1938年8月，日军开始进攻武汉，国民党政府于9月撤离武汉，迁往重庆。
国民党顽固派随着政治上的反共反人民，对进步的抗日文化运动也加紧了限制和迫害。他们除利用官方机构的文化官僚企图把抗战文艺运动纳入“钦定”轨道外，还通过“中央图书杂志审查委员会”、“非常时期电影检查所”以及“战时图书杂志原稿审查办法”等机构与条例，限制、剥夺进步文艺和电影工作者的创作权利。但是，在中共领导下，进步的文艺工作者进行了灵活的斗争。特别是在电影方面，由于政治部三厅的直接领导，进步电影工作者比较集中，并注意团结国民党的部分爱国电影工作者，因而在重庆时期对抗战电影运动的影响，仍起着主导作用；再者，战时大后方的两大制片基地中国电影制片厂（简称“中制”）与“中央电影摄影场（简称“中电”），都属官办机构，尚不是“非常时期电影检查所”注意的重点。所以，从武汉失守到第二次反共高潮发生前，大后方的抗战电影运动，有着新的发展，出现了一个比较繁荣的阶段。
“中制”于1938年9月底迁到重庆，选定观音岩纯阳洞为新厂址。迁渝后的“中制”，行政领导权虽然一直掌握在国民党官僚郑用之手中，但在编导创作乃至发行放映方面，主动权仍掌握在中共党员和进步电影工作者手中。由史东山、司徒慧敏、应云卫、陈鲤庭、苏怡、孙瑜等担任编导委员；聘请夏衍、蔡楚生、沈西苓、章泯、宋之的、陈白尘为特约编导；其他创作部门也加强了力量，像吴蔚云、王士珍、姚士泉、冯四知、钱筱璋、张先宇、韩当义、姚宗汉、许珂、郑伯璋、官质斌、任光、盛家伦、贺绿汀等，分别参加了摄影、剪辑、美工、录音和音乐方面的工作。演员有舒绣文、凤子、魏鹤龄、黎莉莉、张瑞芳、陶金、周伯勋、郑君里、钱千里等，形成了一个强大的创作队伍。“中制”在香港设立了大地影业公司，摄制抗战电影；“中制”还兼营自摄影片的发行放映事业，设有十个放映队，使其出品发行国内外，放映于城镇和农村。另外还附设了中国万岁剧团，进行舞台演出。这样，“中制”
成为国统区最大的制片基地，从1938年9月迁渝到1941年1月“皖南事变”，它在两年多的时间，先后完成了8部故事片和多部新闻纪录片。
“中制”在建厂的同时，1939年拍摄了两部故事片，即何非光编导的《保家乡》和史东山编导的《好丈夫》，均由王士珍摄影。前者表现了沦陷区人民反抗侵略、保卫家乡的斗争；后者描写大后方农村群众对抗战的支持，揭露了破坏抗战的势力。史东山的《好丈夫》在艺术上仍保持了叙述流畅、交待清楚、易为农民观众所接受的特点。1940年摄制了对敌宣传的《东亚之光》和反映湘北会战的《胜利进行曲》（田汉编剧、史东山导演）；1941年摄制了表现敌伪女特务悔悟的《火的洗礼》（孙瑜编导）、以演剧队进行抗日宣传为题材的《青年中国》（阳翰笙编剧、苏怡导演）、号召各民族团结抗日的《塞上风云》（应云卫导演）以及暴露日寇在东北滔天罪行的《日本间谍》（袁丛美导演）；同时还完成了香港“大业”未竞影片《白云故乡》（夏衍编剧、司徒慧敏导演）。这些影片反映了战时各方面的生活和斗争，表现了抗日爱国的主题。
除故事片外，“中制”还拍摄了一些新闻纪录片。但由于国民党消极抗日，禁止拍摄八路军、新四军战绩，故这时期的纪录片没有取得武汉时期那样好的成绩。唯一一部比较优秀的大型纪录片，是郑君里编导、韩仲良摄影的《民族万岁》（九本）。该片以丰富的素材报道了蒙、藏、回、苗、彝等各族人民支援抗战的动人事迹和各民族不同的风俗人情。可以说这是一部号召各民族团结抗日的影片。
