伯希和一行于1907年10月9日至12月24日逗留在乌鲁木齐，这本来是为了等待将他们携带的俄国钱币兑换成中国钱币。由于藩台鼎力相助，他们才万事如意，一帆风顺。据瓦扬认为，这一切都要归功于伯希和在中国官府与上层社会中的“面子”。但在等待期间，伯希和却得到了意外收获。伯希和不仅与新疆的藩台、抚台与绥台保持着友好往来，而且还与当时新疆最著名的中国文人交往频繁，这些文人大多是遭清政府流放而谪居新疆的，其中的多数人的流放又与义和团有关。当义和团在北京围攻外国公使馆时，伯希和正在法国驻华使馆武官处工作，并且曾与义和团直接正面冲突，甚至还夺取了一面义和团团旗，伯氏终生以此为荣。此旗至今仍收藏在法国巴黎的荣誉军人院或残老军人院（lnvalides）中。
早期在乌鲁木齐的中原人人数不多，只有数千名商人和衙门的差役，再加上一支驻军。后来，乾隆皇帝在北路、伊犁和焉耆设立兵屯，迁来了西宁、宁夏、兰州、西安的非穆斯林居民，才使新疆的中原人人数剧增。
在居住于乌鲁木齐的中原人中，被发配流放的谪民旧官吏特别引人注目。除了那些因触犯普通刑法而被判刑的流犯外，清朝政府还向乌鲁木齐地区发配了不少因犯罪过失而被判刑的达官显贵。这些具有很高文化修养的人，非常关心该地区的发展，并且积极地对外介绍新疆。这些人对开发新疆做出了贡献，就如同当年俄国的政治流放犯对开发西伯利亚做出贡献一样。先后谪戍新疆的人中，有曾撰写《四库全书总目提要》并出任《四库全书》总纂官的纪昀，史学家、舆地学家和诗人洪亮吉，手捧罗盘和豪笔而游遍新疆并撰写有《西域水道记》等多种传世名著的徐松，鸦片战争中的钦差和在新疆大兴水利工程的林则徐，因戊戌变法而受牵连的户部侍郎张荫桓等。伯希和在乌鲁木齐期间，曾研究过这些人的功过。
在伯希和一行于乌鲁木齐逗留期间，谪戍新疆的清朝官吏中，最有名的应首推辅国公载澜，伯希和称之为“澜国公”。他是嘉庆帝曾孙、光绪帝堂弟。载澜曾力主招抚义和团而抵御洋人，是支持义和团的端亲王载漪的兄弟。他被攻入北京的八国联军指为“首祸诸臣”之一。丧权辱国的《辛丑各国和约》（1901年9月7日签订于北京）第二款（一）明文规定：“端郡王载漪、辅国公载澜，均定斩监候罪名，又约定如皇上以为应加恩贷其一死，即发往新疆，永久监禁，永不减免。”伯希和遇到这名55岁的大清旧官吏时，发现他性格开朗，已经相当西化了。载澜经常于其府中招待伯氏一行。每当有盛大宴会时，也将伯氏安排于其身旁。他狂热地醉心于摄影，以消磨无聊的时光。24/30的相机已经不够他用了，他很需要一架扩印机。所以他与伯希和的摄影师努埃特交往甚笃，经常把努埃特召至其府上，共同榷磋摄影技巧。甚至伯希和一行即将离开时，他还不无伤感地说：“你们要走了，而我却仍然留在这里。”
其次是苏元春，此前任广西提督，驻防越南，曾多次抗击法军，也与法国多有交涉，被法国人称为“苏公保”。他于1906年遭劾，被革职逮问并被发配到新疆。他在印度支那就曾与伯希和相识，曾略带伤感地对伯希和说：“我认识你们所有的驻越南总督和领事。此外，我还是法国三级荣誉勋章的获得者。”法国加列尼（G alliéni）元帅正是与他谈判签订中法双方通邮条约，从而一度评定了中国—东京湾的边境。1902年，瓦扬曾在谅山流动医院中为他的一名军官疗伤，该军官是在与海盗的作战中受伤的。他曾经与伯希和一行在乌市的一个由比利时人创建的圣母圣心会传教区的设施内相聚。
