有关此事的另一版本为：“英文分教温缉周，学生所爱戴崇拜者也。日者谓学生曰：‘明年。将去，不克常聚首矣。’学生问其原因，温以他言乱之。学生骇甚，然姑隐之不言。逮总教习请他人庖代温君，学生遂谒总教，质之曰：‘温师何故辞归？师平日遇学生，平和谨婉，殊未尝以压力绳人。总教辞分教，必其与学生意见不合也。意见合而辞之，教学相长之谓何矣？’总教非特不是学生，且加以申斥，以为学生权利，不得干涉此等事。英文师之所以辞者，总董庞青城言度支窘绌故也。因是学生积不平。总教复有夷视学生及种种野蛮语，召学生之怒。”《南浔浔溪公学之冲突》，爱国青年。：《教育界之风潮》第10章。其中关于温不以压力绳人之说，显然是针对总教习杜亚泉对待学生的态度而来。
对于温缉周的“平和谨婉”，杜亚泉早有意见，八月浔溪公学开运动会时，他就告诉蔡元培：“余意英文教习必须有教育思想，与余辈同宗旨者，与共商榷兹事。今英文教习某己，文学颇深，然甚冷淡于教育。学生已界三级矣，而每日止能任三时，每周止能任五日。自授课外，日与善粤语之某司事沽饮市楼。任事一二周则必回上海一次，旷日殆亦一二周，于公学甚不宜。余意欲易以资格稍浅而肯留意普通教育者。”蔡元培：《浔溪公学第二次冲突之原因》（录《苏报》来稿），《选报》第35期，1902年。11月20日。则学生觉得易于相处的原因，在校方看来不免放任。
与杜亚泉交涉不果，学生不肯善罢甘休，“有志者相谓曰：‘学堂者，因培植人才而立也。故有国民之资格者，然后可兴学堂，有国民之思想者，然后可入学堂。反是焉，水火未有能相济者也。总董以数万度支，创建学堂，而教习尽顽钝，学生似奴隶，何乐而恋恋于此？讲形式而不求实际，纵读破十年。经穷白首，其何能成？学而不成，毋宁不学。往哉休哉，此学固非唯一之学堂也。良禽择木而栖，贤臣择主而事，善者正多，何地不可容身哉？’众纷议不能决，卒曰：‘质之总董以后，欲去则去，欲留则留，毋狐疑犹豫也。’遂举代表，偕诉总董。总董大惊曰：‘吾何曾有此意见哉？无已，吾为汝等调停之。’于是学生知总教之诈，而怨声益甚，遂相率归”《南浔浔溪公学之冲突》，爱国青年。：《教育界之风潮》第10章。。
国民与奴隶，是戊戌后梁启超兴民权的重要概念，立宪为国民，专制为奴隶，学生既然将矛盾上纲上线到如此程度，与校方的冲突便开始升级，他们先“邀英文教习至花园，语以明年。必无去，且要以签字”。随即35人联名致公函给总董、总理及总教习，“言明年。办法，要求四事：一宜请理化、算学专科教习；二宜留英文教习某己；三每日课程太繁，宜酌减；四宜增购新书”。其实学生的要求与校方的原定计划相去不远，只是双方缺少沟通，互不知情。杜亚泉称：“盖所延算学教习某戊，初订七月到学，后以乡试故，展迟两月，九月到学。后以试榜未发，心摇摇不肯上班。及榜发不中，又牢骚不上班，忽支两月脩赴上海。余驰书诰之，答书遂辞。故算学尚未有教习，余仍自任之。然明年。理化教习，则余已订定某君，学生盖未之知，故有第一条之请。余于是告学生以第一条必能如诸生意；第二条余意颇不然，然诸生既心服教习某己如是，亦可商量；第三条余意亦然，必酌改；第四条尤易办也。学生亦无甚不悦。”蔡元培：《浔溪公学第二次冲突之原因》（录《苏报》来稿），《选报》第35期，1902年。11月20日。尽管有组织和提条件往往是冲突扩大的征兆，双方声气一旦相通，矛盾还是有所缓和。
