超越了第六识。“灵能”所过之处的肉体障碍都会被这股能量融化并带走，最终使得我们对肉体的感知趋于空，并与能体相融。当“灵能”冲破头顶梵穴后，向上，其能量的释放可以扬展至无限（仿佛向上的喷泉一样），向下，其源头也会慢慢展开着退下，直至贯通海底会阴穴。随着功夫提升，这股由下（下无限）至上（上无限）贯通全身的“喷泉”会越来越粗、越来越大，逐渐包含整个肉体，并延展至全部空间。由于“灵能”本质上是佛性的力量向下化现至修习者所能感受到的能量形式，所以它与修习者不同层次的能体是天然相融的，因此我们在利用“灵能”化解肉体的同时，相应层面的能体实际上也同步得到了化解。当肉体完全与能体相融后，借助“灵能”形式不断展现的空性的力量就会持续地将能体（连带着肉体）向空灵的方向转化。
需要强调的是，“灵能”对形而下肉体和能体的转化将是一个相当漫长的过程。从体验上来看，“灵能”作用于心轮处产生的“振动”最初表现的比较粗重、强烈，“灵能”受阻产生的“振动”的源头也显得比较硬实，空间上与大豆颗粒的体积相仿。这种因“灵能”作用而显现出来聚积于心轮的能量点，实际上就是累世以来无量业障在心头的郁积，在其借助“灵能”的振动力，沿着脊柱上行的过程中将逐渐转化成能量释放出来，从而实现一次升华。随着一轮一轮的升华、转化，修习者对内在“振动”的振源的体会将变得越来越微细，“振动”所释放出来的能量所展现的空间也越来越空灵，当“振动”细微至较主体的“我”更微细时，其释放的能量就可以化解或超越这一层次的“我”相了。伴随一层层“我”相的破灭，主体将最终与“振动”相合成为一个整体。
对“灵能”源处的感知受主体自身立足之处的制约，主体越空灵、越接近真我，感知的就越微细，当证达空性后，两者就会完全相融合一。
在利用“灵能”转化形而下能体和肉体的操作中，主体和“灵能”的作用可以分成两个阶段说明：未证达自性之前，主体的任务是负责清理“灵能”“喷泉”外围的障碍，使之不要妨碍“喷泉”的喷出，同时融入“喷泉”强化“灵能”对客体的转化和自身空间的扩展；而“灵能”的任务是负责融化、冲刷所经通道的所有障碍，并逐渐向外扩展所占据的空间。当证达自性之后，由于主体和“灵能”的源头都是一个，所以这种转换的功夫也就只有一个主体了，那就是所谓“空性”的力量。进入这一境界之后，“空性”的力量就可以直接源源不断的展现出来，作用于不同层面的客体，使之化解并“空”掉。形而下功夫的修炼到此也就转入了无修而修的境界，我们关于形而下修习问题的讨论也就自然该结束了。