宋伯鲁是光绪时的进士，入翰林，任散馆御史。他与康梁变法派人士交往甚密，曾代康有为呈递变法奏章，于百日维新期间全力支持新政和变法。变法失败后，他遭革职通缉，并被流放到乌鲁木齐。宋伯鲁著有《新疆建署志》等书。他还是一名天才画家，酷爱舶来品。他与伯希和交往甚频和甚笃，曾向伯氏赞扬《茶花女》这部已被译成汉文的法国歌剧。
裴景福曾任南海（广州）知县，因被两广总督岑春煊弹劾贪污，故逃往澳门，后又经由葡萄牙政府同意引渡入内地。中国当局对他的审判从容不迫地进行，他也在谪居地等待昭雪。他在乌鲁木齐又成了巡抚言听计从的朋友。伯希和在新疆布政使举行的宴会上遇到了裴景福，布政使把他作为当代中国最大的书画收藏家介绍给伯希和和其他人。伯希和从此与他的交往甚为频繁，也甚为投机。裴氏在路过甘肃时，曾见到过出自敦煌藏经洞的绘画、写本。他认为其写本可上溯到8世纪，而绘画不会早于明代。这一切引起了伯希和的极大兴趣。当时的伊犁将军长庚正在乌鲁木齐逗留，他试图在乌鲁木齐建立总督府，将巡抚派往阿克苏，但此议案似乎未得到清政府的恩准。但他创办武备学堂、练新军、收回部分俄“租借”地，颇有建树，伯希和与他也有不少交往。他曾对伯希和讲到过敦煌写本。
当时在乌鲁木齐的新疆布政使王树柟是一位声名远播的学者，他既修中学，也谙熟西学，曾著有《希腊哲学史》、《欧洲族类源流略》、《彼得兴俄记》等书。当时中国各省都拥有一部省别通志，惟新疆没有。王树柟正在组织编纂一部《新疆通志》。他国学功底深厚，是许多中国经典著作的疏注者。如分别对于《尚书》、《大戴礼记》、《尔雅》、《广雅》、《离骚》、《墨子》等书的笺注与疏证。为了编写《新疆通志》，王树柟特别注意向伯希和与瓦扬打听他们测量的新疆诸多地点的海拔高度、天文观察成果等。
伯希和与这些人广加交往。有人向他吹嘘自己熟悉法国歌剧《茶花女》，有人要伯希和只用几页文字来介绍欧洲两个世纪以来的哲学发展史，有人还向他询问欧洲信贷的条件。
伯希和仍然念念不忘他的文化人类学研究。他对乌鲁木齐的学校教育作了一番深入调查。当时乌鲁木齐有半数居民操突厥语的各种方言，另一半讲汉语。在省学中，还讲授俄语和英语。而英、俄、突厥和汉语，又正是伯希和精通的语言，所以伯希和可以旁听授课并向学生们提问。在乌鲁木齐仅有一所“高等学堂”，计有60余名学生。他们都学习由教学大纲规定的外语、舆地学、数学和语言学知识，此外还有体育课。但由于缺乏课本和教员，教学质量低下而又发展缓慢，不过学生们却都非常刻苦用功。另外还有一所“陆军学堂”。俄国领事馆开设了讲授俄语的学校。载澜的岳父是玛纳斯的一名正直勇敢的中原人，他也希望在那里创办一所学堂，延请比利时圣母圣心会的传教士们讲授西洋语言课。由于乌鲁木齐的巡抚希望新疆的所有知州和知县都能掌握突厥语，所以他对天才的语言学家伯希和甚为仰慕。
伯希和对新疆的居民作了全面的调查，其调查成果写成了一份《伯希和西域探险团有关新疆居民的调查报告》，发表于1909年河内出版的《商业地理学会印度支那分部年鉴》中；他对于新疆地理的考察成果，则由瓦扬发表于《伯希和西域探险团地理考察报告》中了，载于1955年的《历史和科学工作委员会地理分部学报》。