起因之三，为校方变更考试奖品。此诚所谓一波未平，一波又起。因英文教习而起冲突的翌日，季考案（一说为月考）揭晓。八月运动场期间，总董庞青城曾奖励体操优胜者以银牌。“方此案未发时，亦有奖银牌之说，后忽中变，欲无奖。”杜亚泉认为：“无奖决不可。”改奖铅笔洋纸簿等。“及给奖，凡十名，其四已以病回里。而某辛忽称铅笔不佳，欲售之于司事。司事不受，乃折而弃之，并强出其余诸人所售者，亦折而弃之，狼籍满地。”杜“乃集某辛等五人，告以‘褒赏之物，以学校名义褒之，所重固不在物。今如是，是大伤校友之感情，汝等宜自知过。’某辛等不服曰：‘学校以是等粗恶之物褒赏，是既伤我辈感情。且我辈既受此物，则我所有权得自由处之，先生不必过问也。’及夜，又招某辛等劝谕之，终不肯认过。余于时甚灰心，因发一纸，大意谓：‘师生之间，在情感与心服。今某辛等护前不变，大反此旨，余不愿再任是职，已告退，并函辞于总董。’未几，学生诣日本教习所，称：‘某甲不称总教职，已辞去。然君幸毋俱去。’又上书总董、总理，言：‘某甲不称总教之职，学生已不认为总教。前所要求四事，请径由总董、总理安排之。’”蔡元培：《浔溪公学第二次冲突之原因》（录《苏报》来稿），《选报》第35期，1902年。11月20日。
对此学生的记载为：“学生列优等者十人，仅得奖木笔白纸簿等。学生愤甚，谓此微物，岂得以奖学生？皆毁而投诸厕。总教见之，藉此泄其平昔愤气，责问受奖者曰：‘汝等慢我轻我，知罪乎？重者当屏斥，轻者记大过。’学生曰：‘若不受奖而怠侮教习，是学生之罪也。今既受之，毁也学生之权利，留也学生之权利，生等未知罪。’辩论四小时，不决。学生遂出，而总教告退条下。”《南浔浔溪公学之冲突》，爱国青年。：《教育界之风潮》第10章。此说的另一版本为：“翌日，适季考，总教某奖前十名者以铅笔等物，学生以积不平故，咸毁而掷于厕。总教某见之，责问受奖之十名云：‘汝等太欺慢我，知罪否？’十名者答曰：‘物既自先生而赐于我等，则成毁皆属于我等之权，窃未知罪。’”《浔溪公学学生第二次散学始末记》，《政艺通报》第21期，1902年。12月14日。
事态发展至此，学生与杜亚泉已成势不两立，必须牺牲一方，否则风潮难以平息。而这对庞青城显然是两难选择，也是他极不愿意看到的结局。他一面力劝宣布辞职的杜亚泉暂缓离开，一面寻找外部调人，以求打破僵局。三曲突徙薪为了避免风潮导致学校停办解散，庞青城不得不再向上海的同仁求援，请有办学和处理学潮经验的蔡元培前来调解。
蔡元培自八月出席浔溪公学的运动会返回上海，“了不得公学消息，惟南洋公学冲突后，于《同文沪报》见有浔溪公学学生之告白，亦不以为意。十月二十八日（11月27日），得公学电，言‘将有事端，速来消衅’。遂以翌日往”。临行前留致吴稚晖一函：“弟适得南浔电，以学堂有冲突事，招往调停。弟等本非一切持破坏主义者，如曲突徙薪之事，亦甚愿为之，故于今午即趁船去。”高平叔：《蔡元培年。谱长编》，人民教育出版社。1996年。版，第249页。到校后，蔡元培往见总理，后者曰：“余适有疾，脑晕耳聋，不详告斯事本末。……请参考总教、总董、学生之意见，乃决议。”