佛教的传入
在6世纪，佛教由中国经过朝鲜半岛，传入日本列岛。关于佛教传入日本的途径，有公传（官方）和私传（民间）之分。所谓的公传，是指朝鲜半岛的百济国派出使节，携带佛像、经典、僧侣，即佛、法、僧三宝，出使倭国。另一方面，私传是指信仰佛教的大陆移民，出于自身的信仰，随身携带佛像进入日本列岛。
佛教私传日本列岛的最初时间不详。根据成书于平安时代末期的《扶桑略记》的记载，继体十六年（522），大唐汉人案（鞍）部村主司马达止（《日本书纪》表记为“司马达等”）移居日本列岛，在大和国高市郡坂田原（奈良县明日香村），建造“草堂”，安置佛像，“归依礼拜”。但是，司马达止这个人物在《日本书纪》中的初见是敏达十三年（584），因此，私传的最初时间是否能够确定在继体朝，学界也存在着不同的意见。
关于佛教公传倭国的初始时间，有538年说和552年说。前者源于《上宫圣德法王帝说》、《元兴寺伽蓝缘起并流记资财帐》，后者的依据是《日本书纪》。尽管两说的时间相差14年，但所叙述的佛教传入倭国的经纬大致相同，即在钦明朝期间，百济圣明王派遣使节，给倭国送上佛像和佛教经典。
根据《日本书纪》的记载，面对百济圣明王送来的释迦佛金铜像、幡盖、经论等佛物，钦明大王欢喜踊跃，叹于佛像的相貌端严和佛法的玄妙，向群臣询问倭国是否也可以敬佛。对此，群臣的意见不统一，赞成崇佛的苏我稻目认为：当时的中国王朝以及朝鲜半岛诸国都推崇佛教，倭国岂能不敬佛呢；反对敬佛的物部尾舆、中臣镰子则说：“我国家之王天下者，恒以天地社稷百八十神，春夏秋冬祭拜为事，方今改拜蕃神，恐致国神之怒。”两派意见相持不下，也就是所谓的崇佛·排佛之争。在这种情形下，钦明大王将百济所赠的佛像交给了苏我稻目，尝试性地命令其礼拜佛像。苏我稻目欣悦接受，并舍宅为寺，供奉佛像。可是不久，倭国发生瘟疫，病死的人越来越多。物部尾舆和中臣镰子等人借此机会上奏钦明：瘟疫的流行是因为崇佛招惹了国神之怒所致，请钦明大王下令丢弃佛像。钦明大王准允了物部尾舆等人的奏请。佛像被扔进了难波（大阪市）的沟渠，寺院也被烧毁。佛教的传播遭受打击，在其后的一段时间里停滞不前。
不过，以苏我氏为代表的崇佛派与以物部氏、中臣氏为首的排佛派，二者之争实际上并不是“蕃神”（外国神）与“国神”之间的信仰对立，不仅苏我氏没有反对崇拜“国神”，而且物部氏自身也不排斥佛教信仰，例如物部氏称佛教为“神”以及在物部氏的势力根据地发现寺院遗址（渋川废寺遗迹，位于大阪府八尾市）都可以佐证这一点。钦明朝时期，物部氏和苏我氏是王权内的两大势力。物部氏自雄略朝以来，就是倭王权内的有力氏族，其在王权内保持政治势力的重要基础之一是从事传统的神祇祭祀。相比之下，苏我氏是倭王权内的新兴氏族，钦明朝时才开始在政治舞台上显露锋芒，佛教的传入有利于苏我氏提高其政治上的优势，因为经典、偶像信仰等是佛教的重要组成，也就是说，佛教的传播需要掌握文字、技术（造寺、造佛、造瓦）的人才，而许多技术系大陆移民集团当时都在苏我氏的支配之下。因此崇佛·排佛之争，确切地说是苏我氏和物部氏在政治上对立的一个表象。
敏达朝时期（572—585），苏我马子（苏我稻目之子）和物部守屋（物部尾舆之子）延续着苏我氏与物部氏之间的政治对立，佛教的传播也因此又起波澜。敏达大王本身虽然偏爱文史，不信仰佛法，但最初对佛教似乎并未采取排斥的政策，例如根据《日本书纪》的记事，敏达六年（577），百济威德王送给倭国的律师、禅师、比丘尼、咒禁师、造佛工、造寺工共6人被安置在难波的寺。敏达十三年（584），苏我马子派人四方寻找修行者，在播磨国寻得来自高句丽的还俗僧惠便，即以惠便为师，令其度善信尼（司马达等之女，时年11岁）等3女子出家。此外，苏我马子在自宅的东侧修佛殿，供奉弥勒石像2尊，同时还舍另一处宅第为佛殿。敏达十四年（585），苏我马子建塔藏佛舍利。就在敏达十四年（585）这一年，倭国流行疫病，民死者众多，于是物部守屋等人向敏达大王上奏建议排斥佛教，其理由是疫病的流行为苏我马子兴行佛法所致。由此，敏达大王下令禁止佛教。物部守屋亲自到苏我马子所建的佛寺坐镇，砍倒佛塔，烧毁佛像、佛殿，把未烧毁的佛像投入江中，并派人鞭打尼僧，佛教受难一幕再次重演。