伯希和探险团在乌鲁木齐停留期间，还从事了一系列的天文观察以及气候、气象的考察，对于新疆蕴藏的石油、煤炭、铅、银矿也作了勘探。对于该地区的医疗、温泉及热水资源、商业、军事、货币、新疆官吏的人员组成、中俄关系等，也煞费苦心地作过仔细调查。
通过与这些谪居文化名人的交往和其他调查，更进一步丰富了伯希和的汉学，特别是西域学的文化知识，从而有利于他的西域考古探险活动。
当时，有关在敦煌千佛洞发现中世纪写本和绘画之事已有风言四布，有少量文物被王道士作为礼物送给了当地官吏，从而流散到社会上，特别是已有几个外国探险团先后光顾那里，甚至掠其精华而去。伯希和探险团在离开巴黎时，就已经通过普热瓦尔斯基、克雷特纳和博安的著作，知道了在敦煌东南20公里处，有一大片被称为“沙州千佛洞”的佛教石窟群，洞内壁画尚未遭伊斯兰教徒破坏。所以，伯希和便下决心要研究他们。伯希和在乌鲁木齐停留期间，又从那些谪居文化名人口中获知，1900年在敦煌千佛洞发现了大批中世纪的写本、绘画与文物。苏元春简单地向他作了介绍。载澜则送给他一卷出自敦煌千佛洞的《金刚经》写本，由于卷本写有“大唐贞元二年弟子法明沐浴焚香敬书”的题跋，所以伯希和一眼就看出它至少应被断代为公元8世纪。当时正在乌鲁木齐的伊犁将军长庚，也曾以敦煌卷子相赠。伯希和还通过各种渠道而获悉了这桩大发现的过程。王道士在清理千佛洞中的一个大洞时，偶然间打开了一个耳室，惊讶地发现其中堆满了写本、绘画和其他文物。虽然斯坦因已经拿走了一大批，但伯希和仍满怀希望会在那里有重大发现。与其他外国西域探险家相比，伯希和的汉学水平最高，对情况也更为熟悉。他看到这些中世纪的文物和听到这些消息后再也坐不住了，匆匆忙忙地离开乌鲁木齐并直奔敦煌而去。
六、伯希和西域考古探险团从乌鲁木齐赶赴敦煌
伯希和与努埃特于1907年12月中旬从乌鲁木齐出发，经吐鲁番和哈密而奔赴敦煌。瓦扬在此之前，又对天山地区作了一次考察。
1907年12月12日，当伯希和与努埃特尚留在乌鲁木齐等待兑换钱币时，瓦扬受伯希和的派遣，便前往考察当时已是冰天雪地的玛纳斯以北的考古遗址。瓦扬一方面考察了乌市以西130多公里处受1876年回民起义重创的废墟，另一方面又考察了因缺水而于1885年遭遗弃的马轿子废墟。瓦扬用1：20万的比例尺绘制了平面图，沿途遍是由回民起义造成的荒芜。他详细的测量了昌吉、玛纳斯、呼图壁、芨芨梁子、五户地等地的距离与海拔高度。
12月24日，瓦扬返回乌市，伯希和一行已经离去。瓦扬没有直接去吐鲁番，而是取道天山北麓的那些被大雪封盖的山峰、牧场与松树林。他首先向北走了40余公里，经过博格达—乌拉山的最后余脉，直到济木萨尔。他然后又离开古城大道而到达泉子街，再到大杨树，渡过白杨河而到达夏图勒克。1908年1月5日，瓦扬在吐鲁番与伯希和、努埃特相会合。他们一行于6日从吐鲁番出发，经辟展、七个井子、后窟煤矿区，而于1月24日到达哈密。他们又考察了由“萨尔特”小王公统治下的哈密地区。1月28日，他们一行离开哈密，一直达到南山脚下的沙漠地区。从此走上了赴敦煌之路。