于是蔡元培先听取杜亚泉详细陈述冲突的原因及经过，又询问庞青城的看法意见，随即提出：“吾意惟劝某甲早行耳。”庞青城表示异议：“某甲行则其所订之教习将皆行，学生将散。吾意斥退某辛辈数人以留某甲。”蔡元培进一步解释道：“斥退学生一人，是即斥退全学之学生也。吾意某甲殆不可留。然吾可告以劝各教习为公学计，毋随俱去。”庞青城仍然不同意：“然学生气焰如此，某甲去，我辈益束手无策，奈何？”蔡元培曰：“吾为某甲计，甚善。然善后之事则吾亦无策，姑思之。”蔡元培：《浔溪公学第二次冲突之原因》（录《苏报》来稿），《选报》第35期，1902年。11月20日。
蔡元培的意见，看似有些轻率，其实他十余日前刚刚处理过南洋公学退学大风潮，知道学生因细枝末节而不惜掀起风潮，固然是年。轻气盛的躁动使然，背后却有相当深刻的社会和时代原因。在南洋公学风潮中，校方与学生的冲突愈演愈烈，难以调和，也请蔡元培代表教习出面调解。他在学生集会上说：“闻诸君不日行，诸君之志，深可嘉尚。然诸君尚有所望乎？尚可挽回于万一乎？凡事必有目的，诸君之举动，吾已尽知，谅不仅仅以牺牲公学为目的。我教习代表人也，今请代教习为诸君进一言：诸君言行一致，以公愤而去大学，实社会进步之现象，亦学界风潮之膨胀发达使然。此事原因，不过区区墨水瓶，竟至震动全局，吾知断非诸君有意为难，要必祸根长种，患蘖常留，故一发焉而不可制。吾非不知事变者，曷肯苦留诸君？然诸君为此行径，公德明矣，团体固矣，精神充矣，岂无宗旨？岂无次第？岂无约束？岂无希望？使诸君竟事事无所依傍，狂澜一倒，竟不克障，则诸君极文明磊落之思想，转以故寻一衅而束身竟去者，无乃堕于偏而失之激乎？某承命来此，既担此义务，负此责任，并欲代表各教习之意，不得已而告诸君。吾不欲更以他问题相质问，惟如何则必行，如何则可不行，请诸君代为一答。”学生代表殷次伊起而应道：“初念本仅仅留五班，今事已如斯，则以与总办势不两立为大问题。明日十钟前，总理去则生等留，否则不敢从命。”蔡元培问在场学生是否同意，除五班13人有异议外，其余皆举手赞成爱国青年。：《教育界之风潮》。。浔溪、南洋两公学情形虽不尽相同，但蔡元培凭经验已经隐隐感觉到，凡因细故而激成大风潮，绝非如表象那般简单。
向校方了解情况后，蔡元培会见学生代表黄为基等五人，询问事件所由，学生一一以前事述告。蔡曰：“是固有使诸生不得不然者。然掷奖物于厕所，亦未免为太过之举动。”学生曰：“以是责我等诚当。顾我等之为此，亦激于前事耳。”《浔溪公学学生第二次散学始末记》，《政艺通报》第21期，1902年。12月14日。黄为基称：“我等非激动于南洋公学之风潮者，亦非为褒赏物小事者，实为学问前途计，不得不出于此。我等所要四条，想君知之矣。我等所以最不慊于总教者为第一条，第二条即第一条之支别也。自某甲任总教以来，分教某丙、某丁、某戊均以不合辞去，今又及某己矣。我辈今乃知某甲之恣其私意，以误我辈之前途也，故愤愤。”蔡元培问：“吾知分教辞去，则总教兼任其教科，总教果胜任否？”答曰：“不胜任。我辈自忖半年。来无甚进步也。”蔡元培进一步追问：“此事凭君等良心决之，无可容吾拟议。吾意学校中非各科可单独运动者，必有统合之组织，故分教与总教不合，自不得不辞；即不辞，总教亦当辞去之。