敏达之后的用明大王是“信佛法，尊神道”的大王。用明二年（587），用明大王病重，召集群臣，表达要皈依佛教的心愿。但在苏我马子支持，物部守屋等人反对的对峙中，用明大王没有实现宿愿，就离开了人世。用明大王死后，围绕着王位继承，物部守屋与苏我马子双方之间的对立演变成军事战斗。其时，加入苏我军的厩户王子用白胶木做了1尊四天王像，放在自己的头上并发誓：“今若使我胜敌，必当奉为护世四王，起立寺塔。”随之，苏我马子也起誓：“凡诸天王、大神王等助卫於我，使获利益，愿当奉为诸王与大神王，起立寺塔，流通三宝。”由此，苏我军士气大振，取得了最终的胜利。厩户王子和苏我马子也遵守各自的誓言，分别在摄津国和飞鸟（奈良县明日香村）开始建造四天王寺和飞鸟寺（又称法兴寺、元兴寺）。佛教传播开始进入新的阶段。
推古朝的佛教政策
推古女王即位后，首先推出的政策就是兴隆佛教。推古二年（594），发布“兴隆三宝”的诏令，于是诸氏族“各为君亲之恩，竞造佛舍（寺）”，掀起日本历史上第一次造寺高潮。至推古三十二年（624），在短短的30年间，倭国的寺院数发展到46所，僧816人、尼569人，僧尼共计有1385人。值得注意的是，众多的寺院中，没有一所寺院是推古女王发愿建造的，相比佛教信仰，推古女王本人似乎更倾向于尊奉神祇。
在推古朝建成的诸所寺院中，飞鸟寺是日本最早的伽蓝。前已叙述，飞鸟寺是苏我马子发愿建造的寺院。飞鸟寺主体建筑的建造历经8年。崇峻元年（588），百济向倭国赠送了佛舍利、僧侣以及寺工、露盘（佛塔顶上相轮的底部）博士、瓦博士、画工等与寺院建造有关的技能工，随后，飞鸟寺开始建造。崇峻三年（590），进山采伐飞鸟寺建筑所需的用材。崇峻五年（592），建造飞鸟寺的佛堂和步廊。推古元年（593），佛舍利被放入飞鸟寺的刹柱心础中，建造刹柱。推古四年（596），飞鸟寺建成，苏我马子的儿子善德就任寺司，被尊称为“三宝之栋梁”的高句丽僧慧慈和百济僧慧聪也住进了飞鸟寺。主体建筑完成后，佛像的铸造开始于推古十三年（605），推古女王与厩户皇子、苏我马子及诸王、诸臣共同发愿铸造佛像和绣织佛像各1尊，并任命鞍作鸟（司马达等之孙）为造佛工。高句丽大兴王（婴阳王）听说倭国造佛像，送上黄金300两。翌年（606），铜制佛像（飞鸟大佛）与绣织佛像一并完成，放在飞鸟寺的金堂内。1196年，飞鸟寺发生火灾，寺塔被烧毁，鞍作鸟所造的铸造佛像也受到了极大的损伤。
自佛教公传以来，苏我氏始终是奉祀佛教的主要推动者。进入推古朝以后，苏我氏依旧握有佛教的主导权，但是在王族之中也出现了佛教的推动者，最为有名的就是厩户王子。厩户王子的父亲是用明大王，母亲是与用明大王同父异母的穴穗部间人王女。由于穴穗部间人王女也是苏我氏系出身（其母是苏我稻目之女小姉君），所以厩户王子与推古女王、苏我马子有着很深的血缘关联。由于后世的人们将厩户王子神格化，视为信仰的对象，因此有关厩户王子的记事，存在不少神话性的描述。例如在传说中，厩户王子一生下来就会说话，还有常人不具有的智慧，长大以后，他1个人听10个人的申诉，可以无误地辨别出孰是孰非，并能预知未来。后世之人对厩户王子的称呼也是多种多样，仅《日本书纪》一书中就有上宫厩户丰聪耳、东宫圣德、法大王等，此外还有《怀风藻》的圣德太子，《金铜释迦三尊造像记》（法隆寺金堂释迦铭）的上宫法皇等。