伯希和一行在从吐鲁番到哈密这400多公里的道路上，共分12程走完。他们在辟展和啜库鲁泉建立了两个天文观察站，分别测量了胜金口、七克台、西盐池的海拔高度和距离。在伯孜克里克、木头沟、七克台作了考古发掘并获得了一批写本卷子和陶片。经过萨里·库米什之后，一条路通瞭墩，另一条则通向哈密。从北部经巴里坤后，也到达瞭墩。他们经过沙泉子、塔什开其克采石场，便到达煤矿区，再从三道岭子折回，经三堡、五堡和四堡等佛教遗址，最终到达太仓、阿斯塔那、博斯坦和卡瓦特等地。
1908年2月3日，正值中国新年之际，伯希和自沙泉子写给巴黎地理学会的信（载1908年6月15日于巴黎出版的《地理学报》第17卷）中，详细地介绍了这条路，特别是对这条路上的汉文和维吾尔文地名作了比对。伯希和指出，从甘肃西部到哈密有4条路可走：1.从安西到哈密；2.从敦煌出发，经石板、马莲泉、柳树筐子、红柳井子到达苦水，再经哈剌泊而到达哈密；3.从敦煌以北的伊尔呼本克井出发，经艾什莫克井、嘎顺、格子烟墩，然后也从哈剌泊到哈密；4.从敦煌出发，经库鲁克塔格山和阿尔金山以北，经伯罗春子、嘎斯布拉克和脱利而到达哈密。
他们在新疆经过的最后一站是星星峡，于此经历了他们旅途中最低气温-36℃。他们在那里经过考察穆斯林遗址和一座佛塔之后，才到达马莲井子，接着他们又分别在烟墩、沙泉子和红柳园子建立了三个天文观察站。出哈密后，经喀尔力克山遗址，到达库米什（骆驼草）沙漠，再到红柳岗，直达长流水，沿途测绘。他们曾专门从烟墩赶到天生墩去考察小佛寺群，然后再返回苦水。
伯希和一行在安西州南部的大山中转了一圈之后，于2月24日最终到达敦煌。他们自从1月28日离开哈密后，直到2月12日到达沙州绿洲，才首次见到了耕田。沙州绿洲是从石槽子开始的，伯希和探险团的主攻方向便是敦煌了。
七、伯希和千佛洞劫经及其对敦煌地区的考察
沙州绿洲的面积只有25平方公里，人口3万（沙州城内3000～4000人），分散在85个村庄。伯希和首先对这片绿洲作了测绘。瓦扬于1908年2月25日至3月20日，在千佛洞从事天文观察，然后又依次对嘎顺、石板、青冬峡与南台作了测绘。
伯希和一行于1908年2月12日到达沙州绿洲后，又于2月14日到达敦煌县城。努埃特利用这几天的时间，对千佛洞的182个石窟（有的带有几个耳室）作了编号，克服重重困难，拍摄了数百幅洞内壁画的照片，这就是后来于1920—1926年分6卷出版的《敦煌图录》。瓦扬则绘制了一幅石窟平面草图。2月24日，伯希和首次考察千佛洞，然后又返回敦煌县城，以借用那里收藏的木刻版而印刷了两套1831年出版的《敦煌县志》。他首先从中寻找徐松于1823年在《西域水道记》中抄录，由沙畹曾提及却又未曾刊布过的一批碑文。
伯希和到达敦煌后，首先制订了其考察提纲。他要把洞壁上尚可辨认出来的题识和游人题记都抄录下来，当时莫高窟共有500多个洞子。其石窟外貌、洞内壁画、彩塑、画像和供养人的名字，仍保持着6—10世纪的原状。其中的绝大部分题记都是汉文的，西夏文题识有20余方，而八思巴文题识只有10方左右。此外还有藏文、回鹘文和婆罗谜文的题识。伯希和便逐洞地记录了洞内壁画的内容、题识、壁画和建筑风格等。
但伯希和最念念不忘的，还是他从乌鲁木齐就获知的藏经洞中收藏的卷子、绘画和其他文物。伯希和并未费多大力气，便在敦煌找到了道士王圆箓。王道士讲到，在藏经洞内工作过三天的斯坦因，曾给过他“一笔相当可观的钱”。王道士返回敦煌取钥匙去了，伯希和又在千佛洞等待了几天。