《塞上风云》是抗战时期第一部描写塞外生活、表现各民族团结抗日的影片。1940年1月，由导演应云卫率领摄制组三十余人去塞北拍摄外景。离重庆时，郭沫若赠诗二首送别，以“不入虎穴焉得子，岂得甘心羊兔驯”之句勉励。摄制组途经延安时受到延安文艺界的热烈欢迎，并得到毛泽东、朱德同志的亲切接见。经过半年多的艰苦奋战，于同年10月19日返回重庆。在欢迎摄制组凯旋归来的大会上，三厅厅长郭沫若又赋诗称赞他们“以艺术的力量克服民族的危机，以塞上的风云扫荡后方的乌烟瘴气”！
《塞上风云》的故事曲折动人。它描写蒙族青年迪鲁瓦爱上蒙族少女金花，由于他的粗暴使金花倾心于汉族青年丁世雄，于是引起嫉妒。潜伏在蒙古地区的日本特务长，在“七·七”
事变后开始活动，将机关设在公爷府内，他假扮喇嘛济克扬，到处造谣生事。他利用迪鲁瓦的不满挑拨蒙汉两族关系，制造纠纷。但特务长的阴谋被金花的哥哥郎桑发觉。于是郎桑被特务长派爪牙绑架，关进保安队。而郎桑被绑架一事为服役于公爷府中迪鲁瓦的妹妹罗尔吉娜得知。她一方面将情报传递出来，一方面又争取保安队反正。迪鲁瓦明白了真相，同丁世雄言归于好。最后，蒙汉两族人民团结战斗，先救出郎桑，后攻打公爷府，里应外合，击毙了日本特务长，在与敌人搏斗中，金花负伤而死。
导演应云卫以极大的爱国热情、艰辛的劳动，成功地再现了剧本的内容与思想。他以三分之一的篇幅拍摄外景戏，特别是塞外实景拍的颇有特色。影片一开始就是一组空镜头：蓝天、白云、沙漠、驼队、马群、羊群，传来姑娘的歌声，用远景展示，把塞外风光渲染得十分壮美。接着，人物依次出场，并展示相互关系与性格冲突；于是内部的误会、敌人的破坏，两条矛盾线就交织展开，这样，影片故事情节的展开自然、真实，结构也相当完整。对于一些生活场景的描写，像纪念成吉思汗的节日盛况，蒙古包内的欢宴歌舞等，表现了浓郁的地方特色和民族风情；对战斗场面的表现，气势宏大，激动人心。如影片结尾，蒙汉民族团结对敌，分三路人马向公爷府进攻时，运用了交叉蒙太奇，以短镜头相接，使影片节奏由慢到快，气氛由弛到张，并从各种角度展现马队奔驰的情景，可谓场面壮观，气魄宏伟，将全剧推向了高潮。
影片《塞上风云》在思想上、艺术上都达到了当时较好的水平，公映后很受观众欢迎，轰动了大西南。近年来送国外展映，受到西方电影家高度评价，有人认为萨杜尔能早看到这部影片，列入他《世界电影史》中的可能不会是《亚洲风云》，而是《塞上风云》了。
抗战爆发后，“中电”由罗学濂担任场长，在南京失陷后，先后迁往芜湖、汉口、宜昌，最后到达重庆。“中电”迁渝后，在南崖租得民房为厂址，后借市区某公司室内网球场作摄影棚，开始拍摄故事片。这时期，“中电”成立了“中电电影服务部”，负责发行放映国产电影。同时还成立了“中电剧团”，组织演员业余演出话剧，提高技艺。“中电”成为国统区的第二大制片基地。
“中电”一直属国民党中央宣传委员会领导，在制片上有着反共传统，较之“中制”更具官方性质和党化色彩。在抗战时期，无论是企业规模、电影队伍和创作成绩，“中电”都不及军事委员会政治部三厅领导下的“中制”。由于国民党缺乏电影人才，“中电”也不得不吸收部分进步电影工作者，像沈西苓、孙瑜、赵丹、白杨、魏鹤龄、王人美、顾而已、施超、金焰等，都参加了“中电”工作，使“中电”的抗战电影创作也得到了一定的发展。
“中电”完成的第一部故事片是1939年4月摄制的《孤城喋血》（徐苏灵编导，王雨生摄影），它取材于“八·一三”抗战姚子青营爱国官兵死守宝山城、壮烈牺牲的事迹，表现了抗战初期中国军队和人民的爱国热情和战斗精神。同年9月又完成了描写中国各阶层人士如何参加抗战的《中华儿女》。1941年又拍摄了空军抗战题材的影片《长空万里》。除此，“中电”还拍了一些新闻纪录片，主要有《抗战实录》，其中完成了《胜利的前奏》（三本）、《抗战中国》（三本）、《新阶段》（五本）等数种；还拍了《今日之河南》和《西藏巡礼》等纪录片，后者较详尽地报道了抗战时期西藏地区的动态和风俗民情。