厩户王子所处的时代，是人们对佛教的认识从“蕃神”开始走向真正的佛教信仰的过渡阶段。除了造寺、造像以外，读经、讲经等佛教的教学形式也有初现，推古十四年（606），推古女王请厩户王子讲说《胜鬘经》、《法华经》。《上宫圣德法王帝说》记载，圣德太子著有“法花等经疏七卷”。另外，在《法隆寺伽蓝缘起并流记资财帐》所记的寺院资财中，有“法华经疏参部各四卷、维摩经疏壹部三卷、胜鬘经疏壹卷”是“上宫圣德法王御制者”，即所谓的圣德太子的《三经义疏》。由于在《日本书纪》中，既无有关厩户王子讲说维摩经的记事，也未言及《三经义疏》，因此关于《三经义疏》是何人所撰的注疏，学者们的意见并不统一，除了厩户王子亲撰说以外，还有后世他人撰作说以及遣隋使从中国携来说。假若遣隋使从中国携来说成立的话，则可以从一个侧面折射出当时东亚佛教中心——中国的佛教教学向倭国的移植。
虽然推古朝的兴佛政策使得寺院与僧尼的数量不断增加，但是在佛教传入尚不满百年的倭国，僧尼们对于作为修行者应遵守的戒律的认识极其不足。推古三十二年（624）四月，一僧侣执斧殴打祖父。当时，厩户王子亦已过世，推古女王听闻此事后，召见苏我马子，宣布诏令：“夫出家者顿归三宝，具怀戒法。何无忏忌，辄犯恶逆。今朕闻有僧以殴祖父。故悉聚诸寺僧尼，以推问之。若事实者，重罪之”。在推古女王的旨意下，全体僧尼不仅被集中审问，而且还被集体问罪。就在所有的僧尼都惶恐不安，不知如何是好的时候，在倭国滞留了20余年的百济僧观勒上表推古女王，叙述佛教传至倭国时间尚短，僧尼们尚未学习“法律”的现状，请求除殴打祖父的僧侣一人以外，赦免其他僧尼。推古女王采纳了观勒的意见，但以“道人尚犯法，何以诲俗人”为由，开始建立僧官制度，设置僧正、僧都和法头官职，其中僧正、僧都负责检查监督僧尼的行为，法头则负责监督寺院的财政。推古女王任命的首任僧正是观勒，而僧都和法头则由在家的俗人担任，展现出推古女王将佛教置于王权之下统制的意图。同年（624）九月，作为掌控佛教措施的一环节，朝廷对诸寺院的建造由来和每一僧尼出家的缘由、日期进行调查并记录在册。
国家佛教的形成
推古三十一年（623），随遣隋使前往中国留学的学问僧惠斋、惠光以及药师惠日、福因等人，在中国经历了隋唐王朝的交替以后，返回倭国，上奏并建议朝廷：当时滞留在唐王朝的倭国遣隋留学生、学问僧都已完成学业，应该唤他们归国。但是，直至舒明朝期间（629—641），学问僧灵云、僧旻、惠隐、惠云、清安（南渊请安）以及学生高向玄理等遣隋的留学生和学问僧才陆续地返回倭国。其中，僧旻、惠隐、清安（南渊请安）和高向玄理都是推古十六年（608）前往隋王朝的，在中国滞留时间长达20年以上甚至30年以上。可以想象，他们为舒明大王带来了有关中国佛教的最新信息。
舒明十一年（639）七月，舒明大王宣布在百济河边同时建造百济宫和百济大寺，并依照劳役的来源地分配劳力，征西国的民众建造宫殿，东国的民众建造寺院。1997年，在吉备池废寺遗址（奈良县樱井市），发现了7世纪的巨大寺院遗迹，学者们推断该遗迹就是百济大寺的所在地。百济大寺是佛教公传以来，由大王建造的第一所寺院，这意味着一直与佛教保持距离的大王开始意欲掌握佛教的祭祀权。百济大寺尚未建成，舒明大王就于舒明十三年（641）亡故。翌年（642），即位后的皇极大王发布诏令，继续百济大寺的建造事业。
皇极四年（645）“乙巳政变”后，新成立的孝德新政权首先推出的就是兴隆佛法的政策。是年（645）八月，孝德大王召集僧尼发布诏令，在宣言兴隆佛教的同时，还向僧尼们强调苏我稻目和苏我马子父子二人的崇佛分别是源于钦明大王和敏达大王的旨意，即宣布大王对兴隆佛教的主导权。在对僧尼和寺院的管理方面，新政权设置了十师制，任命狛大法师、福亮、惠云，常安、灵云、惠至、僧旻、道登、惠邻、惠妙10人为十师，负责教导众僧修行释教；自大王至地方的有力豪族（伴造）建造的所有寺院中，如果有无力经营者，新政权将给予经济上的援助。此外，还设立由俗家人担纲的法头之职，其职责是巡行诸寺，校验各寺院所拥有的僧尼、奴婢、田亩等人员与财产。由此，新政权可以直接管理、统制僧侣和寺院。