1908年3月3日，正是天主教封斋前的星期一（狂欢节的最后一天），伯希和进入了他称之为“至圣所”的藏经洞。他于1908年3月26日写于敦煌千佛洞，并于4月27日交给驿站而寄给法国地理学会会长，也就是法国西域国际考察委员会主席和举荐派遣伯希和出使西域的塞纳尔的一封信中，详细地介绍了这一过程。
从1908年3月27日起，伯希和结束了在藏经洞的工作，又开始了对敦煌石窟的考察。5月28日，他在敦煌城度过了其30岁的生日。他留下了这部《沙州千佛洞》又称《敦煌石窟笔记》的现场临记。
八、伯希和从沙州到北京
伯希和探险团完成了在敦煌的考察和搜罗文物古籍活动，于1908年6月8日离开沙州。他们于6月8日—30日，共分19程走完了从沙州到甘州的560公里的路程。
伯希和一行经安西州，过嘉峪关，越过万里长城，进入中原地区。他们分别于甜水井（6月10日）、玉门县（6月15日）和肃州（6月21日）三个地点从事天文观察。
7月3日，伯希和与努埃特率领满载文物的车队，沿官道缓缓前进。瓦扬为了从事地理人文考察，却绕道甘南和西宁府。他先后经过了万关堆子、马蹄寺、红化城、永固城，于7月5日到达贾家庄和炒面庄。于7月14日到达西宁府，于7月14—18日之间考察了塔尔寺，于18—23日经临夏而到达兰州。他沿途都作了考古调查、天文观察和地理测绘。他们三人又在兰州相聚了。在此之前，伯希和在凉州会见了正从蒙古而来并准备赴北京的多伦考察团。他们一行于8月2日离开兰州，于同月22日到达西安。伯希和本来准备赴山西云冈石窟和河南龙门石窟进行考察。但由于沙畹刚刚对这两个石窟群作了考察，故没有必要再去了。伯希和在西安用一个月的时间采购文物书籍。他采购到了一口公元前的大钟，一批铜镜、陶器、石佛像、大批书籍和拓片。这个考古探险团于10月2日到达了京汉路的中程站郑州火车站。这是自他们于两年前在安集延离开铁路线之后，再次见到火车。他们煞费苦心地搜集和发掘的这批宝贵而又易碎文物由原始而危险的马车承运过程至此也宣告结束了。他们改乘火车并于两天后到达北京。
伯希和一行在北京稍作休整之后，瓦扬第一个携带一大批自然史搜集品，乘船经广州返回法国。努埃特则陪同伯希和先赴南京，以拍摄两江总督和闽浙总督端方的那套珍贵收藏品，然后又赴无锡拍摄裴景福搜集的那套古画。这两项工作完成之后，努埃特于1908年12月乘船护送80余箱雕刻品、绘画和写本返法。伯希和自己却前往印度支那，以重建与那里已经中断了一段时间的联系。继此之后，他又投身于最后一项工作。欧洲的所有图书馆都只有很少的汉文典籍特藏，巴黎国家图书馆自18世纪以来也再未得以充实。所以，在他于上海和北京居住的几个月期间，共采购到近3万卷汉文书，准备典藏于巴黎国家图书馆。在此期间，有关他们在敦煌大发现的消息在中国学者之间广泛流传，端方总督向他借去了最珍贵的文书之一，如同任何国家的收藏家们一样，端方对于放弃已经掌握到手中的至宝也深感遗憾。北京的学者们也都接踵来到他的住处，以研究和拍摄未带走的那几卷书。最后，中国学术界为伯希和举行了一次宴会，并且结成一个社，以选择他携带的那批文献中的珍贵者，影印发表和刊印成一大套书。他们甚至要求伯希和作中间调停，以便将来能在巴黎方便他们在这方面的工作。
