综上所述，就克孜尔石窟本身进行研究的学者主要有格伦威德尔、勒库克和瓦尔德施米特三人，他们的研究成果主要在以下几个方面：年代与分期。格伦威德尔将新疆石窟壁画分为五种画风，认为五种画风前后年代相连接，在地域上西早东晚。克孜尔石窟壁画归人第一、二种画风。格氏认为克孜尔石窟壁画的年代早至四世纪中叶，晚至七、八世纪。勒库克基本同意格氏的年代划分，但他认为在第一期之前还有一批受希腊影响很强烈的洞窟，而且克孜尔石窟的废弃应在八世纪中期。瓦尔德施米特认为克孜尔壁画受到了犍陀罗雕塑艺术的影响，应该称为印度伊朗画风，并分为两期。第一期的年代在500年前后，第二期的年代在600年前后，最晚的洞窟在650年以后。瓦氏关于克孜尔石窟年代分期的观点后来成了a林印度艺术博物馆的正统观点，并在西方学术界产生了广泛的影响。以上三人都局限于以壁画风格为主判定石窟的年代，而忽略了其他方面的因素，因此是不够全面的。B.洞窟形制。格伦威德尔从洞窟平面形状和附属设施方面探求洞窟的功能。他根据用途不同将克孜尔的洞窟分为四种类型。由于他忽略了剖面，有些洞窟的细部、洞窟位置示意图方向搞错了。他对洞窟的打破关系也未予注意。虽然提到了洞窟的组合关系，但并未进一步说明。他的分期法也未将壁画题材考虑进去。因此，也有判断欠妥或注意不到的地方。勒库克将新疆各地洞窟按平面形状分为四类。他的分类法把性质和用途相同的洞窟划分在不同的类别中，而在同类的洞窟中又将性质和用途不同的洞窟归在一起了，这种分法比较混乱。C1壁画题材。德国人在诸多着作中刊布了大量的克孜尔石窟壁画与塑像资料，其中包括照片、摹本和线描图。格伦威德尔、勒库克和瓦尔德施米特三人都曾对壁画作过仔细的考证和研究。他们认为克孜尔石窟的壁画反映的是唯礼释迦并注重禅修的小乘佛教思想，晚期壁画中出现了贤劫千佛，这与大乘佛教的影响有关。瓦尔德施米特还集中研究克孜尔石窟本生故事画，他根据佛籍与壁画对照识别的本生故事达69种之多，占克孜尔本生故事画的大部分。由于客观原因，德国人对克孜尔石窟壁画中出现的大量菱格因缘、说法图和佛传三方面题材壁画的研究显得比较薄弱。他们考证的佛教史传画中，有一部分内容是不准确的。
第二次世界大战以后，有关克孜尔石窟的研究有以下四个方面：A-写本的整理和出版。在已出版的八套写本中与克孜尔石窟有直接关系的梵文写本约有五套。还出版了许多有关写本的专题研究着作。写本的研究与解读使我们对龟兹的社会、历史、佛教、人种、语言和文字有了更多的了解。B.古代语言文字研究。出版了不同语种的语法、词典、文字形态等着作和研究书目。C.石窟艺术研究。主要有原柏林印度艺术博物馆馆长赫海尔特(HerbertHartel)的几种有关克孜尔壁画与印度、犍陀罗艺术关系的着作。综合研究。这个时期，不仅有德国学者，而且欧洲其他国家学者也跻身于克孜尔石窟壁画及出土写本来研究龟兹社会、历史、宗教和艺术等。对德国考察队从克孜尔石窟拿走的一批木雕像等木器，德国印度艺术博物馆的査雅巴塔恰雅(ChhayaBhattachaya)博士曾有专着论述。
总之，德国人对克孜尔的研究取得了一系列的成果，为现代克孜尔石窟的研究奠定了基础，其研究成果与贡献功不可没。然而，回顾当年德国考察队在克孜尔石窟割挖壁画这段历史，我们应作出客观和公正的评价。首先，勒库克等人在克孜尔石窟的考察不是严格意义上的考古，而是探险家式的，是找宝和挖宝式的。他们挖走了克孜尔石窟最精美的壁画，凡有壁画的洞窟，都留下了他们的斑斑斧痕。当我们面对千疮百孔的克孜尔石窟时，每一个有良知的人都会对这种强盗式的行为进行谴责。另外，他们在割取、包装、运输过程中损失了一批壁画，加之一部分毁于二战炮火中的壁画，这种损失是永远也无法挽回的。其次，由于考察过程欠缺严格的考古记录以及洞窟命名的不当，造成了壁画出处的混乱，尤其是最后一次，有错记和漏记洞窟的现象，甚至有一部分壁画所出洞窟不明。这些都给后来的研究造成了很大的麻烦与不便。