今日文明国易一执政，则其僚属殆鲜不更易者，亦此义也。故分教之不合而去，与总教之别延分教而未得其人，此尚未可为总教罪。我国此时欲延一科学教习，甚不易也。惟学校中非独以教科灌入知识于学生而已，教师之热心与公德，其类化学生之力甚大，关系甚重。故君等诋某甲之恣其私意，吾不能不一推求。使某甲以延分教不得之故，而勉强自承其乏，虽不胜任，尚可原谅。然君等之恣私意，是必某甲利于分教之无人，而因以自便其私也。吾欲问某甲既兼分教之任，曾自取分教之脩否？”黄为基称：“某甲已书一纸，支分教之脩于司事，但司事尚未付耳。此自有证据，否则吾辈不能以春秋诛心之法遽诋为私意也。”
蔡元培见是时惟黄为基一人出言，其余四人皆默然表同意而已，遂转而问司事：“某甲果有支分教脩之一纸书乎？”司事回答：“无之。惟告以前分教未支之脩，以其半津贴两助教之膳费，以其半预备明年。派人往日本展览会而已。”蔡元培认为这仍是“为公学公费，不得据以为总教之私意”。
掌握各方的观点态度后，蔡元培与杜亚泉深谈一次。他首先询问：“学生所执之词柄，非有所必不得已也。而显若深恨大仇，举平日师生关切之爱情而一切抹杀之，此何以故？”杜亚泉对此亦表示“不解”，指其“殆全为上海近日之风潮所激动耳。余甚不以上海助长学生之气焰者为然。余平日愿此间学生韧性朴学，别树一帜于政论风潮之外，以故高明偏宕之材，不能不以渐裁抑之。余费苦心半年。矣，以为几达目的，而不意以外界之激动，一旦付之水泡。余今已槁灰其心，不愿复委身于教育。然余不惜牺牲余名，将著一书，专攻击若辈助长之议论。固不免若辈唾骂，然数十年。后，必有思余言者”。就教育而言，校方规范教学秩序，为学务所必须。但杜亚泉“裁抑”“高明偏宕之材”的作法，在学生看来，与专制压迫并无二致。
听罢其言，蔡元培讲了一大段意味深长的话，全面阐述其对学潮起因、学生类型的分析以及区别对待的处理办法，不仅对理解浔溪公学及风起云涌的学界风潮大有帮助，而且可以了解蔡元培的社会政治主张。他首先分析了学潮兴起的社会原因：
“子言此次冲突之原因，近之矣。虽然，犹未也。子不见学校冲突之事，近者惟吾国及俄国屡见之乎？吾国学校之未完备姑不论，彼俄国者，学校之编制，教育家之所讲授，何遽不若彼共和立宪诸国，而冲突乃如是。盖学问者，以实现理想于未来为目的者也。彼共和立宪诸国，学理之所阐，与夫政界之所涉，盖无不密合者。学生者，过渡之时代也，预备之时代也。学成以后，因当有自由之幸福，亦何惜牺牲现在以要求之？谓之曰学生不得自由，彼且谓吾此时固不愿自由也。专制之国，则其学理之所阐，与夫政界之所涉，乃无一不反对。彼自信将来必无实现理想之一日。凡人情于必不可得之事，则其求之也愈迫，而其攫之也因亦不暇于熟虑。况在我国外交之疲苶，社会之腐败，已有朝不保暮之势，彼自以待学之成，则已国墟而人奴矣。彼其如燃眉之急，如灭顶之厄，固何暇问火政漫人之如何也。彼又多时过而学，则自以已负国民之义务。彼又日染于译书之理论，日激于新闻之记载，则愤叱狂呓，血涌技痒，不知其所由。彼当外界冲因极强烈之时，则一触即发，一纵即逝，虽牺牲身命，牺牲社会，牺牲全世界之美利，以供其一快，亦所不择，况区区之普通学若师生关爱之感情哉。”