我们可以对伯希和西域敦煌考古探险团作一番总结了。努埃特先生带回了几千幅照片底版，瓦扬博士测绘了近2000公里的路程图，共用约25个天文点相连接。他根据已完成的计算结果，为这些点而计算出在纬度方面只有10公里和在经度方面只有l公里的误差。鉴于当时的工作条件，世人也不能苛求更大的准确性了。他们还获得了一批地质样品，包括80余种植物的一本植物标本集、2000多只飞鸟、哺乳动物、大批昆虫、头颅骨和人体测量数据，形成了一批自然史的特藏。至于他们获得的绘画、雕刻品、青铜器和陶瓷品，罗浮宫的保管员们都想用它们来专辟一个完整的展厅。最后，他们为国家图书馆带回了一大批汉文刊本书籍，而在欧洲尚不存在如此规模的藏书。他们还携归了一批汉文写本，甚至中国本地也没有可与此相媲美者。
1909年12月10日，在巴黎大学阶梯教室，法国亚洲委员会和地理学会为欢迎伯希和“凯旋”而举行了隆重的欢迎大会。应邀参加的有4000多名各界名流。大会由塞纳尔和波拿巴王子联袂主持。法国公共教育部、金石和美文学科学院、法国科学院的负责人，巴黎市政府的市长、法国殖民地事务部长、科学促进会主席、商业地理学会会长、里尔地理学会会长、国防部长等莅临大会。瓦扬和努埃特陪同出席。塞纳尔致开幕词，各单位的代表轮番发言，给予了伯希和一行很高的评价。伯希和利用这一机会作了《高地亚洲探险三年》的报告。
伯希和为期3年的敦煌考古探险活动，到此也算落下了大幕。
九、伯希和西域探险团劫掠的中国古文物和古文献
毋庸置疑，在19世纪末叶至20世纪上半叶赴西域的所有外国考古探险家中，伯希和是最具权威的汉学家、西域学家和东方学家，而且是集历史学、考古学、语史小学、艺术史、文献学、汉学、突厥学、蒙古学、藏学、伊朗学、南海学、佛教、道教、伊斯兰教、基督教（包括其各宗各派）、西域夷教（景教、祆教、摩尼教、萨满教）、民间宗教专业专家于一身的学界泰斗人物，被誉为“超级东方学家”。尽管西方列强当时不惜血本，劳师动众地竞相向我国西域和敦煌派遣考古探险团，而且在掠夺文献与文物方面，个个都所获甚丰，满载而归。但从文书和文献的总体质量来看，尤其是在劫掠西域和敦煌稀见古文字文献、带题记和纪年的文献方面，拔头筹者则非伯希和莫属。因为伯希和这个汉学家，比其他人都要略胜一筹，甚至还可以说是要高明得多、专业得多和内行得多。他掠夺的文物和文献都具有较高的学术价值，大都属于“精品”之类。我们甚至可以说，伯希和劫掠的西域和敦煌文物文献，主宰了法国几代汉学家们的研究方向与领域，造就了法国的几代汉学家，推出了一大批传世东方学名著。
伯希和究竟从我国西域掠夺走了些什么文物呢？
在敦煌汉文写本方面，据法国现已出版和即将出版的《巴黎国家图书馆所藏伯希和敦煌汉文写本目录》5卷6册统计，共有2001～6040号。这就是第1卷（2001～2500号，由谢和耐与吴其昱编写，1955年巴黎国家图书馆版）、第2卷（2501～3000号，由隋丽玟和魏普贤等人先后编写，尚未出版）、第3卷（3001～3500，由苏远鸣主编，圣·波利尼亚格基金会1983年版）、第4卷（3501～4000号，由苏远呜主编，法兰西远东学院1991版）、第5卷（第400l～6040号，上下册，由苏远鸣主编，法兰西远东学院1995年版）。这样算来，伯希和敦煌汉文写本就共有4040个号。