西方探险队对克孜尔石窟的考察，伴随着掠夺与破坏，造成了大量文物的肢解和流失r但同时也带来了西方近代的考古方法，对石窟的拍照和临摹，保存了许多珍贵的原始资料和图片，成为很长一段时间内国外学者研究克孜尔石窟的主要依据。
二、国内的考察与研究
我国学者对龟兹石窟的考察，可上溯至清代。19世纪初，地理学家徐松在新疆滞留期间，曾考察过克孜尔和库木吐拉石窟，在他所着的《西域水道记》中记载有这两个石窟的情况。清人的记载多为游记性质的文字，还不属于科学性的考察，但是他们已经注意到石窟遗迹的存在了。20世纪上半叶，新疆石窟也屡见于国人游记或考察报告，其中较为重要的是考古学家黄文弼先生和画家韩乐然先生的科学调查工作。
参加中国和瑞典联合组织的西北科学考察团考古组的黄文弼先生，1928-1929年在塔里木盆地进行考古调查期间，曾在克孜尔石窟工作了16天，对140多个洞窟进行了编号，绘制了洞窟分布和平面示意图。在清理部分洞窟时，发现了多种文字的文书写本和钱币等遗物，其中的汉文纪年文书，对克孜尔石窟的变迁情况提供了可供断代的参考资料。此外，他还收集了一些剥落的壁画残块并将壁面上刻划图象进行拓片。黄先生在后来发表的《由考古上所见到的新疆在文化上之地位》和《新疆考古之发现与古代西域文化之关系》两篇文章中初步探讨了龟兹石窟佛教艺术的有关问题。可以说，黄文弼先生是我国系统地考察与研究龟兹石窟的第一位学者。
我国朝鲜族画家韩乐然先生于1946年和1947年两次到克孜尔石窟进行考察。他对洞窟进行了编号、记录、拍照和临摹。工作之余，韩先生也进行了克孜尔石窟分期的探讨。韩氏侧重于有壁画的洞窟，编号为76个，并将编号刻在洞窟壁面上，现在还可看到大部分。关于到克孜尔考察的起因和经过，他曾写了一段铭文，刻在第10窟主室北壁上。遗憾的是，先生在考察完毕返回内地途中，飞机失事，不幸遇难，所有资料也都毁于一旦。
中华人民共和国成立后，新疆石窟的保护和研究工作得到政府的重视。最初克孜尔石窟由拜城县人民政府下辖的克孜尔乡政府管理。1953年拜城县克孜尔千佛洞文物管理所成立，隶属于拜城县人民政府文教科，对克孜尔石窟进行保护和管理。
同年，西北行政委员会文化局派出以武伯纶和常书鸿为首的新疆文物调查组，对新疆文物进行调查，同时对石窟进行了重点考察。现行克孜尔石窟的洞窟编号就是该调查组编定的。工作结束后，武伯纶先生撰写了《新疆天山南路的文物调査），对龟兹石窟的地理位置、石窟数量、窟中残存壁画及题记等作了粗略的说明。常书鸿先生根据当时的调査资料撰写了《新疆石窟艺术》。该书介绍了克孜尔石窟的分期、洞窟形制和壁画内容。1979年常先生又一次来克孜尔考察并核实资料。常先生从壁画风格和技法上将克孜尔石窟分为三个时期：首创期(魏、两晋时期）；演变期(南北朝至盛唐）；发展期(8-11世纪末)o1955年，王子云先生发表了《新疆拜城赫色尔石窟》一文，作者从美学角度分析了克孜尔石窟壁画的艺术特色，论证了它与希腊、波斯和印度文化的关系以及它本身特有的民族色彩，这是建国后我国学者发表的第一篇专论克孜尔石窟艺术的文章。
1961年，克孜尔石窟列为国务院公布的第一批全国重点文物保护单位。同年，北京大学阎文儒教授参加了中国佛教协会与敦煌文物研究所联合组织的新疆石窟调查组。调查组在克孜尔石窟做了较详细的文字记录，绘制洞窟平面图，拍摄壁画。在随后发表的《新疆天山以南的石窟》和《新疆最大的石窟寺遗址——拜城克孜尔石窟》等文章中，将克孜尔70多个保存较好的洞窟分为四个时期：东汉后期；两晋时期；南北朝至隋代；唐宋时期。阎先生的分期在内涵上比德国人的分期有较大的扩充。这是我国学者第一次对克孜尔石窟进行分期，这一分法到现在还为一些学者所认同。