在兴隆佛教的基本方针下，孝德朝廷相继派遣学问僧前往朝鲜半岛或中国留学，汲取佛教学问。大化四年（648），向“三韩”（高句丽、百济、新罗）派遣学问僧；白雉四年（653），道光、惠施、觉胜、辨正、道昭、定惠、道观等15位学问僧随同遣唐使前往唐王朝，其中道昭在唐从师于玄奘三藏学习，深受三藏的特爱，道昭归国时，三藏赠送舍利、经论等。道昭之后，智通、智达两僧侣于齐明四年（658），受王命搭乘新罗船前往唐王朝，也至玄奘门下留学。
另一方面，佛教也以佛事法会等形式为拥护王权，尤其是孝德大王的王宫也成为举行佛事法会的场所，意味着佛教祭祀开始向国家祭祀的方向发展。白雉二年（651）十二月的除夕，为了孝德大王迁入新建的王宫——难波长柄丰碕宫，2100余名僧尼在味经宫，举行安宅法事，读一切经；夜晚，点燃2700余盏明灯，念《安宅经》、《土侧经》等经。白雉三年（652）四月，在难波长柄丰碕宫中，举行讲读《无量寿经》的佛事，其时惠隐为主讲者，惠资为论义者，听众则是千人沙门；十二月除夕，在难波长柄丰碕宫请“天下”的僧尼，设斋、布施以及举行燃灯佛事。
齐明六年（660）五月，在宫中举行了仁王般若会。《仁王经》（全称《仁王般若波罗蜜经》）的护国品叙述了该经的护国作用，即当大王遇到一切诸难时，只要讲读此经，诸鬼神就会护佑大王的国土。因此，仁王般若会是具有镇护国家性质的法会。齐明六年（660）是唐·新罗联军大破百济，朝鲜半岛局势发生激烈变化之年，这或许是齐明大王举行仁王般若会的原因所在。
天武·持统朝时期，佛教的拥护王权、国家性质进一步被强化，曾与“国神”相对的佛教，其地位被升至与神祇同样的高度。天武五年（676），夏季大旱，朝廷派遣使者前赴四方，献奉币帛，向诸神祇祈雨，同时也请诸僧尼向佛祈雨。同时，佛教的经典，尤其是护国经典《金光明经》、《仁王经》受到特别的重视。与《仁王经》护国品一样，《金光明经》四天王品讲述了如果国王恭敬该经典，那么四天王就会护佑国王统治的国土，即君主的信仰是四天王护佑国家安宁的前提。天武五年（676）十一月，朝廷向地方诸国派出使者，讲说《金光明经》和《仁王经》。天武九年（680）五月，在宫中以及京内（飞鸟地区）的24所寺院，首次举行《金光明经》的讲经会；朱鸟元年（686）七月，在宫中，100名僧侣诵读《金光明经》；持统八年（694）五月，朝廷以100部《金光明经》送置诸国，要求诸国每年正月的上弦日（阴历的初七、初八之时）读经，其所需费用从各国的财政支出。至此，读《金光明经》成为每年例行的佛事。
王权利用佛教护国思想的同时，也推进了佛教从中央至地方的更为广泛地传播。天武十四年（685）三月，天武天皇诏令诸国“每家作佛舍，乃置佛像及经，以礼拜供养”。至持统六年（692），全国的寺院数目达到545所。
另一方面，王权对寺院、僧尼的统制体系也日趋完善。天武九年（680）四月，诸寺院被分为官治与非官治两类，除了二、三所大寺以及飞鸟寺以外，其余的寺院皆为非官治寺；对于非官治寺院中的有食封寺，其享受的食封待遇年限被规定为30年。天武十二年（683）三月，天武天皇任命僧正、僧都、律师，“统领僧尼”。律令制下的僧纲制初现雏形。此外，僧尼的得度权也逐渐地被天皇掌控，在天武·持统朝时期，依据天皇的命令或为了天皇而出家的事例屡见不鲜，例如天武六年（677）八月，在飞鸟寺设斋，读一切经，天武天皇亲临飞鸟寺南门礼佛，其时诏令亲王、诸王及群臣，每人赐出家人1人，其出家者无论男女长幼，都度其出家，以参加斋会；天武九年（680）十一月，天武天皇生病，100人出家为僧；持统十年（696）十二月，为了确保参加正月的《金光明经》读经佛事的僧侣，持统天皇敕令，每年十二月的除夕，度10位净行者出家。佛教本是强调个人觉悟及救济大众的宗教，在佛学的教学钻研中，僧尼所获得的知识或思想可能不利于国家的统治，而且还存在僧尼将不利于君主统治的思想传播给民众，因此王权需要对僧尼采取严厉的统制措施。僧尼令即是在天武·持统朝的佛教体制基础上，形成的对寺院、僧尼的法制。