伯希和敦煌藏文写本，已由拉露（M arcelle Lalou，1890～1969年）小姐编写了3卷目录《巴黎国家图书馆所藏伯希和敦煌藏文写本目录》（第l卷，第1～849号，1939年版；第2卷，第850～1282号，1950年版；第3卷，第1283～2216号，1961年版。均由巴黎国家图书馆出版）。这样算来，伯希和敦煌藏文写本就共有2216个号。这远远超过了伯希和当年将1～2000号留作编写藏文写本目录而使用的数目（故其汉文写本从2001号开始）。这其中尚不包括大量重复的《无量寿宗要经》和《十万颂般若经》的写经。拉露小姐因其重复数量太大而未加编目。此外，在许多汉文或其他文字的写本中，还夹杂着藏文文书，包括粘贴件在内，有的短至只有数行或几个字，故现在仍不断“发现”新的藏文写本，从而使其数目总量不断增加。
伯希和敦煌回鹘文字本共有25个编号，已由哈密屯（J。H am ilton，1921—2005年）辑录、译注和刊行，于1986年在法国彼特出版社出版了两卷本的《9—10世纪的敦煌回鹘文文献汇编》，共发表了36个卷子的编号，其中包括伯希和敦煌回鹘文写本24个编号。另外，还包括伦敦斯坦因特藏中的12个号。其中有不少回鹘文写本因与汉文写本写在一起，故被编入了汉文写本之中，形成了双重编号。在此之前，哈密屯还于1971年在法国克林西克出版社单独发表了P。3509号回鹘文写本《回鹘文本善恶两王子的佛教故事》的转写和译注本。此外，伯希和从敦煌千佛洞北区元代石窟中，还获得过360多件元代畏兀儿文的写本。对于敦煌回鹘文写本，究竟应该是如同哈密屯认为的那样，断代为9—10世纪，还是如同某些德国学者们所认为的那样，应该属于元蒙时代，国际学术界尚有争论。因为王道士可能在斯坦因于千佛洞劫经之后，将他陆续零散地从敦煌其他地方搜集到的元代畏兀儿文晚期卷子，又都塞进藏经洞中滥竽充数了，以弥补他暗盗文书之缺，故使伯希和上当受骗。直到目前为止，这场争论尚无最终定论。哈密屯受到了某些同行们的非难，但他始终顽强地捍卫自己的观点。此外，法国学者路易·菲诺（Louis F？not）、菲利奥札（Jean Fil-liozat）和为数不少的日本学者，也都从事过对这批写本的研究。
伯希和敦煌粟特文写本共有30个编号，大都已由哈密屯与英国学者辛姆斯—威廉姆斯（Sim s W illiam s）合作，于1990年在英国伦敦大学东方和非洲研究学院出版了转写、泽注和图版本《敦煌突厥—粟特文文献汇编》，其中发表了伯希和敦煌粟特文写本5个号，斯坦因的3个号。其中一部分也有双重编号。被编成汉文写本P。351l～352l号。伯氏曾与法国学者高狄奥（Robert。G authiot）和邦维尼斯特（Em ile Benveniste）、英国学者亨宁（W。B。H ennines）等人或共同合作，或各自单独从事过对这批写本的研究。
伯希和敦煌和西域梵文写本数量较大，出自西域者为多，属于敦煌者只有13个编号。它们基本均为佛教文献，其中不乏稀见佛典精品，大部分都被编入伯希和敦煌汉文写本的目录中了。它们早年曾由菲诺、菲利奥札和日本学者们从事过研究。在20世纪的50—60年代，又由法国学者鲍利（B。Pauly）作了系统整理《伯希和西域探险团所获梵文文献残卷》（连载《亚细亚学报》，1957—1966年）。