70年代末，北京的一些高等院校为培养考古和美术史研究生，先后多次组织学生到新疆调查石窟，分别作了洞窟测绘、文字记录和壁画临摹工作。其中最重要的一次考察是1979年秋季北京大学历史系考古实习组到克孜尔石窟进行的考察。考察队由宿白教授领导，成员有历史系的研究生晁华山、马世长和许宛音以及社科院宗教研究所研究生丁明夷四人。实习组在克孜尔进行了二个半月的考察，对克孜尔可以登临的全部洞窟进行反复调查和记录，对洞窟壁画作了专题资料的收集工作。同时，与克孜尔文物管理所合作，对卜6窟、14-16窟、18-23窟进行了全面的测绘和文字记录，为编写这几组洞窟的考古报告，作了资料准备工作。他们还在部分洞窟采集了碳14年代测定的标本。此后，北京大学还多次派人赴克孜尔石窟核对和补充材料。
80年代初，中国文物出版社与日本平凡社合作出版中国石窟大型系列研究图录。《中国石窟克孜尔石窟》三卷，日文版已由日本平凡社出版发行，中文版也由中国文物出版社陆续出齐。宿白教授等人对于克孜尔石窟的部分研究成果，分别刊于三卷中。宿白教授的《克孜尔部分洞窟阶段划分与年代等问题的初步探索》一文，从洞窟的形制、洞窟的组合与打破关系、洞窟的改建、壁画重绘、壁画内容及艺术风格等几个方面进行综合分析、排比，并参照碳14测定年代的数据对克孜尔石窟的部分洞窟作了阶段划分。宿白教授将克孜尔洞窟分为三个阶段：第一阶段为公元4世纪；第二阶段是4世纪末-6世纪；第三阶段是6-7世纪及其以后。8世纪初、中期克孜尔石窟已有部分洞窟荒废。宿白教授还指出，在第一阶段之前还有一个初级阶段。他还首次将考古学方法运用于佛教石窟的年代学研究领域，在方法论上与仅从绘画艺术风格上论定年代的方法完全不同。宿白教授还结合历史文献和佛教传播史进行论述，这是前所未有的。另外，被分期的洞窟中包括了若干无壁画的洞窟，这也是各种分期研究所未涉及的。宿白先生的这种综合分期法在克孜尔石窟年代分期研究上是一大贡献，对石窟研究者具有重要的指导意义。
马世长先生在《克孜尔石窟中心柱窟主室券顶和后室壁画》一文中，发表了已识别的近60幅本生故事和40多幅因缘故事。马世长和丁明夷先生撰写的《克孜尔石窟的佛传壁画》，将克孜尔石窟壁画中的佛传题材归纳为62种画面。上述文章对克孜尔石窟壁画内容题材作了系统的整理。许宛音先生汇编的《龟兹关系资料》和《龟兹王朝世系表》为研究克孜尔石窟的历史背景提供了详实而方便的工具资料。晁华山先生撰写的《二十世纪初德人对克孜尔石窟的考察及尔后的研究》一文详细介绍了本世纪初德国考察队在克孜尔石窟的考察经过，并对德国人从20世纪初至80年代有关克孜尔石窟的研究情况作了评述。《中国石窟克孜尔石窟》三卷本，由于反映了中国近年来对克孜尔石窟所作考古工作的新成果，于1986年荣获中国社科院考古研究所夏鼐考古学研究成果一等奖。1997年，北京大学考古系编撰的《新疆克孜尔石窟考古报告》(一)一书出版，这是北京大学考古实习组的又一重大成果，为继续编撰克孜尔石窟考古报告打下了良好的基础。另外，北京大学实习组成员的其它一些研究成果还体现在《中国美术全集绘画编16新疆壁画》画册中。晁华山先生后来发表的《克孜尔石窟的洞窟分类与石窟寺院的组成》一文从洞窟的主尊塑像、建筑形制和壁画题材三方面分析了洞窟的功能和用途，将洞窟分为四类。文中对克孜尔石窟洞窟组合关系进行了深人的研究，提出并论证了克孜尔五佛堂寺院的组合体制。丁明夷先生的《克孜尔第110窟的佛传壁画》和《克孜尔175、178窟题材考释》两篇文章，也都有较高的学术价值。