1941年6月和12月，苏德战争和太平洋战争相继爆发。法西斯侵略者的一时疯狂，更鼓励了国民党反共反人民的气焰。1943年3月，蒋介石又发动了第三次反共高潮。同时，国民党对蒋管区大后方人民也加紧了政治和经济的压迫，对抗战的文化运动也加剧了迫害。对于电影，在“皖南事变”后国民党就加强了控制，进行了所谓“整肃”，并借口摄影器材缺乏，令“中制”、“中电”两厂停止拍片，以此扼杀抗战电影运动，打击爱国电影工作者。从1941-1943年，三年内没有摄制一部故事片，对于外国进步影片的上映，也进行了所谓审查与禁映。
直到1943年底，停顿三年后的“中制”、“中电”才又恢复拍片活动。这时，国民党统治集团已达到了对电影事业的垄断。1942年和1943年，陈果夫、陈立夫又先后成立了“中华教育电影制片厂”和筹建了“中国农村电影公司”；并对“中制”、“中电”的组织和人事进行了彻底改组，完全排斥了共产党的和大部分进步的电影工作者，先后派了国民党的吴树勋和蔡劲军担任“中制”厂长，这样才准予恢复拍片。
“中电”在1944年拍摄了吴永刚编导的《建国之路》。主演该片女护士的是从香港投奔大后方的胡蝶。影片描写修建黔桂、滇黔两大公路的艰苦奋斗的事迹，宣扬所谓“抗战建国”的“伟大精神”。外景队去贵阳以东独山地区摄取实景，拍至十分之二三时，碰上日军攻陷桂林。在湘桂大撤退中，外景队被难民冲散，所带摄影器材、胶片全部丢失，这部影片的摄制遂告流产，直到抗战胜利，“中电”未再拍故事片。
“中制”从1943年底恢复拍片到1945年抗战胜利，共拍摄了《气壮山河》、《血溅樱花》、《还我故乡》和《警魂歌》四部故事片。
《还我故乡》是这时期所拍四部影片中较好的一部，它坚持了抗战电影路线，艺术上也有着新的发展。由史东山编导，吴蔚云任摄影指导，韩仲良摄影，陶金、钱千里、张翼、赵抒音等主演。影片描写华北某小县城沦陷后，居民纷纷逃往乡村。日军警卫队长神尾，伪装“日中亲善”，发布繁荣城市公告，命伪县长招抚躲在乡间的绅士们回来。当地财主王相庭因县城有其房产，又经伪县长拉拢，便不顾儿子王道元的劝告，而回县城当上了伪商会会长。不久，城内果然“繁荣”起来，贩卖敌货的商店林立，烟馆、赌场到处都有。这时，敌人也暴露出强占商店、腐化青年和勒索财物的凶恶面貌，使老百姓深受其苦。王相庭代表商界向神尾交涉，但毫无结果，反遭日军侮辱。在现实教育下，王相庭思想有了转变，派人送信乡间，请求游击队和抗日政权来解救城里居民，赶走日本侵略者。抗日县长接信后，就派人进城，并偷运大批枪支弹药，以武装爱国工人和市民，最后游击队来到，里应外合，全歼敌人。
而王相庭为掩护游击队长和抗日的儿子，同来袭击的日伪军进行了英勇搏斗，力尽而死。
《还我故乡》与《保卫我们的土地》、《好丈夫》构成了史东山的抗战三部曲，都表现了人民抗战的思想，颂扬了普通农民和工人的爱国热情，而《还我故乡》一片是他抗战时期的优秀之作。它克服了抗战初期作品《保卫我们的土地》那种重宣传而忽视人物塑造的缺陷，也避免了《好丈夫》一片思想开掘不深的弱点。从《还我故乡》故事发生的地点及其所描写的诸如游击队、抗日政权、男女老幼齐抗战等来看，它从侧面反映了抗日根据地的斗争生活，增强了影片的思想深度。影片刻画了王相庭这个人物性格的复杂性，揭示了他由乡间回城里、当汉奸后又觉醒的心理状态和思想转变过程，具有历史的真实性。王相庭这一艺术形象的意义在于体现了团结动员各阶层人民、包括沦陷区人民一致抗战，以武装斗争消灭日寇侵略者的伟大思想。当时《新华日报》评论道：“这片子光辉地说明一个真理，只有各阶层爱国的人民团结起来，组织起来，只有乡间的抗日工作与城市的地下工作结合起来，才能收复我们沦陷的故乡。”