在伯希和所获敦煌西域的“东伊朗文”写本中，有些是所谓“吐火罗语”文书，亦被他称为用“婆罗谜字母”书写的文书。另外还有这种文字的某些木简文字和题记等。它们主要出自新疆的都勒都尔——阿乎尔和图木舒克。事实上，这其中主要是乙种吐火罗语或“龟兹语”（焉耆语为甲种吐火罗语），特别是P。3533号。法国早期学者烈维、菲利奥扎以及德国学者西格都对它们作过研究。近年来，法国年轻一代的优秀吐火罗语学者彼诺（Georges Pinault）系统地刊布和研究了这批写本。经他整理，伯希和龟兹文特藏共有2000件左右：旧编A Sl—19，共141件文书126个编号；新编N S l—508和某些残卷，共527件文书。此外，还有些只有数平方厘米的极小残卷，即新编第509～1166号，共658件文书；粘贴在卡片上的小残卷393个编号。目前，彼诺正准备将它们汇编出版。
伯希和西域于阗文写本都被散编在汉文写本和藏文写本目录中了。据统计，共有近70个编号。它们已由法国学者哈密屯和格勒奈（F。G renet）研究。英国学者贝利（H。W。Beilley）和德国恩默瑞克（E。E。Em m enik）等学者，都是这方面的研究专家。此外，还有被柯诺称为“于阗文变异体”的一卷东伊朗语写本，有人亦称之为“图木舒克语”。
伯希和也从新疆发掘到了一批佉卢文文书。它连同吕推（Dutreuil de Rhins）于1890年搜集的佉卢文《法句经》残卷，共同收藏在国家图书馆。烈维、拉古佩里（F。D e Lacouperie）和波兰裔法国学者普祖鲁斯基（Preyluski）均为这一方面的研究专家。
伯希和在敦煌还获得一卷希伯莱文写本，它是唐代中国西域曾有犹太人活动的证据。
伯希和在敦煌藏经洞未获得任何西夏文写本，但是在北窟区却获得了一大批，共装有3箱，计有200余件，目前尚未刊布。
伯希和在敦煌所作的考察笔记、题识录文以及他对经变画的考证、艺术风格、断代、窟型的研究文，已由尼古拉·旺迪埃和玛雅尔夫人于1980—1992年分6册出版（《伯希和敦煌石窟笔记》，法兰西学院亚洲研究所中亚和高地亚洲研究中心版）。它就是奉献在读者面前的这部译注本。伯希和探险团成员努埃特拍摄的敦煌壁画照片，于1920—1926年分6大卷出版，即《敦煌石窟图录》（法国亚细亚学会版）。
在伯希和敦煌写本中，有许多素描插图画和纸本绘画。其中P。4525《降魔变相》中的绘画，已由尼古拉·旺迪埃于1954年发表，载于《舍利佛与六师外道》（巴黎国家图书馆版）中。其余大都由饶宗颐于1978年发表于《敦煌白画》（巴黎国家图书馆版）一书中了。
伯希和探险团从敦煌劫回的幡画共有200多幅，现藏吉美博物馆。它们已由玛雅尔夫人和热拉—贝札尔（Jera B ezard）先生公布并作了研究，发表在1974年出版的两卷本《敦煌的幡画》（法兰西学院版）一书中。书中共发表了216幅幡画的图录与解说文字。此后又发现的6幅三角形幡和3幅幡画不计在内。1994年，当时的吉美博物馆馆长贾立基（Jean Fran？cois Jarrige）与日本秋山光和联袂出版了日法两种文字版本的《西域美术，吉美博物馆伯希和特藏》（法国国家科研中心版）第1卷，共发表99幅绘画。据报道，第2卷拟发表89件，笔者尚未见到。